genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30184931--30184996	6	10.8	6	78	15	73	48	15	18	18	1.81
30184931--30184996	31	2.2	30	91	2	105	48	15	18	18	1.81
30185352--30185410	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
30185501--30185580	27	3.0	26	87	3	97	36	20	22	21	1.95
30185631--30185697	31	2.2	31	94	0	116	37	23	10	28	1.88
30185810--30186005	27	7.3	27	84	0	212	26	18	18	36	1.94
30185799--30185905	54	2.0	54	80	7	119	27	21	19	31	1.97
30186010--30186662	27	24.2	27	82	4	710	40	9	21	28	1.84
30186015--30186644	108	5.8	108	87	2	872	40	8	22	28	1.84
30195953--30195990	17	2.2	17	100	0	76	42	15	15	26	1.87
30200074--30200317	49	4.9	50	77	4	242	25	18	25	29	1.98
30204340--30204559	79	2.8	79	81	8	234	25	26	21	25	1.99
30204356--30204559	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
30205776--30206091	159	2.0	158	96	1	589	26	18	14	40	1.89
30206556--30206739	67	2.8	64	74	10	178	29	16	30	23	1.96
30211895--30212086	40	4.8	40	81	5	192	26	25	20	27	1.99
30211895--30212089	80	2.5	79	81	4	214	26	25	20	28	1.99
30215128--30215301	49	3.5	49	84	1	249	26	17	27	28	1.97
30215120--30215301	99	1.8	99	95	0	328	26	17	28	28	1.98
30234467--30234539	29	2.5	29	86	0	92	27	34	17	20	1.95
30234429--30234539	58	1.9	57	81	1	132	28	33	14	23	1.94
30236002--30236033	16	2.0	16	100	0	64	6	6	37	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30243877--30243922	18	2.4	20	92	7	78	26	32	0	41	1.56
30244344--30244370	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
30250269--30250302	16	2.1	17	88	5	52	11	5	29	52	1.61
30251716--30251939	43	5.2	43	77	1	173	28	28	16	27	1.97
30256897--30256958	22	2.9	20	75	17	54	45	29	0	25	1.54
30257108--30257161	21	2.5	21	75	3	63	44	31	0	24	1.54
30257148--30257218	21	3.5	20	74	16	65	35	43	1	19	1.60
30257148--30257218	14	5.1	14	77	12	67	35	43	1	19	1.60
30257195--30257250	21	2.6	22	80	2	60	42	39	0	17	1.50
30257195--30257247	22	2.5	21	84	3	61	43	37	0	18	1.51
30260147--30260466	154	2.1	155	91	1	527	33	8	15	43	1.76
30262760--30262790	14	2.2	14	100	0	62	32	0	6	61	1.21
30262952--30262987	18	2.0	18	100	0	72	61	11	5	22	1.50
30264577--30264658	32	2.6	32	92	0	128	12	35	26	25	1.91
30265326--30265371	5	8.8	5	85	4	56	78	0	2	19	0.86
30274344--30274379	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
30274512--30274745	39	6.0	39	87	2	310	32	26	19	21	1.97
30276589--30276613	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
30280657--30280890	39	6.0	39	90	2	337	31	27	20	20	1.97
30283243--30283296	26	2.1	26	93	6	92	20	3	14	61	1.49
30283311--30283340	10	3.0	10	90	0	51	16	0	0	83	0.65
30287959--30288026	30	2.3	30	100	0	136	20	38	25	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30292759--30292811	19	2.7	19	85	2	70	37	9	1	50	1.46
30292756--30292822	20	3.4	19	81	2	62	38	11	1	47	1.50
30294951--30295173	80	2.8	80	86	1	304	25	27	24	22	2.00
30294951--30295173	120	1.9	120	86	3	324	25	27	24	22	2.00
30294951--30295173	40	5.6	39	89	1	275	25	27	24	22	2.00
30297567--30297592	11	2.4	11	100	0	52	76	0	15	7	0.99
30303440--30303586	27	5.4	27	82	0	159	25	23	18	32	1.97
30303815--30303855	18	2.3	18	95	4	75	24	29	31	14	1.95
30303815--30303866	18	2.9	18	88	8	63	26	32	26	13	1.94
30305859--30305907	24	2.0	24	96	0	89	36	10	20	32	1.86
30306175--30306251	33	2.3	33	80	10	86	24	24	18	32	1.97
30311225--30311333	54	2.0	54	84	7	141	35	21	22	20	1.96
30311225--30311326	27	3.8	26	85	7	116	35	19	23	21	1.96
30312654--30312775	46	2.7	46	94	0	208	29	28	21	20	1.98
30312652--30312794	46	3.1	45	86	4	137	29	28	20	20	1.98
30313198--30313257	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
30316340--30316516	49	3.7	48	82	6	200	25	19	25	28	1.98
30316339--30316529	95	2.0	96	86	5	267	27	19	25	28	1.99
30319267--30319334	15	4.5	15	77	14	68	14	14	14	55	1.69
30320867--30320927	30	2.0	30	83	0	77	39	6	24	29	1.80
30321362--30321533	49	3.4	50	82	3	229	24	18	27	29	1.98
30342264--30342367	27	3.9	28	82	5	126	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30354318--30354360	13	3.2	12	81	18	50	18	18	13	48	1.80
30355323--30355368	23	2.0	23	100	0	92	26	8	17	47	1.76
30357595--30357805	79	2.7	79	82	2	253	31	18	29	20	1.96
30357663--30357821	79	2.0	79	86	2	221	32	20	27	19	1.97
30362171--30362214	16	2.8	15	86	6	52	45	4	4	45	1.44
30362503--30362618	10	12.6	9	74	19	66	33	0	4	61	1.22
30362561--30362636	9	8.6	9	75	12	68	32	1	2	63	1.17
30362511--30362618	19	5.9	17	70	19	76	33	0	4	61	1.23
30362531--30362663	28	4.8	28	70	18	71	29	2	3	64	1.23
30362524--30362665	9	15.3	9	72	10	63	28	2	3	65	1.20
30363031--30363076	23	2.0	23	87	4	67	23	0	13	63	1.30
30365934--30366177	122	2.0	122	95	0	434	41	18	15	23	1.89
30369009--30369341	131	2.6	129	86	2	436	34	18	18	28	1.94
30385571--30385654	26	3.2	26	93	0	150	34	23	7	34	1.82
30402009--30402084	36	2.1	36	92	0	125	36	23	10	28	1.88
30403886--30403959	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
30415388--30415437	20	2.5	20	96	0	91	30	20	18	32	1.96
30418008--30418104	48	2.0	48	93	0	167	31	25	12	29	1.92
30428029--30428116	42	2.1	42	86	2	122	31	23	13	30	1.93
30435904--30435941	21	2.0	21	85	15	55	13	5	0	81	0.85
30437016--30437046	13	2.4	13	100	0	62	22	0	0	77	0.77
30437075--30437124	24	2.0	25	88	11	77	38	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30437071--30437127	23	2.5	24	83	11	75	42	0	1	56	1.10
30437058--30437127	23	3.1	22	78	13	72	44	0	4	51	1.21
30437120--30437176	20	3.0	20	80	17	75	40	0	0	59	0.97
30437130--30437165	17	2.1	17	89	0	54	41	0	0	58	0.98
30437123--30437178	19	3.0	18	79	12	60	41	0	0	58	0.98
30437074--30437208	37	3.5	39	73	14	95	42	1	1	54	1.18
30437231--30437279	16	3.2	16	72	19	50	36	0	2	61	1.08
30437217--30437292	29	2.7	29	78	15	86	36	0	2	60	1.11
30437260--30437321	20	2.8	22	77	22	67	35	0	1	62	1.05
30437231--30437298	30	2.3	30	82	14	79	36	0	1	61	1.05
30437261--30437322	10	5.6	11	71	25	51	35	0	1	62	1.05
30437438--30437474	15	2.3	17	81	9	51	59	5	2	32	1.34
30438652--30438735	44	1.9	44	87	0	123	25	17	25	32	1.97
30442843--30442901	30	2.0	28	90	6	91	30	10	37	18	1.84
30449845--30449969	58	2.2	59	75	7	141	51	4	1	43	1.30
30450460--30450499	19	2.1	19	85	0	53	32	2	5	60	1.32
30452967--30453004	14	2.7	15	84	12	53	13	18	0	68	1.21
30452978--30453003	7	3.7	7	100	0	52	15	15	0	69	1.20
30454328--30454383	26	2.1	28	90	6	89	57	12	10	19	1.64
30456380--30456650	47	5.8	46	81	11	266	28	18	28	24	1.98
30456380--30456650	94	2.9	92	84	8	336	28	18	28	24	1.98
30456382--30456650	141	1.9	139	82	10	332	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30458230--30458303	35	2.1	35	94	0	130	20	9	24	45	1.80
30459131--30459173	23	1.9	23	85	4	61	27	16	16	39	1.90
30459476--30459579	54	1.9	53	84	5	138	36	12	21	29	1.90
30461273--30461340	31	2.2	31	81	0	82	32	17	11	38	1.86
30463288--30463337	26	1.9	26	87	0	73	4	74	0	20	0.97
30463286--30463352	29	2.4	27	74	16	64	8	61	0	28	1.26
30465408--30465438	8	3.8	8	95	4	53	90	0	0	9	0.46
30465408--30465439	9	3.7	9	91	8	57	90	0	0	9	0.45
30465592--30465634	18	2.4	18	82	14	54	72	4	2	20	1.14
30468140--30469521	282	4.9	282	86	3	1801	26	22	17	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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