genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17540998--17541222	40	5.6	40	82	6	276	23	27	24	24	2.00
17540962--17541222	80	3.3	79	83	5	303	24	26	23	25	2.00
17543074--17543138	32	2.1	31	88	5	96	24	3	12	60	1.47
17550069--17550147	27	2.9	27	94	0	131	17	31	27	22	1.97
17551203--17551385	91	2.0	91	98	0	357	28	26	24	19	1.99
17553266--17553367	49	2.1	49	83	3	125	32	20	25	21	1.98
17557352--17557470	50	2.3	51	87	8	163	33	15	14	36	1.88
17558681--17558706	9	2.9	9	100	0	52	80	0	7	11	0.89
17559242--17559335	21	4.5	21	75	7	66	29	38	10	21	1.87
17591527--17591704	88	2.0	88	95	0	320	34	11	16	37	1.85
17600008--17600110	51	2.0	51	98	0	197	33	3	28	33	1.76
17604032--17604157	46	2.7	46	91	0	198	21	20	27	30	1.98
17606020--17606230	40	5.3	40	82	6	268	23	20	28	27	1.99
17606020--17606230	79	2.7	80	90	1	336	23	20	28	27	1.99
17607218--17607885	334	2.0	334	100	0	1336	32	16	21	29	1.96
17607996--17608033	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
17617801--17618021	49	4.6	50	76	15	195	25	19	29	25	1.98
17617801--17618021	96	2.3	93	85	8	279	25	19	29	25	1.98
17619186--17619225	21	2.0	20	90	5	62	12	40	27	20	1.88
17621960--17622065	53	2.0	53	98	0	203	34	11	23	30	1.90
17625484--17625692	46	4.5	46	81	7	212	30	19	27	22	1.98
17625620--17625846	96	2.4	97	82	11	285	25	18	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17639841--17639958	40	3.0	40	97	0	218	28	29	19	22	1.98
17648751--17648922	84	2.0	87	95	3	314	43	6	10	39	1.66
17650247--17650331	43	2.0	43	95	0	152	28	8	30	32	1.86
17651438--17651495	30	1.9	31	82	10	75	39	8	24	27	1.84
17654433--17654554	47	2.6	47	90	0	190	35	13	23	27	1.93
17654533--17654729	55	3.6	54	83	2	234	37	17	23	22	1.94
17654533--17654740	53	3.9	54	83	1	229	36	16	23	23	1.94
17661697--17661855	45	3.5	45	81	3	176	39	18	20	22	1.92
17690403--17690569	43	3.9	42	75	6	149	31	24	14	28	1.95
17693322--17693389	24	2.8	24	84	4	84	48	10	4	36	1.57
17696120--17696201	41	2.0	41	100	0	164	34	21	12	31	1.91
17699481--17699505	10	2.5	10	100	0	50	40	40	8	12	1.72
17708672--17708715	21	2.2	20	83	4	52	31	15	20	31	1.94
17712510--17712545	14	2.6	14	90	0	63	36	5	27	30	1.80
17719726--17719771	22	2.1	22	91	0	74	71	0	2	26	0.97
17720274--17720316	9	4.8	9	88	8	61	44	0	0	55	0.99
17722047--17722106	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
17722222--17722273	27	1.9	27	84	0	68	40	0	36	23	1.55
17723435--17723518	16	5.2	16	97	0	150	27	0	36	35	1.57
17723735--17723776	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
17723744--17723785	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
17723738--17724219	120	4.0	120	95	0	752	51	4	1	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17723854--17723912	15	4.0	15	78	14	61	52	1	0	45	1.10
17723831--17723915	43	2.0	43	82	8	104	54	2	1	42	1.21
17724012--17724195	37	4.7	37	70	17	140	51	3	1	44	1.27
17723995--17724148	18	8.9	18	66	18	76	54	2	0	42	1.19
17731060--17731115	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
17734061--17734185	46	2.7	46	92	2	198	32	28	18	20	1.96
17739138--17739198	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17752433--17752493	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
17755558--17755742	40	4.7	39	79	10	182	25	22	26	25	2.00
17755558--17755742	79	2.3	80	80	9	200	25	22	26	25	2.00
17755611--17755775	79	2.1	79	81	8	185	27	20	26	26	1.99
17758750--17758873	25	5.2	25	61	18	75	33	12	29	25	1.92
17758755--17758968	47	4.6	47	95	0	374	32	12	28	25	1.93
17759134--17759244	37	3.0	37	93	0	177	23	18	30	27	1.97
17765119--17765160	21	2.0	21	85	0	57	26	16	38	19	1.92
17776384--17776523	57	2.2	66	75	24	199	26	25	17	30	1.97
17776401--17776516	57	2.0	57	100	0	232	26	25	17	31	1.97
17778542--17778786	49	4.9	49	83	3	310	29	27	17	25	1.98
17778555--17778786	100	2.3	98	86	2	320	29	27	17	25	1.97
17780598--17780658	30	2.0	30	84	6	79	31	22	9	36	1.87
17789381--17789426	22	2.1	22	87	0	65	45	10	6	36	1.65
17791050--17791108	30	2.0	30	83	6	75	32	22	3	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17797836--17797870	18	1.9	18	88	11	54	54	11	0	34	1.37
17810927--17810955	14	2.1	14	100	0	58	34	0	0	65	0.93
17812340--17812393	27	2.0	27	85	7	74	61	0	35	3	1.14
17812359--17812392	18	1.9	17	88	5	50	61	0	35	2	1.11
17812633--17812692	29	2.1	29	100	0	120	48	16	6	28	1.71
17821871--17821978	52	2.1	52	84	6	139	35	14	13	36	1.86
17826359--17826463	40	2.6	40	75	1	120	28	28	22	20	1.98
17848069--17848363	49	5.9	49	82	7	328	25	17	26	30	1.97
17848069--17848363	100	2.9	99	88	2	419	25	17	26	30	1.97
17852687--17852880	99	1.9	99	84	4	255	26	17	25	29	1.97
17852687--17852877	50	3.8	50	83	4	224	27	17	25	29	1.98
17858995--17859114	56	2.1	56	96	0	222	22	24	9	44	1.82
17866529--17866704	56	3.1	56	99	0	343	22	22	9	45	1.80
17868761--17868879	27	4.7	26	68	14	77	10	24	4	61	1.45
17868695--17868930	75	3.1	75	96	1	420	10	23	5	60	1.50
17874484--17874519	14	2.5	14	86	4	54	36	0	13	50	1.43
17877552--17877628	38	2.0	40	92	5	131	22	24	25	27	2.00
17877632--17877739	46	2.4	46	83	8	136	22	22	30	25	1.99
17879087--17879152	26	2.5	26	78	9	71	37	24	10	27	1.88
17879109--17879158	26	1.9	26	84	8	66	40	24	10	26	1.86
17879177--17879241	26	2.5	26	77	5	69	32	26	18	23	1.97
17881599--17882799	600	2.0	601	97	0	2287	33	24	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17883271--17883330	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
17900380--17900424	15	2.9	15	80	9	54	46	26	0	26	1.53
17909439--17909556	39	3.0	39	87	4	175	23	23	28	23	1.99
17913065--17913249	79	2.3	82	82	9	222	25	26	22	25	2.00
17913046--17913249	40	5.1	40	79	12	215	25	26	22	25	2.00
17918370--17918402	15	2.1	17	88	11	52	27	6	12	54	1.60
17924095--17924139	23	1.9	24	90	4	74	26	4	15	53	1.61
17934690--17934756	34	1.9	35	85	8	93	44	11	23	19	1.84
17949540--17949686	43	3.4	42	77	9	129	26	19	26	27	1.99
17949585--17949687	42	2.4	42	84	7	120	26	19	25	29	1.99
17965430--17965503	37	2.0	37	97	0	139	47	2	25	24	1.65
17965917--17965966	26	1.9	26	100	0	100	36	12	14	38	1.83
17966977--17967018	21	1.9	23	85	9	61	40	0	30	28	1.57
17969662--17969700	18	2.2	18	85	0	51	35	2	38	23	1.68
17972199--17972240	22	1.9	22	85	0	57	30	19	21	28	1.97
17972425--17972458	18	1.9	17	88	5	50	0	23	0	76	0.79
17977507--17977548	22	1.9	22	85	9	59	9	21	30	38	1.85
17977532--17977574	22	2.0	22	85	0	59	18	18	20	41	1.90
18000047--18000168	28	4.4	28	94	1	210	34	30	11	23	1.90
18005319--18005536	40	5.5	40	89	3	300	26	27	21	23	1.99
18009725--18010046	40	8.0	40	96	1	590	24	29	20	25	1.99
18009725--18010046	122	2.7	122	97	0	594	24	29	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18014838--18014960	61	2.0	61	100	0	246	19	29	19	31	1.96
18024036--18024122	44	2.0	44	90	4	140	35	11	24	28	1.90
18026691--18026738	17	2.8	17	96	0	87	14	35	37	12	1.84
18027140--18027999	57	15.1	57	100	0	1720	29	6	12	50	1.65
18033932--18033978	22	2.2	22	85	7	71	34	34	23	8	1.85
18035925--18036000	35	2.2	35	85	4	109	40	31	5	22	1.76
18039126--18039151	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
18043575--18043777	40	5.1	40	85	5	261	23	22	28	25	1.99
18050082--18050310	27	8.7	27	77	6	182	31	20	22	25	1.98
18050828--18050886	22	2.7	22	86	0	82	15	23	23	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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