genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42823164--42823246	41	2.0	41	100	0	166	24	12	26	37	1.90
42835783--42835837	25	2.2	25	80	6	67	29	12	20	38	1.89
42839621--42839707	25	3.5	25	76	3	77	29	16	18	35	1.92
42839837--42839882	24	1.9	24	100	0	92	41	13	15	30	1.85
42845422--42845834	47	8.7	47	95	1	727	32	7	30	29	1.86
42863225--42863307	43	1.9	43	100	0	166	26	25	7	40	1.81
42869491--42869626	47	2.9	47	87	0	182	32	8	30	28	1.86
42869747--42869825	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
42870199--42870405	106	2.0	106	95	0	369	27	15	20	36	1.93
42872825--42873004	40	4.4	40	86	5	231	23	24	26	25	2.00
42874861--42874943	30	2.7	31	85	3	116	22	27	20	28	1.99
42875157--42875234	25	3.1	25	81	7	79	28	20	20	30	1.98
42875282--42875319	11	3.6	11	86	13	62	28	18	13	39	1.88
42877193--42878011	63	13.0	63	99	0	1629	30	10	20	38	1.87
42879997--42880057	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
42880790--42880973	67	2.8	64	79	8	176	28	15	30	25	1.96
42888242--42888417	49	3.6	48	77	12	173	25	28	19	26	1.99
42888490--42888610	46	2.6	48	80	11	144	30	19	26	23	1.98
42891290--42891320	2	15.5	2	93	0	53	54	0	45	0	0.99
42907869--42907942	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
42920767--42920791	10	2.5	10	100	0	50	52	0	20	28	1.47
42927561--42927591	14	2.2	14	94	0	53	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42928066--42928164	3	33.7	3	85	9	134	2	31	1	65	1.10
42932417--42932466	5	10.0	5	91	8	84	18	2	0	80	0.82
42936884--42936921	5	7.4	5	88	5	58	15	2	0	81	0.80
42940085--42940123	20	2.0	20	89	0	60	23	0	2	74	0.94
42963866--42964041	51	3.5	48	79	9	192	30	25	18	25	1.98
42963863--42964045	101	1.8	100	91	1	303	30	25	19	24	1.98
42975237--42975350	41	2.8	39	75	11	106	50	7	20	21	1.74
42975296--42975404	40	2.7	40	84	4	139	52	9	20	18	1.72
42975952--42976045	38	2.5	38	92	0	152	54	3	15	26	1.57
42985205--42985379	46	3.8	46	77	13	196	29	30	20	20	1.97
42985212--42985383	93	1.8	93	93	0	299	28	30	20	20	1.98
42987014--42987219	45	4.6	44	86	4	229	20	18	14	46	1.84
42988225--42988294	3	23.3	3	84	11	90	34	0	1	64	1.03
42989483--42989569	44	2.0	44	86	4	122	22	19	22	34	1.97
42995691--42995965	38	7.2	38	86	0	370	22	19	25	33	1.97
43000113--43000148	16	2.2	17	90	5	56	55	8	33	2	1.44
43003720--43003770	20	2.5	20	96	0	93	27	27	21	23	1.99
43005248--43005272	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
43005832--43006009	27	6.6	27	83	3	205	27	14	27	30	1.95
43005833--43005988	82	1.9	81	86	3	224	27	14	27	30	1.95
43005832--43006008	82	2.2	81	83	3	221	27	14	27	30	1.95
43008537--43008593	30	1.9	30	85	0	78	21	35	17	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43010866--43011228	54	6.7	54	78	5	286	31	22	8	37	1.84
43010947--43011079	28	4.9	27	82	3	140	37	21	8	32	1.83
43010947--43011079	55	2.4	55	81	6	153	37	21	8	32	1.83
43010866--43011228	27	13.4	27	81	4	239	31	22	8	37	1.84
43011227--43011358	27	4.9	27	75	6	124	37	19	11	31	1.87
43011227--43011359	54	2.5	53	82	3	149	37	19	12	30	1.88
43011260--43011358	27	3.7	27	81	0	135	39	21	8	31	1.82
43011280--43011466	54	3.4	53	75	10	153	39	18	9	32	1.83
43011314--43011441	27	4.7	27	73	11	107	41	17	7	32	1.79
43011268--43011447	27	6.6	27	72	9	105	38	18	10	32	1.84
43011500--43011591	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
43012393--43012490	26	3.9	25	82	5	110	28	26	20	24	1.99
43012633--43012725	42	2.2	42	94	0	159	26	10	22	39	1.87
43016022--43016063	18	2.3	18	84	8	50	69	4	19	7	1.31
43018167--43018226	24	2.5	24	86	5	77	33	28	16	21	1.95
43021131--43021172	18	2.3	18	100	0	84	33	4	19	42	1.72
43022311--43022723	47	8.7	47	95	1	727	32	7	30	29	1.86
43045931--43046058	43	3.0	43	79	6	152	31	21	18	28	1.97
43061783--43061832	20	2.5	20	86	0	64	38	14	16	32	1.88
43065146--43065208	21	3.0	20	71	15	56	69	3	1	25	1.12
43065322--43065359	20	1.9	20	88	0	58	50	0	0	50	1.00
43065731--43065760	15	2.0	15	93	0	51	50	6	6	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43071934--43071964	14	2.2	14	100	0	62	48	9	6	35	1.62
43072291--43072330	18	2.2	18	95	0	71	27	7	0	65	1.20
43073535--43073587	24	2.2	24	89	0	79	54	9	1	33	1.43
43074427--43074464	20	1.9	20	89	10	60	68	7	0	23	1.16
43074617--43074663	23	2.0	24	87	8	69	31	6	0	61	1.21
43084345--43084386	20	2.0	21	95	4	77	66	4	4	23	1.30
43086657--43086981	48	6.8	47	75	9	264	26	17	30	25	1.97
43100472--43100503	16	2.0	16	100	0	64	25	18	18	37	1.94
43101441--43101494	26	2.1	26	96	0	99	27	18	24	29	1.98
43110741--43111304	49	11.6	49	95	1	1001	28	27	8	35	1.85
43114190--43114244	27	2.0	27	96	0	101	30	34	20	14	1.92
43117630--43117768	42	3.2	42	79	10	156	37	23	14	25	1.92
43117630--43117768	44	3.2	42	82	8	163	37	23	14	25	1.92
43117599--43117768	86	2.0	85	81	7	202	34	24	15	25	1.95
43122216--43122263	24	2.0	24	95	0	87	33	22	8	35	1.84
43125345--43125516	43	4.0	43	71	8	125	33	26	16	23	1.95
43128381--43128422	20	2.1	20	95	0	75	42	7	23	26	1.80
43129211--43129414	106	1.9	107	90	1	329	25	23	22	28	1.99
43136902--43136935	17	2.0	17	100	0	68	41	11	11	35	1.78
43142974--43142998	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
43144107--43144263	43	3.7	42	78	3	152	26	15	24	33	1.95
43144162--43144263	42	2.4	41	81	4	114	24	16	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43149829--43149853	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
43149895--43149949	28	2.0	28	82	6	69	47	0	3	49	1.19
43149935--43149975	18	2.3	18	82	0	55	39	0	0	60	0.96
43152789--43152851	27	2.3	27	88	0	90	36	41	0	22	1.54
43162422--43162448	14	1.9	14	100	0	54	29	29	0	40	1.57
43165544--43165617	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
43173666--43173739	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
43174467--43174540	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
43173501--43175103	801	2.0	801	99	0	3143	28	12	24	33	1.92
43176560--43176607	12	3.8	12	81	10	51	39	0	10	50	1.37
43176582--43176619	12	3.2	12	85	7	51	47	0	2	50	1.15
43178332--43178365	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
43181215--43181284	18	3.8	18	79	9	79	34	1	0	64	1.03
43183587--43183625	19	2.1	18	86	13	53	66	2	0	30	1.05
43184085--43184148	33	2.0	31	82	14	76	34	0	3	62	1.11
43190758--43190808	18	2.6	20	81	15	70	25	0	19	54	1.44
43190909--43190993	43	2.0	43	92	0	143	22	9	11	56	1.63
43195499--43195523	9	2.8	9	100	0	50	80	8	0	12	0.92
43196493--43196545	26	2.0	26	100	0	106	26	18	30	24	1.98
43216765--43216820	28	2.0	28	82	10	69	41	10	5	42	1.62
43217701--43217735	18	2.0	18	94	5	63	14	40	28	17	1.88
43218132--43218174	22	1.9	23	85	4	61	46	25	9	18	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43223100--43223151	24	2.2	24	100	0	104	42	11	23	23	1.86
43227910--43228207	80	3.7	80	89	4	408	24	23	26	25	2.00
43227910--43228172	120	2.2	120	91	2	413	23	23	26	26	2.00
43227910--43228207	40	7.5	39	85	8	354	24	23	26	25	2.00
43227910--43228207	120	2.5	120	86	5	408	24	23	26	25	2.00
43235819--43235889	21	3.2	21	67	21	63	30	7	16	45	1.75
43235805--43235896	46	2.0	46	100	0	184	30	8	17	43	1.79
43235821--43235895	25	3.2	25	60	21	61	29	8	18	44	1.78
43236081--43236296	40	5.4	40	91	2	305	24	22	27	25	2.00
43236318--43236437	61	2.0	61	96	0	222	31	15	14	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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