genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  60  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19083360--19083436	19	4.0	20	74	14	81	32	6	20	40	1.78
19083360--19083412	20	2.7	20	85	8	65	32	5	22	39	1.78
19089042--19089309	27	9.9	27	84	3	297	25	14	20	40	1.90
19089046--19089309	81	3.2	81	84	3	334	24	14	20	40	1.90
19089061--19089306	82	3.0	82	85	2	264	25	13	20	40	1.89
19089910--19089988	35	2.3	35	95	4	142	27	0	12	59	1.34
19099399--19099467	27	2.6	27	88	0	102	36	18	18	26	1.94
19099460--19099525	27	2.4	27	84	2	78	43	22	6	27	1.76
19099472--19099575	27	3.8	27	74	2	73	45	19	6	28	1.75
19099589--19099731	27	5.3	26	74	14	101	44	18	7	30	1.77
19099588--19099733	55	2.7	52	77	9	139	43	18	8	30	1.79
19099710--19099762	27	2.0	27	88	0	79	32	18	13	35	1.90
19103566--19103710	40	3.6	40	86	1	175	26	21	26	25	1.99
19103566--19103717	80	1.9	80	83	2	198	25	21	26	26	1.99
19115397--19115567	46	3.7	45	74	15	161	22	18	28	30	1.98
19115390--19115560	93	1.8	93	87	2	254	22	19	27	29	1.98
19117929--19118030	51	2.0	50	90	1	159	23	23	29	22	1.99
19131802--19131848	18	2.6	18	100	0	94	36	4	0	59	1.17
19137912--19137954	7	6.1	7	94	0	77	13	0	39	46	1.44
19146726--19146896	40	4.3	40	93	0	290	27	24	23	23	2.00
19147654--19147709	19	3.1	19	72	15	64	41	17	8	32	1.81
19154600--19154745	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19163519--19164038	48	10.8	47	78	5	531	26	27	18	28	1.98
19163517--19164034	96	5.4	96	89	2	756	26	27	18	28	1.98
19167824--19168735	46	19.8	46	96	2	1643	21	19	28	30	1.98
19170247--19170313	10	6.6	10	81	11	75	35	10	17	35	1.85
19170253--19170329	21	3.7	20	84	5	91	35	12	16	35	1.88
19170242--19170313	5	14.0	5	72	10	56	36	9	18	36	1.83
19173091--19173193	51	2.0	51	98	0	197	32	8	17	41	1.80
19173344--19173403	30	2.0	30	86	0	84	40	8	25	26	1.84
19175315--19175601	27	10.6	27	83	0	349	40	19	8	31	1.82
19175502--19175655	54	2.9	54	77	7	134	40	21	8	29	1.82
19175315--19175656	81	4.2	79	79	7	328	40	20	8	30	1.83
19175585--19175656	27	2.7	27	82	0	90	41	23	6	27	1.80
19175594--19175710	27	4.3	27	76	4	101	36	23	8	31	1.85
19175694--19176887	27	44.3	26	86	5	1348	37	19	19	24	1.94
19175716--19176861	81	14.1	81	93	1	1748	37	19	19	24	1.94
19177314--19177366	22	2.4	22	72	12	54	20	24	16	37	1.93
19177537--19177638	27	3.8	27	79	5	107	20	22	19	37	1.95
19177536--19177638	54	1.9	53	82	2	125	21	22	19	36	1.95
19177798--19177906	6	17.8	6	76	14	98	19	19	15	45	1.85
19177786--19177886	31	3.3	31	91	0	148	19	19	14	45	1.85
19181837--19181931	48	2.0	48	97	0	181	37	21	7	33	1.81
19182338--19182397	30	2.0	30	86	0	84	40	8	25	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19190606--19190634	13	2.2	13	100	0	58	37	48	0	13	1.43
19191269--19191364	29	3.3	29	89	1	140	31	30	12	26	1.93
19191575--19191633	16	3.6	17	80	8	70	11	13	15	59	1.62
19194551--19194698	72	2.1	72	97	0	278	41	8	13	35	1.75
19206149--19206287	69	2.0	70	95	1	253	27	11	17	43	1.84
19211967--19212138	86	2.0	86	100	0	344	38	25	3	32	1.73
19213942--19214168	48	4.8	48	75	9	162	30	25	17	26	1.97
19216499--19216660	81	2.0	81	98	0	315	32	19	18	30	1.96
19221964--19222093	48	2.7	48	80	7	147	27	24	18	29	1.98
19222415--19222559	73	2.0	74	94	1	256	36	22	4	36	1.75
19227632--19228144	281	1.8	281	99	0	1017	36	7	20	35	1.81
19230218--19230355	40	3.5	40	91	3	208	24	23	28	23	2.00
19238322--19238537	40	5.3	40	90	3	319	25	22	27	25	2.00
19240160--19240352	39	4.9	39	91	0	305	21	25	27	24	1.99
19245893--19245927	12	2.9	12	100	0	70	34	0	25	40	1.56
19245960--19246231	39	7.0	39	91	1	438	22	24	29	23	1.99
19255367--19255539	93	1.9	93	85	0	238	28	30	20	20	1.98
19255957--19256016	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
19259013--19259086	37	2.0	37	91	0	121	31	13	13	41	1.83
19263092--19263360	46	5.7	46	76	14	196	28	19	29	23	1.98
19271996--19272306	46	6.7	48	78	14	321	29	28	19	21	1.98
19271996--19272304	139	2.2	139	96	0	564	29	29	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19272143--19272313	93	1.8	93	91	0	279	29	27	20	22	1.99
19279966--19280058	28	3.3	28	86	1	114	24	10	33	31	1.90
19281812--19281842	12	2.6	12	100	0	62	9	32	51	6	1.60
19282210--19282271	30	2.1	30	100	0	124	32	12	24	30	1.93
19283685--19283838	28	5.5	28	95	0	256	26	12	27	33	1.92
19288169--19288268	28	3.6	27	81	10	121	26	14	34	26	1.94
19292894--19292982	28	3.1	29	82	3	92	24	13	34	26	1.93
19299995--19300080	28	3.0	28	86	3	118	27	29	13	29	1.95
19300139--19300172	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
19300291--19300334	8	5.5	8	80	0	52	9	22	20	47	1.78
19300291--19300341	24	2.1	24	92	0	84	9	21	19	49	1.77
19300291--19300334	16	2.8	16	82	0	61	9	22	20	47	1.78
19308125--19308234	40	2.8	40	90	2	168	22	21	28	27	1.99
19320846--19321050	55	3.8	54	82	1	223	22	25	17	34	1.96
19321032--19321153	47	2.6	47	93	0	208	25	23	13	37	1.91
19321292--19321376	44	1.9	44	83	9	111	23	23	15	37	1.93
19324932--19324962	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
19325211--19325413	53	3.8	53	80	5	237	22	25	17	34	1.96
19332579--19332613	16	2.2	16	94	0	61	40	20	0	40	1.52
19332827--19333065	55	4.5	53	78	9	220	23	23	16	36	1.94
19340793--19340835	22	2.0	22	86	9	61	39	2	9	48	1.48
19340843--19340933	26	3.5	26	82	11	116	45	2	0	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19341403--19341523	41	3.4	32	68	26	82	38	0	16	44	1.48
19341440--19341519	41	2.0	41	85	5	108	40	0	18	41	1.51
19341595--19341988	126	3.1	126	82	4	440	38	16	15	29	1.90
19344348--19344493	40	3.7	40	84	7	163	24	21	27	26	1.99
19344348--19344526	80	2.2	80	80	6	186	26	20	26	26	1.99
19347267--19347309	18	2.4	18	88	0	59	44	9	25	20	1.81
19351740--19351781	21	2.0	22	90	4	68	54	4	9	30	1.53
19354352--19354404	18	2.9	18	83	8	63	5	20	1	71	1.16
19356804--19356829	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
19359638--19359785	40	3.7	40	93	0	242	30	20	27	22	1.98
19361373--19361405	9	3.7	9	95	0	57	30	18	12	39	1.87
19371040--19371382	40	8.6	40	91	2	467	24	20	28	27	1.99
19378662--19378844	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
19378698--19378879	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
19381517--19381651	49	2.8	48	84	6	148	28	16	28	26	1.97
19381516--19381602	24	3.6	24	76	3	84	28	17	25	28	1.97
19384688--19384712	13	1.9	13	100	0	50	60	16	0	24	1.36
19389059--19389242	40	4.6	40	85	4	237	23	22	26	27	2.00
19392165--19392321	43	3.7	43	75	10	142	29	24	19	25	1.98
19394289--19394343	27	2.0	27	92	0	92	47	25	7	20	1.75
19395065--19395121	30	1.9	30	82	7	71	24	29	24	21	1.99
19399577--19399748	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19399570--19399745	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
19407147--19407367	46	4.8	46	96	1	363	29	29	21	19	1.98
19413413--19413444	16	2.0	16	100	0	64	12	6	31	50	1.65
19423504--19423536	17	1.9	17	93	0	57	30	12	15	42	1.83
19424642--19424725	28	3.0	29	84	3	91	30	29	13	26	1.93
19426609--19426748	47	3.0	47	90	2	210	53	10	5	30	1.58
19426649--19426722	20	3.2	23	67	24	64	55	10	4	29	1.53
19426664--19426738	20	3.4	20	70	22	69	56	9	5	29	1.53
19428836--19428975	47	3.0	47	90	2	210	53	10	5	30	1.58
19428876--19428949	20	3.2	23	67	24	64	55	10	4	29	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322