genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  58  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18370000--18370075	11	7.5	11	71	16	74	35	11	19	32	1.88
18369995--18370067	9	7.4	9	71	17	56	34	9	20	35	1.85
18370125--18370269	24	6.0	24	85	3	184	31	22	20	26	1.98
18378265--18378387	26	4.8	26	90	1	187	27	23	22	26	2.00
18378265--18378387	52	2.4	51	94	2	221	27	23	22	26	2.00
18378421--18378451	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
18379190--18379267	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
18379308--18379590	27	10.4	27	80	6	198	31	8	19	40	1.82
18379398--18379576	80	2.2	81	83	5	220	29	8	20	41	1.81
18379569--18379640	27	2.7	27	95	0	126	37	9	23	29	1.87
18379504--18379617	54	2.1	54	83	0	138	31	7	24	36	1.82
18384162--18384203	21	2.0	21	100	0	84	42	14	14	28	1.84
18385525--18385601	38	2.0	38	94	0	136	37	10	20	31	1.87
18392774--18392927	42	3.6	42	84	3	202	30	17	24	27	1.97
18393851--18393879	12	2.4	12	100	0	58	31	24	44	0	1.54
18395675--18395852	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
18395696--18395851	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
18397889--18397953	28	2.4	26	73	17	69	40	23	20	16	1.92
18412914--18412966	17	3.1	17	70	20	56	49	5	15	30	1.67
18412910--18412977	34	2.0	34	97	0	127	48	5	13	32	1.66
18413264--18413324	29	2.0	31	87	6	90	45	8	4	40	1.55
18413278--18413343	30	2.2	29	81	7	71	46	9	9	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18414016--18414080	9	7.7	9	75	13	66	18	7	13	60	1.57
18414014--18414080	17	4.0	17	79	11	84	19	7	13	59	1.57
18414017--18414080	24	2.5	26	82	5	78	18	7	14	59	1.58
18414356--18414431	37	2.1	37	94	0	134	44	18	9	27	1.80
18415399--18415438	17	2.4	17	91	8	64	27	27	20	25	1.99
18421511--18421695	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
18421492--18421695	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
18426865--18426992	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
18426864--18426992	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
18431188--18431223	15	2.4	15	100	0	72	50	0	8	41	1.33
18442447--18442495	20	2.5	20	93	0	80	24	24	0	51	1.49
18442453--18442485	15	2.1	16	88	5	50	21	27	0	51	1.48
18445566--18445609	21	2.1	21	100	0	88	34	9	13	43	1.76
18446341--18446422	41	2.0	41	95	0	146	18	26	29	25	1.98
18448336--18448430	48	2.0	47	97	0	172	26	16	12	43	1.84
18450746--18450901	65	2.4	65	90	0	240	27	15	27	29	1.96
18453756--18454641	40	22.2	40	99	0	1679	29	25	22	22	1.99
18461902--18462067	40	4.2	40	89	2	237	29	26	21	22	1.99
18464736--18464919	40	4.6	41	79	12	181	26	21	26	25	2.00
18468113--18468173	30	2.0	30	87	0	86	36	9	22	31	1.87
18469978--18470390	47	8.7	47	92	1	630	29	30	8	31	1.87
18470028--18470106	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18469978--18470369	143	2.8	143	91	0	626	29	30	8	32	1.87
18469978--18470390	190	2.2	188	89	3	641	29	30	8	31	1.87
18472715--18472746	16	2.0	16	100	0	64	31	12	18	37	1.88
18472736--18472772	18	2.1	18	100	0	74	10	10	32	45	1.74
18473312--18473487	48	3.7	48	79	8	178	28	21	28	22	1.99
18481207--18481273	33	2.0	33	94	0	116	22	23	28	25	1.99
18484602--18484677	40	1.9	40	83	5	100	27	17	22	32	1.96
18484622--18484713	40	2.3	39	83	12	107	28	16	27	28	1.97
18488682--18488723	19	2.3	18	84	15	59	4	9	2	83	0.88
18495890--18496488	47	12.7	47	96	0	1038	32	8	30	29	1.87
18496360--18496438	25	3.3	25	66	16	76	34	5	29	31	1.79
18497702--18497828	68	1.9	68	81	6	159	22	29	16	31	1.96
18498293--18498353	30	2.0	30	87	0	86	31	22	9	36	1.87
18500932--18501071	70	2.0	70	95	0	253	31	20	22	26	1.98
18501561--18501658	34	2.9	34	76	13	112	27	23	21	27	1.99
18506184--18506361	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18506205--18506360	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18514267--18514444	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18514288--18514443	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18517866--18517917	25	2.1	25	89	3	79	28	19	19	32	1.96
18517968--18518025	21	2.7	22	84	10	77	31	22	12	34	1.91
18525216--18525240	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18526009--18526122	51	2.2	51	77	13	119	28	18	3	50	1.63
18528825--18528950	61	2.1	61	96	1	236	40	6	28	24	1.79
18545073--18545475	56	7.2	56	97	0	770	45	9	22	22	1.81
18546603--18547547	40	23.6	40	97	1	1718	24	20	27	26	1.99
18547861--18548002	75	1.9	75	92	0	239	22	21	11	43	1.85
18556732--18556775	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
18556926--18557027	51	2.0	51	94	0	177	30	5	15	48	1.69
18557791--18557831	5	8.2	5	89	10	66	0	21	0	78	0.76
18557799--18557828	9	3.2	9	90	9	51	0	20	0	80	0.72
18557791--18557828	19	2.0	20	94	5	69	0	21	0	78	0.74
18557772--18557851	20	4.2	20	70	20	62	5	28	0	66	1.13
18557754--18557857	57	1.9	54	84	9	140	3	27	0	68	1.07
18559084--18559167	27	3.1	27	87	1	107	35	21	23	19	1.96
18560600--18560668	24	2.9	24	91	0	111	23	37	4	34	1.75
18575737--18575856	43	2.8	42	78	2	141	35	25	14	24	1.93
18587268--18587346	37	2.1	37	88	0	113	25	30	20	24	1.98
18587509--18588032	47	11.1	47	92	0	868	28	29	9	32	1.89
18598533--18598580	19	2.6	18	77	9	51	25	14	2	58	1.48
18600964--18601068	27	3.9	27	86	6	142	18	23	20	37	1.94
18608763--18608873	27	4.2	26	89	5	159	16	24	22	36	1.94
18608763--18608873	54	2.1	53	91	1	177	16	24	22	36	1.94
18623726--18624661	40	23.5	40	97	0	1720	26	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18627415--18627571	40	4.0	40	92	0	226	28	24	19	27	1.99
18629009--18629144	46	3.0	46	87	0	191	25	31	8	33	1.87
18629119--18629407	47	6.1	47	87	3	362	26	30	10	32	1.90
18629334--18629408	25	3.1	25	65	18	59	30	26	8	34	1.85
18632152--18632211	25	2.4	25	80	8	68	60	1	5	33	1.29
18633468--18633674	53	3.8	53	78	4	191	38	16	22	22	1.93
18633479--18633696	53	4.1	54	77	4	190	38	16	22	22	1.93
18636157--18636345	49	3.8	49	80	8	220	27	17	25	28	1.98
18636152--18636339	100	1.9	100	92	0	313	26	19	26	28	1.98
18639396--18639442	22	2.2	20	85	14	60	53	0	2	44	1.12
18642511--18642547	6	6.5	6	81	12	51	83	0	16	0	0.64
18642511--18642547	17	2.2	17	90	0	56	83	0	16	0	0.64
18643845--18644128	40	7.1	40	95	1	482	23	22	27	26	1.99
18646171--18646223	27	2.0	27	100	0	106	16	18	22	41	1.90
18650589--18650628	10	3.9	10	90	6	53	57	5	0	37	1.21
18651391--18651501	47	2.4	47	80	4	134	36	21	10	31	1.88
18653314--18653383	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
18654283--18654497	27	7.9	28	83	10	119	31	9	19	40	1.83
18654287--18654380	28	3.4	27	76	13	84	30	8	18	42	1.80
18654346--18654526	54	3.3	54	82	3	186	28	9	19	41	1.84
18654346--18654497	27	5.6	27	89	4	200	29	8	20	41	1.82
18654519--18654620	27	3.8	27	85	3	118	38	8	23	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18654533--18654620	27	3.3	27	91	0	140	39	7	25	27	1.83
18654533--18654645	54	2.1	54	84	0	145	36	8	25	29	1.86
18660988--18661020	15	2.2	15	94	0	57	30	21	6	42	1.77
18672966--18673048	43	1.9	43	82	4	105	24	18	25	32	1.97
18678080--18678159	36	2.2	38	86	4	110	25	16	31	27	1.96
18681422--18681448	10	2.7	10	100	0	54	37	0	22	40	1.54
18684783--18684943	79	2.0	79	98	0	313	46	14	11	27	1.79
18685185--18685314	65	2.0	65	96	0	242	25	24	8	41	1.83
18686072--18686166	38	2.5	37	81	11	102	36	9	11	42	1.74
18687613--18687648	18	2.0	18	100	0	72	38	16	11	33	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322