genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82376187--82376217	16	1.9	16	100	0	62	38	6	16	38	1.74
82386799--82386870	28	2.7	26	78	17	85	27	9	5	56	1.53
82386808--82386877	28	2.5	28	86	2	97	27	7	4	61	1.41
82386836--82386958	51	2.4	49	77	9	133	29	6	5	58	1.46
82386931--82386998	24	2.7	25	75	13	68	32	8	2	55	1.45
82389511--82389691	46	3.9	46	91	1	265	40	14	23	20	1.90
82402694--82404123	714	2.0	714	99	0	2833	35	12	15	35	1.86
82406325--82406416	47	2.0	46	89	2	139	33	15	23	27	1.95
82406824--82407127	44	6.8	44	81	6	272	30	19	23	27	1.98
82406823--82407068	89	2.8	89	81	7	277	28	19	23	28	1.98
82406824--82407064	134	1.8	133	84	4	333	27	19	23	29	1.98
82406960--82407110	45	3.4	44	78	6	126	31	19	21	27	1.97
82408943--82409020	28	2.9	25	81	7	75	28	8	3	58	1.46
82408958--82409020	28	2.3	26	89	5	90	30	7	1	60	1.35
82408980--82409101	48	2.5	48	78	8	138	28	6	5	59	1.46
82409074--82409141	24	2.7	25	75	13	68	33	7	2	55	1.42
82415672--82415727	27	2.1	27	93	0	94	26	16	39	17	1.91
82418072--82418119	19	2.6	18	78	18	53	41	0	0	58	0.98
82418200--82418243	23	1.9	23	81	9	54	56	2	2	38	1.24
82419624--82419672	21	2.3	21	78	0	53	28	26	24	20	1.99
82423086--82423122	12	3.0	13	80	11	51	35	0	8	56	1.29
82427266--82427326	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82430795--82430942	63	2.3	63	79	12	156	25	28	15	31	1.96
82432555--82432628	34	2.2	34	95	0	130	47	22	17	12	1.81
82434106--82434262	56	2.8	54	75	5	145	28	31	19	21	1.97
82436139--82436200	16	3.7	16	69	12	52	46	24	9	19	1.79
82438100--82438150	24	2.1	25	85	3	68	52	7	3	35	1.49
82438546--82438621	37	2.1	36	83	11	93	42	2	2	52	1.29
82438857--82438932	37	2.1	36	83	11	93	42	2	2	52	1.29
82438372--82438993	311	2.0	311	100	0	1244	32	12	18	36	1.89
82449832--82449920	46	1.9	46	93	0	151	37	19	8	34	1.83
82449832--82449905	23	3.2	23	65	14	62	40	16	8	35	1.78
82459329--82459418	40	2.3	39	81	11	94	41	21	7	30	1.81
82459331--82459418	20	4.4	20	73	13	74	42	20	6	30	1.78
82459562--82459949	23	16.5	24	68	11	180	32	19	20	26	1.97
82459548--82459876	165	2.0	165	96	0	604	31	19	21	27	1.97
82459705--82459974	47	5.7	47	78	9	228	32	20	21	25	1.97
82459562--82459924	165	2.2	165	89	4	549	32	19	20	26	1.97
82459870--82459948	24	3.3	24	73	16	83	36	20	20	22	1.95
82459883--82459959	24	3.2	24	75	10	86	35	19	22	23	1.96
82461232--82461269	20	1.9	20	84	10	51	23	5	23	47	1.72
82464389--82464426	20	1.9	20	94	0	67	57	23	2	15	1.51
82469613--82469758	20	7.4	20	67	10	68	13	30	21	34	1.92
82469600--82469770	39	4.4	39	85	0	234	12	28	21	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82479089--82479259	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
82479081--82479256	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
82486773--82486804	11	2.8	12	86	13	50	12	6	9	71	1.29
82493903--82493949	11	4.3	11	83	5	60	31	4	44	19	1.70
82493903--82493949	21	2.1	22	88	7	69	31	4	44	19	1.70
82493914--82493955	22	1.9	22	85	9	59	33	4	45	16	1.69
82506738--82506970	79	3.0	79	99	0	459	24	15	29	30	1.96
82509181--82509214	7	4.7	7	88	3	50	61	0	0	38	0.96
82509278--82509331	28	1.9	28	92	0	90	51	12	5	29	1.63
82514500--82514684	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
82514481--82514684	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
82527090--82527219	42	3.1	42	80	6	154	29	26	14	30	1.95
82535383--82535832	46	10.0	46	91	4	711	22	24	15	37	1.93
82543185--82543446	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
82561591--82561636	25	1.9	24	82	8	58	26	21	23	28	1.99
82562960--82563015	26	2.2	26	83	6	69	71	3	23	1	1.11
82570479--82571700	611	2.0	611	100	0	2444	30	14	21	33	1.93
82571798--82571838	13	3.2	13	89	3	57	41	0	12	46	1.41
82572321--82572774	227	2.0	227	99	0	899	32	21	17	28	1.96
82589263--82589302	6	6.8	6	88	5	64	15	2	0	82	0.77
82604507--82604669	48	3.4	48	81	3	170	23	28	21	26	1.99
82607951--82607997	16	2.8	17	78	12	53	51	0	4	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82609057--82609103	5	9.6	5	90	4	78	19	0	2	78	0.85
82610719--82610788	5	13.4	5	79	11	54	20	1	2	75	1.00
82610722--82610781	23	2.5	24	78	13	61	20	1	1	76	0.96
82617863--82618098	47	5.0	47	94	0	391	30	9	31	27	1.88
82622841--82623201	47	7.7	46	74	13	281	27	19	30	21	1.98
82622843--82623200	94	3.8	94	79	10	378	27	19	30	22	1.98
82622841--82623201	141	2.6	141	79	9	348	27	19	30	21	1.98
82623858--82623939	43	1.9	43	85	5	112	20	24	32	21	1.98
82630443--82630796	93	3.9	93	78	11	351	28	18	29	22	1.98
82630476--82630796	47	6.9	43	72	14	171	28	19	30	22	1.98
82633650--82634138	47	10.4	47	97	0	888	31	8	30	29	1.87
82634257--82634335	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
82635818--82635844	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
82636071--82636214	57	2.5	58	76	12	145	32	19	20	27	1.97
82637967--82638092	39	3.2	39	89	2	182	23	20	29	26	1.99
82637982--82638119	39	3.6	38	83	5	143	21	22	31	24	1.98
82637967--82638110	78	1.8	78	82	5	184	22	22	29	25	1.99
82639705--82639756	21	2.5	21	93	0	86	11	30	38	19	1.87
82639929--82639958	12	2.5	12	94	0	51	43	6	6	43	1.57
82648659--82648735	31	2.5	31	89	4	111	44	10	18	27	1.82
82649098--82649131	18	1.9	18	88	5	52	38	5	2	52	1.41
82653613--82653669	28	2.0	28	100	0	114	35	3	17	43	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82653620--82653679	28	2.3	26	86	11	79	30	5	18	46	1.70
82657087--82657116	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
82657171--82657223	26	2.0	26	96	0	97	26	16	22	33	1.96
82657602--82657651	15	3.3	15	82	0	55	48	2	6	44	1.39
82661548--82661601	27	2.0	27	96	0	99	50	7	12	29	1.68
82663562--82663639	39	2.0	39	97	0	147	41	24	3	30	1.73
82666553--82666603	23	2.2	23	85	0	66	35	3	11	49	1.58
82666562--82666615	13	4.6	12	80	17	60	37	1	16	44	1.59
82666560--82666606	23	2.0	23	95	0	85	36	2	17	44	1.60
82666563--82666612	23	2.2	23	88	0	73	38	2	16	44	1.59
82667788--82667843	24	2.3	25	79	14	64	50	1	0	48	1.11
82667874--82667907	18	1.9	17	88	5	50	47	5	0	47	1.26
82671502--82671721	46	4.7	46	78	11	182	23	29	20	27	1.99
82672465--82672504	20	2.0	20	95	0	71	42	10	10	37	1.72
82674744--82674821	40	2.0	40	86	0	111	41	23	15	20	1.90
82674970--82675135	75	2.2	75	85	6	221	28	18	19	33	1.96
82675428--82675476	22	2.3	22	79	13	57	26	0	26	46	1.53
82676139--82676186	25	1.9	25	83	8	62	47	2	4	45	1.33
82676516--82676590	7	10.4	7	88	4	105	69	1	0	29	0.97
82681923--82681967	22	2.0	22	91	0	72	35	4	15	44	1.67
82696156--82696418	40	6.6	40	92	0	427	27	20	28	22	1.99
82696159--82696422	80	3.3	80	96	0	474	27	20	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82698139--82698322	30	6.1	30	96	0	323	26	23	6	43	1.78
82706308--82706977	91	7.3	91	77	12	531	33	5	23	37	1.78
82706263--82707035	114	6.8	114	74	12	550	33	5	23	38	1.77
82706355--82707041	183	3.8	180	87	4	834	33	5	22	38	1.77
82706320--82706825	205	2.5	205	96	0	915	32	5	24	37	1.78
82706560--82706985	160	2.7	160	80	10	437	33	4	23	38	1.76
82706263--82707008	23	32.7	23	76	9	577	33	5	23	38	1.77
82707592--82707803	43	5.0	43	82	5	202	25	14	27	32	1.95
82711585--82711617	11	3.0	11	100	0	66	36	9	0	54	1.32
82712190--82712243	22	2.5	22	90	0	81	14	29	33	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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