Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  4  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
841693--841730
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17
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0
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5
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1.29
844117--844307
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19.6
10
68
16
64
63
2
5
28
1.29
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2.1
85
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2.4
248
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21
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856735--857017
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4.5
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233
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123
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316
32
11
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856914--857051
66
2.1
67
80
5
163
36
10
21
31
1.88
859692--859737
8
5.9
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10
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0
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17
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0
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24
2.0
24
100
0
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33
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1.75
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19
27
19
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0
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14
24
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2.0
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2
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18
2.2
19
87
12
59
68
4
0
26
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
24
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12
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6
2
28
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899604--899649
23
2.0
23
84
12
60
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19
30
1.93
915946--916003
30
1.9
30
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100
20
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917151--917188
20
2.0
20
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60
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7
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11
1
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923904--923958
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2.1
26
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2.0
832
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17
19
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10
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5
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933994--934053
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2.4
26
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1
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1.30
934068--934109
22
1.9
22
90
0
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28
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7
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1.35
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25
2.1
26
86
10
74
32
3
7
56
1.45
934197--934252
25
2.3
24
79
14
62
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3
42
1.65
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2.0
99
96
0
369
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20
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3.3
12
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3
53
84
0
15
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19
1.9
19
94
0
65
83
0
16
0
0.64
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3.5
13
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58
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10
4
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2.8
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5
264
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17
18
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2.4
14
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0
57
18
12
6
63
1.48
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2.8
90
78
10
279
30
16
17
35
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.9
103
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15
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2.4
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227
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13
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1.89
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30
2.3
30
92
0
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5
17
1.68
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26
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7
72
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11
3
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50
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0
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0
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12
7
58
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1.59
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2.1
20
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12
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2.0
48
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0
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21
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18
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2.4
16
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51
34
10
0
55
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
991629--991662
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0
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14
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69
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0
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0
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10
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19
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5
2
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1.39
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0
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0
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0
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1.00
1025855--1025938
41
2.0
41
97
0
159
33
13
17
35
1.89
1026319--1026405
33
2.7
32
74
12
86
47
16
10
26
1.78
1026399--1026436
20
1.9
20
88
0
58
52
13
5
28
1.61
1026385--1026451
34
1.9
35
93
3
118
49
13
5
31
1.66
1026420--1026459
14
2.9
14
88
0
62
45
17
5
32
1.70
1029266--1029297
5
6.4
5
96
0
55
81
3
0
15
0.82
1032800--1032932
42
3.2
42
84
6
146
18
21
16
43
1.88
1037635--1037672
16
2.4
16
90
0
58
44
2
0
52
1.14
1044747--1044802
21
2.7
21
86
5
78
28
10
32
28
1.90
1047255--1047291
9
4.1
9
92
0
65
29
10
13
45
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1052282--1052910
109
5.8
108
93
1
937
32
20
17
29
1.95
1055437--1055464
9
3.1
9
100
0
56
46
10
10
32
1.73
1056071--1056105
15
2.3
15
85
0
52
77
0
17
5
0.96
1059962--1059993
2
16.0
2
100
0
64
0
50
0
50
1.00
1061531--1061607
14
5.0
15
70
20
52
42
14
9
33
1.77
1061547--1061586
20
2.0
20
85
0
53
47
10
12
30
1.74
1061574--1061609
14
2.6
14
90
0
54
38
19
5
36
1.75
1062134--1062335
104
1.9
104
100
0
404
32
8
5
53
1.55
1068298--1068322
7
3.6
7
100
0
50
28
0
12
60
1.32
1068343--1068379
16
2.4
16
95
4
67
45
0
13
40
1.43
1068621--1068663
18
2.5
17
85
10
61
37
0
0
62
0.95
1072565--1072622
30
1.9
31
85
3
82
25
18
5
50
1.68
1074097--1074211
25
4.6
25
79
3
90
22
21
21
33
1.97
1074551--1074685
69
2.0
68
98
1
261
28
22
20
27
1.99
1088912--1088947
3
12.0
3
100
0
72
33
0
0
66
0.92
1093920--1094098
64
2.8
64
87
1
225
21
20
21
36
1.95
1094082--1094133
25
2.1
24
85
3
68
15
23
25
36
1.93
1096544--1096595
11
5.1
10
83
6
61
28
0
1
69
0.99
1096571--1096607
17
2.2
17
95
0
65
24
0
2
72
0.97
1101507--1101547
11
3.6
11
86
3
55
21
31
2
43
1.66
1105835--1105884
5
10.2
5
81
12
59
36
0
2
62
1.07
1110948--1111041
47
2.0
47
97
0
179
38
20
22
19
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1116223--1116259
3
12.3
3
100
0
74
67
0
32
0
0.91
1117283--1117340
29
2.0
30
89
3
91
31
6
15
46
1.72
1119408--1119438
16
1.9
16
93
0
53
9
6
6
77
1.12
1118411--1120211
903
2.0
903
86
1
2530
34
13
17
34
1.89
1121125--1121197
15
4.7
16
71
15
55
47
1
2
47
1.24
1123763--1123972
40
5.3
40
81
2
217
15
14
24
45
1.83
1125997--1126339
173
2.0
173
94
0
605
27
18
12
41
1.87
1126335--1126409
26
2.9
25
86
5
96
30
13
12
44
1.80
1134187--1134229
21
2.1
20
91
4
68
53
6
0
39
1.28
1134480--1134559
31
2.6
31
75
11
85
43
6
6
43
1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322