genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24568280--24568429	43	3.5	42	86	2	201	33	26	14	26	1.95
24571869--24571947	37	2.1	37	83	0	95	24	30	18	26	1.98
24572066--24573022	47	20.3	47	97	0	1752	29	33	8	28	1.87
24575482--24575515	16	2.1	17	88	5	52	35	5	14	44	1.70
24576621--24576689	25	2.8	25	82	4	68	42	11	14	31	1.82
24579868--24580128	40	6.6	40	92	0	407	26	24	22	25	2.00
24587422--24587503	42	2.0	42	95	0	146	26	26	18	28	1.98
24588350--24588457	54	2.0	54	96	0	198	29	26	12	31	1.92
24588599--24588677	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24588797--24589077	47	6.1	47	78	11	269	27	31	9	31	1.89
24588857--24589024	84	2.0	85	90	1	266	27	31	9	31	1.88
24588978--24589077	49	2.0	49	98	0	191	32	29	7	32	1.84
24591150--24591183	16	2.1	17	88	5	52	73	2	2	20	1.09
24591250--24591769	151	3.5	151	96	2	928	60	5	5	27	1.41
24593887--24594060	66	2.6	66	80	3	172	19	37	15	27	1.92
24593963--24594058	33	2.9	33	73	14	99	18	35	16	29	1.93
24600642--24600888	128	1.9	128	93	0	422	30	18	18	32	1.95
24607427--24607451	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24607581--24607671	44	2.1	44	87	0	128	47	5	9	37	1.60
24607896--24607938	21	2.0	23	86	9	63	44	2	2	51	1.27
24607890--24607942	23	2.3	25	75	18	60	43	1	3	50	1.30
24609800--24609881	42	2.0	42	82	4	103	47	18	19	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24609883--24609950	21	3.2	21	72	12	59	41	13	22	23	1.89
24611374--24611407	16	2.1	17	89	10	54	35	0	0	64	0.94
24617338--24617500	35	4.7	35	83	4	168	31	11	23	33	1.90
24617342--24617500	70	2.3	69	82	4	185	32	11	23	32	1.90
24618004--24618100	46	2.1	45	94	3	176	44	7	14	34	1.73
24624821--24624982	35	4.7	35	85	3	202	30	11	24	33	1.90
24624825--24624982	69	2.3	70	86	1	210	31	11	24	32	1.91
24635260--24635793	266	2.0	266	96	0	987	27	19	22	30	1.98
24637122--24637164	16	2.5	17	85	14	54	67	2	0	30	1.03
24638600--24638633	17	2.0	17	94	0	59	23	14	32	29	1.94
24650133--24650181	25	2.0	25	87	0	71	24	22	18	34	1.96
24651067--24651163	42	2.3	42	85	0	131	15	24	34	25	1.95
24652495--24652538	9	5.0	9	78	15	56	47	0	29	22	1.51
24655752--24655783	16	2.0	16	93	0	55	40	18	15	25	1.90
24661530--24661850	46	6.8	46	84	4	408	24	19	26	29	1.98
24661528--24661801	144	1.9	144	100	0	548	26	18	25	29	1.98
24662583--24662624	21	2.0	21	95	0	75	28	14	21	35	1.92
24663226--24663257	16	2.0	16	93	0	55	40	18	15	25	1.90
24664736--24664797	28	2.2	28	91	0	97	12	17	9	59	1.59
24664788--24664820	13	2.4	14	90	5	50	6	21	0	72	1.05
24665441--24665471	16	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
24668259--24668298	18	2.2	19	95	4	73	32	5	0	62	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24672321--24672567	134	1.8	134	98	0	476	47	12	15	24	1.80
24675655--24675716	24	2.6	24	85	7	81	33	27	16	22	1.95
24679169--24679257	27	3.2	27	65	20	74	38	20	7	33	1.81
24679138--24679308	57	3.0	57	100	0	342	40	17	7	35	1.77
24698429--24698483	16	3.4	16	94	0	92	34	7	29	29	1.84
24721359--24721428	35	2.0	35	88	5	106	34	2	5	57	1.37
24721678--24721707	9	3.2	9	90	9	51	13	0	0	86	0.57
24732337--24732375	4	9.8	4	100	0	78	76	0	0	23	0.78
24733212--24733941	88	8.3	87	87	2	987	33	21	23	21	1.97
24733884--24733979	46	2.1	46	88	3	142	33	22	28	15	1.95
24733899--24733987	46	1.9	46	93	0	151	30	23	29	16	1.97
24733827--24734076	134	1.9	135	90	0	403	35	20	24	20	1.96
24734178--24734285	45	2.4	45	87	0	162	31	21	20	26	1.98
24734272--24734468	86	2.3	87	89	1	297	33	22	20	23	1.97
24734607--24734749	44	3.3	43	67	13	112	28	25	20	25	1.99
24734528--24734778	87	2.9	87	89	2	360	28	25	20	25	1.99
24736259--24736328	35	2.0	35	91	5	115	32	2	5	58	1.36
24736514--24736630	56	2.1	56	93	3	202	14	13	5	66	1.41
24741329--24741439	25	4.5	25	80	5	111	31	18	27	21	1.97
24741330--24741426	50	2.0	49	83	6	124	30	19	28	20	1.97
24744616--24744670	25	2.1	25	83	10	65	50	1	7	40	1.40
24745421--24745502	26	3.2	26	94	0	146	31	4	25	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24749874--24749983	42	2.6	42	95	0	193	33	24	19	22	1.97
24750085--24750135	14	3.5	15	76	10	52	52	17	0	29	1.45
24760500--24760659	24	6.7	24	73	4	126	22	14	30	32	1.94
24762087--24762123	18	2.0	18	89	5	56	29	0	2	67	1.04
24766263--24766331	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
24766263--24766331	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
24766546--24766591	15	2.9	16	84	12	51	50	0	0	50	1.00
24766557--24766591	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24766532--24766801	120	2.2	117	82	7	301	49	4	2	44	1.35
24769946--24769980	8	4.5	8	85	7	54	85	2	11	0	0.69
24769949--24769978	15	1.9	16	93	6	53	83	3	13	0	0.77
24773789--24773820	15	2.1	15	100	0	64	46	21	25	6	1.74
24783173--24783234	21	2.8	22	79	13	65	43	1	3	51	1.27
24791975--24792023	20	2.5	20	86	0	71	51	0	4	44	1.20
24792034--24792118	33	2.6	33	78	9	102	47	16	9	27	1.77
24792111--24792150	20	2.0	20	100	0	80	45	15	10	30	1.78
24793852--24793916	29	2.2	29	86	5	85	49	12	16	21	1.79
24794319--24794397	21	4.0	20	68	25	51	53	2	2	41	1.28
24794338--24794382	18	2.4	19	82	14	58	57	4	2	35	1.31
24796263--24796308	18	2.7	17	80	9	58	60	8	0	30	1.26
24798905--24798950	20	2.3	20	76	0	56	10	19	34	34	1.87
24813567--24813601	17	2.1	17	94	0	61	34	17	17	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24830579--24830842	40	6.7	40	89	5	369	25	21	27	25	1.99
24830579--24830875	120	2.5	118	82	9	347	25	21	27	25	1.99
24833597--24833668	25	2.9	25	78	0	72	27	23	20	27	1.99
24833651--24833717	25	2.7	25	83	4	91	29	23	20	25	1.99
24833597--24833717	50	2.4	50	80	2	118	28	23	21	26	1.99
24836413--24836541	59	2.2	57	81	10	147	50	4	3	41	1.39
24838028--24838065	19	2.0	19	100	0	76	36	10	15	36	1.82
24837817--24838296	246	2.0	246	99	0	951	30	17	14	37	1.90
24842917--24842946	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
24842951--24842995	19	2.4	18	78	10	54	26	2	4	66	1.22
24842975--24843022	21	2.2	21	85	7	60	37	0	0	62	0.95
24847195--24847241	6	7.8	6	90	0	76	17	10	38	34	1.84
24847195--24847241	12	3.9	12	97	0	85	17	10	38	34	1.84
24848154--24848190	15	2.5	15	90	0	56	54	0	10	35	1.36
24851089--24851122	18	1.9	17	88	5	50	20	14	5	58	1.57
24861640--24862190	285	1.9	285	96	0	1021	32	19	18	29	1.96
24868016--24868056	18	2.3	18	87	4	57	36	9	2	51	1.48
24872117--24872156	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
24872105--24872171	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
24872352--24872440	45	2.0	44	81	16	103	43	6	20	29	1.77
24872603--24872651	26	1.9	25	87	4	71	40	6	18	34	1.75
24873234--24873267	16	2.1	17	88	5	52	52	8	0	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24876264--24876293	15	2.0	15	93	0	51	36	0	50	13	1.42
24885356--24885399	18	2.4	18	78	14	54	70	4	0	25	1.06
24895215--24895243	11	2.7	11	94	5	51	37	0	6	55	1.27
24902119--24902209	44	2.1	44	91	0	146	14	14	49	21	1.78
24909166--24909265	39	2.5	40	83	1	121	34	24	12	30	1.91
24913667--24913840	30	5.8	29	78	11	181	38	10	24	26	1.88
24913675--24913869	60	3.3	60	84	2	277	38	11	25	24	1.88
24913701--24913899	30	6.7	30	77	7	145	40	11	24	24	1.88
24913821--24913900	29	2.7	30	86	3	117	45	12	22	20	1.84
24918188--24918220	14	2.4	14	90	5	50	24	12	33	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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