genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  200  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65685770--65685804	18	1.9	18	100	0	70	11	28	22	37	1.89
65688617--65688698	37	2.2	37	82	0	101	31	18	25	24	1.97
65688683--65688813	48	2.7	48	86	0	190	25	19	25	29	1.99
65692351--65692755	202	2.0	202	100	0	810	42	18	12	26	1.86
65693615--65693866	68	3.9	63	78	10	222	24	29	17	29	1.97
65694331--65694391	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
65695565--65695910	173	2.0	173	100	0	692	33	21	3	41	1.70
65699652--65700149	250	2.0	250	99	0	978	35	11	20	32	1.87
65700096--65700199	47	2.2	47	96	0	190	35	14	24	25	1.93
65700379--65700705	54	6.0	55	81	5	358	36	16	24	22	1.94
65700381--65700690	110	2.8	110	95	0	541	35	17	24	22	1.95
65708238--65708411	51	3.4	51	75	4	190	25	17	25	31	1.97
65708181--65708515	50	6.7	50	72	4	260	26	17	25	30	1.97
65708183--65708465	101	2.8	101	90	0	422	26	17	26	30	1.97
65708726--65708756	15	2.1	15	93	0	53	45	0	19	35	1.51
65710238--65710379	50	2.9	49	84	1	185	23	17	28	30	1.97
65714530--65714674	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
65726799--65726835	11	3.4	11	96	0	65	21	0	37	40	1.54
65732056--65732273	49	4.6	48	75	13	191	23	30	18	26	1.98
65741765--65741803	20	2.1	19	85	9	53	2	25	17	53	1.56
65741943--65742093	75	2.0	74	98	1	293	37	30	5	26	1.79
65752128--65752190	15	4.2	15	82	8	83	60	14	12	12	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65767267--65767375	58	1.9	57	86	5	157	25	15	22	36	1.93
65767267--65767392	57	2.2	59	84	4	159	26	15	23	34	1.94
65774335--65774453	42	2.8	42	78	2	132	30	15	22	31	1.95
65780922--65781034	43	2.6	43	84	4	129	32	26	15	25	1.95
65785512--65785557	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
65788457--65788513	20	2.8	20	84	10	64	45	3	0	50	1.18
65794930--65794980	2	25.5	2	83	0	66	47	47	3	1	1.32
65796159--65796198	21	1.9	21	100	0	80	27	17	30	25	1.97
65796646--65796697	6	8.7	6	82	0	50	21	7	11	59	1.56
65796716--65796781	6	11.0	6	78	0	60	22	6	15	56	1.61
65796854--65797050	47	4.2	47	93	0	331	27	13	17	41	1.87
65797355--65797383	15	1.9	15	100	0	58	13	6	37	41	1.72
65798965--65799097	41	3.2	42	84	5	148	27	10	19	42	1.84
65798965--65799097	42	3.2	42	85	5	166	27	10	19	42	1.84
65800108--65800195	44	2.0	44	93	0	149	36	14	13	35	1.86
65800284--65800422	59	2.4	59	92	0	224	30	19	14	35	1.91
65805910--65806167	85	3.0	85	99	0	507	24	22	22	29	1.99
65806727--65806771	23	2.0	23	91	4	74	71	13	2	13	1.25
65810018--65810171	71	2.2	71	90	2	256	20	20	16	42	1.90
65810769--65811354	90	6.6	87	83	6	504	25	5	14	54	1.61
65810899--65811311	90	4.6	90	87	3	543	26	5	14	53	1.64
65817102--65817891	177	4.5	176	84	3	899	27	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65819037--65819191	54	2.8	54	82	6	170	15	21	19	43	1.88
65827325--65827451	42	3.0	42	85	6	170	29	26	13	29	1.94
65827410--65827533	47	2.7	46	85	5	160	29	27	15	27	1.96
65827538--65827566	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
65827565--65827713	31	4.8	31	87	3	210	26	26	19	27	1.99
65827695--65827817	50	2.4	51	90	2	194	26	21	15	36	1.93
65833144--65833254	53	2.1	53	96	0	204	50	9	8	32	1.63
65835254--65835335	26	3.3	26	68	23	68	23	20	0	56	1.43
65835261--65835340	21	3.5	21	72	20	61	25	18	0	56	1.42
65835401--65835514	22	5.2	22	64	16	74	38	3	9	48	1.53
65835389--65835580	44	4.4	44	91	0	276	38	4	9	47	1.56
65835511--65835580	22	3.2	22	67	15	54	38	4	8	48	1.53
65835647--65835684	19	2.1	19	85	5	51	28	2	7	60	1.38
65838145--65838246	52	2.0	51	84	11	136	34	16	14	34	1.90
65838310--65838621	110	2.8	111	76	7	335	33	18	20	27	1.96
65839665--65839719	21	2.7	20	78	15	58	38	0	0	61	0.96
65840085--65840137	21	2.5	21	90	0	79	66	5	18	9	1.41
65845260--65845330	38	1.9	35	88	8	106	53	0	1	45	1.09
65845268--65845328	11	5.1	11	73	23	52	52	0	1	45	1.10
65845459--65845550	46	2.0	44	81	8	105	40	22	3	33	1.70
65847800--65847896	42	2.3	42	92	1	160	48	15	7	28	1.71
65847914--65847953	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65852470--65852553	42	2.0	42	90	0	132	44	13	11	30	1.79
65852472--65852566	42	2.3	42	85	1	120	46	13	8	31	1.73
65852584--65852623	19	2.2	18	90	4	62	40	15	2	42	1.60
65861289--65861334	7	6.7	7	83	11	51	45	0	0	54	0.99
65870872--65870919	16	3.3	15	82	8	55	6	27	0	66	1.15
65872743--65872794	26	2.0	26	81	7	61	7	0	25	67	1.17
65873007--65873037	12	2.6	12	94	0	53	12	0	9	77	0.99
65872988--65873050	30	2.1	30	82	5	74	11	1	12	74	1.14
65872988--65873056	18	3.9	17	75	12	59	11	1	11	75	1.12
65875104--65875144	19	2.2	19	90	0	64	12	7	7	73	1.25
65880542--65881477	40	23.6	40	96	1	1683	24	27	18	29	1.98
65880722--65880783	31	2.0	31	100	0	124	29	22	19	29	1.98
65887513--65887553	20	2.0	21	85	4	57	36	9	14	39	1.79
65892030--65892278	124	2.0	124	99	0	489	41	7	17	33	1.77
65902110--65902847	245	3.0	245	98	0	1413	36	14	11	37	1.83
65905897--65906029	55	2.4	55	89	1	196	26	30	21	21	1.99
65911477--65911521	23	2.0	23	82	8	56	62	0	6	31	1.21
65911730--65911778	23	2.1	23	96	0	89	30	4	6	59	1.41
65912671--65912816	78	1.9	78	100	0	292	39	26	23	11	1.89
65918438--65918486	21	2.4	21	89	3	73	22	28	8	40	1.82
65918440--65918486	10	4.5	11	79	10	55	23	27	8	40	1.83
65918660--65918730	19	3.6	19	83	7	97	43	19	23	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65918663--65918741	40	2.0	40	92	0	131	41	17	26	13	1.87
65918744--65918801	27	2.1	27	93	0	98	46	20	13	18	1.83
65918906--65918944	17	2.3	17	86	8	53	43	20	0	35	1.52
65923877--65923923	19	2.5	19	80	13	60	57	4	0	38	1.18
65925783--65925820	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
65937597--65937640	21	2.1	21	100	0	88	34	0	29	36	1.58
65944970--65945002	16	2.1	16	100	0	66	39	0	42	18	1.50
65945232--65945312	27	3.0	27	83	3	101	37	18	25	18	1.94
65945242--65945328	27	3.2	27	80	3	95	37	18	26	17	1.92
65950814--65951129	40	7.9	40	91	0	497	22	21	28	27	1.99
65951293--65951343	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
65954830--65954985	47	3.3	46	84	7	192	33	9	30	26	1.88
65955055--65955140	40	2.2	40	87	2	120	18	20	31	29	1.97
65955930--65956144	108	2.0	108	99	0	421	38	5	20	35	1.76
65959660--65959787	38	3.3	37	65	18	89	37	8	5	48	1.57
65959647--65959805	78	2.1	78	95	1	284	37	8	6	47	1.59
65966336--65966431	33	2.9	34	84	7	108	30	13	38	16	1.87
65968725--65968775	11	4.6	11	80	0	57	52	3	0	43	1.19
65968931--65968961	16	1.9	16	93	0	53	0	22	0	77	0.77
65968937--65968970	16	2.1	16	88	0	50	0	29	0	70	0.87
65969949--65969994	24	2.0	24	86	4	67	34	2	19	43	1.63
65970665--65970799	48	2.8	47	81	7	157	33	7	5	53	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65971752--65971784	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
65971780--65971811	7	4.4	7	96	4	55	31	0	15	53	1.43
65971759--65971804	14	3.3	14	85	14	60	28	0	15	56	1.39
65971752--65971791	21	1.9	21	90	10	64	27	0	15	57	1.38
65972386--65972423	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
65975866--65976246	126	3.0	126	89	0	600	28	19	16	34	1.94
65976788--65976877	39	2.4	38	87	7	123	44	20	0	35	1.51
65976788--65976877	19	4.8	19	84	10	123	44	20	0	35	1.51
65976971--65977003	17	1.9	17	100	0	66	57	24	0	18	1.40
65981050--65981095	23	2.0	23	95	0	83	21	19	17	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322