genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23250751--23250927	79	2.2	79	83	7	209	24	23	28	24	2.00
23258790--23258926	40	3.5	40	92	4	217	24	24	28	22	1.99
23264041--23264256	108	2.0	108	97	0	405	27	12	23	36	1.92
23266896--23267062	40	4.2	41	82	8	195	24	22	27	25	2.00
23266896--23267062	79	2.1	79	83	6	205	24	22	27	25	2.00
23274488--23275418	40	23.3	40	96	1	1701	25	22	27	25	2.00
23282789--23282886	24	4.0	24	89	1	142	36	5	36	21	1.76
23290735--23290830	12	8.0	12	65	9	52	36	4	36	22	1.74
23290737--23290837	24	4.2	23	90	6	148	37	4	37	19	1.74
23299170--23299353	47	3.9	47	94	0	305	33	11	27	27	1.92
23299218--23299343	25	5.3	25	62	24	74	32	12	26	27	1.93
23299242--23299318	22	3.4	22	67	22	68	29	14	28	27	1.95
23299292--23299417	66	1.9	66	90	0	198	30	14	30	23	1.94
23299244--23299466	113	2.0	113	88	0	329	31	13	29	25	1.94
23299357--23299469	47	2.4	47	84	0	145	30	13	31	23	1.93
23299640--23299740	37	2.7	37	90	0	148	24	17	30	26	1.97
23299747--23299822	37	2.1	37	97	0	143	31	21	26	21	1.98
23301009--23301306	40	7.4	40	91	0	488	27	21	24	26	1.99
23304806--23305429	312	2.0	312	99	0	1239	33	7	22	36	1.81
23305409--23305735	47	7.0	47	93	0	537	32	12	28	26	1.92
23305906--23306006	37	2.7	37	93	0	166	23	18	31	25	1.98
23307441--23307498	28	2.0	29	90	3	91	27	12	29	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23308354--23308468	29	4.0	29	86	6	146	27	15	27	28	1.96
23312885--23313107	40	5.6	40	90	2	333	26	28	22	21	1.99
23315094--23315148	28	2.0	28	96	0	101	1	23	3	70	1.12
23316037--23316116	29	2.8	28	84	3	106	28	13	27	30	1.94
23316406--23316457	27	2.0	26	85	7	70	40	21	19	19	1.92
23319076--23319111	16	2.2	17	90	5	56	52	30	5	11	1.59
23320629--23320743	29	4.0	29	85	6	146	26	15	29	27	1.96
23326662--23326723	19	3.5	19	68	20	62	41	3	14	40	1.62
23326646--23326724	33	2.4	33	100	0	158	41	2	13	41	1.58
23337986--23338168	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
23337965--23338168	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
23339514--23339805	40	7.3	40	92	3	403	26	21	27	24	1.99
23341278--23341426	47	3.2	47	84	0	192	26	15	26	31	1.96
23343737--23343761	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
23347630--23347894	138	2.0	131	82	6	316	36	19	24	19	1.95
23348164--23348196	17	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
23348243--23348357	61	1.9	58	84	8	151	43	4	3	48	1.39
23351623--23351699	34	2.3	34	95	4	138	22	35	7	35	1.83
23359206--23359383	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
23359207--23359362	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
23359203--23359383	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
23359288--23359394	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23367268--23367445	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
23367269--23367424	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
23367265--23367445	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
23367350--23367456	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
23372409--23372456	21	2.3	21	78	7	53	22	22	35	18	1.96
23373329--23373390	22	2.8	22	81	13	74	77	3	1	17	0.98
23377276--23377333	9	6.1	9	80	11	53	36	0	3	60	1.14
23377255--23377333	29	2.8	27	75	17	79	35	0	3	60	1.15
23380837--23380872	16	2.2	16	90	9	56	58	8	11	22	1.59
23381193--23381233	12	3.3	12	86	3	55	58	0	7	34	1.26
23382863--23383081	96	2.3	97	79	7	257	31	22	14	31	1.94
23382990--23383116	45	2.8	45	81	1	148	30	25	14	28	1.95
23401531--23401572	22	1.9	22	95	0	75	30	0	38	30	1.58
23403159--23403286	39	3.3	39	89	0	202	31	21	26	21	1.98
23403158--23403312	78	2.0	76	85	5	204	30	21	27	20	1.98
23416346--23416520	46	3.8	46	96	0	314	29	29	21	20	1.98
23427422--23427657	40	5.9	40	79	5	212	24	28	22	24	2.00
23427422--23427657	120	2.0	120	80	11	270	24	28	22	24	2.00
23427965--23428043	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
23429151--23429411	40	6.5	40	87	0	342	26	26	21	25	2.00
23429151--23429420	120	2.2	120	87	1	389	26	26	21	25	1.99
23430870--23431001	47	2.8	47	90	2	192	30	27	7	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23430869--23431186	49	6.3	49	73	16	265	30	28	8	33	1.86
23430988--23431015	14	2.0	14	100	0	56	28	35	7	28	1.84
23430939--23431063	62	2.0	63	98	1	243	30	30	8	31	1.86
23430911--23431112	111	1.8	109	95	2	368	30	29	7	32	1.86
23430869--23431161	160	1.9	156	91	2	487	30	28	7	33	1.85
23431002--23431186	98	1.9	97	97	1	352	30	28	8	32	1.87
23431870--23432081	106	2.0	106	99	0	415	34	25	9	31	1.88
23436441--23436616	46	3.8	46	80	12	216	21	21	28	28	1.98
23436438--23436608	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
23437404--23437548	75	1.9	75	97	0	272	31	13	17	37	1.88
23438365--23438391	12	2.2	12	100	0	54	7	22	44	25	1.79
23439469--23439569	43	2.5	40	81	13	132	32	25	15	25	1.96
23441369--23441479	43	2.6	43	79	0	132	25	13	19	41	1.88
23452957--23453115	39	4.1	39	89	1	221	24	27	20	28	1.99
23456822--23456942	43	2.9	42	82	7	163	28	15	23	31	1.96
23460981--23461040	30	2.0	30	96	0	111	23	13	25	38	1.91
23465047--23465272	40	5.7	40	87	4	280	25	22	26	25	2.00
23467001--23467343	40	8.6	40	88	5	459	25	27	21	25	1.99
23475150--23475411	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
23484456--23484621	80	2.1	79	83	7	203	27	20	25	25	1.99
23484403--23484595	40	4.8	40	85	5	205	25	22	26	24	2.00
23486242--23486364	28	4.4	28	91	2	176	34	27	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23493099--23493127	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
23496892--23497069	27	6.6	27	82	3	196	27	14	28	29	1.95
23496893--23497048	82	1.9	81	85	3	215	27	14	28	29	1.95
23496889--23497069	82	2.2	81	81	2	211	27	14	27	29	1.96
23502681--23502799	24	5.0	24	92	2	195	26	21	22	30	1.99
23502680--23502797	47	2.5	48	91	2	193	26	21	22	30	1.98
23502848--23502914	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
23504958--23505155	40	5.0	40	79	9	208	26	27	21	25	1.99
23504974--23505156	79	2.3	80	83	7	221	26	27	21	24	2.00
23506454--23506991	269	2.0	269	100	0	1076	30	23	8	38	1.84
23511356--23511396	22	1.9	22	85	5	57	26	29	34	9	1.88
23512593--23512724	46	2.9	45	76	17	128	23	31	19	25	1.98
23515793--23515842	24	2.1	24	81	7	57	40	12	12	36	1.79
23521991--23522118	28	4.5	28	76	6	114	28	11	25	33	1.91
23522017--23522118	28	3.6	28	88	2	150	30	10	25	33	1.90
23526399--23527272	47	18.6	47	96	0	1541	33	8	28	29	1.87
23538558--23538656	28	3.5	28	85	1	126	29	13	24	33	1.93
23554920--23554960	22	1.9	21	85	5	55	26	7	2	63	1.33
23558363--23558429	20	3.3	20	87	0	98	34	11	20	32	1.90
23558479--23558626	24	6.2	24	96	0	253	31	20	20	27	1.97
23565025--23565458	28	15.5	28	97	0	719	34	26	11	26	1.91
23573033--23573234	48	4.2	48	90	0	305	32	24	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23585190--23585546	179	2.0	179	100	0	714	25	14	30	29	1.94
23587016--23587126	25	4.5	24	75	13	91	54	4	9	32	1.52
23587302--23587363	22	2.7	23	80	12	74	56	3	3	37	1.32
23587370--23587418	24	2.0	23	88	7	71	59	12	0	28	1.34
23587445--23587584	3	46.0	3	68	16	74	57	3	5	33	1.37
23587447--23587504	17	3.6	17	84	9	68	62	3	3	31	1.29
23587444--23587504	33	1.9	30	87	9	86	60	3	3	32	1.29
23588129--23588162	16	2.1	16	94	0	59	8	5	64	20	1.43
23588142--23588166	13	1.9	13	100	0	50	16	8	60	16	1.58
23588199--23588223	13	1.9	13	100	0	50	0	0	12	88	0.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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