Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  246  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81817894--81818138
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138
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40
1.83
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2.4
54
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0
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40
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1.81
81818143--81818253
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4.1
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92
0
186
40
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1.81
81817981--81818292
27
11.6
27
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146
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1.82
81818118--81818291
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2.1
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0
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1.80
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2.0
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0
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1.94
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2.0
54
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0
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19
1.95
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3.0
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23
18
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1.97
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25
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1.99
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30
1.81
81821900--81822029
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2.4
54
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0
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38
6
23
30
1.81
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2.1
81
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0
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1.80
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20
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2.2
80
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252
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1.99
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224
24
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28
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2.5
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26
17
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20
29
1.99
81835317--81835386
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2.8
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0
104
25
22
24
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2.00
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27
2.9
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14
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20
17
21
39
1.92
81836314--81836543
27
8.4
27
78
7
160
31
8
19
40
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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4.2
54
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4
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18
41
1.80
81836378--81836528
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1.9
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81
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1.76
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4.7
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0
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23
27
1.87
81836516--81836689
81
2.1
81
76
0
186
37
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20
32
1.84
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31
2.1
31
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11.7
40
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0
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19
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1.99
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80
5.8
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29
26
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1.99
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13
2.1
14
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10
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9
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1
19
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1.60
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2.7
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2
18
42
1.62
81848151--81848267
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3.2
36
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12
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2.0
62
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21
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4.1
27
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22
23
16
1.93
81854565--81854677
55
2.1
54
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140
38
22
23
16
1.93
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27
4.1
27
80
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122
38
22
22
17
1.94
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24
2.0
24
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0
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23
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1.67
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16
2.4
17
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4
53
12
5
5
76
1.11
81865597--81865630
17
2.1
16
88
5
50
11
5
5
76
1.14
81865620--81865661
20
2.2
20
91
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68
21
4
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66
1.35
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7
6.0
7
89
5
50
34
41
0
23
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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15
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40
0
23
1.55
81866060--81866097
15
2.6
15
91
4
60
42
34
0
23
1.55
81866068--81866147
22
3.7
22
75
11
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43
31
1
23
1.62
81866107--81866147
21
1.9
22
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5
57
41
36
0
21
1.54
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7
18.7
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78
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38
1
21
1.62
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13.9
14
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6
76
40
34
3
22
1.69
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21
5.5
21
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10
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44
26
3
25
1.70
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2.7
296
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1
1461
44
23
2
28
1.67
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7
18.7
7
78
6
88
39
38
1
21
1.62
81866555--81866752
14
13.9
14
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3
22
1.69
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5.5
21
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44
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3
25
1.70
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207
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1.72
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19
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1.94
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1
171
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21
20
31
1.98
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2.0
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19
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48
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15
28
32
1.95
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27
5.4
27
80
4
154
38
21
18
21
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81915623--81915770
54
2.7
55
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4
176
38
20
18
22
1.93
81915762--81915835
27
2.7
27
93
0
130
25
17
20
36
1.94
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34
2.5
35
86
5
120
28
21
23
27
1.99
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16
2.0
16
93
0
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0
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28
21
21
1.98
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3.0
30
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17
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81948211--81948288
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
81951234--81951358
46
2.7
46
93
0
205
31
28
19
20
1.97
81957435--81957467
17
1.9
17
100
0
66
30
12
0
57
1.35
81962579--81962679
29
3.5
29
81
6
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26
12
30
29
1.93
81962571--81962679
57
1.9
57
90
1
173
26
14
30
28
1.95
81966861--81966906
16
2.9
16
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3
58
47
21
21
8
1.77
81966866--81966904
8
4.9
8
83
0
51
43
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23
10
1.84
81967134--81967274
29
4.9
29
87
0
185
25
15
30
28
1.96
81978790--81978957
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1.98
81978932--81979147
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1.98
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1.99
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4.8
40
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8
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1.99
81980760--81980977
79
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25
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26
1.99
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210
25
19
27
27
1.99
81989002--81989185
79
2.3
77
80
10
210
25
19
27
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82007265--82007472
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5.2
40
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7
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24
22
27
25
1.99
82007322--82007476
79
2.0
79
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5
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23
21
28
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1.99
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39
2.0
39
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0
136
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19
23
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1.98
82015249--82015460
79
2.7
80
81
8
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25
21
26
26
1.99
82015249--82015456
40
5.2
40
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25
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27
25
1.99
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30
1.92
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282
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2.0
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20
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0
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200
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24
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1
0
78
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4.6
40
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9
216
24
22
27
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82082200--82082364
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2.1
79
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2.2
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0
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31
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498
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4.1
47
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0
289
26
29
10
32
1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322