genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  67  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21434109--21434143	18	1.9	18	100	0	70	31	28	0	40	1.57
21437625--21437995	124	3.0	126	86	3	507	29	14	16	40	1.87
21438050--21438217	30	5.8	29	73	18	136	39	20	1	39	1.60
21438051--21438131	28	2.8	29	88	3	119	41	17	1	39	1.57
21438144--21438196	22	2.4	22	87	0	70	35	22	1	39	1.65
21439093--21439149	27	2.1	28	83	9	73	68	0	0	31	0.90
21439100--21439151	18	2.8	18	75	11	52	65	0	0	34	0.93
21442890--21442936	9	5.2	9	84	7	60	34	0	0	65	0.93
21442891--21442930	9	4.6	9	90	6	64	35	0	0	65	0.93
21442891--21442930	8	4.6	8	90	9	53	35	0	0	65	0.93
21450165--21450272	27	4.0	27	88	5	148	37	22	24	15	1.93
21451497--21451551	28	2.0	28	82	7	67	56	3	30	9	1.48
21451700--21451752	24	2.2	24	89	0	79	20	43	3	32	1.70
21452070--21452127	28	2.1	27	81	9	64	55	12	6	25	1.61
21452826--21453062	81	2.9	79	85	5	312	24	21	17	36	1.94
21452826--21453062	27	8.8	27	82	5	273	24	21	17	36	1.94
21452826--21453062	54	4.4	54	84	4	307	24	21	17	36	1.94
21452826--21453101	81	3.4	81	81	7	310	26	19	17	37	1.93
21453071--21453291	27	8.3	26	75	9	131	32	11	17	38	1.85
21453070--21453321	54	4.7	53	78	4	256	31	11	18	38	1.86
21453069--21453322	80	3.2	81	82	3	325	32	11	18	38	1.86
21453283--21453343	27	2.3	27	88	0	86	26	9	24	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21453283--21453350	27	2.5	27	82	0	73	27	10	25	36	1.88
21453065--21453359	80	3.7	78	72	12	238	31	10	19	38	1.86
21466014--21466157	42	3.3	43	82	6	159	27	18	21	33	1.96
21469286--21469415	39	3.2	40	83	3	111	23	21	26	27	1.99
21469329--21469415	39	2.2	39	95	0	156	21	22	27	27	1.99
21476140--21476201	16	3.9	16	86	0	88	35	4	32	27	1.78
21476431--21476554	28	4.5	26	75	16	97	49	3	1	45	1.27
21483334--21483512	27	6.6	27	88	0	241	40	21	8	29	1.83
21483334--21483574	81	3.0	81	82	3	218	38	21	9	30	1.86
21483334--21483566	27	8.7	26	80	4	178	39	21	9	29	1.86
21483464--21483620	81	1.9	81	81	2	190	36	20	10	32	1.87
21483605--21484047	27	16.3	27	85	5	525	33	19	21	25	1.97
21484188--21484218	16	1.9	16	93	0	53	29	22	19	29	1.98
21484474--21484538	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
21484885--21485030	6	23.3	6	66	20	68	19	15	15	49	1.80
21484914--21485013	25	3.7	25	72	16	65	20	16	15	49	1.80
21484885--21484988	32	3.3	32	91	2	174	20	15	15	49	1.80
21487357--21487408	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
21488063--21488131	27	2.6	27	88	0	102	26	20	20	33	1.97
21488114--21488213	27	3.7	26	87	2	101	27	6	23	44	1.76
21488116--21488221	54	2.0	54	84	3	142	26	7	22	43	1.80
21488143--21488221	27	2.9	27	92	0	131	24	7	24	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21495910--21495993	27	3.1	27	89	6	118	32	16	17	33	1.93
21499578--21499629	27	1.9	27	88	0	77	36	17	15	30	1.91
21501858--21502178	158	2.0	159	95	0	572	49	13	11	25	1.75
21504077--21504576	27	18.7	27	75	8	389	37	20	10	31	1.87
21504125--21504547	214	2.0	214	82	5	516	38	19	9	32	1.85
21504531--21504970	27	16.3	27	79	8	414	38	18	19	24	1.93
21504540--21504970	81	5.3	81	90	0	623	37	18	19	23	1.94
21504533--21504970	54	8.1	54	84	1	520	37	18	19	24	1.93
21505116--21505180	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
21505331--21505415	27	3.3	26	85	4	82	17	23	20	38	1.93
21505339--21505418	26	3.0	26	89	3	115	16	23	22	37	1.93
21505346--21505418	27	2.8	26	89	4	110	17	24	20	36	1.94
21505536--21505614	6	12.8	6	73	15	63	18	20	11	49	1.78
21505539--21505602	25	2.6	25	90	5	94	18	21	12	46	1.82
21516884--21516948	28	2.3	28	91	0	103	35	27	6	30	1.81
21517054--21517116	28	2.2	29	86	8	85	23	22	22	31	1.98
21517064--21517127	28	2.2	28	83	2	74	26	25	17	31	1.97
21518671--21519916	623	2.0	623	97	0	2366	25	17	34	22	1.96
21520560--21520783	112	2.0	112	96	0	412	25	12	36	25	1.92
21525471--21525535	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
21525641--21525730	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
21525641--21525755	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21536710--21536754	16	2.8	16	80	6	56	6	13	26	53	1.64
21542137--21542170	12	2.8	12	90	0	59	38	17	8	35	1.81
21561851--21562173	166	1.9	166	100	0	646	35	6	25	32	1.82
21562145--21562363	49	4.6	47	89	4	305	34	7	29	28	1.84
21579526--21579562	17	2.3	17	90	9	60	5	24	0	70	1.08
21579524--21579562	15	2.3	19	75	25	50	5	23	0	71	1.05
21581716--21581762	22	2.1	22	88	7	69	34	17	17	31	1.92
21581685--21581826	73	1.9	73	91	0	230	27	17	18	36	1.93
21582490--21582674	6	30.5	6	76	16	159	48	13	17	20	1.81
21582469--21582674	30	7.0	30	81	12	214	48	13	17	20	1.81
21582490--21582674	85	2.2	85	96	0	334	48	13	17	20	1.81
21582794--21582853	27	2.3	26	85	5	84	36	25	23	15	1.93
21583052--21583247	27	7.3	27	86	2	232	26	19	18	35	1.95
21583052--21583247	54	3.6	54	86	2	259	26	19	18	35	1.95
21583252--21583525	27	10.2	27	86	5	349	39	8	23	28	1.83
21583252--21583556	27	11.3	27	84	6	278	38	7	24	29	1.84
21583252--21583556	81	3.8	81	82	6	350	38	7	24	29	1.84
21583257--21583522	54	4.9	54	88	2	392	39	7	24	28	1.82
21588393--21588483	27	3.4	27	79	7	89	29	18	9	41	1.83
21588515--21588628	27	4.2	27	80	4	131	42	21	6	30	1.77
21588535--21588695	54	2.9	54	78	4	153	42	17	7	32	1.77
21588568--21588635	27	2.5	28	79	13	79	48	19	4	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21588615--21588697	28	3.0	27	75	19	89	43	14	8	33	1.76
21588754--21588823	26	2.7	26	80	8	81	37	18	24	20	1.94
21589628--21589697	25	2.8	25	88	0	95	28	22	21	27	1.99
21589653--21589724	25	2.9	24	83	4	72	31	20	19	27	1.97
21589917--21589999	31	2.7	31	94	3	143	30	15	26	27	1.96
21595630--21595671	22	1.9	22	85	9	59	30	2	16	50	1.58
21600798--21600927	47	2.8	47	83	6	156	23	16	26	33	1.95
21602855--21602926	26	2.8	27	87	8	105	30	22	22	25	1.99
21602982--21603027	9	4.7	10	82	10	51	36	19	8	34	1.83
21609880--21610057	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21609881--21610036	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21609877--21610057	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21611960--21612020	26	2.3	27	80	11	81	36	26	8	29	1.85
21612124--21612210	27	3.3	26	77	9	77	21	22	19	35	1.96
21626598--21626865	40	6.7	40	91	0	437	30	20	27	22	1.98
21643432--21643546	27	4.3	26	86	7	142	17	23	20	38	1.93
21651472--21651839	47	7.7	47	88	6	503	33	7	28	30	1.84
21651472--21651836	192	1.9	188	91	4	599	33	7	28	30	1.84
21651958--21652036	37	2.1	37	85	0	113	24	17	31	26	1.97
21657567--21657601	8	4.4	8	85	0	52	45	20	22	11	1.82
21657822--21657924	28	3.7	28	82	3	127	24	15	33	26	1.95
21657822--21657940	56	2.1	57	84	4	152	27	15	33	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21657947--21657998	27	1.9	27	92	0	86	21	1	32	44	1.63
21664755--21664851	28	3.5	28	85	0	131	22	15	35	26	1.94
21664772--21664868	28	3.4	28	86	1	95	27	14	34	23	1.94
21676687--21676784	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
21686003--21686028	12	2.2	12	100	0	52	19	7	42	30	1.79
21693067--21693238	93	1.8	93	91	0	281	27	29	22	20	1.99
21693060--21693235	46	3.8	46	77	12	180	28	28	22	20	1.98
21693111--21693254	46	3.1	44	74	15	123	29	28	20	21	1.98
21696893--21697140	27	9.2	27	88	0	352	33	19	22	24	1.97
21697283--21697377	27	3.5	27	77	0	100	21	20	21	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322