genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.306.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101644320--101644467	51	2.9	51	91	4	246	32	14	25	28	1.94
101648475--101648610	50	2.7	51	87	2	204	26	19	25	28	1.98
101648824--101648852	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
101656131--101656485	46	7.6	45	73	13	281	26	21	29	23	1.99
101656122--101656527	94	4.4	94	89	3	565	25	20	29	24	1.99
101656121--101656527	187	2.2	186	85	5	570	25	20	28	24	1.99
101659713--101659770	30	1.9	30	96	0	107	29	22	18	29	1.98
101662868--101662916	24	2.0	24	100	0	98	26	32	0	40	1.56
101663173--101663217	19	2.4	19	85	3	56	77	4	6	11	1.09
101663211--101663244	13	2.6	13	90	0	59	73	5	8	11	1.24
101664724--101664820	30	3.2	30	75	2	97	28	26	14	29	1.95
101667018--101667054	16	2.2	17	90	4	58	83	0	10	5	0.79
101667026--101667103	41	1.9	40	82	12	97	74	3	19	2	1.09
101670754--101671193	220	2.0	220	100	0	880	24	17	20	37	1.94
101675878--101675971	46	2.0	46	97	0	179	23	20	22	34	1.97
101679389--101679460	29	2.5	29	90	0	108	27	33	15	23	1.95
101679669--101679704	16	2.3	15	90	9	63	2	19	22	55	1.56
101679669--101679720	8	6.6	8	78	10	54	7	21	19	51	1.71
101679669--101679720	24	2.2	23	86	3	68	7	21	19	51	1.71
101680918--101680950	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
101683860--101683953	29	3.3	29	80	7	111	27	28	15	27	1.97
101684167--101684199	16	2.1	16	94	0	57	3	24	27	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101684162--101684213	24	2.2	23	89	3	77	7	23	19	50	1.73
101684171--101684213	16	2.7	16	85	0	50	9	23	18	48	1.76
101688823--101689075	68	3.9	64	79	9	244	29	16	29	24	1.96
101695055--101695089	10	3.5	10	85	14	54	37	25	25	11	1.90
101695052--101695099	20	2.4	19	76	10	60	31	20	29	18	1.97
101696688--101696726	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
101696732--101696793	12	5.2	12	74	0	52	16	25	0	58	1.38
101696719--101696802	24	3.5	24	78	0	96	11	25	0	63	1.28
101696741--101696799	18	3.3	18	78	0	64	11	23	0	64	1.27
101699243--101699315	36	2.0	36	97	0	137	31	19	30	19	1.96
101699291--101699344	20	2.7	20	72	11	56	29	20	29	20	1.98
101700381--101700415	17	2.0	18	88	5	54	42	14	5	37	1.69
101700670--101700694	9	2.8	9	100	0	50	48	12	0	40	1.40
101700923--101701088	50	3.3	49	81	3	179	25	18	27	28	1.98
101710993--101711284	148	2.0	143	81	8	344	32	12	14	40	1.83
101715004--101715034	4	7.8	4	100	0	62	0	22	25	51	1.48
101716836--101716890	23	2.3	24	75	9	60	56	3	1	38	1.28
101722720--101723142	138	3.1	137	92	2	679	39	7	6	45	1.60
101725043--101725139	30	3.2	30	70	11	81	27	27	14	29	1.95
101725901--101726800	450	2.0	450	96	0	1656	26	22	15	34	1.95
101728086--101728255	80	2.2	77	90	6	261	34	22	24	18	1.96
101728268--101728347	33	2.4	35	77	12	87	30	22	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101735509--101735538	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
101738736--101738792	5	11.0	5	75	20	55	73	3	21	1	1.07
101738873--101738953	30	2.7	29	79	7	90	61	0	25	12	1.31
101741532--101741556	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
101747309--101747369	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
101747310--101747370	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
101748912--101748952	21	2.0	20	85	4	55	17	46	19	17	1.85
101753512--101753536	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
101759872--101759900	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
101765199--101765531	42	7.8	42	80	4	301	30	15	21	33	1.94
101765397--101765492	43	2.2	43	88	0	138	31	17	23	27	1.97
101769526--101769558	13	2.5	13	100	0	66	12	6	48	33	1.65
101772197--101772366	93	1.8	93	96	0	313	28	29	21	21	1.98
101772188--101772363	46	3.8	46	79	14	209	28	29	20	21	1.98
101779416--101779678	47	5.6	47	90	1	400	28	30	8	31	1.87
101779416--101779678	96	2.8	96	91	2	408	28	30	8	31	1.87
101779418--101779678	143	1.8	141	90	1	396	29	30	8	31	1.87
101784386--101784473	46	1.9	46	85	0	113	28	29	22	19	1.98
101791944--101791983	17	2.4	17	86	0	62	20	30	25	25	1.99
101793050--101793100	21	2.3	23	80	12	63	33	17	9	39	1.83
101795316--101795407	43	2.1	43	93	0	157	36	17	15	30	1.91
101795651--101795751	43	2.3	43	71	10	98	29	29	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101796282--101796345	31	2.2	29	81	13	69	26	17	4	51	1.64
101807117--101807154	19	2.0	19	100	0	76	21	21	10	47	1.80
101808466--101808493	14	2.0	14	100	0	56	35	14	28	21	1.92
101809493--101809560	24	3.0	24	87	12	101	30	4	13	51	1.60
101811479--101811536	21	2.7	22	83	2	73	34	22	13	29	1.93
101817843--101817887	20	2.2	20	84	7	56	33	13	2	51	1.53
101818927--101818993	32	2.1	32	94	0	116	31	22	7	38	1.82
101824635--101824735	24	4.2	24	94	0	175	33	3	42	19	1.70
101825988--101826047	27	2.3	26	80	13	61	40	18	10	31	1.84
101826166--101826276	54	2.1	53	81	8	127	18	22	20	37	1.94
101826166--101826276	27	4.2	26	76	12	100	18	22	20	37	1.94
101831034--101831217	40	4.6	40	82	9	223	25	23	26	25	2.00
101831034--101831217	80	2.3	80	86	5	248	25	23	26	25	2.00
101831478--101831521	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
101837090--101837171	40	2.0	40	97	0	155	35	20	14	29	1.93
101839346--101839529	40	4.6	40	81	6	212	26	22	26	25	2.00
101839785--101840071	137	2.1	137	98	0	547	25	18	24	31	1.98
101846904--101846930	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
101848593--101848774	56	3.2	56	89	1	285	33	22	15	28	1.94
101851950--101852218	142	1.9	145	78	11	304	26	17	28	26	1.98
101857009--101857048	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
101860785--101860976	56	3.4	56	86	8	266	33	22	15	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101860928--101861025	43	2.3	43	90	0	151	33	25	14	26	1.94
101863839--101864030	40	4.8	40	88	5	273	22	23	28	25	2.00
101880455--101880626	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
101880457--101880679	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
101880455--101880679	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
101880611--101880688	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
101890788--101890966	27	6.6	27	84	3	198	30	28	15	26	1.96
101890809--101890964	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
101894149--101894196	23	2.1	23	100	0	96	22	12	33	31	1.91
101909948--101910219	6	44.8	6	76	17	260	48	14	17	19	1.81
101909948--101910219	30	9.4	30	83	14	365	48	14	17	19	1.81
101909948--101910219	85	3.2	85	98	1	519	48	14	17	19	1.81
101910540--101910581	9	4.6	9	80	16	50	9	7	0	83	0.81
101914012--101914036	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
101922110--101922519	27	15.2	27	83	6	490	39	9	22	28	1.85
101922098--101922550	108	4.2	108	90	3	605	38	9	22	28	1.86
101922115--101922519	54	7.5	54	91	2	636	39	9	22	28	1.85
101928900--101928948	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
101931571--101931642	36	2.0	36	97	0	135	41	0	12	45	1.42
101931587--101931647	18	3.4	18	68	17	54	44	0	16	39	1.48
101933527--101933583	25	2.3	25	93	6	98	36	5	38	19	1.74
101934983--101935093	27	4.1	27	79	10	111	18	22	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101934983--101935093	54	2.1	53	81	5	125	18	22	20	38	1.93
101941401--101941451	25	2.0	26	96	3	95	35	5	39	19	1.76
101941399--101941458	25	2.4	23	84	15	84	40	6	36	16	1.75
101942854--101942963	27	4.1	27	84	1	132	17	21	21	39	1.93
101945329--101945378	26	1.9	26	83	0	64	20	22	22	36	1.96
101947173--101947484	78	4.0	78	99	0	615	27	12	22	37	1.91
101965270--101965363	38	2.5	38	85	3	118	23	21	27	27	1.99
101965367--101965817	171	2.6	169	88	4	676	11	25	31	31	1.91
101965367--101965817	43	10.6	43	90	2	687	11	25	31	31	1.91
101966090--101966167	25	3.4	25	63	33	66	39	5	16	38	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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