genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  8  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1954423--1954458	18	1.9	19	94	5	65	50	5	0	44	1.25
1957784--1957861	10	7.4	10	70	18	52	1	25	3	69	1.13
1957787--1957861	14	5.2	14	69	12	62	1	25	4	69	1.14
1957779--1957831	27	2.0	27	81	7	63	0	26	1	71	0.96
1958057--1958092	18	1.9	19	94	5	65	47	5	2	44	1.41
1958955--1958989	17	2.1	17	88	0	52	5	14	5	74	1.19
1962167--1962226	30	2.0	30	100	0	120	30	20	6	43	1.77
1964725--1964775	18	2.8	18	90	0	84	23	7	17	50	1.72
1969008--1969062	18	3.1	18	91	0	92	23	7	20	49	1.74
1969380--1969428	17	3.0	17	80	16	59	32	0	0	67	0.91
1969388--1969430	16	2.4	19	77	18	56	34	0	0	65	0.93
1974654--1974837	92	2.0	92	100	0	368	31	16	14	38	1.88
1981074--1981164	25	3.6	25	78	8	89	21	24	18	35	1.96
1981071--1981182	25	4.5	25	78	6	88	21	24	19	34	1.96
1981821--1981853	15	2.3	15	89	5	50	39	0	24	36	1.56
1988490--1988514	13	1.9	13	100	0	50	16	12	24	48	1.79
1993327--1993378	23	2.2	23	86	6	68	46	5	1	46	1.38
2012984--2013019	18	2.0	19	89	10	58	50	16	2	30	1.60
2013059--2013343	147	1.9	147	80	7	326	41	8	11	38	1.72
2018752--2018785	15	2.2	16	89	5	52	50	2	0	47	1.16
2024451--2024483	17	2.0	17	88	5	50	42	3	0	54	1.15
2025338--2025367	14	2.1	14	93	0	51	40	23	6	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2043126--2043160	16	2.1	17	89	5	54	40	0	2	57	1.14
2043122--2043160	16	2.4	16	83	8	53	41	0	2	56	1.13
2046481--2046541	32	1.9	32	83	12	81	42	3	1	52	1.27
2052686--2052728	18	2.4	18	92	0	68	46	4	0	48	1.22
2053952--2054012	32	1.9	32	100	0	122	50	19	3	26	1.63
2053952--2054025	32	2.5	30	87	10	100	51	20	2	25	1.60
2056751--2057059	154	2.0	154	98	0	600	30	18	17	33	1.94
2057639--2057691	17	3.4	17	70	20	60	54	20	9	15	1.68
2057634--2057692	30	2.0	30	93	0	100	54	20	10	15	1.70
2063437--2063513	31	2.4	32	84	2	93	37	14	10	37	1.80
2064379--2064416	2	19.5	2	94	5	69	52	0	47	0	1.00
2079651--2079713	9	7.2	9	79	15	53	34	0	1	63	1.04
2085927--2086026	31	3.3	31	75	10	82	19	16	23	42	1.89
2085930--2086008	30	2.6	31	76	8	81	18	17	25	37	1.93
2091516--2091561	22	2.0	23	88	12	69	36	0	0	63	0.95
2095218--2095322	34	3.1	34	78	6	115	28	12	17	41	1.85
2100310--2100356	23	2.0	23	95	0	85	38	6	10	44	1.65
2104617--2104644	14	2.0	14	100	0	56	28	35	21	14	1.92
2105990--2106055	34	1.9	34	87	0	96	51	4	12	31	1.59
2108829--2108908	41	2.0	40	87	2	115	50	15	8	26	1.72
2111185--2111221	15	2.5	15	100	0	74	40	8	18	32	1.80
2121740--2121807	22	3.1	22	76	0	73	60	11	11	16	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125161--2125191	4	7.8	4	92	0	53	25	0	70	3	1.02
2128428--2128486	10	5.6	10	78	9	55	42	3	6	47	1.46
2130219--2130265	24	2.0	24	86	0	67	59	0	2	38	1.09
2130212--2130275	33	1.9	33	81	12	78	59	0	1	39	1.07
2131530--2131638	32	3.6	31	74	17	102	42	2	9	45	1.50
2131538--2131667	59	2.2	60	87	1	181	43	3	10	43	1.53
2131559--2131683	59	2.1	59	83	2	153	43	3	9	44	1.53
2138568--2138612	23	2.0	23	86	0	63	35	0	0	64	0.94
2138599--2138659	26	2.2	29	80	11	67	31	0	3	65	1.09
2138572--2138659	28	3.1	28	76	12	81	31	0	2	65	1.05
2138906--2138932	6	4.5	6	100	0	54	51	14	0	33	1.43
2141526--2141559	17	1.9	18	88	5	52	44	2	0	52	1.16
2148691--2148723	14	2.4	14	90	5	50	42	0	0	57	0.98
2171113--2171381	92	2.9	95	77	8	257	33	18	18	29	1.95
2171319--2171561	44	5.5	44	82	1	193	31	20	22	25	1.98
2171936--2171977	22	1.9	22	90	9	68	45	35	4	14	1.66
2173275--2173302	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2180900--2181013	28	4.0	30	76	10	114	27	29	14	28	1.95
2180906--2181013	57	1.9	57	84	7	148	25	30	14	28	1.95
2181086--2181131	19	2.5	19	85	3	58	21	36	13	28	1.91
2181229--2181275	8	5.9	8	80	9	51	6	21	23	48	1.72
2187142--2187212	27	2.8	25	75	8	70	29	22	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2190499--2190728	71	3.2	71	98	0	433	33	16	30	20	1.94
2191523--2191605	38	2.1	38	84	4	103	19	14	38	27	1.90
2203603--2203662	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
2205712--2205750	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
2208495--2208739	49	4.9	49	80	4	285	28	27	17	25	1.98
2208508--2208733	100	2.3	98	85	2	281	29	27	17	25	1.97
2209387--2209446	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
2211341--2211455	43	2.7	42	80	1	131	29	27	20	22	1.98
2212355--2212405	26	2.0	26	84	0	66	37	11	5	45	1.65
2214083--2214160	27	2.9	27	84	3	86	42	23	7	26	1.81
2214111--2214203	27	3.4	27	76	5	98	43	22	6	27	1.78
2214226--2214528	27	11.2	27	82	3	360	36	17	18	27	1.93
2214226--2214528	54	5.6	54	89	3	432	36	17	18	27	1.93
2215099--2215199	27	3.8	26	85	6	121	19	20	20	38	1.93
2215317--2215401	6	13.8	6	76	14	66	23	20	10	45	1.81
2215320--2215384	25	2.6	25	90	0	103	24	21	10	43	1.84
2215317--2215391	25	2.7	29	78	20	95	25	20	10	44	1.83
2217961--2218019	26	2.3	27	80	11	70	45	13	13	27	1.81
2221708--2221814	42	2.5	42	83	1	142	30	27	18	23	1.98
2223480--2223650	48	3.6	46	81	7	200	25	26	19	28	1.99
2223480--2223666	96	1.9	96	90	0	293	26	27	19	27	1.99
2229366--2229548	48	3.8	48	81	2	208	23	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2230593--2230691	44	2.3	43	83	11	107	24	16	28	31	1.96
2243144--2243192	24	2.0	24	88	4	71	67	0	0	32	0.91
2243146--2243189	15	2.9	15	83	6	54	70	0	0	29	0.88
2245413--2245455	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
2245413--2245455	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
2246573--2246620	26	1.9	24	87	8	69	50	0	8	41	1.33
2251307--2251347	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2254348--2254499	76	2.0	76	98	0	295	38	13	9	38	1.77
2256224--2256309	32	2.7	31	82	7	91	25	6	5	61	1.44
2256809--2256850	15	2.9	14	86	13	59	30	0	0	69	0.89
2256877--2256919	3	14.0	3	90	4	68	32	2	0	65	1.06
2261219--2261254	16	2.2	16	100	0	72	22	19	38	19	1.93
2261971--2262260	120	2.4	120	91	3	485	42	3	4	50	1.37
2262101--2262156	15	4.1	14	78	14	55	41	0	0	58	0.98
2262032--2262218	61	3.1	61	67	20	183	40	3	6	49	1.44
2262212--2262246	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2262200--2262474	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
2262359--2262393	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2262555--2262649	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
2262630--2262681	16	3.2	16	91	0	77	36	34	0	28	1.58
2263420--2263555	4	33.8	4	66	12	64	25	10	0	63	1.30
2263430--2263532	53	1.9	53	86	7	147	25	12	0	61	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263686--2263717	15	2.1	15	94	0	55	15	9	0	75	1.05
2263916--2263979	29	2.1	30	83	11	78	40	3	3	53	1.33
2272437--2272489	24	2.2	24	82	0	61	33	5	11	49	1.62
2276571--2276626	28	2.0	28	83	13	71	23	17	3	55	1.58
2285740--2285774	12	2.9	12	91	0	52	2	17	5	74	1.14
2285886--2285931	16	2.7	17	83	10	58	0	19	8	71	1.11
2285886--2285924	18	2.1	18	85	4	51	0	20	7	71	1.10
2286852--2286886	12	2.9	12	91	0	52	2	17	5	74	1.14
2286998--2287036	18	2.1	18	85	4	51	0	20	7	71	1.10
2287963--2287997	12	2.9	12	91	0	52	2	17	5	74	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322