genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  230  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76378544--76378640	49	2.0	49	89	0	149	25	28	6	39	1.80
76401626--76401665	15	2.7	15	92	0	62	32	20	10	37	1.85
76407975--76408015	20	2.0	21	90	4	66	0	21	0	78	0.76
76407980--76408014	17	2.0	18	94	5	63	0	20	0	80	0.72
76409150--76409246	40	2.4	41	88	6	137	27	29	16	25	1.97
76410546--76410584	12	3.3	12	82	3	53	82	0	10	7	0.86
76411850--76411957	49	2.2	48	82	11	123	27	15	29	26	1.96
76411897--76411957	24	2.5	24	89	0	86	26	14	31	27	1.95
76416110--76416174	15	4.4	16	67	25	52	20	23	0	56	1.42
76416094--76416179	43	2.0	43	90	0	136	23	22	1	53	1.53
76434382--76434442	17	3.6	17	70	16	63	16	1	6	75	1.09
76434387--76434459	34	2.1	34	100	0	146	19	2	5	72	1.16
76434404--76434460	17	3.4	17	68	18	55	22	3	3	70	1.18
76437753--76437791	15	2.4	16	83	12	53	25	2	0	71	0.98
76437918--76437964	13	3.3	14	76	11	51	19	0	4	76	0.95
76440229--76440400	43	4.0	42	75	11	152	33	25	18	22	1.96
76447885--76448005	43	2.8	44	80	7	133	28	23	19	27	1.99
76449488--76449527	10	3.9	10	83	6	53	75	0	15	10	1.05
76449488--76449526	11	3.7	10	86	10	51	76	0	15	7	0.99
76458969--76459120	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
76458969--76459145	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
76466954--76467131	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76466975--76467130	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76467615--76467641	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
76471413--76471592	39	4.6	39	96	0	333	18	23	30	27	1.97
76474463--76474612	73	2.1	73	89	0	228	34	30	15	20	1.93
76489995--76490172	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
76490016--76490171	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76499336--76499484	41	3.9	37	82	7	147	34	27	14	24	1.94
76499341--76499484	36	3.8	36	82	8	144	35	27	13	23	1.93
76499338--76499517	40	4.6	40	81	6	170	35	25	13	26	1.93
76504104--76504173	19	4.2	17	67	20	58	54	12	1	31	1.47
76522629--76522662	14	2.4	14	90	0	50	32	2	14	50	1.58
76522638--76522666	14	2.1	14	100	0	58	27	6	24	41	1.80
76523557--76523642	43	2.0	43	100	0	172	34	11	13	39	1.82
76524046--76524177	47	2.8	48	80	10	153	24	18	31	26	1.97
76524847--76524902	18	3.3	18	72	27	68	35	3	5	55	1.40
76524834--76524906	32	2.3	32	95	0	137	35	2	9	52	1.49
76526391--76526564	49	3.5	49	84	1	258	24	16	28	29	1.97
76526383--76526566	99	1.9	99	97	0	350	24	16	29	29	1.97
76528613--76528722	26	4.2	26	92	2	168	34	5	24	35	1.79
76538731--76538838	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
76547683--76547754	13	5.3	13	75	14	56	62	1	1	34	1.13
76550362--76550402	19	2.2	19	86	0	55	39	0	17	43	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76557752--76557789	8	4.9	8	83	6	51	10	5	39	44	1.61
76560943--76561062	48	2.5	49	86	1	152	53	2	3	40	1.31
76562535--76562614	39	2.1	39	95	0	142	27	20	13	38	1.90
76562535--76562598	21	3.2	21	69	13	71	28	21	14	35	1.92
76562543--76562607	21	3.2	20	68	14	62	24	21	12	41	1.87
76562535--76562624	39	2.3	39	90	0	126	26	21	12	40	1.88
76572658--76572734	38	2.0	38	92	0	127	27	23	11	37	1.89
76572704--76572822	53	2.2	53	80	0	139	26	25	13	35	1.93
76572927--76572965	19	2.1	19	95	0	69	38	23	5	33	1.77
76576631--76576689	8	7.1	8	73	19	50	67	1	0	30	1.00
76577067--76577139	21	3.8	20	79	10	73	49	2	0	47	1.15
76577104--76577148	21	2.1	21	95	0	81	51	4	2	42	1.34
76577233--76577474	88	2.7	87	79	8	236	37	20	10	32	1.86
76577620--76577673	27	1.9	28	82	14	67	57	0	5	37	1.22
76577708--76577770	21	3.0	20	81	6	63	65	1	6	26	1.26
76578023--76578164	30	4.9	29	74	15	107	32	1	4	61	1.23
76578023--76578162	29	4.9	28	76	12	108	31	1	4	62	1.23
76578556--76578604	9	5.1	9	78	11	53	26	0	2	71	0.97
76578568--76578604	10	3.8	10	83	16	51	27	0	0	72	0.84
76578568--76578609	20	2.0	21	90	4	68	30	2	0	66	1.04
76580512--76580636	46	2.7	46	86	2	162	16	19	13	50	1.78
76580567--76580854	45	6.4	45	82	4	206	21	18	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76581787--76581843	23	2.4	24	77	8	64	35	7	3	54	1.45
76582755--76582792	14	2.7	14	100	0	76	50	26	7	15	1.72
76584819--76584928	23	4.7	23	82	4	123	25	20	18	35	1.95
76584792--76584928	46	2.9	46	79	7	125	27	20	17	34	1.95
76585138--76585212	20	3.7	21	75	8	75	34	5	16	44	1.70
76585139--76585214	40	1.9	40	84	10	102	34	5	15	44	1.69
76585237--76585285	20	2.5	20	79	0	53	36	8	22	32	1.84
76587895--76587928	7	4.7	7	85	7	50	29	0	0	70	0.87
76588429--76588506	40	2.0	40	89	0	120	20	30	8	39	1.83
76589456--76589503	25	1.9	25	83	8	62	10	10	8	70	1.33
76593124--76593207	32	2.6	31	79	3	96	28	3	16	51	1.61
76595256--76595320	20	3.3	19	72	23	62	32	3	0	64	1.09
76596633--76596692	24	2.5	24	75	5	59	60	0	1	38	1.07
76599230--76599275	23	2.0	23	100	0	92	34	13	17	34	1.88
76606644--76606742	48	2.1	48	100	0	198	27	23	12	37	1.90
76610129--76610176	22	2.2	22	96	0	87	31	0	0	68	0.90
76610129--76610170	15	2.8	15	81	0	57	35	0	0	64	0.94
76615218--76615246	13	2.3	13	94	5	51	82	6	10	0	0.83
76617823--76617961	3	47.3	3	74	4	113	61	1	7	29	1.31
76617932--76617968	18	2.1	18	89	0	56	64	0	0	35	0.94
76640490--76640538	24	1.9	26	88	12	75	46	14	4	34	1.63
76642415--76642508	20	4.6	20	75	19	88	55	1	2	41	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76642464--76642512	24	2.0	24	84	0	62	46	2	2	48	1.25
76642474--76642516	15	2.8	16	78	7	52	53	2	0	44	1.13
76642496--76642541	19	2.5	19	80	13	51	67	2	0	30	1.03
76642416--76642532	42	2.9	42	76	12	104	56	1	1	40	1.20
76645092--76645120	14	2.0	15	93	6	51	37	13	0	48	1.43
76646577--76646610	15	2.3	15	89	0	50	35	5	0	58	1.22
76646588--76646621	13	2.6	13	90	0	50	41	2	0	55	1.15
76646747--76646779	11	3.1	11	86	8	50	78	0	0	21	0.75
76647220--76647264	19	2.5	17	80	16	54	42	4	8	44	1.56
76654731--76654827	6	15.8	6	72	16	74	47	15	17	19	1.83
76654740--76654850	31	3.5	31	90	1	150	50	12	17	19	1.77
76654987--76655088	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
76655247--76655310	22	2.9	22	75	9	67	34	21	21	21	1.97
76655756--76655897	27	5.3	27	87	5	180	23	20	21	34	1.97
76655756--76655905	81	1.9	81	84	5	205	24	19	20	35	1.96
76655900--76655975	27	2.8	27	79	0	80	32	7	25	34	1.85
76655955--76656073	27	4.4	27	81	6	107	32	9	19	38	1.83
76655998--76657202	27	44.6	27	94	0	2108	30	10	21	37	1.87
76664219--76664256	19	2.0	19	100	0	76	31	15	26	26	1.96
76671873--76672019	40	3.7	40	92	0	249	29	20	28	21	1.98
76678377--76678481	53	2.0	53	98	0	201	33	8	20	38	1.83
76693029--76693239	46	4.5	46	76	12	187	27	18	30	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76701555--76701660	45	2.3	45	91	1	176	20	21	15	42	1.89
76718611--76718786	46	3.8	46	75	14	182	22	19	28	28	1.98
76718608--76718778	93	1.8	93	91	2	281	22	20	29	28	1.98
76719007--76719044	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
76726197--76726369	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
76726194--76726364	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
76733786--76733958	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
76733783--76733953	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
76734182--76734219	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
76742446--76742716	49	5.6	49	75	9	175	29	20	27	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322