genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90583536--90583931	50	7.9	50	76	3	357	27	17	25	30	1.97
90583536--90583928	151	2.6	151	90	0	615	26	17	24	30	1.97
90583693--90583878	101	1.8	101	84	0	255	25	16	25	32	1.96
90584110--90584141	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
90588233--90588658	47	8.8	47	84	6	546	32	13	28	25	1.94
90588233--90588658	98	4.4	98	91	1	662	32	13	28	25	1.94
90588632--90588767	46	3.0	46	84	0	182	36	8	29	25	1.86
90588912--90589056	37	3.9	37	94	0	245	22	19	31	26	1.98
90591709--90591901	48	4.0	48	93	2	291	26	31	17	24	1.97
90591885--90591917	16	2.1	16	100	0	66	33	36	12	18	1.88
90591837--90591965	64	2.0	64	92	0	213	27	33	15	23	1.95
90591901--90592095	48	4.1	48	88	0	264	28	30	16	24	1.96
90591789--90592010	112	2.0	112	90	0	354	27	32	15	23	1.95
90591743--90592037	160	1.8	160	91	0	482	27	31	16	24	1.96
90594243--90594275	16	2.1	16	94	0	57	42	12	24	21	1.86
90594490--90594598	28	3.9	28	78	7	105	26	14	31	27	1.95
90598963--90599035	28	2.6	28	84	0	92	31	19	27	21	1.97
90616743--90616946	40	5.1	40	80	7	218	26	27	21	24	1.99
90616791--90616942	79	1.9	80	84	6	202	26	27	20	25	1.99
90621822--90621853	16	2.0	16	93	0	55	56	34	0	9	1.32
90623350--90623415	28	2.3	28	84	2	87	30	12	27	30	1.92
90628746--90628795	27	1.9	26	84	8	66	34	6	10	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90634947--90635040	45	2.1	45	97	0	179	36	21	9	32	1.86
90635188--90635306	43	2.8	42	78	5	132	31	24	15	29	1.95
90635188--90635348	42	3.8	42	79	4	155	31	24	13	29	1.94
90646466--90646585	60	2.0	60	98	0	231	29	26	17	26	1.98
90661287--90661442	47	3.3	47	81	4	183	33	8	28	28	1.87
90661513--90661597	40	2.2	40	84	2	109	17	22	31	28	1.97
90673362--90673743	99	3.9	98	78	11	394	25	16	19	38	1.92
90673666--90674227	148	3.8	148	88	4	744	32	16	19	31	1.94
90673653--90674257	75	8.2	73	83	8	710	31	16	19	32	1.94
90673668--90674257	221	2.7	221	90	2	857	31	16	19	32	1.94
90674328--90674360	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
90674164--90674704	87	6.0	89	79	7	474	27	16	17	38	1.92
90674164--90674759	179	3.4	177	77	9	538	28	16	18	37	1.92
90674185--90674771	87	6.6	88	78	10	418	28	16	18	36	1.93
90676685--90676813	46	2.8	46	93	0	204	31	28	19	20	1.97
90678112--90678201	18	5.7	17	67	25	56	24	51	6	17	1.70
90678102--90678200	30	3.3	30	92	0	171	26	51	6	16	1.67
90678684--90678817	23	5.7	24	72	9	87	34	5	3	55	1.42
90678761--90678820	25	2.4	26	78	13	72	35	5	1	58	1.30
90678778--90678886	27	4.0	28	75	14	104	31	5	4	58	1.41
90678815--90678897	25	3.4	23	78	15	78	30	6	6	57	1.47
90678768--90678886	26	4.4	26	73	17	91	31	5	4	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90678961--90679016	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
90680197--90680300	39	2.7	39	80	0	118	32	4	22	40	1.75
90684369--90684411	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
90689203--90689266	29	2.2	29	91	0	101	62	7	3	26	1.38
90704863--90705037	49	3.5	49	88	1	242	24	18	27	29	1.98
90715577--90715695	42	2.8	41	75	7	112	29	23	15	31	1.95
90722096--90722139	21	2.0	22	91	4	72	43	25	22	9	1.82
90740527--90740758	40	5.8	40	97	1	430	24	22	28	24	2.00
90754753--90754895	40	3.6	40	89	1	198	23	26	27	21	1.99
90768682--90768804	58	2.1	58	80	4	133	34	19	16	29	1.93
90781774--90781885	27	4.1	27	79	12	113	16	23	21	38	1.93
90791144--90791395	27	9.3	27	91	1	380	27	25	9	38	1.86
90791387--90791577	27	7.1	26	79	10	147	39	22	10	27	1.87
90791394--90791549	54	2.9	54	85	3	181	39	20	10	28	1.86
90791427--90791576	81	1.9	81	86	8	216	42	22	8	28	1.81
90791427--90791634	54	3.8	54	82	5	188	41	20	8	29	1.81
90791533--90791640	27	3.9	27	77	13	103	41	18	8	31	1.80
90791681--90791754	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
90791694--90791758	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
90792499--90792632	42	3.2	42	94	0	232	30	15	20	33	1.94
90792656--90792739	31	2.7	31	94	1	143	28	17	26	27	1.98
90792874--90793020	74	2.0	73	97	0	267	22	17	26	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90796061--90796132	36	2.0	36	97	0	135	50	6	2	40	1.44
90796383--90796433	26	2.0	25	96	0	84	39	17	11	29	1.85
90800646--90800826	27	6.7	27	85	2	229	26	12	18	42	1.86
90800646--90800825	81	2.2	81	86	2	263	26	11	18	42	1.85
90802961--90803041	28	2.9	28	77	1	81	25	16	30	27	1.96
90803340--90803703	27	13.6	27	82	6	393	40	19	8	31	1.82
90803340--90803720	53	7.1	53	83	4	408	39	18	9	32	1.82
90803576--90803744	27	6.3	26	78	6	90	38	18	11	31	1.87
90807314--90807574	27	9.7	27	86	0	342	25	15	17	42	1.88
90807318--90807574	81	3.2	81	93	1	435	24	15	17	42	1.88
90816544--90816656	46	2.4	46	85	8	140	25	15	32	25	1.96
90823229--90823264	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
90823560--90823620	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
90830091--90830142	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
90830823--90830938	27	4.3	27	85	6	128	25	16	18	38	1.92
90830823--90830938	53	2.2	54	82	4	137	25	16	18	38	1.92
90834240--90834297	20	2.9	20	74	5	64	20	3	5	70	1.21
90836008--90836084	24	3.2	24	88	0	118	36	3	38	20	1.71
90837480--90837565	27	3.2	26	80	9	93	17	23	22	37	1.94
90843458--90843534	24	3.2	24	88	0	118	35	3	38	22	1.72
90844947--90845009	31	2.1	30	88	5	99	15	19	26	36	1.92
90846885--90847139	55	4.8	53	81	7	261	36	17	24	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90846892--90847094	108	1.9	110	85	4	286	34	17	24	23	1.96
90847331--90847361	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
90854643--90854742	48	2.0	50	84	7	134	35	18	25	22	1.96
90856862--90856896	17	2.1	17	88	0	52	48	22	14	14	1.79
90860376--90860423	22	2.3	20	85	7	60	45	0	8	45	1.33
90862795--90863059	135	2.0	134	99	0	512	23	15	29	30	1.95
90868955--90869022	17	4.0	17	76	14	52	41	8	1	48	1.43
90872679--90872705	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
90875638--90875900	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
90883590--90883852	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
90888355--90888404	24	2.1	24	81	7	57	62	8	4	26	1.41
90893554--90893798	48	5.2	48	80	7	245	26	22	23	26	2.00
90893648--90893828	48	3.8	48	87	2	168	27	24	22	25	2.00
90893559--90893828	96	2.9	96	74	6	250	27	22	22	27	2.00
90902462--90902530	23	3.3	23	63	32	64	55	13	2	28	1.52
90902457--90902538	39	2.1	39	100	0	164	51	13	2	32	1.54
90904633--90904812	48	3.9	48	76	10	201	26	20	25	28	1.99
90912500--90912542	22	2.0	21	86	9	59	46	0	13	39	1.44
90917312--90917357	23	2.0	23	100	0	92	34	13	17	34	1.88
90931561--90932204	321	2.0	321	100	0	1288	29	19	15	35	1.92
90937728--90937905	40	4.5	40	88	3	227	23	24	28	24	1.99
90945875--90945911	18	2.1	18	100	0	74	32	18	10	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90953994--90954046	24	2.2	24	80	3	63	32	24	22	20	1.98
90954075--90954133	24	2.4	25	80	5	75	40	18	22	18	1.91
90957999--90958071	6	11.8	6	75	16	69	47	15	19	17	1.82
90957999--90958071	31	2.4	31	92	0	119	47	15	19	17	1.82
90958211--90958274	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
90958290--90958341	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
90958578--90958836	81	3.2	81	84	0	347	42	6	21	30	1.78
90958578--90958849	27	10.1	27	82	2	296	41	6	21	29	1.79
90958578--90958849	54	5.1	54	89	0	366	41	6	21	29	1.79
90958845--90959071	54	4.2	53	82	7	199	30	11	21	37	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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