genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12259240--12259350	31	3.5	31	93	1	168	48	14	18	18	1.81
12259282--12259339	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
12259487--12259588	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
12259747--12259811	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
12260938--12261058	48	2.5	48	98	0	233	39	19	0	41	1.51
12262663--12262700	5	7.6	5	93	0	67	63	0	0	36	0.95
12262656--12262700	15	3.0	15	93	0	72	62	0	0	37	0.96
12263054--12263194	27	5.2	27	92	0	219	24	20	20	34	1.97
12263179--12263348	27	6.3	26	80	9	180	31	10	20	38	1.85
12263055--12263221	81	2.1	81	85	4	221	26	19	18	34	1.95
12263179--12263348	81	2.1	81	82	4	200	31	10	20	38	1.85
12266144--12266192	25	1.9	25	87	4	71	40	14	10	34	1.79
12267073--12267154	41	2.0	41	100	0	164	46	7	7	39	1.60
12272372--12272401	16	1.9	15	93	6	51	30	13	3	53	1.56
12274589--12274748	69	2.3	69	85	4	200	41	5	15	37	1.69
12275163--12275191	9	3.2	9	100	0	58	37	20	10	31	1.86
12276791--12276816	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
12277029--12277215	102	1.8	105	89	3	299	35	17	20	26	1.95
12278086--12278155	7	10.0	7	69	6	52	12	2	35	48	1.56
12279028--12279149	37	3.3	37	80	4	138	14	46	13	25	1.81
12280723--12280759	14	2.5	15	86	8	58	51	0	10	37	1.37
12281072--12281162	19	4.9	19	89	8	152	38	10	14	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12281072--12281166	35	2.5	37	88	10	140	38	10	13	36	1.80
12281453--12281486	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
12283877--12283967	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
12283877--12283974	35	2.7	37	87	12	150	37	10	15	36	1.81
12284259--12284292	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
12287722--12287780	31	1.9	31	92	0	100	13	10	22	54	1.69
12290084--12290133	22	2.3	22	86	6	66	22	6	8	64	1.43
12295693--12295775	41	2.0	41	97	0	157	30	0	25	44	1.54
12299461--12299531	16	4.4	16	84	7	74	38	5	25	30	1.79
12299744--12299823	37	2.2	37	82	8	92	47	3	1	47	1.28
12303435--12303612	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
12303456--12303611	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
12311829--12312099	28	9.6	28	91	1	418	32	27	13	26	1.93
12315154--12315308	78	2.0	78	96	0	283	30	23	7	38	1.83
12321314--12321488	90	1.9	90	80	2	199	28	23	14	33	1.94
12324164--12324216	28	1.9	28	84	3	72	28	18	26	26	1.98
12325137--12325215	41	1.9	41	94	0	140	34	11	10	44	1.74
12328855--12328928	36	2.1	36	97	0	139	44	8	25	21	1.79
12329870--12329894	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
12342918--12342946	13	2.1	14	93	6	51	75	0	10	13	1.04
12350749--12350775	11	2.5	11	100	0	54	0	18	25	55	1.43
12359416--12359692	142	2.0	142	90	2	441	35	16	14	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12362286--12362350	25	2.6	25	82	2	67	30	23	27	18	1.97
12363325--12363366	18	2.5	17	80	7	50	40	7	4	47	1.52
12379663--12379709	24	2.0	24	95	0	85	23	23	27	25	2.00
12381963--12382077	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
12381963--12382096	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
12392305--12392344	13	3.0	13	81	3	53	55	0	0	45	0.99
12392310--12392420	15	7.5	15	69	14	70	49	2	0	46	1.22
12392774--12392824	27	1.9	26	88	11	77	47	3	5	43	1.46
12400919--12400972	27	2.0	27	82	7	65	51	0	1	46	1.11
12400955--12401014	19	3.2	19	70	13	52	53	0	1	45	1.10
12405948--12405978	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
12414296--12414354	18	3.2	18	82	4	64	40	5	0	54	1.23
12414897--12414952	28	1.9	30	92	7	98	30	0	14	55	1.40
12421979--12422021	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
12421979--12422021	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
12424547--12424578	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
12427233--12427301	33	2.1	33	100	0	138	57	5	10	26	1.53
12427591--12427654	18	3.5	19	70	18	55	62	6	1	29	1.29
12427783--12427897	53	2.2	53	80	9	128	63	0	6	30	1.18
12428025--12428075	23	2.3	23	86	10	70	58	3	0	37	1.16
12432149--12432384	128	1.8	128	80	8	282	34	14	17	33	1.90
12432928--12433221	3	98.7	3	69	15	137	62	4	6	27	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12434876--12435377	140	3.6	140	88	3	708	27	22	18	31	1.97
12434861--12435512	44	14.1	44	73	10	453	28	21	18	31	1.97
12441033--12441093	32	1.9	32	100	0	122	32	4	22	39	1.76
12447272--12447419	23	6.5	23	77	9	90	62	2	5	29	1.31
12447249--12447515	3	89.0	3	70	16	135	63	3	6	26	1.35
12449481--12449515	7	5.1	7	89	3	54	71	0	0	28	0.86
12449484--12449542	26	2.2	27	85	8	77	64	3	0	32	1.10
12449529--12449575	17	2.9	16	84	12	60	68	2	4	25	1.19
12460716--12460760	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
12464972--12465335	181	2.0	181	100	0	728	24	28	20	26	1.99
12466781--12467240	126	3.7	126	88	3	653	29	17	15	36	1.91
12467283--12467326	16	2.8	16	90	10	65	52	36	0	11	1.38
12467294--12467364	24	3.1	23	84	9	83	50	33	0	15	1.44
12467444--12467486	16	2.8	16	89	10	63	53	34	0	11	1.37
12467308--12467623	137	2.3	136	86	7	435	41	22	2	33	1.66
12467444--12467487	15	2.8	17	86	13	67	54	34	0	11	1.36
12467630--12467668	17	2.2	18	90	4	62	61	23	0	15	1.33
12467925--12467962	19	2.0	19	100	0	76	36	5	0	57	1.21
12468925--12469021	52	1.9	50	89	4	133	47	7	2	43	1.42
12469094--12469125	5	6.4	5	100	0	64	81	0	0	18	0.70
12471781--12471815	16	2.1	17	89	5	54	65	5	17	11	1.43
12500939--12501049	27	4.2	26	88	5	150	37	23	23	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12502462--12502514	24	2.2	24	96	0	97	20	43	3	32	1.70
12521967--12522011	22	2.0	22	100	0	90	35	33	8	22	1.85
12527405--12527470	31	2.1	31	82	0	78	27	22	22	27	1.99
12527429--12527515	45	1.9	46	85	2	122	26	20	24	28	1.99
12527475--12527532	31	1.9	31	96	3	109	25	27	18	27	1.98
12527512--12527688	50	3.5	50	92	0	273	25	22	15	36	1.93
12531354--12531412	23	2.5	23	97	2	109	27	20	1	50	1.57
12535753--12535806	27	2.0	27	88	0	81	35	22	16	25	1.95
12541342--12541373	13	2.5	13	94	0	55	9	28	37	25	1.87
12542906--12543009	39	2.6	39	82	7	113	40	25	16	18	1.90
12560921--12560967	23	2.0	23	95	0	85	38	29	12	19	1.89
12564549--12564859	154	2.0	154	100	0	622	39	19	9	31	1.83
12564967--12565009	19	2.2	20	80	12	54	34	18	0	46	1.50
12565370--12565438	33	2.2	32	84	10	88	40	20	0	39	1.52
12566146--12566184	16	2.7	15	85	14	55	0	25	5	69	1.09
12566449--12566489	21	2.0	21	85	0	55	46	4	0	48	1.23
12567264--12567308	21	2.1	21	100	0	90	37	28	0	33	1.58
12568261--12568330	20	3.3	20	66	14	59	37	25	12	24	1.91
12571188--12571295	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
12575922--12575951	12	2.5	12	94	0	51	16	50	23	10	1.75
12579085--12579146	32	1.9	32	96	0	115	38	25	3	32	1.72
12580032--12580086	27	2.0	28	92	3	94	30	16	7	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12580885--12580950	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
12580902--12580999	19	5.2	19	85	7	128	35	16	8	39	1.78
12580902--12580992	36	2.4	37	87	7	121	36	15	8	39	1.78
12582037--12582098	27	2.3	27	97	0	115	41	17	6	33	1.75
12590208--12590236	15	1.9	15	100	0	58	62	0	0	37	0.96
12591228--12591261	16	2.1	16	88	0	50	41	5	8	44	1.60
12593264--12593329	30	2.3	30	87	10	93	46	0	1	51	1.10
12595958--12596037	39	2.1	39	97	0	151	32	15	20	32	1.93
12614122--12614173	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
12617901--12618007	55	1.9	56	81	5	128	40	11	6	42	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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