genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39209950--39210002	25	2.1	25	92	0	88	39	32	15	13	1.85
39209911--39210041	64	2.0	64	92	0	217	31	30	21	16	1.96
39209975--39210064	39	2.3	39	96	0	162	28	30	23	17	1.97
39209872--39210064	103	1.9	103	92	0	323	30	29	21	18	1.97
39219507--39219558	25	2.1	25	96	0	95	40	32	15	11	1.83
39219468--39219597	63	2.0	64	89	1	199	32	30	20	16	1.95
39219532--39219659	39	3.3	39	93	1	213	29	28	22	18	1.98
39221502--39221748	39	6.3	39	90	1	370	19	21	29	29	1.97
39225132--39225189	29	2.0	30	86	3	82	43	0	36	20	1.52
39225231--39225267	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
39232243--39232430	40	4.7	40	95	0	313	30	20	26	22	1.98
39239057--39239101	23	2.0	23	100	0	90	51	0	40	8	1.33
39244788--39244875	21	4.0	22	75	8	90	42	25	17	15	1.88
39245162--39245240	39	2.0	39	97	0	149	32	24	11	31	1.90
39246346--39246407	3	21.3	3	76	12	58	61	4	0	33	1.17
39246321--39246404	36	2.3	37	89	2	125	58	7	1	33	1.33
39265291--39265402	43	2.6	43	94	0	188	30	33	25	10	1.90
39265400--39265558	38	4.1	38	83	6	203	30	24	21	23	1.99
39269983--39270021	10	3.8	10	86	6	60	30	15	17	35	1.91
39269983--39270022	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
39270062--39270111	24	2.0	25	92	3	84	24	20	24	32	1.98
39277511--39277586	29	2.6	29	95	0	143	18	25	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39277807--39277879	25	2.9	24	91	4	110	26	21	24	27	2.00
39277923--39277957	10	3.4	10	84	7	52	28	17	20	34	1.95
39278002--39278052	25	2.0	25	92	0	84	25	19	23	31	1.98
39282117--39282159	16	2.7	15	89	7	59	53	18	18	9	1.70
39288782--39288890	27	4.0	26	83	8	128	37	22	22	17	1.94
39290309--39290355	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
39293276--39293364	44	2.0	44	97	0	169	34	19	8	37	1.83
39295097--39295122	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
39296126--39296291	40	4.2	40	92	2	264	22	22	28	26	1.99
39299750--39299796	21	2.2	21	92	7	78	19	23	6	51	1.70
39304144--39304459	48	6.6	48	86	3	415	25	17	28	28	1.97
39308178--39308327	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
39308150--39308327	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
39308151--39308306	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
39316212--39316389	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
39316213--39316368	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
39316209--39316389	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
39323130--39323194	25	2.6	25	75	4	69	33	18	23	24	1.96
39323904--39323956	25	2.3	22	79	17	63	32	7	20	39	1.81
39323913--39323963	25	2.0	25	100	0	102	39	7	19	33	1.81
39325125--39325324	99	2.0	101	95	1	359	23	12	26	37	1.90
39325994--39326053	26	2.3	26	85	0	84	40	21	20	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39326126--39326173	25	2.0	25	87	4	71	41	20	22	14	1.89
39326516--39326557	21	2.0	21	90	0	66	40	16	0	42	1.48
39326516--39326554	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
39330200--39330240	17	2.4	17	95	0	73	31	0	19	48	1.49
39330531--39330829	5	60.0	5	94	4	525	39	0	0	59	1.03
39331624--39331682	25	2.4	25	91	0	91	20	22	18	38	1.93
39331624--39331722	22	4.2	23	81	12	96	19	23	18	39	1.92
39336972--39337148	41	4.3	40	87	5	239	33	24	21	20	1.97
39337306--39337350	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
39337412--39337523	22	5.2	21	71	17	72	21	0	41	37	1.53
39337395--39337523	7	18.1	7	70	12	68	21	0	41	37	1.54
39343346--39343386	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
39343321--39343505	85	2.2	86	94	2	329	28	3	3	64	1.28
39349600--39349686	29	3.0	29	93	0	147	34	19	8	37	1.81
39351221--39351253	12	2.8	12	90	4	50	75	12	0	12	1.04
39356321--39356375	26	2.1	26	96	0	101	14	30	23	30	1.94
39363730--39363925	50	3.9	49	84	4	250	28	25	19	26	1.99
39363731--39363926	101	2.0	99	87	4	286	28	25	19	26	1.99
39369909--39370077	43	4.0	43	75	6	164	33	26	12	27	1.92
39375486--39375604	47	2.5	47	88	0	193	36	13	23	26	1.92
39375586--39375782	55	3.6	54	83	4	236	36	18	23	20	1.95
39376372--39376409	19	2.0	19	100	0	76	10	15	21	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39377598--39377693	46	2.1	46	90	0	147	31	10	17	40	1.83
39380318--39380712	27	14.7	27	82	2	364	30	20	7	41	1.80
39380332--39380712	54	7.1	54	83	1	415	29	20	7	41	1.80
39380332--39380712	81	4.7	81	84	1	505	29	20	7	41	1.80
39380731--39380791	27	2.3	27	82	5	79	37	22	14	24	1.92
39380750--39380845	27	3.6	26	80	8	104	40	23	7	28	1.81
39380802--39380930	27	4.8	26	75	10	98	44	20	5	28	1.74
39381867--39381969	25	4.2	25	79	4	95	28	22	23	26	1.99
39382109--39382200	42	2.2	42	96	0	166	29	11	21	36	1.89
39387221--39387391	51	3.4	51	81	2	139	25	16	28	29	1.97
39387268--39387445	51	3.5	51	83	3	153	27	17	27	27	1.98
39389759--39389867	50	2.2	50	88	0	164	24	11	20	43	1.85
39396344--39396514	42	4.0	41	78	4	180	29	14	26	29	1.95
39396344--39396514	85	2.0	84	86	3	236	29	14	26	29	1.95
39397513--39397589	25	3.1	25	86	1	102	27	20	20	31	1.98
39397756--39397813	27	2.1	27	93	0	98	31	25	24	18	1.98
39398470--39398527	27	2.1	27	100	0	116	18	25	20	34	1.96
39398470--39398548	27	2.9	27	88	3	88	20	21	21	36	1.95
39398601--39398756	54	2.9	54	83	3	161	33	7	17	42	1.76
39398654--39398776	27	4.6	27	87	2	158	29	5	21	43	1.76
39398808--39398926	27	4.4	27	86	0	175	41	9	22	26	1.84
39398792--39398964	81	2.2	80	76	10	183	36	10	20	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39417905--39417980	36	2.1	36	97	0	143	35	5	15	43	1.70
39418851--39418975	43	2.9	43	90	0	205	13	24	32	28	1.94
39424208--39424265	11	5.8	10	90	10	84	60	0	0	39	0.97
39446012--39446065	27	2.0	27	96	0	99	20	29	9	40	1.83
39469540--39469593	27	2.0	27	96	0	99	20	29	9	40	1.83
39477979--39478295	39	8.1	39	80	2	305	31	17	30	20	1.95
39477983--39478295	117	2.7	117	80	7	341	31	16	30	20	1.95
39485291--39485437	43	3.4	41	77	9	134	29	24	15	29	1.96
39496754--39496796	8	5.4	8	85	0	59	55	20	20	2	1.54
39497011--39497090	27	2.9	27	85	5	97	27	16	28	27	1.97
39498243--39498301	26	2.3	26	91	2	93	16	30	6	45	1.74
39498465--39498525	30	2.1	30	90	3	97	36	19	18	26	1.94
39505159--39505405	40	6.2	40	82	5	272	24	22	27	26	2.00
39509631--39509664	15	2.3	15	94	0	59	52	11	11	23	1.70
39515817--39516041	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
39515817--39516077	80	3.3	80	83	3	312	25	24	26	23	2.00
39515817--39516077	120	2.2	120	83	6	325	25	24	26	23	2.00
39517857--39518027	43	4.0	43	78	6	168	32	23	15	28	1.96
39521559--39521774	46	4.6	47	76	10	176	27	18	30	23	1.98
39526179--39526274	27	3.6	26	85	4	102	26	15	18	39	1.91
39526166--39526274	27	4.1	26	80	7	78	27	16	17	38	1.91
39526287--39526538	27	9.3	27	79	7	244	41	17	15	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39526903--39526990	34	2.6	33	79	12	99	25	21	25	28	1.99
39530814--39531119	27	11.4	27	79	5	316	33	20	22	23	1.97
39530815--39531106	54	5.4	54	83	2	372	32	21	22	23	1.98
39530815--39531106	81	3.6	81	85	1	372	32	21	22	23	1.98
39537287--39537455	27	6.2	27	83	4	196	27	15	26	30	1.96
39537288--39537443	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
39547349--39547531	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
39547385--39547566	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
39550908--39551119	48	4.5	48	76	5	159	25	29	18	25	1.98
39550995--39551168	46	3.7	46	78	7	181	23	28	19	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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