Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  162  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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3.0
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Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
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G
T
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2.1
21
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18
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6
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1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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2
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2
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3
60
27
14
8
50
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53369285--53369328
21
2.2
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25
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2.0
48
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120
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12
23
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18
1.47
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2.1
16
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5
50
58
0
2
38
1.13
53411825--53411881
29
2.0
29
86
6
80
31
10
10
47
1.72
53412100--53412142
12
3.5
12
80
3
50
46
0
9
44
1.35
53417532--53418035
247
2.0
246
95
1
911
32
12
21
33
1.91
53418467--53418494
14
2.0
14
100
0
56
28
7
28
35
1.84
53434233--53434282
24
2.1
24
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0
91
30
24
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30
1.96
53436987--53437013
14
1.9
14
100
0
54
29
18
14
37
1.91
53437159--53437196
18
2.1
19
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5
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2
55
0
42
1.14
53441431--53441745
46
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0
407
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20
1.90
53443013--53443058
19
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20
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1.84
53448740--53448770
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1.9
16
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0
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1.51
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23
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21
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70
2
8
19
1.24
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18
2.0
19
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10
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63
0
0
36
0.95
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17
2.1
17
88
5
52
29
0
0
70
0.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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22
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10
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47
5
0
47
1.24
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24
2.3
24
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3
85
43
23
14
18
1.87
53469453--53469497
16
2.8
15
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12
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35
0
4
60
1.17
53469436--53469497
16
3.8
17
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17
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33
0
4
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1.17
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25
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25
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135
29
19
26
24
1.98
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16
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2
0
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1.09
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2.0
18
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0
2
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1.07
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20
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26
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1.39
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0
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11
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32
0
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1.58
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2.7
21
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31
29
0
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1.57
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2.1
18
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18
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117
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1.56
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4
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46
1.54
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126
4.3
125
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1
856
26
21
18
33
1.96
53495969--53496013
16
2.8
16
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10
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51
22
0
26
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22
2.2
21
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58
36
21
8
34
1.84
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19
2.9
16
78
18
57
35
17
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37
1.83
53497565--53497607
19
2.1
21
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8
72
34
18
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37
1.83
53498189--53498378
87
2.2
89
84
3
242
27
20
18
32
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
53498319--53498689
128
2.9
128
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2
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26
23
18
31
1.98
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84
14.4
84
85
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1550
24
21
24
30
1.99
53498692--53498834
43
3.3
43
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141
25
18
23
32
1.97
53498637--53499842
166
7.2
166
89
3
1607
24
21
24
30
1.99
53499525--53499832
43
7.3
43
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22
206
25
22
22
29
1.99
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9
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9
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10
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4
12
0
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0.82
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78
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19
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15
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20
2.0
20
90
9
64
66
0
0
33
0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322