genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8884377--8884461	44	2.0	42	84	9	109	31	9	2	56	1.44
8888680--8888731	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
8892268--8892327	19	3.1	19	72	18	52	28	1	5	65	1.23
8892344--8892390	25	1.9	24	82	4	58	27	6	2	63	1.30
8905720--8905767	21	2.3	21	96	0	87	20	20	58	0	1.40
8908874--8908937	31	2.1	31	96	0	119	17	14	37	31	1.89
8911521--8911587	34	2.0	34	90	0	107	25	0	26	47	1.52
8922091--8922268	28	6.5	27	78	7	135	30	10	27	32	1.89
8922096--8922268	55	3.1	55	74	9	147	29	10	27	32	1.90
8922091--8922266	83	2.1	82	82	6	212	30	9	27	31	1.89
8926498--8926543	14	3.5	14	80	17	62	63	0	32	4	1.14
8926496--8926543	25	1.9	25	95	0	87	64	0	31	4	1.12
8936562--8936586	9	2.8	9	100	0	50	24	44	0	32	1.54
8936648--8936688	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
8949672--8949707	6	6.0	6	100	0	72	66	0	16	16	1.25
8952415--8952462	12	3.8	12	79	15	60	22	0	14	62	1.32
8952411--8952467	27	2.1	27	100	0	114	28	0	14	57	1.37
8957169--8957257	40	2.3	39	86	2	115	25	37	19	17	1.94
8960616--8960686	37	1.9	37	85	5	99	26	11	25	36	1.90
8962215--8962244	15	2.0	15	93	0	51	20	3	6	70	1.25
8964451--8964681	78	2.9	78	86	6	331	32	20	13	32	1.92
8964666--8964783	40	3.0	40	83	0	119	39	18	11	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8976362--8976404	22	1.9	23	85	4	61	39	2	4	53	1.34
8976301--8976492	95	2.0	96	97	1	368	38	6	6	48	1.55
8979308--8979597	153	1.9	152	89	4	451	34	3	17	44	1.65
8979594--8980286	126	5.5	126	91	1	1054	37	16	17	28	1.92
8979594--8980286	250	2.8	250	90	2	1068	37	16	17	28	1.92
8980561--8980607	20	2.3	20	96	0	85	21	6	19	53	1.67
8983348--8983378	9	3.4	9	100	0	62	61	0	0	38	0.96
8983960--8984020	30	2.0	30	87	0	86	13	16	39	31	1.87
8984523--8984548	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
8985690--8985738	21	2.3	21	78	0	53	46	2	22	28	1.63
8985691--8985757	11	6.2	11	71	15	50	44	1	28	25	1.63
8985705--8985759	11	5.2	10	80	6	56	41	0	29	29	1.56
8987944--8988008	21	3.2	21	71	20	66	12	26	21	40	1.88
8987926--8988026	39	2.6	39	90	0	148	12	26	22	37	1.91
8992182--8992251	35	2.0	35	94	0	122	50	4	7	38	1.50
8992188--8992260	35	2.2	33	81	13	105	52	2	5	39	1.39
9010426--9010493	21	3.2	21	72	4	66	19	20	14	45	1.85
9010445--9010499	21	2.6	21	76	0	65	16	21	18	43	1.88
9010445--9010506	21	3.0	21	75	0	61	17	22	17	41	1.90
9011126--9011155	12	2.6	12	94	5	53	16	6	36	40	1.75
9016230--9016414	96	1.9	94	92	4	309	34	4	9	51	1.55
9019780--9019949	41	4.2	41	87	2	245	34	21	21	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9020114--9020205	46	2.0	46	89	4	141	30	2	25	42	1.67
9020228--9020284	14	4.0	15	88	6	57	24	0	36	38	1.56
9020235--9020375	7	19.9	7	69	13	67	21	0	39	38	1.54
9030571--9030619	23	2.1	23	82	14	57	30	2	2	65	1.15
9032106--9032139	12	2.8	12	86	0	50	8	17	17	55	1.66
9034752--9034825	26	3.0	26	84	11	95	40	1	4	54	1.28
9034780--9034824	21	2.1	21	95	0	81	42	0	4	53	1.21
9034780--9034839	21	2.9	21	87	5	68	38	1	3	56	1.26
9035050--9035097	14	3.4	14	80	5	60	45	0	2	52	1.12
9036673--9036701	14	2.1	14	100	0	58	27	13	20	37	1.91
9038573--9038602	10	3.0	10	100	0	60	30	10	20	40	1.85
9042106--9042139	15	2.3	15	90	5	52	38	0	17	44	1.49
9052330--9053114	3	261.7	3	100	0	1570	33	0	0	66	0.92
9053115--9053298	72	2.6	72	97	0	341	28	6	22	41	1.79
9056450--9057298	132	6.4	132	93	1	1287	26	24	18	30	1.98
9056421--9057298	44	20.0	44	76	8	727	26	24	18	30	1.98
9057306--9057690	206	1.9	205	87	0	563	28	22	17	31	1.97
9057513--9057847	165	2.0	165	86	1	465	29	21	17	31	1.96
9057307--9058060	370	2.0	371	94	0	1312	29	21	17	31	1.96
9057678--9058061	205	1.9	205	87	1	572	29	21	17	31	1.96
9058206--9058330	61	2.0	64	89	7	195	36	12	17	32	1.88
9059441--9059489	19	2.5	20	78	15	57	8	0	10	81	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9059454--9059487	12	2.9	12	91	4	52	2	0	14	82	0.79
9062725--9062770	19	2.4	19	89	7	67	43	8	21	26	1.81
9065850--9065951	13	8.5	13	76	18	105	14	0	46	39	1.45
9065839--9065969	35	3.7	35	78	8	149	15	0	47	37	1.46
9065859--9065969	22	4.9	22	86	8	159	16	0	45	37	1.47
9065850--9065966	48	2.5	49	86	9	174	15	0	46	38	1.46
9065850--9065969	13	10.2	12	74	23	96	15	0	45	38	1.47
9067737--9067789	27	2.0	27	96	0	97	22	22	41	13	1.88
9067998--9068080	39	2.0	43	82	13	104	21	0	14	63	1.29
9072009--9072157	33	4.5	33	76	11	121	28	17	33	20	1.95
9072008--9072162	66	2.3	66	79	8	181	29	18	32	20	1.96
9072304--9072335	6	5.3	6	100	0	64	0	34	31	34	1.58
9073899--9073997	26	3.8	26	80	4	92	59	8	5	27	1.47
9073899--9073972	27	2.8	25	82	9	85	59	5	5	29	1.42
9074013--9074066	26	2.0	27	82	10	67	55	0	5	38	1.23
9075793--9075840	21	2.3	20	82	7	51	70	8	0	20	1.12
9075826--9075858	12	2.8	12	86	4	50	60	9	0	30	1.27
9078311--9078336	12	2.2	12	100	0	52	0	23	0	76	0.78
9082635--9082659	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
9085099--9085176	29	2.6	29	91	4	129	26	8	6	57	1.53
9086077--9086111	17	2.0	18	88	5	54	45	0	0	54	0.99
9093216--9093278	29	2.1	30	88	2	92	33	4	7	53	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9093216--9093287	30	2.4	29	84	8	76	31	5	6	55	1.50
9098799--9098851	21	2.6	21	84	3	72	20	3	35	39	1.71
9100343--9100388	22	2.0	24	87	8	69	41	0	0	58	0.98
9109229--9109272	21	2.0	22	82	4	54	56	9	2	31	1.43
9109676--9109730	21	2.6	21	79	0	65	30	7	30	30	1.85
9111078--9111129	20	2.5	21	75	9	61	51	11	3	32	1.56
9121966--9121996	3	10.3	3	92	0	53	0	35	0	64	0.94
9130610--9130642	15	2.2	15	94	0	57	75	3	6	15	1.11
9138657--9138738	38	2.1	39	90	2	130	24	20	10	43	1.84
9138964--9139202	128	1.9	128	89	0	370	37	10	21	30	1.87
9140413--9140504	23	4.0	23	73	10	80	22	14	23	39	1.91
9146228--9146276	24	2.0	25	84	4	64	36	12	10	40	1.77
9146231--9146276	22	2.0	24	87	12	69	34	13	8	43	1.74
9146442--9146490	20	2.5	20	93	0	80	40	8	4	46	1.52
9154826--9154865	6	6.7	6	100	0	80	82	0	0	17	0.67
9156913--9157038	55	2.3	55	81	0	153	16	29	28	25	1.97
9161887--9162386	127	4.0	127	82	6	393	39	18	15	26	1.90
9161959--9162398	127	3.5	127	85	4	548	40	18	15	25	1.89
9173681--9174494	39	20.9	39	99	0	1592	28	30	20	20	1.98
9181415--9181550	39	3.5	39	72	9	100	28	27	22	22	1.99
9181492--9181568	39	2.0	39	89	0	118	28	28	20	22	1.98
9182182--9182218	5	7.6	5	93	6	67	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9182182--9182217	14	2.5	14	95	4	63	19	0	0	80	0.71
9182182--9182218	19	1.9	19	100	0	74	18	0	0	81	0.70
9189791--9189834	22	2.0	23	86	4	63	34	6	0	59	1.24
9192556--9192662	44	2.4	45	81	3	119	29	21	16	31	1.96
9211969--9212017	20	2.5	20	86	3	64	26	4	4	65	1.29
9211967--9212053	9	9.1	9	75	15	77	32	2	2	63	1.19
9211976--9212053	29	2.7	29	81	13	74	32	2	2	62	1.22
9214297--9214330	17	2.0	17	100	0	68	23	11	29	35	1.90
9214419--9214460	22	2.0	22	90	4	68	47	2	9	40	1.49
9214734--9214774	20	2.0	21	95	4	75	43	2	14	39	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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