genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64757777--64757865	46	1.9	46	86	0	124	34	11	30	23	1.90
64758015--64758123	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
64764778--64765057	47	5.9	48	81	8	299	28	18	31	22	1.97
64764743--64765054	47	6.6	47	80	7	253	28	19	30	22	1.98
64764743--64765054	141	2.2	141	82	7	357	28	19	30	22	1.98
64766397--64766428	16	1.9	17	93	6	57	43	15	9	31	1.78
64766612--64766775	41	4.0	41	84	4	179	28	26	12	31	1.93
64766639--64766774	41	3.3	41	89	1	182	28	26	12	32	1.93
64774855--64774923	35	1.9	36	88	2	104	42	30	11	15	1.83
64774885--64775009	35	3.6	35	79	4	126	39	28	9	23	1.86
64778751--64778859	53	2.1	52	96	1	200	33	7	8	50	1.60
64778906--64778986	32	2.6	32	84	5	94	39	18	8	33	1.81
64781492--64781766	49	5.7	49	79	6	244	23	29	19	27	1.98
64781492--64781726	98	2.4	97	83	4	287	22	29	20	27	1.98
64783338--64783376	18	2.1	19	86	13	55	69	0	0	30	0.89
64785288--64785359	31	2.3	31	92	4	117	41	2	15	40	1.61
64791629--64791697	29	2.4	29	76	11	70	28	2	2	65	1.22
64791941--64791973	16	2.1	16	100	0	66	24	0	0	75	0.80
64796387--64796503	62	1.9	60	82	6	146	41	4	6	47	1.50
64799503--64800027	127	4.2	127	85	2	666	29	14	16	39	1.88
64800123--64800228	34	3.1	34	86	4	144	45	15	0	39	1.46
64801340--64801387	15	3.3	15	82	5	64	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64801341--64801399	28	2.0	30	80	6	68	54	1	0	44	1.10
64814555--64814798	49	4.9	50	80	4	278	26	18	26	29	1.98
64815162--64815197	18	2.0	18	100	0	72	44	5	11	38	1.63
64817424--64817591	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
64817459--64817644	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
64817461--64817644	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
64823072--64823114	20	2.2	20	83	8	52	74	0	20	4	1.00
64823071--64823130	27	2.4	24	83	10	68	71	0	23	5	1.05
64827688--64827742	25	2.2	25	86	0	74	40	12	16	30	1.86
64839190--64839216	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
64851846--64851938	39	2.4	39	87	0	141	34	19	23	22	1.96
64859231--64859321	39	2.3	39	84	0	128	32	20	23	23	1.98
64867671--64867832	42	3.8	41	80	6	180	30	25	15	28	1.96
64868728--64868816	30	3.0	30	77	8	92	57	14	16	11	1.65
64868728--64868807	15	5.4	15	77	7	83	58	12	17	11	1.62
64868739--64868816	15	5.2	15	74	9	61	56	14	16	12	1.68
64871751--64871923	93	1.9	93	92	0	292	27	30	21	20	1.98
64871744--64871922	46	3.9	46	80	10	211	28	30	21	20	1.98
64875129--64875238	28	4.0	25	73	17	78	23	27	18	30	1.97
64875158--64875311	54	2.8	55	82	6	197	25	27	14	31	1.95
64875163--64875317	28	5.6	28	71	14	115	25	29	14	30	1.95
64878287--64878386	52	2.0	51	82	4	121	40	14	13	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64885673--64885697	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
64896159--64896331	40	4.3	40	82	2	177	30	13	27	28	1.94
64896159--64896333	80	2.2	80	77	4	199	30	13	26	28	1.94
64897936--64898035	24	4.0	24	87	10	146	38	15	22	25	1.92
64897935--64898047	52	2.2	52	95	0	199	36	14	23	25	1.93
64898071--64898321	51	4.9	51	86	2	353	32	13	23	30	1.93
64901860--64901920	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
64908005--64908031	14	1.9	14	100	0	54	37	29	11	22	1.89
64912787--64912850	27	2.4	28	86	5	96	23	31	12	32	1.92
64914329--64914376	18	2.5	20	80	16	64	50	0	4	45	1.21
64914337--64914377	18	2.3	18	95	0	73	48	0	4	46	1.23
64918926--64919110	40	4.7	40	82	7	209	25	27	23	23	2.00
64918926--64919110	79	2.3	82	83	7	229	25	27	23	23	2.00
64929778--64930066	27	10.7	27	84	0	303	40	20	8	30	1.83
64929778--64930013	54	4.4	54	91	0	373	41	19	7	31	1.80
64929778--64930012	81	2.9	81	86	0	344	40	20	7	31	1.80
64929885--64930433	54	10.2	54	85	2	489	35	19	18	26	1.95
64930003--64930441	27	16.3	27	86	0	547	34	20	20	24	1.96
64930823--64930887	22	3.0	21	76	13	60	20	23	21	35	1.96
64931046--64931147	27	3.8	27	83	5	125	18	23	20	37	1.94
64931284--64931364	31	2.6	31	92	2	126	20	16	13	49	1.79
64931307--64931370	6	10.5	6	78	9	67	20	17	15	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64931307--64931397	37	2.5	37	83	3	112	20	18	14	46	1.84
64938929--64938974	13	3.5	13	78	0	56	36	19	8	34	1.83
64942905--64942940	18	2.0	18	88	0	54	25	22	11	41	1.86
64963125--64963157	15	2.1	17	88	11	52	6	9	15	69	1.34
64986139--64986287	70	2.1	70	87	0	217	29	24	23	22	1.99
64986347--64986418	36	2.0	36	94	0	126	40	20	2	36	1.67
64989556--64989651	33	2.9	34	77	11	110	47	19	16	15	1.82
64990752--64990794	22	2.0	22	85	0	59	34	0	0	65	0.93
64990758--64990812	17	3.2	18	80	10	62	36	0	0	63	0.95
64990754--64990807	18	3.0	18	78	8	56	33	0	0	66	0.92
64994960--64994985	12	2.2	12	100	0	52	23	26	15	34	1.94
64999578--64999607	11	2.7	11	94	0	51	53	0	0	46	1.00
64999992--65000041	9	5.2	9	77	13	55	54	0	2	44	1.11
65005806--65005991	41	4.6	41	87	3	243	25	24	25	24	2.00
65005808--65005961	81	1.9	82	87	4	231	25	24	24	25	2.00
65008865--65008967	21	4.9	21	91	0	152	15	26	17	40	1.89
65009679--65009729	26	2.0	26	96	0	93	37	3	13	45	1.63
65010832--65010874	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
65011270--65011367	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
65011298--65011380	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
65011270--65011381	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
65024369--65024656	56	5.1	56	100	0	576	44	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65026810--65026883	28	2.6	28	85	8	98	28	16	25	29	1.97
65028730--65028912	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
65028731--65028914	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
65028783--65028947	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
65031963--65032147	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	24	2.00
65031963--65032147	79	2.3	81	80	8	209	25	27	22	24	2.00
65033314--65033832	85	6.1	85	99	0	1029	26	26	8	38	1.84
65035278--65035396	38	3.1	38	89	4	177	31	26	21	19	1.97
65035230--65035396	76	2.1	79	83	7	207	32	27	20	19	1.96
65046866--65046943	40	2.0	40	100	0	156	34	14	12	38	1.84
65049391--65049476	24	3.8	24	77	14	69	46	0	1	52	1.08
65049632--65049717	44	1.9	46	88	4	131	36	26	6	30	1.83
65049706--65049760	16	3.4	16	80	9	67	30	27	5	36	1.79
65057694--65057814	43	2.8	44	78	9	133	23	16	27	33	1.96
65064023--65064193	46	3.7	46	72	16	145	31	26	19	22	1.98
65064076--65064247	47	3.7	47	73	13	183	30	28	18	22	1.97
65064030--65064240	93	2.3	93	90	0	332	30	27	18	23	1.98
65066316--65066369	29	1.9	28	85	7	74	40	9	25	24	1.85
65067998--65068263	40	6.7	40	85	5	335	25	27	21	25	1.99
65067998--65068263	120	2.2	121	85	4	369	25	27	21	25	1.99
65070808--65070841	12	2.8	12	90	0	50	32	0	35	32	1.58
65075774--65075996	40	5.6	39	79	8	175	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65075772--65075943	80	2.2	79	81	3	202	26	27	20	25	1.99
65075928--65076005	40	1.9	41	82	10	97	28	28	19	24	1.98
65090117--65090225	55	2.0	55	90	0	173	17	21	33	27	1.95
65090120--65090241	55	2.2	55	86	0	163	19	19	33	27	1.96
65106387--65106586	40	5.0	40	83	6	237	24	21	28	26	1.99
65106380--65106586	80	2.6	79	85	3	265	25	21	27	25	2.00
65117938--65117985	19	2.6	17	72	15	51	66	0	18	14	1.25
65119082--65119655	291	2.0	291	98	0	1121	31	19	9	39	1.83
65120210--65120409	53	3.7	54	81	2	204	22	25	17	35	1.95
65120229--65120423	54	3.6	54	81	4	205	22	25	16	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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