genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23012931--23014030	47	23.4	47	97	0	1957	32	10	29	28	1.89
23014153--23014227	37	2.0	37	87	5	107	21	21	30	26	1.98
23019832--23020140	158	2.0	158	100	0	618	34	8	20	36	1.84
23033797--23033840	22	2.0	22	95	0	79	54	2	0	43	1.12
23040712--23040936	40	5.7	40	85	5	278	24	21	28	26	1.99
23048756--23048799	21	2.1	21	91	0	70	29	13	29	27	1.94
23048719--23048838	60	2.0	60	96	0	222	25	19	29	25	1.98
23048777--23048905	40	3.2	40	89	3	190	24	20	28	25	1.99
23048802--23048924	40	3.1	40	84	5	117	24	22	30	22	1.99
23048777--23048938	79	2.1	79	81	6	186	26	20	28	24	1.99
23055875--23056058	40	4.6	41	81	12	199	25	21	27	25	2.00
23055875--23056058	79	2.3	81	81	11	213	25	21	27	25	2.00
23055927--23056091	79	2.1	79	81	8	185	26	20	27	25	1.99
23059542--23059606	5	13.0	5	76	12	53	13	4	1	80	0.95
23059560--23059605	11	4.4	11	81	10	51	15	2	2	80	0.91
23059542--23059597	19	2.9	19	81	5	58	12	5	0	82	0.83
23059568--23059606	16	2.5	16	87	4	53	20	0	2	76	0.90
23060576--23060883	118	2.6	118	99	0	607	22	17	30	29	1.97
23061031--23061088	25	2.3	26	87	3	82	84	0	13	1	0.70
23063983--23064013	15	2.1	15	93	0	53	25	22	41	9	1.84
23066009--23066373	73	5.0	73	100	0	730	41	17	23	17	1.90
23066709--23066893	40	4.7	40	81	6	207	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23066709--23066893	79	2.3	80	81	8	216	24	27	22	25	2.00
23072368--23072465	34	2.9	33	75	11	101	26	21	24	27	1.99
23074293--23074495	29	7.0	29	80	2	178	22	27	13	37	1.91
23074290--23074495	58	3.6	58	80	2	234	22	26	13	36	1.92
23074284--23074490	87	2.4	87	78	1	236	22	25	14	37	1.92
23090878--23090914	19	2.1	19	85	14	53	29	10	0	59	1.31
23091692--23091836	40	3.6	41	86	5	190	27	28	22	22	1.99
23095554--23095654	40	2.6	40	77	3	98	22	26	25	24	2.00
23095590--23095734	40	3.6	40	83	0	182	23	26	24	25	2.00
23101078--23101244	46	3.6	45	78	13	196	26	27	22	23	2.00
23101077--23101248	93	1.8	93	94	0	308	26	27	22	23	1.99
23107672--23107849	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
23107673--23107828	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
23107669--23107849	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
23111463--23112012	278	2.0	278	94	0	956	25	18	26	30	1.98
23113201--23113352	77	2.0	77	96	0	277	24	15	29	30	1.95
23116091--23116268	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
23116092--23116247	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
23116088--23116268	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
23119598--23119654	30	1.9	30	88	0	87	40	8	22	28	1.84
23121618--23121730	43	2.6	43	84	2	129	30	15	23	30	1.95
23124776--23124934	24	6.5	24	72	9	115	23	12	31	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23124782--23124921	74	1.9	74	82	10	178	23	12	32	32	1.91
23126704--23126907	100	2.0	102	98	1	394	41	14	20	23	1.89
23128023--23128191	79	2.1	79	82	3	205	26	20	27	26	1.99
23127967--23128189	40	5.6	39	80	8	200	26	21	26	25	1.99
23136354--23136502	40	3.7	40	93	3	255	24	23	27	24	2.00
23136354--23136535	80	2.3	80	87	4	253	26	23	26	23	2.00
23146487--23146520	17	2.0	17	88	0	50	14	32	0	52	1.42
23148016--23148057	14	2.9	15	79	10	52	50	0	0	50	1.00
23148186--23148218	8	4.0	8	92	7	57	39	0	0	60	0.97
23148889--23148924	17	2.1	17	100	0	72	22	11	16	50	1.77
23152865--23152999	53	2.6	51	83	5	175	19	25	19	36	1.95
23157502--23157673	43	4.0	43	73	6	132	33	23	18	24	1.97
23165591--23165792	41	4.9	41	79	3	219	34	17	19	28	1.95
23165589--23165792	82	2.5	82	83	5	268	33	18	19	28	1.95
23168579--23168674	27	3.6	27	83	10	115	38	18	9	33	1.83
23168587--23168743	54	2.9	54	77	3	147	38	18	8	33	1.82
23168584--23168744	27	6.0	27	76	6	103	38	18	9	33	1.83
23168615--23168757	27	5.3	27	77	3	119	39	18	10	31	1.85
23169112--23169170	22	2.7	22	81	0	64	22	23	22	32	1.98
23169237--23169338	32	3.2	31	71	8	80	28	19	19	32	1.96
23169538--23169601	32	2.0	33	87	6	96	12	17	29	40	1.86
23170243--23170285	7	6.3	7	83	5	61	41	41	0	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23170330--23170356	14	1.9	14	100	0	54	51	14	0	33	1.43
23170330--23170372	15	2.9	15	86	10	54	51	18	0	30	1.47
23172344--23172412	33	2.1	33	100	0	138	52	11	11	24	1.71
23173720--23173783	9	7.6	9	72	13	55	51	14	1	32	1.51
23173716--23173783	24	2.7	26	93	6	113	51	13	1	33	1.50
23173756--23173789	15	2.1	17	89	10	54	55	8	0	35	1.31
23173716--23173803	26	3.4	25	82	9	81	48	13	2	35	1.55
23177143--23177205	25	2.5	25	82	5	74	22	25	19	33	1.97
23177426--23177499	30	2.4	30	88	2	103	32	22	24	20	1.98
23184967--23185000	11	3.2	11	87	4	52	35	11	17	35	1.87
23185063--23185133	25	2.8	25	89	2	106	25	22	22	29	1.99
23185062--23185146	25	3.4	24	84	7	100	28	21	22	28	1.99
23185354--23185427	30	2.4	30	88	2	103	36	21	21	20	1.95
23189813--23189990	43	4.2	43	82	3	173	25	17	25	31	1.97
23189840--23189990	43	3.5	42	83	5	178	26	17	24	31	1.97
23197878--23197945	25	2.7	25	81	4	75	25	23	22	29	1.99
23200688--23200871	40	4.6	39	82	9	203	24	22	27	25	2.00
23200739--23200904	79	2.1	79	83	6	212	26	21	26	25	1.99
23201888--23202199	66	4.7	66	100	0	624	30	19	19	29	1.97
23203529--23204572	70	14.9	70	76	5	406	34	22	18	24	1.96
23203529--23204572	211	5.0	210	75	7	623	34	22	18	24	1.96
23204646--23204811	59	2.8	58	79	12	178	38	18	9	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23207935--23207959	13	1.9	13	100	0	50	16	16	20	48	1.82
23208955--23209076	27	4.5	27	89	0	154	39	22	8	30	1.83
23208978--23209131	54	2.9	54	78	8	152	40	22	8	29	1.83
23208978--23209132	27	5.7	27	82	5	127	40	21	8	29	1.83
23209178--23209346	27	6.3	27	86	2	232	37	20	21	20	1.95
23209701--23209760	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
23209879--23209966	6	14.3	6	71	17	65	20	18	14	46	1.84
23209879--23209957	31	2.5	31	87	0	113	20	18	13	46	1.83
23211918--23212035	27	4.4	27	87	0	155	38	22	9	29	1.85
23211937--23212089	54	2.8	54	79	7	159	39	21	9	29	1.85
23211937--23212089	27	5.7	26	80	7	128	39	21	9	29	1.85
23212127--23212320	27	7.2	27	83	5	205	36	20	21	22	1.95
23212135--23212321	54	3.5	54	84	3	243	35	20	21	21	1.96
23212135--23212321	81	2.3	81	85	4	245	35	20	21	21	1.96
23212566--23212617	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
23212656--23212715	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
23212834--23212908	31	2.4	31	86	0	96	20	18	16	45	1.86
23212828--23212921	6	15.3	6	70	16	59	19	19	14	46	1.84
23217931--23218039	25	4.4	24	84	6	103	26	22	22	28	1.99
23217944--23218038	25	3.8	25	90	0	145	26	23	24	26	2.00
23218242--23218459	27	8.0	27	89	0	292	24	22	18	34	1.96
23218462--23219660	27	44.7	27	87	3	432	37	7	23	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23218675--23219700	27	38.3	27	89	1	1312	38	7	23	30	1.82
23218675--23219690	107	9.5	107	98	0	1897	38	7	24	30	1.82
23227089--23227133	22	2.0	22	100	0	90	60	8	13	17	1.58
23233523--23233688	46	3.6	46	75	5	165	30	18	27	22	1.98
23236419--23236523	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
23236379--23236523	40	3.7	40	81	12	165	24	23	27	24	2.00
23236380--23236542	40	4.1	39	79	10	100	25	23	28	23	2.00
23236379--23236529	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
23244233--23244494	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
23250751--23250927	40	4.5	40	82	10	204	24	23	28	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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