genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71030852--71030943	40	2.3	40	85	7	116	31	17	23	27	1.97
71032709--71032763	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
71042617--71042648	16	2.0	16	93	0	55	81	9	0	9	0.88
71044699--71044736	18	2.2	18	86	13	53	31	7	2	57	1.41
71057281--71057305	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
71057854--71058032	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
71057856--71058011	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
71057852--71058032	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
71060343--71060600	133	1.9	133	87	4	378	31	19	21	27	1.97
71060379--71060631	132	1.9	132	84	4	332	32	19	21	26	1.97
71060457--71061159	180	3.9	177	81	6	832	30	18	24	26	1.97
71060455--71061203	356	2.1	356	91	0	1212	31	17	24	26	1.97
71061436--71061467	16	2.0	16	93	0	55	81	9	0	9	0.88
71063869--71063899	12	2.6	12	100	0	62	38	0	16	45	1.47
71065169--71065329	59	2.9	55	80	9	182	43	18	22	14	1.87
71066526--71066591	33	2.0	33	100	0	132	45	12	21	21	1.84
71066375--71066765	210	1.9	210	89	1	604	33	18	23	25	1.97
71066629--71066892	90	3.0	87	66	11	203	31	17	24	26	1.97
71066559--71067035	178	2.7	177	82	5	579	32	17	23	25	1.97
71070670--71070727	24	2.4	24	94	0	98	41	17	6	34	1.76
71076452--71076522	35	2.0	35	94	0	124	43	5	5	45	1.51
71082829--71082945	57	2.1	57	95	0	207	37	5	27	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71088522--71088689	87	1.9	87	80	8	198	42	16	5	35	1.70
71088716--71088805	26	3.3	27	74	19	80	60	2	0	37	1.09
71088833--71088887	28	2.0	28	85	7	76	63	3	3	29	1.28
71091643--71091676	17	1.9	18	88	5	52	35	5	20	38	1.77
71094158--71094197	20	2.0	20	90	0	62	42	27	25	5	1.75
71097734--71097760	12	2.2	12	100	0	54	33	7	18	40	1.78
71099153--71099196	23	1.9	23	95	0	79	20	20	15	43	1.88
71112469--71112684	46	4.7	45	75	12	163	23	30	19	26	1.98
71115483--71115857	185	2.0	185	95	0	678	35	22	13	28	1.92
71137392--71137624	39	6.0	39	98	0	439	28	23	24	23	2.00
71145851--71145910	29	2.1	29	90	0	93	33	21	16	28	1.95
71147560--71147601	7	6.0	7	91	0	57	40	4	30	23	1.75
71148548--71148578	9	3.4	9	95	0	53	32	0	9	58	1.31
71149304--71149410	49	2.1	50	91	5	171	32	10	7	49	1.65
71155364--71157279	765	2.5	764	98	0	3683	44	16	21	17	1.87
71164064--71164170	50	2.2	50	98	1	207	27	23	11	38	1.88
71176295--71176585	146	2.0	146	97	0	555	27	22	20	28	1.99
71178179--71179080	40	22.6	40	98	0	1718	27	22	27	22	1.99
71180937--71180974	20	2.0	20	89	5	60	21	26	34	18	1.96
71181083--71181156	28	2.6	28	89	2	112	25	14	32	27	1.95
71181083--71181147	29	2.3	29	94	2	114	26	15	32	26	1.95
71181433--71181493	27	2.3	27	83	5	72	49	22	6	21	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71181450--71181578	27	4.8	27	77	9	104	41	24	10	24	1.85
71188260--71188402	55	2.6	55	81	6	164	14	27	30	27	1.95
71196196--71196256	31	2.0	31	100	0	122	27	22	9	39	1.86
71198041--71198157	42	2.8	42	75	6	112	35	23	14	25	1.93
71200053--71200101	24	2.0	24	88	0	71	32	22	16	28	1.95
71202726--71202811	43	2.0	43	95	0	154	29	6	12	51	1.66
71202847--71202946	40	2.5	40	83	0	128	20	17	27	36	1.94
71204874--71204908	13	2.6	14	86	9	54	71	25	0	2	1.00
71209105--71209169	26	2.5	26	80	11	73	13	13	3	69	1.31
71221081--71221157	40	1.9	40	94	0	136	19	16	24	38	1.92
71228916--71228970	29	1.9	28	92	3	92	18	20	29	32	1.96
71236179--71236358	49	3.8	48	80	10	201	21	29	20	28	1.98
71240935--71241014	42	1.9	42	82	5	99	22	33	26	17	1.96
71247853--71247898	17	2.7	17	80	6	58	21	19	19	39	1.93
71248767--71248863	27	3.3	27	68	18	86	31	18	12	37	1.88
71248793--71248891	34	3.1	34	66	19	104	29	20	13	37	1.90
71248767--71248891	61	2.0	61	100	0	250	30	19	12	37	1.89
71252686--71252739	22	2.5	21	77	11	56	14	35	35	14	1.88
71257461--71257506	17	2.7	17	80	6	58	19	19	21	39	1.93
71283874--71283946	20	3.7	20	80	7	85	10	26	21	41	1.86
71284899--71284946	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
71289956--71290360	27	15.0	26	90	3	515	34	18	20	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71289956--71290361	81	5.0	80	88	4	575	34	18	20	27	1.96
71290586--71290675	28	3.3	28	84	7	123	18	20	22	38	1.93
71290585--71290695	27	4.1	26	84	12	127	19	20	20	38	1.93
71290585--71290695	54	2.1	54	84	6	145	19	20	20	38	1.93
71290998--71291054	27	2.1	27	87	6	80	15	22	24	36	1.94
71291199--71291261	31	2.0	31	84	0	81	23	22	9	44	1.82
71291242--71291282	6	6.8	6	82	0	55	19	17	12	51	1.76
71291270--71291303	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
71296809--71296842	11	3.2	11	95	4	61	26	0	17	55	1.42
71298581--71298712	48	2.7	48	89	2	192	18	16	30	34	1.93
71300456--71300551	40	2.4	40	81	6	106	35	23	14	26	1.93
71304744--71304809	29	2.2	30	75	5	71	36	13	9	40	1.76
71304998--71305054	24	2.4	24	96	0	105	14	0	28	57	1.37
71305060--71305158	28	3.6	28	90	4	141	48	1	16	34	1.53
71305237--71306042	126	6.4	126	83	3	827	40	14	17	28	1.88
71312137--71312175	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
71321019--71321079	29	2.1	29	96	0	113	0	39	0	60	0.97
71321753--71321783	16	1.9	16	93	0	53	48	16	22	12	1.80
71322481--71322544	33	2.0	32	84	9	85	20	26	26	26	1.99
71323333--71323475	42	3.4	42	70	0	97	27	26	16	30	1.96
71323379--71323487	42	2.6	42	74	0	110	30	24	13	31	1.94
71336133--71336164	16	2.0	16	93	0	55	46	6	9	37	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71337957--71337988	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
71339435--71339534	29	3.5	29	84	1	130	26	15	31	28	1.95
71339435--71339543	57	1.9	58	86	1	157	27	14	30	27	1.95
71340397--71340435	15	2.6	15	87	0	51	30	2	5	61	1.31
71343963--71344013	21	2.5	21	81	6	61	56	1	5	35	1.35
71344128--71344202	35	2.1	35	82	7	89	64	1	5	29	1.24
71344128--71344204	36	2.2	34	84	9	93	62	1	5	31	1.25
71344388--71344413	9	2.9	9	100	0	52	34	0	7	57	1.27
71347627--71347661	17	2.1	17	88	0	52	45	0	2	51	1.16
71347799--71347829	14	2.3	13	94	5	53	51	0	3	45	1.17
71357624--71357744	64	1.9	65	87	1	181	21	24	4	48	1.70
71366739--71367306	294	1.9	294	88	2	845	29	15	21	32	1.95
71373622--71373775	42	3.6	42	82	1	191	30	14	23	31	1.95
71373622--71373780	85	1.9	84	84	1	210	30	14	23	31	1.94
71387855--71388071	40	5.5	40	91	3	316	24	23	27	24	2.00
71387851--71388071	119	1.9	119	87	5	331	25	22	27	24	2.00
71405905--71405942	18	2.1	18	100	0	76	47	0	26	26	1.52
71405908--71405949	18	2.3	18	91	0	66	40	4	28	26	1.76
71408272--71408386	44	2.6	44	84	2	151	20	17	33	29	1.95
71408360--71408487	49	2.6	49	83	4	161	27	22	27	22	1.99
71408467--71408537	32	2.2	32	97	0	133	23	23	18	33	1.96
71408973--71409012	21	2.0	20	90	5	62	10	37	30	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71415139--71415264	46	2.8	45	85	4	164	30	17	28	23	1.97
71415325--71415450	49	2.6	49	88	3	173	26	23	29	19	1.99
71416631--71416673	21	2.0	21	100	0	86	9	39	27	23	1.85
71418984--71419871	444	2.0	444	100	0	1776	31	20	16	31	1.95
71422843--71422904	24	2.5	24	82	7	63	67	4	1	25	1.19
71423127--71423151	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
71423282--71423324	18	2.2	19	88	12	61	62	9	0	27	1.25
71423512--71423589	30	2.6	30	87	4	104	28	0	2	69	1.02
71423510--71423601	15	5.9	16	72	10	66	27	0	3	69	1.04
71424030--71424092	27	2.2	28	75	10	67	60	1	1	36	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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