genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84708581--84708660	15	5.4	15	80	7	83	57	13	18	10	1.64
84708592--84708669	15	5.2	15	78	9	70	55	15	17	11	1.69
84721405--84721582	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
84721431--84721581	82	1.9	81	88	4	232	28	27	16	27	1.97
84723829--84724022	85	2.3	85	85	0	262	25	19	24	30	1.98
84723966--84724067	42	2.4	43	81	4	118	29	20	24	25	1.99
84723837--84724067	85	2.7	85	81	2	259	27	19	25	28	1.98
84726515--84726622	26	4.2	26	93	0	189	31	7	24	37	1.83
84728212--84728352	27	5.2	27	82	11	182	18	24	23	33	1.97
84728209--84728352	54	2.7	54	94	2	245	18	25	23	33	1.97
84729905--84730414	169	3.0	169	99	0	993	39	15	14	30	1.87
84737607--84737643	19	1.9	19	88	0	56	32	16	13	37	1.87
84737608--84737666	31	1.9	30	86	3	82	33	15	13	37	1.86
84739936--84739983	20	2.3	21	78	7	53	37	10	2	50	1.49
84743351--84743410	16	3.8	16	75	0	57	15	23	1	60	1.44
84754555--84754593	17	2.3	17	86	0	51	28	12	41	17	1.87
84760812--84760856	23	2.0	23	86	8	65	24	4	2	68	1.19
84762312--84762372	19	3.2	19	77	11	61	67	1	3	27	1.16
84762321--84762372	20	2.7	19	80	11	61	69	1	3	25	1.16
84768182--84768340	43	3.7	43	79	10	164	29	25	19	25	1.98
84768182--84768340	44	3.7	41	79	9	167	29	25	19	25	1.98
84777647--84777712	32	1.9	35	85	11	93	50	15	1	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84778852--84779019	27	6.2	27	83	2	169	41	22	7	29	1.80
84778846--84778996	81	1.9	81	83	2	196	41	20	7	29	1.81
84778852--84779020	81	2.1	81	81	4	189	41	21	7	29	1.80
84778931--84779057	27	4.7	28	78	7	120	40	22	7	29	1.81
84778931--84779057	54	2.4	54	78	2	139	40	22	7	29	1.81
84779048--84779128	27	3.0	27	83	0	99	34	18	20	25	1.96
84781046--84781206	43	3.8	42	82	11	184	31	25	18	24	1.97
84794285--84794316	16	2.0	16	93	0	55	56	15	3	25	1.54
84796281--84796471	91	2.1	92	95	2	350	34	6	21	37	1.79
84796596--84796686	39	2.3	39	90	0	137	27	24	26	21	1.99
84804518--84804629	39	2.8	39	84	1	143	22	25	29	23	1.99
84808062--84808204	38	3.8	38	86	1	198	20	16	24	38	1.93
84808062--84808226	38	4.4	37	79	9	154	19	16	23	40	1.91
84810824--84810891	30	2.3	30	97	0	127	36	19	11	32	1.88
84813898--84813960	31	2.0	31	96	0	117	22	30	26	20	1.98
84839961--84840051	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
84840068--84840190	22	5.3	22	64	27	67	24	29	12	34	1.91
84840031--84840208	47	3.8	47	87	0	221	24	31	10	33	1.90
84840180--84840236	28	2.0	28	93	0	96	28	33	3	35	1.74
84840133--84841129	69	14.0	75	60	26	298	27	29	10	32	1.90
84840208--84841418	47	25.8	47	96	0	2057	27	29	10	32	1.90
84840102--84840330	122	1.9	122	92	0	386	25	29	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84847118--84847166	24	2.0	24	96	0	89	44	22	16	16	1.86
84853376--84853560	45	4.0	46	83	8	200	27	16	29	26	1.97
84853376--84853564	48	4.0	46	84	5	204	26	16	29	26	1.97
84856537--84856770	39	6.0	39	77	1	182	34	30	16	18	1.94
84856593--84856770	79	2.3	78	83	1	212	32	32	17	17	1.94
84856858--84856929	36	2.0	36	94	0	126	41	19	11	27	1.85
84860174--84860290	42	2.7	42	80	6	128	31	27	17	23	1.97
84864339--84864396	22	2.7	22	75	15	59	37	0	22	39	1.54
84873478--84873846	48	7.8	47	74	10	195	26	17	30	25	1.98
84873622--84873848	96	2.3	96	82	7	264	26	18	29	25	1.98
84873673--84873848	47	3.6	48	79	7	169	26	18	29	25	1.98
84881065--84881164	50	2.0	50	96	0	182	19	22	29	30	1.97
84883574--84883738	40	4.2	40	80	9	194	25	28	21	24	1.99
84883582--84883685	39	2.6	40	89	1	156	25	28	20	25	1.99
84883582--84883736	79	2.0	80	83	6	199	25	28	21	25	1.99
84884870--84884989	56	2.1	56	98	0	231	23	23	9	44	1.82
84886127--84886164	11	3.5	11	96	3	69	36	13	21	28	1.91
84886119--84886196	32	2.5	32	79	4	79	38	12	16	32	1.87
84886230--84886302	25	2.9	25	81	0	83	27	20	21	30	1.98
84892339--84892442	52	2.0	52	92	0	172	26	14	29	28	1.95
84892960--84893090	66	2.0	65	95	1	235	20	33	4	41	1.73
84894219--84894269	25	2.0	25	84	0	66	35	19	21	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84894299--84894365	10	6.6	10	77	6	64	34	11	19	34	1.88
84894299--84894365	21	3.3	21	83	4	75	34	11	19	34	1.88
84897299--84897324	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
84899557--84899726	40	4.3	39	87	5	207	24	28	21	25	1.99
84908382--84908922	47	11.5	47	92	1	850	32	8	29	29	1.87
84909041--84909119	37	2.1	37	86	4	106	26	17	29	26	1.98
84911265--84911389	63	2.0	62	96	0	223	28	18	21	31	1.97
84915993--84916113	47	2.6	45	80	13	129	28	17	28	25	1.97
84916039--84916253	92	2.3	95	82	7	251	26	17	32	24	1.97
84916032--84916253	47	4.7	46	77	12	202	26	17	32	23	1.97
84918457--84918535	38	2.1	37	86	6	106	26	30	17	25	1.97
84918654--84919043	47	8.2	47	91	2	609	28	30	8	32	1.88
84918654--84919043	144	2.7	143	92	0	627	28	30	8	32	1.88
84918669--84919043	191	2.0	189	91	2	608	28	30	9	31	1.88
84926675--84926826	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
84926675--84926826	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
84930297--84930409	56	2.0	56	91	0	181	17	16	32	32	1.93
84942230--84942282	15	3.5	15	78	0	70	11	13	13	62	1.55
84942204--84942291	30	3.0	30	83	1	97	11	15	14	57	1.64
84942230--84942292	15	4.3	14	74	9	54	9	14	14	61	1.55
84944673--84944846	46	3.8	45	80	10	208	21	20	29	28	1.98
84944667--84944838	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84948781--84948841	30	2.0	30	87	12	90	42	6	22	27	1.78
84948835--84948963	65	2.0	65	100	0	258	40	3	17	38	1.68
84949617--84949824	67	3.2	64	78	10	206	30	15	30	23	1.95
84953131--84953187	30	1.9	30	85	0	78	43	7	21	28	1.78
84953917--84954100	67	2.8	64	75	8	176	29	16	29	23	1.97
84960772--84960955	67	2.9	63	76	8	174	30	16	28	23	1.96
84973225--84973394	40	4.3	40	87	0	216	27	28	20	24	1.99
84973225--84973371	79	1.8	79	86	1	213	28	27	19	24	1.98
84973261--84973447	80	2.3	79	81	4	205	27	28	19	24	1.99
84973379--84973456	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
84983146--84983323	49	3.7	49	80	6	168	32	21	23	23	1.98
84983146--84983323	98	1.8	97	85	3	250	32	21	23	23	1.98
84988005--84988043	20	2.1	19	85	9	53	51	17	28	2	1.59
84988278--84988369	46	2.0	46	95	0	166	36	23	18	20	1.94
84992937--84992976	17	2.4	17	86	0	53	15	25	30	30	1.95
84998194--84998248	15	3.7	15	77	0	65	12	14	14	58	1.64
84998192--84998264	15	4.9	15	69	17	53	9	15	13	61	1.56
84998192--84998263	30	2.4	31	81	6	94	9	15	13	61	1.57
84999742--85000028	143	2.0	144	89	2	443	36	12	19	31	1.89
85000284--85000323	20	2.0	21	85	5	55	42	2	17	37	1.63
85001124--85001254	49	2.7	47	79	3	136	30	20	25	23	1.99
85009103--85009146	23	2.0	22	82	13	54	43	15	0	40	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85013935--85013970	16	2.3	16	90	4	56	55	0	11	33	1.35
85020281--85020314	17	2.1	17	94	5	61	64	5	11	17	1.45
85022115--85022373	47	5.6	46	72	13	131	24	27	19	27	1.99
85022112--85022238	44	2.8	44	78	7	139	22	29	20	26	1.98
85022209--85022376	46	3.6	45	76	12	169	24	27	20	27	1.99
85023928--85023958	13	2.4	13	100	0	62	12	16	38	32	1.86
85027523--85027563	14	2.9	14	88	0	64	63	0	0	36	0.95
85028444--85028468	12	2.1	12	100	0	50	0	0	8	92	0.40
85030869--85030912	20	2.2	20	84	4	54	29	0	15	54	1.42
85030913--85030957	19	2.4	19	100	0	90	22	15	28	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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