genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70583204--70583243	11	4.2	10	81	18	50	62	17	2	17	1.44
70586151--70586501	47	7.4	47	95	1	603	29	29	7	32	1.86
70593182--70593213	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
70594661--70594761	28	3.6	27	80	12	114	24	16	31	26	1.97
70599100--70599213	29	4.0	29	81	2	124	27	15	28	28	1.96
70606155--70606190	19	1.9	19	94	5	65	27	16	38	16	1.90
70606273--70606337	29	2.3	28	83	2	76	29	15	26	29	1.96
70616453--70616605	43	3.6	43	77	8	150	30	30	16	22	1.96
70617215--70617247	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
70621601--70621630	5	6.0	5	92	0	51	76	0	0	23	0.78
70628464--70628519	28	1.9	30	85	7	80	25	21	35	17	1.95
70630137--70630174	18	2.1	19	90	5	60	44	18	2	34	1.64
70634168--70634245	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
70641743--70641980	28	8.5	28	98	0	442	25	11	28	34	1.91
70649182--70649356	46	3.8	46	77	10	185	28	28	21	21	1.99
70651039--70651127	12	7.5	11	75	13	63	76	1	5	16	1.04
70651049--70651123	16	4.5	16	80	8	62	76	1	6	16	1.07
70651059--70651127	6	11.8	6	80	9	63	78	1	5	14	1.01
70651071--70651123	22	2.4	22	75	12	54	79	1	5	13	0.99
70664563--70664590	12	2.3	12	100	0	56	7	50	7	35	1.57
70666277--70666513	40	5.9	40	91	0	375	23	27	21	27	1.99
70669052--70669183	66	2.0	66	93	0	228	34	28	12	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70670343--70670560	109	2.0	109	96	0	400	22	20	19	37	1.95
70670774--70670930	76	2.1	76	92	1	262	31	23	16	28	1.96
70670978--70671167	95	2.0	95	95	0	344	26	24	24	23	2.00
70691898--70691932	17	2.1	17	100	0	70	5	25	40	28	1.78
70694323--70694491	93	1.8	93	88	0	257	20	19	29	30	1.97
70694327--70694500	46	3.8	45	75	13	156	20	19	28	31	1.97
70705657--70705752	28	3.4	27	75	16	97	23	14	32	29	1.94
70705631--70705752	56	2.2	56	86	5	167	27	13	29	28	1.95
70712568--70712649	29	2.9	28	80	10	94	30	29	13	26	1.94
70712860--70712895	16	2.2	16	90	0	54	13	22	13	50	1.77
70716292--70716436	48	3.0	47	82	4	173	30	18	24	26	1.98
70716298--70716452	48	3.2	48	75	9	156	29	18	24	27	1.98
70736565--70736728	38	4.3	38	83	3	211	23	21	25	29	1.99
70736721--70736802	43	1.9	43	87	0	119	13	24	32	29	1.93
70737119--70737245	45	2.9	44	78	10	118	25	22	26	25	2.00
70738755--70738806	25	2.1	24	82	3	59	34	19	17	28	1.94
70741552--70741750	46	4.3	45	72	7	148	27	17	28	26	1.98
70742716--70742795	41	2.0	40	85	9	108	21	22	38	17	1.93
70753882--70754102	40	5.6	40	80	6	200	25	21	26	26	1.99
70753882--70754102	80	2.8	79	82	7	234	25	21	26	26	1.99
70761296--70761341	14	3.1	15	78	18	51	47	0	2	50	1.13
70761504--70761544	22	1.9	22	85	5	57	68	9	19	2	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70762764--70762810	17	2.7	18	80	6	60	27	10	19	42	1.84
70765859--70765893	8	4.4	8	100	0	70	11	11	0	77	1.00
70767181--70767299	54	2.2	53	84	3	157	21	26	25	27	1.99
70768013--70768061	22	2.2	22	96	0	89	40	28	14	16	1.87
70768021--70768071	22	2.3	22	86	0	66	41	27	13	17	1.87
70768041--70768138	38	2.6	38	80	0	124	32	29	18	19	1.96
70771807--70771912	55	1.9	55	86	0	149	21	22	30	25	1.99
70783084--70783266	80	2.3	80	82	4	210	25	20	27	27	1.99
70783084--70783266	40	4.6	39	82	6	179	25	20	27	27	1.99
70786144--70786192	21	2.3	21	100	0	98	48	4	10	36	1.56
70789381--70789414	17	2.0	17	88	0	50	64	2	11	20	1.39
70814896--70814974	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
70815093--70819137	47	86.0	47	99	0	7973	29	29	8	31	1.87
70821400--70821433	17	2.0	17	100	0	68	23	11	23	41	1.87
70824839--70824898	30	2.0	30	90	0	93	41	15	10	33	1.80
70826374--70826466	2	47.0	2	77	2	89	43	0	56	0	0.99
70826377--70826462	22	4.0	22	81	3	102	41	0	58	0	0.98
70827172--70827209	19	2.0	19	85	10	51	36	2	0	60	1.11
70827396--70827462	27	2.4	27	95	5	116	11	20	22	44	1.84
70831736--70831787	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
70835569--70835613	9	5.1	9	81	5	56	2	15	0	82	0.77
70835569--70835613	17	2.6	18	85	3	65	2	15	0	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70835595--70835628	12	2.8	12	83	16	52	8	20	0	70	1.13
70840028--70840080	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
70842392--70842448	30	1.9	30	82	3	71	8	19	0	71	1.11
70846488--70846725	27	8.8	27	81	1	280	31	23	7	37	1.83
70846488--70846725	54	4.4	54	90	1	316	31	23	7	37	1.83
70846729--70846875	27	5.4	27	79	3	82	42	19	9	29	1.82
70846760--70846875	54	2.1	54	87	3	171	42	19	8	29	1.81
70846757--70846897	27	5.2	27	76	11	110	42	19	7	29	1.80
70846760--70846908	54	2.8	54	83	4	149	42	20	8	28	1.81
70846757--70846906	81	1.9	81	83	5	196	43	20	8	28	1.80
70846919--70846970	27	1.9	27	84	0	68	40	11	13	34	1.81
70847023--70847088	27	2.4	27	77	5	71	39	16	24	19	1.92
70847898--70847967	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
70847897--70847980	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
70848114--70848247	42	3.2	42	98	0	259	31	14	20	33	1.93
70848269--70848354	31	2.8	31	85	1	120	30	17	23	29	1.97
70850582--70850779	27	7.3	27	83	2	227	29	23	8	38	1.84
70850593--70850779	81	2.3	81	85	1	250	31	22	8	38	1.83
70850811--70850914	27	3.9	27	81	9	140	43	21	6	28	1.78
70850819--70850935	54	2.2	55	86	6	159	44	21	7	26	1.79
70850946--70850997	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
70851747--70851882	42	3.2	42	91	0	218	32	13	18	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70851906--70852020	31	3.7	31	88	3	162	28	16	24	30	1.96
70853411--70853518	43	2.5	43	83	4	139	27	13	25	32	1.94
70857630--70857661	12	2.7	12	90	0	55	31	6	12	50	1.65
70890742--70890801	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
70890756--70890827	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
70900525--70900564	21	2.0	19	90	9	62	30	0	20	50	1.49
70902280--70902349	29	2.4	29	83	6	90	28	25	11	34	1.91
70902418--70902454	19	2.0	18	89	5	56	18	40	16	24	1.90
70902427--70902463	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
70906366--70906522	43	3.7	42	82	4	181	31	22	18	26	1.97
70906378--70906535	86	1.8	85	82	9	205	32	22	17	27	1.96
70908028--70908086	16	3.7	16	80	8	66	50	0	1	47	1.11
70908031--70908071	21	2.0	20	85	4	55	48	0	2	48	1.14
70908027--70908084	5	10.7	6	72	20	56	50	0	1	48	1.11
70909931--70909973	19	2.3	19	84	8	52	34	25	23	16	1.95
70909942--70909987	19	2.4	19	89	10	67	36	28	19	15	1.92
70919226--70919326	27	3.6	27	87	4	139	29	21	11	36	1.90
70921149--70921321	43	4.1	43	80	3	190	33	26	13	26	1.93
70921152--70921310	86	1.9	85	85	4	221	33	27	13	25	1.94
70924760--70924799	19	2.1	19	100	0	80	25	5	17	52	1.64
70929860--70929950	42	2.2	42	95	0	164	20	30	25	23	1.98
70934182--70934433	117	2.2	117	97	0	468	28	25	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70944120--70944224	43	2.4	43	85	3	140	28	22	17	31	1.96
70944120--70944284	43	3.8	43	76	9	129	30	21	15	31	1.95
70947326--70947434	23	4.7	23	85	8	134	21	21	22	35	1.96
70950442--70950611	84	2.0	84	94	0	295	24	21	11	42	1.85
70958497--70958581	42	2.0	42	97	0	161	30	18	8	42	1.80
70990679--70990750	31	2.2	33	83	9	87	51	12	4	31	1.59
71000135--71000189	26	2.2	26	78	15	62	45	3	0	50	1.19
71003053--71003203	70	2.2	69	80	8	157	21	23	17	37	1.94
71013236--71013421	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
71013289--71013454	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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