genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95615039--95615137	50	2.0	50	89	0	153	29	29	12	29	1.93
95619922--95620173	40	6.3	40	92	1	400	27	27	20	23	1.99
95623453--95623488	16	2.1	18	90	10	58	75	0	13	11	1.06
95625186--95625362	40	4.4	40	82	4	225	23	21	28	27	1.99
95628037--95628072	16	2.2	16	100	0	72	44	5	5	44	1.50
95629918--95629969	27	1.9	27	88	0	77	36	36	7	19	1.80
95630863--95630898	17	2.1	17	90	10	56	0	16	8	75	1.04
95632739--95632768	15	1.9	16	93	6	53	50	20	6	23	1.71
95636413--95636635	40	5.6	39	80	8	200	26	21	26	25	1.99
95639533--95639748	47	4.6	44	76	12	166	26	18	30	23	1.98
95642092--95642122	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
95642089--95642128	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
95645884--95645941	29	2.0	30	82	3	73	29	13	10	46	1.77
95669654--95669727	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
95675227--95675301	37	2.0	37	100	0	150	34	17	13	34	1.89
95681832--95681875	22	2.0	22	100	0	88	27	9	31	31	1.88
95700956--95701138	40	4.6	39	77	12	169	25	27	21	25	2.00
95700956--95701139	79	2.3	80	81	11	202	25	27	21	25	2.00
95710394--95710658	40	6.7	40	89	4	349	25	28	21	24	1.99
95710394--95710658	119	2.2	121	85	3	367	25	28	21	24	1.99
95712477--95712547	21	3.2	21	70	18	72	38	26	14	21	1.91
95712459--95712547	45	2.0	45	97	0	169	38	26	13	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95712459--95712527	24	3.0	24	66	20	65	37	27	13	21	1.90
95725469--95725640	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
95725461--95725636	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
95725512--95725655	46	3.1	46	71	18	127	30	27	19	22	1.98
95732321--95732371	25	2.0	25	100	0	102	49	7	19	23	1.74
95739275--95739342	33	2.1	33	97	0	127	23	8	10	57	1.60
95745034--95745059	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
95748029--95748099	21	3.4	21	92	0	124	14	28	36	21	1.92
95748639--95748679	21	2.0	21	100	0	82	29	19	9	41	1.83
95750552--95750859	46	6.6	46	76	14	201	23	29	17	29	1.97
95751199--95751278	30	2.6	30	94	2	142	30	28	8	32	1.87
95753105--95753177	36	2.0	36	86	0	101	35	20	10	32	1.88
95769879--95770111	40	5.8	40	79	5	236	34	15	27	22	1.94
95769873--95770124	80	3.2	80	78	5	276	34	15	27	21	1.94
95769874--95770124	120	2.1	118	83	4	331	35	15	27	21	1.94
95772663--95772835	43	4.0	44	76	8	158	28	15	24	32	1.95
95777683--95777843	24	6.6	24	69	13	96	24	12	30	32	1.92
95777683--95777843	48	3.3	49	74	10	159	24	12	30	32	1.92
95784232--95784362	24	5.3	24	72	8	120	23	13	30	32	1.93
95794813--95794853	21	2.0	21	95	0	73	31	26	0	41	1.56
95799398--95799619	50	4.6	50	79	9	212	24	30	17	27	1.97
95799438--95799619	98	1.9	94	86	4	256	22	30	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95799398--95799619	48	4.6	47	79	10	211	24	30	17	27	1.97
95802111--95802218	54	2.0	54	96	0	198	38	8	16	36	1.79
95803311--95804371	50	21.8	49	77	5	976	28	19	27	24	1.98
95803320--95804369	243	4.3	243	98	0	2005	28	19	27	24	1.98
95804984--95805123	70	2.0	70	98	0	271	42	5	17	35	1.73
95813331--95813356	11	2.4	11	100	0	52	61	23	15	0	1.33
95814323--95814349	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
95820204--95820260	29	2.0	29	100	0	114	31	10	31	26	1.90
95820539--95820643	28	3.8	28	89	0	147	35	20	25	19	1.95
95821763--95821825	25	2.5	25	80	10	67	65	0	30	4	1.13
95823248--95823744	249	2.0	249	98	0	958	34	18	12	33	1.89
95823797--95824427	37	17.1	37	99	0	1226	24	32	19	23	1.97
95824572--95824708	46	3.0	46	89	0	202	25	30	8	35	1.86
95824682--95824832	47	3.2	47	90	0	230	24	29	13	32	1.93
95827353--95828066	47	15.1	46	94	2	1104	31	11	31	26	1.91
95828040--95828130	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
95828277--95828347	37	1.9	37	91	0	115	25	19	29	25	1.99
95829162--95829352	47	4.0	47	87	5	292	26	30	13	30	1.93
95831908--95831939	16	2.0	16	100	0	64	31	25	12	31	1.92
95833231--95834501	40	31.8	40	96	0	2245	25	25	22	26	2.00
95835718--95835801	37	2.3	37	91	0	132	26	32	17	23	1.97
95835946--95836075	46	2.8	46	79	8	131	25	30	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95838799--95838828	3	9.7	3	92	7	51	70	0	0	30	0.88
95838798--95838825	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
95840837--95840924	28	3.2	28	82	3	108	36	20	25	18	1.95
95843029--95843062	16	2.1	16	94	0	59	70	2	0	26	1.01
95844922--95845105	79	2.3	81	81	11	213	24	27	22	25	2.00
95844922--95845105	40	4.6	41	82	12	190	24	27	22	25	2.00
95849360--95849384	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
95854250--95854422	43	4.0	43	78	5	172	27	15	24	32	1.95
95863465--95863535	26	2.6	26	84	6	70	43	2	21	32	1.67
95863491--95863535	13	3.5	13	78	0	54	44	2	22	31	1.65
95863480--95863535	26	2.1	27	90	3	87	46	1	21	30	1.62
95879024--95879086	13	4.6	14	72	16	53	74	3	15	6	1.15
95884726--95884908	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
95884726--95884908	40	4.6	40	83	9	214	24	22	27	25	2.00
95884777--95884941	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
95888641--95888873	39	6.0	39	90	0	367	22	24	28	24	2.00
95897548--95897724	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
95897548--95897699	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
95905137--95905287	27	5.6	27	81	4	169	29	27	15	27	1.96
95905137--95905287	55	2.8	55	80	4	171	29	27	15	27	1.96
95908280--95908388	54	2.0	53	85	1	146	11	38	11	38	1.78
95913534--95913750	40	5.5	40	83	6	246	23	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95913534--95913750	79	2.7	80	80	10	241	23	23	28	25	1.99
95913534--95913750	119	1.8	119	82	7	280	23	23	28	25	1.99
95915437--95915469	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
95918319--95919185	6	144.3	6	98	0	1655	82	0	0	16	0.70
95918362--95919185	1	824.0	1	66	0	415	83	0	0	16	0.65
95924572--95924604	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
95926071--95926102	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
95936210--95936268	23	2.6	23	94	0	109	16	27	30	25	1.97
95938325--95938474	43	3.5	43	78	12	148	34	26	14	24	1.94
95950886--95951017	40	3.3	40	85	3	142	27	28	20	24	1.99
95950914--95951068	79	2.0	80	83	6	199	26	27	20	25	1.99
95950914--95951023	39	2.8	39	85	2	148	27	28	18	26	1.98
95958601--95959583	40	24.6	40	96	0	1756	25	27	21	24	2.00
95960680--95960979	150	2.0	150	100	0	600	21	26	11	41	1.86
95961574--95961718	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
95965433--95965553	61	2.0	61	98	0	233	30	22	6	40	1.79
95966373--95966578	27	7.6	27	87	4	261	29	28	14	27	1.95
95966373--95966578	55	3.8	55	86	2	272	29	28	14	27	1.95
95966373--95966577	82	2.5	83	86	3	265	29	28	14	26	1.95
95971741--95971789	21	2.3	21	82	6	64	20	28	36	14	1.92
95972858--95972972	47	2.5	47	84	7	137	23	31	19	26	1.98
95974134--95974186	22	2.4	22	72	12	54	32	24	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95974329--95974451	41	3.0	41	89	0	183	24	29	23	22	1.99
95974697--95974914	27	8.1	27	78	6	181	31	7	18	42	1.78
95974716--95974898	81	2.3	81	80	7	203	30	7	18	44	1.76
95974828--95974937	27	4.1	27	83	5	116	29	8	21	40	1.82
95974878--95974937	26	2.3	27	88	2	95	31	10	23	35	1.88
95976299--95976441	41	3.5	41	89	3	211	25	25	23	25	2.00
95981553--95981590	19	2.0	19	85	10	51	26	31	5	36	1.79
95988868--95989088	93	2.4	94	78	11	222	30	19	27	23	1.98
95988868--95989088	47	4.7	47	77	11	181	30	19	27	23	1.98
95989928--95990180	126	2.0	126	87	3	366	21	21	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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