genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1134938--1135003	32	2.1	30	81	10	71	37	1	10	50	1.47
1138432--1138482	26	1.9	28	88	11	81	52	11	15	19	1.73
1138957--1138986	15	2.0	15	100	0	60	40	33	6	20	1.78
1147761--1147847	41	2.1	41	85	4	113	29	25	18	26	1.98
1148462--1148503	21	2.0	21	100	0	84	47	14	9	28	1.75
1152030--1152076	15	3.2	15	87	3	60	76	6	0	17	0.98
1152043--1152076	5	7.0	5	93	6	61	82	0	0	17	0.67
1155330--1155378	20	2.5	20	76	6	55	42	2	2	53	1.24
1160995--1161088	45	2.1	45	84	5	120	36	21	4	38	1.73
1161070--1161124	16	3.4	16	89	0	92	29	23	7	40	1.81
1161330--1161413	20	4.3	19	72	8	55	48	3	13	34	1.59
1161358--1161414	20	2.8	20	75	0	60	45	3	14	36	1.61
1161338--1161433	40	2.4	41	78	13	112	46	3	12	37	1.57
1161525--1161659	20	6.8	20	71	14	73	42	5	14	37	1.67
1161525--1161680	80	1.9	80	82	8	192	41	5	14	38	1.69
1161554--1161677	20	6.2	20	75	7	81	41	5	14	38	1.70
1161527--1161677	40	3.8	40	71	11	114	41	5	13	39	1.68
1161772--1161845	20	3.7	20	74	0	67	44	5	10	39	1.62
1161748--1161882	40	3.4	40	77	7	114	40	6	11	42	1.67
1162916--1162968	24	2.2	24	86	3	70	26	16	5	50	1.67
1164986--1165033	24	2.0	25	83	4	62	27	18	6	47	1.72
1167529--1167587	20	3.0	20	80	5	66	33	10	15	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1167595--1167670	20	3.8	20	77	3	55	35	5	18	40	1.73
1167624--1167685	19	3.2	19	77	4	61	33	4	20	40	1.74
1167781--1167855	20	3.8	20	73	3	62	32	5	17	45	1.71
1167762--1167857	40	2.4	40	77	3	95	35	5	17	41	1.72
1168474--1168529	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
1175501--1175600	10	10.1	10	72	15	66	61	7	1	31	1.29
1175525--1175577	19	2.7	19	73	2	52	64	5	1	28	1.27
1175501--1175591	39	2.4	38	82	10	105	61	6	1	30	1.28
1176249--1176325	26	2.8	26	80	11	84	31	1	0	67	0.99
1176239--1176336	10	10.6	9	70	22	60	28	1	2	68	1.07
1176259--1176336	27	2.9	26	78	12	79	29	1	1	67	1.06
1176230--1176336	18	5.8	19	69	21	57	27	0	2	69	1.09
1192129--1192236	51	2.1	50	79	3	117	42	12	11	34	1.77
1204395--1204508	33	3.5	33	76	10	90	26	23	16	33	1.96
1210051--1210120	28	2.4	31	78	7	74	51	1	12	34	1.49
1211174--1211227	23	2.3	24	78	9	58	44	1	1	51	1.22
1216585--1216723	65	2.1	65	80	2	154	48	13	30	7	1.70
1227807--1228011	43	4.8	42	88	2	293	20	22	20	36	1.95
1227807--1228011	85	2.4	85	89	0	302	20	22	20	36	1.95
1228328--1228398	21	3.4	21	80	3	81	2	46	18	32	1.63
1231072--1231528	9	49.9	9	74	8	341	32	3	15	48	1.63
1231086--1231377	110	2.7	109	93	4	483	31	3	15	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1231182--1231524	147	2.3	146	93	3	607	32	3	14	49	1.61
1231090--1231528	110	3.9	108	80	10	382	32	3	15	48	1.62
1231587--1231624	16	2.4	16	91	4	60	52	5	0	42	1.24
1231621--1231653	13	2.5	13	95	0	57	48	6	9	36	1.60
1233530--1233878	191	1.8	191	89	0	554	41	14	24	19	1.88
1234388--1234444	23	2.5	23	80	8	64	40	33	1	24	1.66
1234541--1234584	21	2.1	21	83	8	54	38	36	0	25	1.56
1234725--1234753	15	1.9	15	100	0	58	41	34	3	20	1.69
1234777--1234846	21	3.3	21	69	21	56	38	40	1	20	1.61
1235257--1236239	114	8.6	114	89	1	1319	24	20	21	33	1.97
1240796--1241351	31	18.1	31	74	12	297	42	17	7	32	1.77
1240821--1241383	92	6.1	92	92	2	839	43	17	7	31	1.76
1241357--1241407	25	2.0	25	88	3	75	50	15	7	25	1.71
1245784--1246089	44	6.7	44	68	16	156	35	17	19	26	1.95
1245889--1246055	50	3.5	50	66	18	120	35	15	22	25	1.94
1245879--1246088	94	2.2	94	87	0	294	34	17	21	26	1.96
1245958--1246566	44	13.1	44	67	17	212	33	18	18	29	1.95
1246012--1246376	141	2.6	138	81	2	399	33	19	18	29	1.95
1246244--1246555	94	3.3	93	83	3	356	32	20	17	29	1.96
1246295--1246609	94	3.4	93	80	3	299	32	18	18	30	1.95
1246244--1246589	188	1.8	188	79	1	406	33	19	17	29	1.95
1247728--1247780	23	2.4	22	84	9	63	15	15	0	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1248318--1248385	11	6.0	11	77	10	66	26	29	1	42	1.64
1248317--1248393	22	3.5	22	76	18	79	27	28	1	42	1.63
1248317--1248391	33	2.2	32	80	17	82	26	29	1	42	1.63
1248317--1248393	11	6.9	11	73	19	63	27	28	1	42	1.63
1249625--1249657	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
1250308--1250347	18	2.2	18	90	0	62	22	32	5	40	1.76
1250779--1250925	25	6.1	25	79	10	180	40	0	14	45	1.45
1252435--1252785	125	2.9	121	80	9	394	31	21	16	30	1.95
1255759--1255811	25	2.1	25	100	0	106	49	11	16	22	1.78
1258571--1259039	43	10.9	43	84	2	566	29	25	21	23	1.99
1258579--1259035	214	2.1	215	83	2	587	29	24	21	24	1.99
1259344--1259413	21	3.3	21	79	0	77	7	41	17	34	1.76
1260548--1260572	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
1260703--1260757	20	2.8	19	73	10	58	52	1	5	40	1.35
1260664--1260794	2	67.5	2	70	14	51	42	5	3	48	1.44
1260907--1260932	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
1261256--1261294	16	2.4	16	82	0	51	35	12	2	48	1.55
1262142--1262187	21	2.2	21	84	0	56	4	39	19	36	1.72
1267732--1267836	25	4.2	25	75	11	106	34	3	19	42	1.69
1267743--1268096	9	41.3	9	71	16	254	32	2	19	44	1.65
1267770--1268053	59	4.8	58	86	6	329	32	3	19	44	1.67
1267969--1268025	19	3.1	19	82	12	57	31	0	19	49	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1267770--1268239	34	13.9	34	69	18	218	33	2	18	45	1.63
1267743--1268229	43	11.5	43	67	19	231	33	2	18	45	1.64
1267800--1268097	25	12.0	25	69	19	116	31	2	19	46	1.63
1268168--1268208	13	2.8	15	85	14	59	34	0	19	46	1.50
1268297--1268343	20	2.3	20	82	10	60	55	2	2	40	1.24
1268293--1268345	21	2.5	22	84	9	74	56	1	1	39	1.21
1271162--1271213	27	1.9	27	84	0	68	48	9	0	42	1.36
1271606--1271646	18	2.3	18	87	4	57	31	43	0	24	1.54
1273060--1273127	15	4.9	14	71	16	52	41	35	0	23	1.55
1273063--1273100	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
1273575--1273813	41	5.8	40	74	5	194	34	22	25	17	1.96
1273575--1273812	82	2.9	82	86	5	313	34	22	25	17	1.96
1275049--1275116	22	3.3	22	67	23	65	51	13	4	30	1.60
1276457--1276514	20	2.8	21	75	12	66	37	1	5	55	1.33
1283662--1283702	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
1288388--1288435	26	1.9	24	87	8	69	41	8	0	50	1.33
1288631--1288903	128	2.0	131	88	8	399	27	10	27	34	1.90
1289554--1289596	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
1289553--1289595	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
1291816--1291864	25	2.0	24	88	4	71	32	0	0	67	0.91
1291819--1291862	15	2.9	15	83	6	54	29	0	0	70	0.88
1291864--1292414	275	2.0	275	99	0	1093	38	8	14	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1307099--1307720	132	4.7	133	85	3	875	28	16	26	29	1.97
1307099--1307707	262	2.3	264	89	2	913	27	16	26	29	1.97
1307101--1307703	44	13.8	45	77	5	563	27	16	26	29	1.97
1309284--1309340	22	2.5	22	78	18	64	22	7	5	64	1.38
1309289--1309339	21	2.5	20	78	9	57	25	7	3	62	1.40
1314319--1314346	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
1317126--1317273	72	2.1	72	84	2	190	36	18	15	29	1.92
1323877--1323915	20	2.0	20	100	0	78	20	12	15	51	1.76
1333618--1333660	14	3.1	14	96	3	79	53	11	0	34	1.37
1335450--1335507	27	2.1	27	87	0	80	39	0	12	48	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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