genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102609560--102609728	24	7.0	24	89	3	250	30	21	19	28	1.97
102609560--102609728	49	3.5	48	89	4	250	30	21	19	28	1.97
102609580--102609728	73	2.0	73	93	0	253	30	20	18	30	1.96
102609778--102609844	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
102609778--102609833	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
102613694--102613784	39	2.4	39	78	10	89	45	10	2	41	1.52
102615572--102615606	16	2.2	16	89	0	52	14	20	17	48	1.81
102620218--102620505	27	10.4	27	77	12	235	38	20	9	31	1.85
102620217--102620502	53	5.2	52	76	14	261	38	20	9	31	1.85
102620318--102620499	91	2.0	92	86	5	253	38	18	9	33	1.84
102621811--102621861	10	5.0	10	83	4	57	43	15	25	15	1.86
102621812--102621861	21	2.4	21	84	12	68	44	16	24	16	1.86
102622122--102622246	27	4.6	27	86	0	178	38	22	8	30	1.84
102622122--102622272	27	5.6	27	84	1	160	37	21	10	29	1.87
102622225--102622289	27	2.4	27	89	0	94	36	18	18	26	1.94
102629916--102629995	29	2.8	28	84	3	106	26	32	16	25	1.96
102630215--102630257	16	2.7	16	92	0	68	13	18	13	53	1.73
102632185--102632367	40	4.6	40	86	2	235	25	21	25	27	1.99
102636641--102636944	47	6.4	47	91	1	437	34	8	29	27	1.86
102641336--102641374	13	2.9	13	84	3	51	28	2	10	58	1.44
102642763--102642986	40	5.6	40	88	3	299	23	21	27	27	1.99
102642762--102642986	81	2.8	80	89	2	319	23	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102648519--102648630	56	2.0	56	98	0	215	33	12	20	33	1.90
102649222--102649441	48	4.6	48	94	0	377	35	6	28	29	1.82
102649256--102649330	22	3.2	22	67	26	64	32	8	33	26	1.85
102652293--102652584	47	6.2	47	91	0	449	34	12	27	26	1.92
102652506--102652581	22	3.3	22	66	28	59	35	13	27	23	1.92
102652332--102652618	141	2.0	141	88	0	421	35	11	26	25	1.91
102652598--102652688	46	2.0	46	84	4	121	36	7	29	26	1.84
102654890--102654982	46	2.0	46	95	0	168	31	6	25	36	1.81
102655095--102655246	40	3.8	40	92	0	241	20	22	31	25	1.98
102655410--102655460	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
102657221--102658160	48	19.6	48	97	0	1781	35	6	26	30	1.82
102663197--102663324	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
102663196--102663324	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
102674384--102674557	49	3.5	49	83	1	240	28	27	17	25	1.98
102674384--102674565	99	1.8	99	92	0	310	28	28	18	25	1.98
102678156--102678331	46	3.8	46	75	11	171	28	27	19	23	1.98
102683279--102683461	40	4.6	40	89	1	269	21	24	28	25	1.99
102683279--102683496	80	2.7	79	83	6	253	22	23	27	25	2.00
102686536--102686584	24	2.0	24	100	0	98	16	4	34	44	1.66
102687117--102687270	47	3.3	46	80	4	139	30	10	10	48	1.71
102687272--102687320	25	2.0	25	95	0	89	34	18	12	34	1.88
102687327--102687369	20	2.3	18	85	14	61	27	11	11	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102689927--102689970	23	1.9	23	90	0	70	56	20	4	18	1.58
102690699--102690860	43	3.8	42	80	8	168	33	25	17	22	1.96
102690699--102690860	86	1.9	85	83	11	215	33	25	17	22	1.96
102695039--102695096	20	2.9	20	73	0	62	34	34	12	18	1.88
102714897--102714997	42	2.4	44	81	6	127	34	24	15	24	1.95
102717641--102717700	6	9.7	6	74	13	50	81	1	15	1	0.85
102717646--102717704	14	4.5	13	77	14	68	81	1	15	1	0.86
102717655--102717704	8	6.5	8	73	17	52	82	0	16	2	0.77
102717642--102717698	30	1.9	30	85	7	80	80	1	15	1	0.87
102717646--102717704	23	2.6	23	73	13	59	81	1	15	1	0.86
102718987--102719584	299	2.0	299	99	0	1178	33	20	20	25	1.97
102721123--102721221	27	3.9	26	68	18	75	31	7	10	51	1.62
102721102--102721227	20	5.6	20	69	23	72	30	6	10	53	1.60
102721102--102721231	47	2.8	47	91	0	206	30	6	10	53	1.58
102723121--102723202	28	2.9	29	83	5	89	26	13	30	29	1.94
102724304--102724336	17	1.9	17	93	0	57	42	15	12	30	1.83
102728707--102728737	7	4.4	7	100	0	62	16	54	0	29	1.42
102729537--102729576	20	2.0	22	85	14	59	32	5	15	47	1.66
102730966--102731016	26	2.0	25	96	3	93	39	19	3	37	1.70
102735837--102735901	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
102736007--102736107	28	3.6	27	82	12	116	21	25	21	30	1.98
102736007--102736121	55	2.1	56	82	11	139	20	24	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102736671--102736857	93	2.0	93	97	0	356	39	18	12	29	1.88
102738183--102738269	38	2.3	38	95	0	165	26	16	26	31	1.96
102739745--102739947	40	5.1	41	81	8	215	27	27	20	24	1.99
102739765--102739945	79	2.3	80	82	7	217	26	28	20	24	1.99
102742136--102742360	40	5.6	40	83	5	267	24	24	28	23	2.00
102742136--102742396	80	3.3	80	83	3	312	24	23	27	24	2.00
102742136--102742360	120	1.9	121	86	6	323	24	24	28	23	2.00
102745476--102745509	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
102751811--102751873	28	2.2	28	88	0	90	33	23	9	33	1.87
102751980--102752069	28	3.2	27	82	7	110	20	25	22	32	1.98
102751990--102752066	27	2.7	27	86	6	100	22	27	18	32	1.97
102753634--102753677	10	4.1	10	78	16	52	54	31	2	11	1.48
102758015--102758101	27	3.2	27	88	0	120	28	14	18	37	1.91
102758055--102758438	27	14.3	27	78	7	275	29	9	21	38	1.85
102758055--102758449	81	4.9	80	80	5	375	29	9	21	38	1.85
102758765--102758828	28	2.3	28	88	0	92	26	35	17	20	1.94
102760551--102760584	18	1.9	18	88	5	52	32	17	11	38	1.86
102761649--102761737	27	3.3	27	80	0	97	30	14	15	39	1.88
102761716--102762082	27	13.7	27	80	6	352	31	8	21	38	1.83
102761728--102762069	80	4.2	80	82	4	291	30	8	22	38	1.84
102765323--102765383	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
102773024--102773395	27	13.8	26	81	3	260	31	9	19	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102773037--102773483	80	5.6	81	82	3	413	31	9	20	39	1.84
102773076--102773484	27	15.3	27	80	5	256	32	9	19	38	1.84
102773066--102773468	54	7.5	54	79	6	383	31	8	21	38	1.84
102773811--102773915	28	3.8	28	86	7	151	27	32	14	25	1.94
102777244--102777345	43	2.4	44	82	9	122	33	20	16	29	1.95
102777244--102777368	42	2.9	42	79	5	117	32	20	17	29	1.95
102786670--102786812	29	5.1	30	75	13	117	27	31	13	27	1.94
102794113--102794232	56	2.1	56	96	0	222	44	9	24	22	1.82
102795363--102795544	40	4.6	39	79	8	172	26	21	26	24	2.00
102795413--102795567	79	2.0	79	83	10	201	27	21	25	25	1.99
102799236--102799410	46	3.8	46	77	13	187	22	20	27	29	1.99
102799231--102799402	93	1.8	93	91	0	281	22	20	27	28	1.99
102802882--102803140	47	5.6	47	72	9	233	26	18	25	29	1.98
102802842--102803186	93	3.7	93	93	0	546	25	18	25	29	1.98
102802842--102803193	46	7.6	45	72	9	226	25	18	25	29	1.98
102809372--102809405	16	2.1	16	100	0	68	38	20	17	23	1.93
102814055--102814275	27	8.2	27	81	4	239	33	19	22	24	1.97
102823544--102823681	40	3.5	40	84	4	147	23	23	28	24	2.00
102825188--102825259	27	2.7	27	84	4	83	19	23	23	33	1.97
102825469--102825589	33	3.7	33	88	2	172	28	19	26	25	1.99
102829037--102829203	27	6.2	27	89	1	210	31	19	23	25	1.98
102829639--102829712	33	2.2	33	90	0	112	28	22	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102831021--102831154	56	2.4	56	96	0	241	30	14	20	34	1.92
102831021--102831185	56	2.9	56	89	1	188	28	13	23	34	1.93
102835076--102835253	40	4.5	40	85	6	211	25	27	23	23	2.00
102841941--102842017	24	3.2	24	85	9	104	36	3	38	20	1.71
102846708--102846795	27	3.1	27	61	20	63	34	18	21	25	1.95
102846708--102846822	57	2.0	56	96	1	212	32	18	23	25	1.97
102849765--102850634	24	36.2	24	99	0	1713	37	4	37	20	1.73
102852081--102852191	27	4.1	27	80	7	120	18	23	22	35	1.96
102852084--102852189	54	2.0	53	86	1	149	19	23	20	35	1.96
102852204--102852314	56	2.0	56	92	0	186	16	17	34	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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