genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95267742--95267785	21	2.1	21	95	0	79	59	0	0	40	0.98
95271108--95271163	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
95271144--95271257	57	2.0	57	98	0	219	33	7	18	41	1.77
95272656--95272708	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
95284740--95284843	44	2.4	44	80	6	104	28	16	25	29	1.97
95288284--95288372	23	3.8	23	68	16	74	33	22	26	16	1.96
95288278--95288383	48	2.2	49	79	5	117	34	20	25	18	1.96
95290441--95291328	52	17.1	52	99	0	1749	34	7	23	34	1.83
95292949--95293818	54	16.1	54	98	0	1654	17	24	23	35	1.95
95292949--95293818	27	32.2	27	86	6	910	17	24	23	35	1.95
95295089--95295137	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
95295095--95295133	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
95295096--95295137	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
95296397--95296493	6	16.5	6	69	18	53	73	2	20	4	1.10
95296399--95296502	22	4.7	22	68	22	58	71	1	23	3	1.13
95296447--95296494	5	9.0	5	78	13	51	75	0	25	0	0.81
95296443--95296494	16	3.2	16	94	2	86	75	0	25	0	0.81
95296434--95296500	11	6.0	11	77	18	59	71	1	26	0	0.94
95296450--95296500	12	4.4	12	78	14	54	72	0	27	0	0.85
95297011--95297067	29	2.0	29	100	0	114	35	15	21	28	1.94
95306926--95306958	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
95310245--95310302	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95310514--95310545	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
95310640--95310824	50	3.7	50	99	0	361	26	23	32	16	1.96
95326036--95326069	17	1.9	18	94	5	61	20	29	35	14	1.93
95326282--95326438	27	5.8	27	90	0	224	30	22	7	39	1.81
95326258--95326438	81	2.2	81	85	1	238	32	22	7	38	1.81
95326417--95326584	27	6.2	27	78	6	144	40	20	8	30	1.82
95326417--95326554	54	2.6	54	90	2	188	39	20	8	31	1.83
95326459--95326640	54	3.3	54	81	9	190	43	19	7	29	1.78
95326595--95326646	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
95326687--95326764	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
95327574--95327643	25	2.8	25	84	2	97	28	24	21	25	1.99
95327573--95327656	25	3.4	24	77	8	80	30	21	21	26	1.98
95327864--95327945	31	2.7	31	92	3	132	26	17	25	30	1.97
95327951--95328044	33	2.9	33	69	18	90	24	20	25	29	1.99
95334119--95334201	24	3.5	25	82	8	93	18	22	15	43	1.87
95338974--95339073	50	2.0	49	92	1	164	29	19	20	31	1.96
95341024--95341100	13	5.9	13	78	6	75	35	7	20	36	1.82
95343622--95343655	12	2.8	12	86	0	50	61	0	0	38	0.96
95343595--95343655	24	2.5	24	79	10	61	50	0	0	49	1.00
95344518--95344544	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
95345256--95345299	23	2.0	22	81	4	52	65	13	6	13	1.44
95355121--95355163	19	2.3	19	84	8	52	30	4	0	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95362344--95362379	11	3.1	12	88	8	56	36	8	8	47	1.64
95364432--95364565	13	10.0	13	70	15	76	35	16	3	44	1.65
95364421--95364530	27	4.1	26	73	21	84	37	16	3	42	1.66
95364421--95364537	40	2.9	40	77	5	119	36	17	3	42	1.66
95364485--95364537	27	2.0	27	84	0	70	35	18	1	43	1.62
95364523--95364579	28	2.0	28	86	0	78	28	12	5	54	1.59
95367187--95367300	57	2.0	57	98	0	219	40	14	22	21	1.90
95369549--95369640	47	2.0	47	97	0	175	40	18	14	27	1.89
95375245--95377036	598	3.0	598	96	0	3293	33	18	15	32	1.92
95376837--95378558	859	2.0	859	100	0	3444	29	22	18	30	1.97
95379377--95379415	21	1.9	20	89	5	60	43	20	7	28	1.79
95380516--95380633	42	2.8	42	83	7	159	28	25	16	28	1.97
95389193--95389406	46	4.7	43	73	17	148	29	18	28	23	1.97
95400547--95400709	79	2.1	78	96	2	301	26	30	14	27	1.95
95416836--95416932	49	2.0	49	93	0	167	42	13	16	27	1.86
95416919--95416948	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
95421879--95423288	470	3.0	470	98	0	2703	27	25	19	27	1.98
95424481--95424584	52	2.0	52	98	0	199	25	29	9	35	1.88
95425136--95425163	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
95425591--95425708	59	2.0	59	96	3	220	34	28	9	27	1.88
95440871--95440962	44	2.1	44	100	0	184	55	10	7	26	1.61
95444538--95444600	32	2.0	32	96	0	117	49	1	33	15	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95444540--95444591	16	3.2	16	68	10	52	51	1	30	15	1.54
95449443--95449550	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
95461414--95461732	46	6.7	48	74	11	221	29	18	28	23	1.98
95461556--95461735	49	3.7	50	80	6	181	29	20	28	22	1.98
95461556--95461731	96	1.8	96	85	6	246	28	19	28	22	1.98
95461420--95461734	47	6.7	46	71	14	189	29	18	28	24	1.98
95463656--95463797	40	3.6	40	84	2	171	26	23	27	23	2.00
95468230--95468397	47	3.6	47	93	0	273	27	30	7	33	1.85
95468280--95468358	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
95473753--95473785	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
95473832--95473890	21	2.8	22	85	7	70	25	0	5	69	1.09
95473861--95473920	26	2.4	24	86	8	84	30	0	1	68	0.99
95478547--95478588	21	2.0	21	95	0	75	54	21	0	23	1.44
95488950--95488999	24	2.1	25	85	7	68	52	0	26	22	1.48
95500829--95500892	31	2.1	31	90	0	101	34	15	28	21	1.94
95503532--95503570	4	9.8	4	88	0	60	48	20	5	25	1.70
95508353--95508387	18	1.9	18	100	0	70	45	25	11	17	1.81
95510553--95510640	23	3.8	23	82	5	106	12	5	36	45	1.66
95511451--95511491	7	5.7	7	94	5	73	82	0	0	17	0.66
95511452--95511497	20	2.2	22	85	11	62	84	0	0	15	0.62
95520431--95520509	29	2.7	29	94	0	140	50	0	18	30	1.47
95521513--95521760	42	6.0	42	92	1	410	30	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95521513--95521759	83	3.0	83	95	0	431	30	27	15	26	1.96
95530957--95531125	85	2.0	85	97	0	320	42	13	21	22	1.88
95532374--95532549	46	3.8	46	76	12	189	19	21	28	30	1.98
95532371--95532542	93	1.8	93	92	0	290	20	21	29	29	1.98
95537901--95537943	16	2.8	15	80	13	52	16	13	6	62	1.51
95539466--95539505	6	6.7	6	94	0	71	30	2	0	67	1.04
95539473--95539543	18	3.9	18	81	7	63	22	2	2	71	1.12
95539466--95539542	12	6.3	12	79	8	57	23	3	2	70	1.17
95539840--95539901	30	2.1	30	93	0	106	11	33	38	16	1.84
95546401--95546480	33	2.4	33	83	8	108	30	23	11	35	1.90
95549436--95549892	39	11.6	39	92	3	701	26	22	27	23	2.00
95550159--95550281	60	2.0	60	98	0	237	24	16	16	43	1.87
95554604--95554820	108	2.0	108	100	0	434	29	18	11	39	1.87
95557579--95557666	44	2.0	44	95	0	158	31	26	5	36	1.80
95559278--95559469	40	4.8	40	87	1	217	26	27	20	25	1.99
95562668--95562780	33	3.5	33	74	10	90	32	23	10	33	1.89
95563955--95563980	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
95568003--95568041	7	5.6	7	93	0	60	20	30	7	41	1.80
95568003--95568041	14	2.8	14	92	0	69	20	30	7	41	1.80
95572250--95572294	21	2.1	22	83	4	56	60	2	13	24	1.45
95575140--95575198	31	1.9	31	96	0	109	27	18	27	27	1.98
95576315--95576372	30	1.9	30	86	6	82	20	39	27	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95578961--95579091	47	2.8	48	83	1	165	32	28	16	22	1.96
95580019--95580086	27	2.5	28	90	9	115	36	23	23	16	1.94
95594246--95594301	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
95599259--95599313	5	11.0	5	92	0	92	38	0	3	58	1.16
95600000--95600032	14	2.2	16	89	10	52	48	3	24	24	1.65
95600084--95600128	23	2.0	21	87	8	63	33	0	15	51	1.44
95600114--95600195	29	2.8	29	83	7	105	46	0	18	35	1.49
95600608--95600654	24	2.0	24	95	0	85	40	0	17	42	1.49
95601366--95601421	28	2.0	28	100	0	112	21	21	21	35	1.96
95605371--95605428	26	2.3	25	77	8	64	36	22	22	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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