Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  102  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33150913--33150945
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12
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0
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24
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1.76
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1.8
135
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0
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3
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1.12
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2.9
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10
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1.77
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15
1.9
15
100
0
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3
0
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1.12
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16
2.0
16
100
0
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18
37
1.76
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2.1
16
100
0
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51
12
0
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1.39
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170
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22
1.96
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1.96
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3.3
92
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0
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29
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1.98
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13
177
27
19
28
24
1.98
33168714--33169114
46
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10
179
27
19
28
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1.98
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24
2.1
24
100
0
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2.6
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100
0
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0
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2
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9.1
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2.2
20
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0
59
25
9
0
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2.0
25
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42
22
8
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1.81
33196837--33197047
46
4.5
46
78
9
189
27
17
29
26
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33196975--33197139
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3.5
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9
171
29
16
27
25
1.97
33197014--33197192
48
3.7
49
80
10
163
28
19
27
24
1.99
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19
2.1
19
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0
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12
17
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2.5
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2
139
33
17
24
24
1.96
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49
2.7
49
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2
156
29
20
25
23
1.99
33217571--33217619
21
2.3
21
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42
1.40
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20
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1.33
33226567--33226614
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28
2.3
28
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6
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2.0
21
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4.6
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33231344--33231610
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14
269
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17
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21
2.7
21
82
0
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28
30
28
12
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33239200--33239324
47
2.7
45
84
11
155
23
30
18
28
1.97
33239052--33239324
94
2.9
95
77
7
284
26
30
17
26
1.97
33240352--33240405
26
2.1
26
100
0
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3
31
1.72
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47
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1
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29
29
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2.0
23
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0
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30
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24
16
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1.97
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151
2.6
151
93
0
651
31
24
17
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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16
27
1.97
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30
2.1
30
96
0
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53
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30
1.58
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25
2.0
25
100
0
100
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20
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1.89
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18
28
25
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51
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2.4
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50
2
1
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20
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2.0
24
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18
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39
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33333127--33333192
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1.9
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0
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1.25
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29
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0
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0
0
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2.2
17
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0
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32
5
5
56
1.45
33352469--33352514
22
2.1
22
100
0
92
19
13
4
63
1.46
33356632--33356713
38
2.2
37
87
8
121
46
8
20
24
1.78
33363609--33363642
15
2.3
15
95
5
61
47
20
17
14
1.83
33367120--33367230
50
2.3
50
85
6
147
27
26
24
21
1.99
33377593--33377675
40
2.1
40
100
0
166
34
16
9
38
1.82
33378864--33378892
14
2.1
14
93
6
51
48
31
0
20
1.50
33381400--33381451
25
2.1
25
100
0
104
28
11
11
48
1.74
33382997--33383045
19
2.6
18
83
6
53
28
4
4
63
1.31
33383299--33383452
34
4.5
34
88
0
200
31
16
18
33
1.93
33383294--33383452
68
2.3
68
88
2
221
31
16
18
33
1.93
33385328--33385408
15
5.4
15
68
11
58
9
34
29
25
1.88
33385323--33385415
30
3.1
30
95
0
159
11
34
29
24
1.91
33387361--33387399
18
2.2
18
100
0
78
64
0
5
30
1.15
33395838--33395905
29
2.3
29
82
5
84
27
29
13
29
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33395727--33396054
174
1.9
174
96
0
602
31
24
14
30
1.94
33396007--33396085
29
2.7
30
82
13
110
30
30
13
25
1.94
33417203--33417245
23
1.9
22
90
4
68
58
9
9
23
1.58
33427452--33427559
26
4.2
26
91
0
180
33
7
23
36
1.83
33429180--33429320
27
5.2
26
85
10
185
17
24
24
34
1.96
33429177--33429320
54
2.7
53
93
2
234
16
25
24
34
1.96
33429180--33429338
27
5.9
27
82
11
184
18
25
22
33
1.96
33435275--33435330
26
2.2
26
96
0
103
32
7
25
35
1.83
33436904--33437043
27
5.2
27
77
12
146
19
24
21
35
1.96
33436901--33437043
54
2.7
54
90
3
218
18
24
21
34
1.96
33439931--33439971
21
2.0
20
95
4
73
48
24
0
26
1.51
33441413--33441445
17
2.0
17
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5
50
45
3
0
51
1.16
33441454--33441508
19
2.8
20
76
13
62
29
3
1
65
1.20
33449603--33449725
28
4.4
28
90
2
176
33
28
12
26
1.92
33452652--33452685
6
5.5
6
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6
50
17
2
0
79
0.86
33452652--33452691
19
2.2
18
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15
5
0
80
0.88
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3.2
47
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1
239
28
30
9
32
1.88
33456799--33456824
5
5.2
5
100
0
52
80
0
0
19
0.71
33457160--33457215
29
1.9
29
88
0
85
32
26
12
28
1.93
33463764--33463800
17
2.1
18
95
5
67
29
0
0
70
0.88
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32
2.1
32
97
0
125
23
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8
58
1.57
33472403--33472454
18
2.8
19
79
5
61
42
9
13
34
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33473208--33473233
12
2.2
12
100
0
52
61
0
7
30
1.24
33478642--33478688
18
2.8
16
81
12
58
55
2
0
42
1.12
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16
1.9
16
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0
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54
0
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1.33
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2.0
26
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79
50
0
0
50
1.00
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57
0
0
42
0.99
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156
51
5
0
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1.23
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2.0
21
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2
0
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27
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40
88
3
325
26
27
20
24
1.99
33501241--33501318
40
1.9
41
82
10
97
26
28
20
24
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322