Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  54  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16960737--16960795
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0
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2.0
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2.2
20
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50
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2.0
120
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2.0
30
83
0
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31
22
8
37
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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8
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12
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17022467--17022591
24
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24
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16
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2.9
33
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1.9
28
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27
23
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1.99
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26
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22
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1.99
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1.80
17026020--17026189
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10
20
39
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54
2.3
54
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182
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4
22
31
1.74
17026246--17026370
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2.5
24
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2
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3
37
19
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.94
17048579--17048689
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16
25
21
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1.94
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0
0
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22
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1.92
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84
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327
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22
11
42
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17082432--17084185
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1.9
936
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31
1.93
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18
29
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17
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21
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83
10
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53
7
0
38
1.30
17104200--17104248
16
3.1
15
80
8
53
51
2
0
46
1.12
17104563--17104599
17
2.2
17
90
0
56
56
2
2
37
1.28
17105724--17105847
34
3.6
34
87
2
176
29
15
25
30
1.96
17105724--17105877
34
4.4
34
84
3
137
29
15
23
31
1.95
17106158--17106316
35
4.6
34
84
1
174
31
15
22
30
1.95
17106169--17106297
35
3.7
35
86
1
179
29
16
24
30
1.96
17107715--17107825
55
2.0
55
94
0
195
40
2
13
43
1.58
17108088--17108117
8
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50
0
0
50
1.00
17114268--17114333
32
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0
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17
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0
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44
5
11
38
1.63
17120832--17120898
8
8.1
8
71
12
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10
7
1
80
0.96
17120821--17120885
26
2.6
25
87
4
94
7
10
1
80
0.98
17120918--17120978
24
2.5
24
79
7
61
9
6
4
78
1.07
17121176--17121200
13
1.9
13
100
0
50
72
0
4
24
1.02
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17121205--17121260
19
2.8
20
71
13
62
75
1
7
16
1.11
17121304--17121343
20
2.0
21
85
14
57
70
0
7
22
1.12
17121554--17121607
18
3.0
18
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0
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70
1
0
27
0.98
17121569--17121608
13
3.0
13
88
3
53
77
2
0
20
0.88
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37
2.1
38
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14
97
75
2
2
19
1.05
17121740--17121786
20
2.4
19
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13
60
68
0
6
25
1.13
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14
100
0
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55
0
0
44
0.99
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2.6
23
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68
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3
0
36
1.14
17121943--17122009
23
3.0
22
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58
4
0
37
1.19
17122032--17122088
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17
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80
3
7
8
1.00
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16
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18
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1
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0.97
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22
2.6
24
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10
72
80
1
8
9
0.98
17122107--17122172
8
8.5
8
72
3
55
80
1
7
10
0.97
17122107--17122177
23
3.1
21
78
15
70
80
1
8
9
0.97
17122490--17122582
44
2.2
44
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3
163
43
7
0
49
1.31
17125771--17125816
22
2.0
24
87
8
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65
4
4
26
1.30
17129129--17129205
37
2.1
37
100
0
154
16
22
14
46
1.83
17129278--17129309
13
2.5
13
94
0
55
43
0
6
50
1.27
17130110--17130150
6
6.8
6
82
0
55
31
0
53
14
1.41
17130110--17130150
18
2.3
18
95
0
73
31
0
53
14
1.41
17131101--17131145
18
2.4
19
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14
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48
2
0
48
1.13
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9
3.8
9
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0
59
0
17
0
82
0.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17146074--17146119
10
4.4
11
86
8
69
13
6
2
78
1.04
17146074--17146119
21
2.2
21
96
0
83
13
6
2
78
1.04
17147320--17147386
31
2.1
32
81
13
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31
28
11
28
1.92
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100
0
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1.90
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2.0
53
100
0
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0
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5
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17159297--17159359
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1.05
17159427--17159508
30
2.7
31
84
5
105
64
0
23
12
1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322