genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60851022--60851239	40	5.5	40	87	2	298	25	27	22	24	2.00
60870740--60870938	35	5.7	35	78	7	156	34	24	11	30	1.90
60870742--60870938	70	2.8	70	79	3	200	34	24	10	30	1.90
60882108--60882134	8	3.4	8	100	0	54	85	0	0	14	0.61
60893654--60893692	14	2.8	13	88	3	51	79	2	2	15	0.95
60908532--60908556	7	3.6	7	100	0	50	44	16	0	40	1.47
60923519--60923556	15	2.5	15	100	0	76	28	26	7	36	1.84
60923513--60923556	15	2.9	16	93	3	65	31	25	6	36	1.82
60929704--60929736	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
60931750--60931796	24	2.0	24	95	0	85	51	14	8	25	1.71
60938102--60938237	48	2.8	48	84	2	184	34	18	16	30	1.93
60940688--60940808	48	2.5	48	77	7	138	34	19	16	29	1.93
60944156--60944219	27	2.4	27	86	0	83	35	20	18	25	1.95
60946427--60946473	21	2.2	22	77	11	53	34	2	17	46	1.59
60948347--60949152	3	268.7	3	100	0	1612	0	33	0	66	0.92
60955109--60955143	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60955981--60956016	16	2.2	16	100	0	72	19	38	19	22	1.93
60960616--60960697	26	3.2	26	92	0	146	35	24	7	32	1.83
60963849--60963900	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
60967320--60967395	40	1.9	40	88	0	116	13	14	36	35	1.85
60970733--60970772	21	1.9	21	89	0	62	27	15	25	32	1.95
60970841--60971112	143	1.9	143	91	1	447	26	23	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60972392--60972425	8	4.0	9	88	11	54	0	20	0	79	0.73
60972392--60972425	17	1.9	18	94	5	61	0	20	0	79	0.73
60977428--60977484	30	1.9	30	92	0	96	28	42	24	5	1.76
60977428--60977494	30	2.2	30	86	5	91	25	43	25	5	1.77
60977551--60977592	18	2.3	18	91	0	66	21	28	7	42	1.79
60977735--60977789	21	2.6	22	88	8	87	27	45	20	7	1.77
60977896--60977929	17	2.0	17	100	0	68	35	0	0	64	0.94
60983359--60983414	11	5.2	11	78	4	60	64	1	0	33	1.04
60983359--60983442	43	2.0	41	81	4	96	59	2	0	38	1.10
60994476--60994786	126	2.5	126	93	0	516	28	17	16	37	1.92
60997243--60997294	7	7.4	7	86	0	59	30	1	46	21	1.62
60997242--60997296	28	2.0	28	89	7	85	30	3	43	21	1.70
60999206--60999255	20	2.5	20	86	0	64	52	18	10	20	1.73
60999552--60999600	22	2.2	21	82	13	55	55	28	2	14	1.51
61024319--61024364	17	2.6	18	86	6	58	19	23	36	19	1.95
61025003--61025076	33	2.2	33	95	0	130	25	21	24	28	1.99
61027754--61027863	43	2.6	44	84	8	156	28	18	21	31	1.97
61027905--61027999	47	2.0	47	95	0	172	30	16	22	30	1.96
61040993--61041032	18	2.2	18	86	8	55	35	22	12	30	1.91
61044369--61044529	43	3.8	43	79	8	177	24	17	25	32	1.96
61046781--61046929	57	2.6	57	79	10	160	32	20	16	30	1.95
61052258--61052424	43	3.9	43	76	6	142	27	15	23	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61053928--61053974	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
61054322--61054705	50	7.6	50	76	4	351	27	17	24	30	1.97
61054327--61054512	101	1.8	100	83	4	248	27	16	24	31	1.97
61054321--61054708	151	2.6	151	89	0	607	27	17	24	30	1.97
61054916--61054947	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
61059937--61059992	19	2.9	19	81	2	58	32	23	17	26	1.97
61063035--61063078	18	2.4	19	82	17	58	77	2	18	2	0.98
61068049--61068091	6	7.2	6	86	0	50	13	27	32	25	1.94
61068049--61068092	12	3.7	12	87	0	61	13	29	31	25	1.94
61068054--61068088	18	1.9	18	94	0	61	11	28	34	25	1.91
61069565--61069595	5	6.0	5	96	3	53	0	58	41	0	0.98
61069709--61069757	25	2.0	25	88	4	73	63	6	0	30	1.19
61069709--61069772	25	2.7	24	81	11	62	67	6	0	26	1.14
61069739--61069786	21	2.3	20	82	10	53	72	10	0	16	1.10
61076430--61076498	20	3.5	20	73	0	66	36	18	21	23	1.95
61078789--61078860	30	2.4	30	88	4	110	43	6	25	25	1.79
61079459--61079587	62	2.1	61	82	1	150	33	14	24	27	1.94
61079674--61079743	29	2.4	29	84	11	90	32	14	22	30	1.94
61080104--61080584	244	2.0	243	94	0	845	40	13	22	24	1.90
61083896--61084257	46	7.8	46	77	15	379	21	20	29	29	1.98
61083893--61084250	93	3.8	93	98	0	680	22	20	29	28	1.98
61088509--61088804	38	7.8	38	91	3	447	22	22	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61088509--61088804	113	2.6	111	89	4	434	22	22	24	29	1.99
61088509--61088799	75	3.9	76	93	2	455	23	23	24	29	1.99
61092806--61092980	43	4.1	44	77	11	148	32	26	14	25	1.95
61092806--61092980	86	2.0	86	80	4	192	32	26	14	25	1.95
61093626--61094537	376	2.4	376	99	0	1797	41	18	6	32	1.77
61100490--61100602	51	2.2	52	95	4	201	37	21	22	19	1.95
61101747--61101824	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
61101777--61102101	171	1.9	173	91	1	537	30	14	24	31	1.94
61121016--61121058	20	2.2	20	91	0	68	60	2	0	37	1.10
61121016--61121072	20	3.0	20	82	10	66	57	1	0	40	1.09
61122867--61122932	31	2.2	30	81	8	71	42	1	0	56	1.08
61127496--61127688	82	2.4	82	86	5	268	52	15	5	26	1.63
61134665--61134773	54	2.0	54	83	3	139	29	40	3	26	1.73
61140910--61140964	28	2.0	28	85	0	74	32	0	1	65	1.03
61142415--61142442	14	2.0	14	100	0	56	21	28	14	35	1.92
61143208--61143270	13	4.8	13	72	0	54	39	4	17	38	1.71
61143207--61143270	26	2.5	26	76	5	76	39	4	17	39	1.70
61150727--61150812	39	2.1	41	85	4	113	29	17	22	31	1.96
61154329--61154387	3	19.3	3	85	3	82	32	3	1	62	1.21
61154386--61154555	3	56.7	3	100	0	340	33	32	0	33	1.58
61154554--61154717	3	55.7	3	79	7	158	29	4	1	64	1.25
61154653--61154770	22	5.2	22	74	15	71	20	3	3	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61154719--61154773	23	2.4	22	85	8	74	18	1	3	76	1.02
61156826--61156865	20	2.0	20	100	0	80	30	20	30	20	1.97
61157880--61158014	67	2.0	67	94	0	234	34	22	15	26	1.94
61161984--61162100	44	2.7	44	86	0	171	29	22	20	27	1.98
61162256--61162720	44	10.6	44	76	3	416	31	17	21	29	1.96
61162259--61162718	133	3.5	130	80	3	458	31	17	21	30	1.96
61162216--61162715	89	5.7	89	78	3	377	31	17	21	29	1.96
61163344--61163378	18	1.9	18	100	0	70	0	14	0	85	0.59
61163343--61163377	6	5.8	6	87	12	54	0	14	0	85	0.59
61164035--61164420	3	128.7	3	75	8	313	29	6	1	63	1.27
61164348--61164471	10	11.3	10	69	21	56	22	3	1	72	1.08
61164409--61164471	15	3.9	16	81	10	67	22	0	1	76	0.88
61164351--61164452	6	16.7	6	74	17	52	20	3	1	73	1.09
61169431--61169477	24	2.0	22	84	8	58	44	6	4	44	1.49
61173060--61173177	46	2.6	45	80	5	132	40	16	17	24	1.90
61174677--61174814	60	2.3	59	82	8	163	27	25	18	28	1.98
61174807--61174850	20	2.3	19	84	11	54	27	29	18	25	1.98
61177927--61178091	40	4.1	40	87	1	242	24	28	24	22	1.99
61188581--61188809	40	5.7	40	86	6	304	26	27	22	24	2.00
61188581--61188805	80	2.8	80	89	2	337	26	27	22	23	1.99
61188574--61188805	120	1.9	120	90	1	367	26	28	21	23	1.99
61191337--61191472	60	2.3	61	83	8	172	27	25	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61191466--61191509	20	2.3	19	84	11	54	27	29	18	25	1.98
61193403--61193431	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
61195560--61195688	5	25.8	5	98	0	249	40	0	0	58	1.03
61199116--61199141	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
61200854--61200884	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
61206103--61206204	16	6.4	16	89	0	150	42	3	24	29	1.73
61206101--61206197	32	3.0	32	93	0	167	41	3	26	28	1.71
61206183--61206279	44	2.2	44	85	7	124	32	5	23	38	1.77
61212213--61212734	26	20.0	27	74	9	320	23	15	20	40	1.90
61212211--61212737	78	6.7	78	78	7	354	23	15	20	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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