genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  237  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78919144--78919196	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
78945531--78945570	18	2.2	19	90	4	64	10	27	0	62	1.27
78945643--78945703	18	3.4	17	80	11	59	8	19	3	68	1.29
78946629--78946683	27	2.0	27	92	3	92	21	12	0	65	1.26
78946629--78946677	13	3.7	13	89	5	80	18	10	0	71	1.13
78946723--78946766	12	3.6	12	87	3	61	11	4	9	75	1.19
78946722--78946766	13	3.5	13	84	6	65	11	4	8	75	1.17
78960138--78960247	58	1.9	58	100	0	220	30	21	18	29	1.97
78962550--78962601	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
78971926--78971978	23	2.4	22	75	9	54	9	18	1	69	1.25
78971971--78972010	18	2.2	18	86	0	53	7	25	2	65	1.32
78973691--78973874	91	2.0	91	94	0	323	41	16	17	24	1.90
78980784--78980872	23	3.9	23	96	0	160	35	4	26	32	1.77
78981934--78982079	45	3.2	45	93	0	238	39	15	19	26	1.91
78982341--78982390	24	2.1	24	100	0	100	24	14	28	34	1.93
78986196--78986380	79	2.3	81	82	7	218	24	23	27	24	2.00
78986197--78986380	40	4.6	39	80	9	194	25	23	27	23	2.00
78986249--78986413	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
78993873--78994072	93	2.2	93	84	0	256	27	27	29	16	1.97
78996613--78996679	27	2.5	27	97	0	125	20	10	13	55	1.67
79004031--79004106	38	2.0	38	92	5	127	31	22	14	31	1.94
79010759--79010863	41	2.6	41	81	1	122	21	25	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79012052--79012127	38	2.0	38	97	0	143	31	22	14	31	1.94
79016616--79016781	47	3.6	47	77	14	198	29	30	18	21	1.97
79016570--79016834	93	2.9	93	92	0	433	29	29	19	21	1.97
79016563--79016830	46	5.8	46	74	12	217	30	29	19	20	1.97
79022723--79022773	21	2.4	21	93	3	84	35	9	5	49	1.60
79023214--79023338	39	3.4	39	68	17	111	25	20	21	32	1.97
79027123--79027227	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
79027083--79027246	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
79027083--79027233	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
79029623--79029687	21	3.3	21	64	16	57	13	23	36	26	1.92
79029619--79029693	38	2.0	38	97	0	141	14	20	34	30	1.92
79035484--79035735	40	6.3	40	86	2	310	23	20	27	28	1.99
79046320--79046398	37	2.1	37	88	0	113	25	31	17	25	1.97
79053121--79053160	21	1.9	21	85	10	55	12	20	0	67	1.22
79058647--79058734	44	2.0	44	93	4	151	18	21	32	27	1.96
79062724--79062908	67	2.9	63	73	8	174	25	30	15	29	1.95
79072438--79072478	21	2.0	21	95	0	73	0	60	0	39	0.96
79076941--79076978	19	2.1	19	95	5	69	50	10	10	28	1.70
79081671--79081709	19	2.1	19	95	0	69	17	41	28	12	1.87
79084423--79084490	22	3.2	22	62	19	54	16	35	7	41	1.76
79084423--79084504	41	2.0	41	97	0	155	18	32	9	39	1.83
79084436--79084502	22	3.2	22	60	20	52	17	32	10	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79089543--79089647	52	2.0	51	96	1	192	29	21	10	37	1.87
79092998--79093033	17	2.1	18	89	5	56	52	0	8	38	1.32
79093866--79093898	15	2.1	16	94	5	59	78	3	0	18	0.87
79096187--79096542	47	7.6	47	69	14	184	28	19	28	23	1.98
79096187--79096540	94	3.8	92	76	10	326	28	19	28	23	1.98
79103831--79104275	94	4.8	92	83	7	485	27	19	29	23	1.98
79104067--79104222	44	3.5	44	75	6	179	25	16	30	27	1.97
79103837--79104271	185	2.4	183	81	9	519	28	19	28	22	1.98
79112237--79112398	40	4.1	40	87	3	211	20	25	28	25	1.99
79114468--79114590	57	2.1	58	82	4	151	32	20	17	30	1.95
79121678--79121739	31	2.0	31	93	0	106	33	27	16	22	1.95
79133397--79133425	11	2.6	11	100	0	58	37	10	10	41	1.73
79149193--79149508	26	12.2	26	96	0	542	33	7	24	35	1.83
79150340--79150403	26	2.4	26	86	5	83	31	25	14	29	1.94
79150507--79150619	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
79150505--79150619	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
79155639--79155810	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
79155586--79155808	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
79155666--79155843	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
79166048--79166350	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
79174160--79174380	99	2.3	93	79	11	238	28	19	28	24	1.98
79175840--79176361	49	10.9	49	94	2	866	28	30	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79175840--79176358	192	2.7	192	92	1	898	28	30	9	31	1.89
79180301--79180325	12	2.1	12	100	0	50	24	8	24	44	1.80
79182448--79182565	36	3.3	36	84	0	137	34	16	12	35	1.87
79182454--79182550	18	5.4	18	75	0	95	37	15	12	35	1.85
79182517--79182565	18	2.7	18	78	6	55	34	22	14	28	1.93
79188772--79188874	18	5.4	18	68	13	71	37	23	25	13	1.91
79188792--79188856	21	3.2	21	72	12	73	41	20	26	12	1.87
79188774--79188874	39	2.6	39	96	0	184	38	22	25	12	1.90
79193908--79194102	49	3.9	49	85	2	264	26	18	25	29	1.98
79193910--79194102	100	1.9	100	92	0	323	26	19	24	29	1.98
79196970--79197141	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
79196917--79197139	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
79196997--79197174	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
79203606--79203635	16	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
79205994--79206058	31	2.1	31	82	5	78	53	10	13	21	1.70
79206351--79206392	21	2.0	21	86	4	59	47	0	0	52	1.00
79206792--79206825	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
79206827--79206866	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
79206948--79207010	30	2.1	30	93	0	108	57	11	3	28	1.49
79219246--79219416	46	3.7	45	79	9	184	22	28	19	29	1.98
79219198--79219417	94	2.3	92	82	9	250	23	29	18	28	1.98
79226710--79226835	47	2.7	47	80	10	143	25	29	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79226811--79226934	47	2.7	45	77	16	128	23	31	18	26	1.97
79246012--79246104	40	2.3	40	90	3	143	26	26	21	24	1.99
79246012--79246157	40	3.6	39	81	5	132	26	26	21	25	2.00
79246362--79246662	150	2.0	150	99	0	593	28	21	15	33	1.94
79247772--79247918	75	2.0	75	95	0	267	40	18	6	34	1.77
79253261--79253407	74	2.0	74	91	0	240	36	17	21	25	1.94
79253631--79253677	23	2.0	22	84	12	58	48	23	8	19	1.75
79255982--79256204	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
79256057--79256239	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
79256535--79256681	74	2.0	73	98	1	285	19	23	12	45	1.83
79258386--79258552	86	1.9	86	93	0	289	32	14	20	32	1.93
79261977--79262071	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
79262002--79262084	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
79263347--79263423	38	2.0	38	97	0	145	38	18	15	27	1.91
79265201--79265281	26	3.2	26	65	19	71	29	28	14	27	1.95
79265160--79265345	50	3.8	48	79	11	182	28	27	17	26	1.98
79265160--79265344	101	1.9	97	85	4	253	28	27	17	26	1.98
79269936--79270013	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
79269966--79270293	174	1.9	174	97	0	620	30	14	24	30	1.95
79277607--79277684	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
79277637--79277964	174	1.9	174	97	0	620	30	14	24	30	1.95
79290554--79290600	23	2.0	22	84	12	58	48	23	8	19	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79293052--79293233	28	6.5	28	94	0	294	25	12	28	32	1.93
79293699--79293809	57	2.0	56	96	1	204	10	25	24	39	1.87
79299869--79300029	71	2.3	70	81	3	196	16	19	39	24	1.92
79303505--79303544	19	2.0	21	85	9	57	15	35	25	25	1.94
79310938--79310989	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
79311344--79311494	79	1.9	79	94	0	266	26	25	20	27	1.99
79314708--79315337	47	13.4	47	97	0	1161	33	8	28	29	1.87
79315456--79315534	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
79320122--79320184	32	2.0	32	90	6	101	22	22	36	19	1.95
79323838--79323960	49	2.5	49	79	7	133	29	21	26	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322