genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75990831--75991017	27	6.9	27	88	1	250	21	21	20	35	1.96
75995919--75995980	28	2.3	27	91	2	97	19	22	24	33	1.97
75995907--75996006	33	3.2	33	77	12	102	22	25	24	29	1.99
76004436--76004632	27	7.4	27	80	1	191	44	20	20	14	1.86
76004493--76004645	53	2.9	51	77	10	137	41	20	19	17	1.90
76004969--76005068	28	3.2	32	71	20	84	23	24	24	29	1.99
76006114--76006197	40	2.1	40	100	0	168	19	29	9	41	1.83
76012619--76012782	40	4.1	40	74	10	122	23	29	22	24	1.99
76015347--76015448	37	2.8	37	93	0	168	26	29	18	25	1.98
76015567--76016081	49	10.6	49	93	2	803	28	28	8	34	1.87
76015936--76016015	24	3.3	24	63	16	65	25	31	12	31	1.92
76023067--76023148	39	2.1	40	97	2	157	32	18	19	29	1.95
76046102--76046196	25	3.8	25	80	1	111	31	21	22	25	1.98
76046115--76046224	50	2.2	50	83	0	130	31	20	20	26	1.98
76046131--76046224	25	3.8	24	80	5	98	34	19	21	25	1.96
76046095--76046231	25	5.5	25	75	7	91	32	20	21	25	1.98
76055981--76056158	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
76056002--76056157	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76062871--76063048	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
76062892--76063047	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76071349--76071421	27	2.6	28	76	8	87	35	38	13	12	1.83
76076078--76076176	23	4.3	23	84	5	110	31	26	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76076402--76076440	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
76080633--76080674	21	2.0	21	100	0	84	42	19	14	23	1.87
76086849--76086909	29	2.1	29	93	0	104	26	16	18	39	1.91
76094821--76094890	30	2.4	29	79	15	81	70	4	21	4	1.23
76101040--76101211	79	2.2	79	81	3	202	23	22	28	25	1.99
76100987--76101209	40	5.6	39	81	7	198	24	21	27	25	1.99
76101063--76101244	79	2.3	80	80	2	197	25	21	28	24	1.99
76107189--76107375	94	2.0	92	93	6	322	41	14	22	21	1.90
76108478--76108649	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
76108425--76108647	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
76108505--76108672	79	2.1	80	79	4	180	25	21	27	25	1.99
76112055--76112238	92	2.0	92	100	0	368	32	21	23	21	1.98
76114562--76114676	30	3.8	30	94	0	203	20	3	49	26	1.65
76115629--76115815	75	2.5	75	87	5	254	32	21	19	27	1.97
76115636--76116449	224	3.9	207	76	13	574	33	19	16	30	1.94
76115838--76116253	76	5.5	76	88	4	574	32	19	15	32	1.93
76115838--76116271	148	2.9	148	88	4	615	34	19	14	31	1.92
76115994--76117101	276	4.0	270	91	4	1409	35	17	14	32	1.90
76116142--76116387	128	1.9	130	86	1	352	34	19	14	31	1.92
76116271--76116529	72	3.5	75	86	3	344	31	20	15	32	1.94
76116271--76116543	148	1.9	147	85	2	377	33	19	15	31	1.93
76116418--76116674	128	2.0	128	87	1	372	35	17	14	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76116547--76117244	71	9.7	71	95	0	1153	36	17	13	32	1.89
76117119--76117365	122	2.0	124	84	3	320	37	20	14	27	1.91
76117244--76117419	71	2.5	72	83	5	200	33	23	14	28	1.94
76126282--76126363	38	2.2	38	82	8	96	59	2	12	25	1.45
76126607--76126703	38	2.6	37	75	6	97	29	1	3	65	1.14
76126589--76126703	9	12.4	9	71	15	74	28	0	3	66	1.13
76126952--76126999	22	2.3	20	82	13	53	20	0	14	64	1.28
76135664--76136025	46	7.8	46	78	15	397	21	20	29	29	1.98
76135661--76136017	93	3.8	93	98	0	687	21	20	29	28	1.98
76137429--76137464	13	2.8	13	100	0	72	16	47	30	5	1.70
76141283--76141311	12	2.4	12	100	0	58	41	17	17	24	1.90
76142522--76142548	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
76146544--76146591	22	2.2	22	88	3	71	45	0	2	52	1.12
76146721--76146760	21	1.9	21	85	10	55	50	0	5	45	1.23
76147908--76148292	143	2.8	140	82	6	442	34	19	7	38	1.80
76147915--76148330	139	3.0	140	82	5	423	33	20	7	37	1.82
76148402--76148460	22	2.7	22	79	10	68	67	0	0	32	0.91
76148907--76148948	20	2.1	20	90	0	66	52	4	9	33	1.55
76152092--76152252	45	3.6	45	83	3	182	25	21	11	42	1.85
76152119--76152226	44	2.4	45	89	1	164	27	21	10	40	1.85
76154821--76154988	65	2.6	64	75	8	151	19	25	30	25	1.98
76156886--76157002	62	1.9	62	87	0	171	20	7	23	47	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76170278--76170441	41	4.0	40	88	3	204	37	23	19	18	1.94
76176924--76176957	17	2.0	17	88	0	50	64	20	0	14	1.28
76178060--76178206	41	3.6	41	89	1	199	34	23	21	19	1.96
76183806--76183993	40	4.7	40	86	6	274	24	28	23	23	2.00
76183806--76183993	80	2.4	79	90	4	306	24	28	23	23	2.00
76191903--76192047	40	3.6	40	94	3	256	24	28	23	23	1.99
76198073--76198201	47	2.7	47	80	2	143	33	9	31	26	1.88
76198320--76198398	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
76199918--76200057	40	3.5	40	81	12	162	26	16	28	28	1.97
76199917--76200099	81	2.2	82	81	11	207	25	15	27	31	1.96
76199959--76200099	41	3.4	41	82	7	128	26	15	27	30	1.96
76204692--76204827	60	2.3	60	82	10	163	25	19	27	27	1.98
76206367--76206591	40	5.6	40	96	0	414	22	28	20	29	1.98
76214450--76214500	15	3.4	15	75	0	57	52	0	0	47	1.00
76222070--76222107	13	2.9	13	96	0	67	7	15	47	28	1.74
76222685--76222733	25	2.0	25	84	8	64	46	4	0	48	1.20
76234630--76234722	31	3.0	30	87	9	125	26	27	19	25	1.99
76234817--76235083	105	2.5	104	86	3	365	32	24	11	31	1.91
76234818--76235083	35	7.6	35	83	2	320	32	24	11	31	1.91
76239167--76239200	12	3.0	11	87	8	50	35	2	0	61	1.11
76246993--76247026	17	2.0	17	88	0	50	52	2	14	29	1.56
76257005--76257421	47	8.7	47	94	1	611	28	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76261190--76261240	18	2.8	18	85	5	59	13	27	43	15	1.85
76263432--76263521	35	2.6	35	83	0	99	32	21	20	26	1.97
76264689--76264854	87	1.9	87	93	0	287	31	15	25	27	1.96
76268916--76268948	16	2.1	16	100	0	66	12	6	12	69	1.35
76269114--76269174	30	2.0	30	100	0	122	22	13	9	54	1.68
76270636--76270684	23	2.2	21	85	7	62	61	2	2	34	1.19
76275045--76275093	20	2.6	20	84	9	68	61	4	2	32	1.26
76278406--76278489	43	2.0	43	92	0	141	28	11	13	46	1.78
76278780--76278985	104	2.0	104	100	0	412	40	5	17	35	1.74
76282536--76282593	23	2.4	25	77	11	66	18	24	18	37	1.94
76282693--76282743	26	2.1	26	89	10	81	15	19	25	39	1.91
76283182--76283219	6	6.3	6	93	0	67	31	0	21	47	1.51
76285338--76285380	21	2.0	21	86	8	61	48	4	37	9	1.56
76287818--76287880	29	2.2	29	97	0	117	26	9	36	26	1.87
76288205--76288456	68	3.7	68	77	10	237	36	15	19	28	1.92
76290774--76290857	41	2.0	41	97	0	159	48	16	9	25	1.76
76293249--76293332	41	2.0	41	97	0	159	48	16	9	25	1.76
76295403--76295439	18	2.0	19	85	15	51	56	8	0	35	1.29
76302483--76302637	82	1.9	81	82	5	197	34	19	9	36	1.85
76302879--76303216	174	1.9	177	83	6	445	30	12	9	47	1.74
76310095--76310197	23	4.4	23	74	14	70	23	22	17	36	1.94
76310108--76310188	23	3.6	23	80	6	94	20	20	20	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76310691--76310998	154	2.0	154	100	0	616	38	16	6	38	1.75
76313223--76313302	37	2.1	37	97	2	151	55	16	7	21	1.66
76316989--76317028	5	7.6	5	88	5	53	80	0	2	17	0.83
76316989--76317028	16	2.5	15	84	11	53	80	0	2	17	0.83
76320247--76320320	36	2.1	36	100	0	148	36	16	8	39	1.78
76324876--76324914	20	2.0	20	94	0	69	69	0	5	25	1.09
76328434--76328752	179	1.8	179	84	4	416	22	15	15	46	1.84
76361519--76361746	48	4.8	48	85	7	293	29	21	27	22	1.99
76376113--76376153	21	2.0	21	85	9	57	34	2	2	60	1.23
76377013--76377040	14	2.0	14	100	0	56	50	7	7	35	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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