genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1335456--1335510	27	2.0	27	92	0	92	38	0	14	47	1.45
1336202--1336238	15	2.7	14	84	15	51	43	0	2	54	1.14
1337570--1337595	13	2.0	13	100	0	52	69	0	23	7	1.14
1339103--1339244	40	3.5	40	78	4	135	26	18	19	36	1.94
1339596--1339642	22	2.2	21	88	3	67	53	27	2	17	1.55
1339717--1339764	14	3.4	14	76	2	51	50	25	0	25	1.50
1339725--1339780	21	2.6	22	88	2	78	48	26	0	25	1.52
1340154--1340271	41	2.9	41	82	2	130	23	14	24	37	1.92
1340584--1340822	72	3.3	72	90	4	385	39	17	11	31	1.85
1348703--1348795	18	5.2	18	80	0	78	35	12	20	31	1.90
1350930--1350964	9	3.8	9	85	7	52	71	0	2	25	1.00
1351031--1351074	19	2.2	20	84	11	56	65	0	4	29	1.12
1358792--1358817	6	4.3	6	100	0	52	0	0	84	15	0.62
1365797--1365830	9	3.7	9	96	4	59	79	0	2	17	0.86
1367174--1367227	27	2.0	27	100	0	108	37	25	14	22	1.93
1371479--1371525	16	2.9	16	78	6	51	61	12	21	4	1.48
1373385--1373411	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
1373548--1373573	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
1378883--1378963	35	2.3	35	78	4	101	23	19	22	34	1.96
1382703--1382738	17	2.1	18	89	5	56	38	0	5	55	1.23
1385752--1385784	17	1.9	17	88	11	50	48	0	0	51	1.00
1394207--1394255	21	2.3	21	85	3	62	26	4	4	65	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1394600--1394640	14	2.9	14	77	0	55	24	7	29	39	1.82
1397308--1397348	14	2.9	14	77	0	55	21	9	31	36	1.86
1397584--1398152	281	2.0	281	97	0	1075	27	19	15	37	1.92
1401956--1402242	132	2.2	132	88	3	418	31	17	17	33	1.93
1401971--1402331	132	2.7	131	82	6	390	28	18	19	33	1.95
1404204--1404314	36	3.3	36	69	19	121	19	3	29	46	1.67
1404225--1404348	28	4.1	28	68	18	79	22	2	29	45	1.65
1404208--1404347	64	2.2	64	94	0	244	22	2	29	45	1.67
1406441--1406470	13	2.3	13	94	0	51	33	0	16	50	1.46
1408901--1408925	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
1412921--1412973	18	2.9	18	85	0	70	32	15	15	37	1.88
1412942--1412996	18	3.1	18	81	0	65	30	16	16	36	1.91
1416829--1416859	12	2.6	12	100	0	62	35	29	19	16	1.93
1419431--1419474	23	1.9	23	85	0	61	43	13	18	25	1.86
1451998--1452091	47	2.0	47	100	0	188	27	10	17	44	1.81
1472054--1472147	47	2.0	47	100	0	188	27	10	17	44	1.81
1484453--1484530	39	2.0	39	100	0	156	25	10	17	46	1.80
1488097--1488121	9	2.8	9	100	0	50	12	24	12	52	1.72
1494547--1494592	20	2.2	21	84	3	58	34	13	8	43	1.74
1512700--1512831	68	1.9	68	95	0	237	26	25	12	34	1.92
1513230--1513270	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1514982--1515236	134	1.9	134	95	0	456	27	15	20	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1519334--1519491	54	3.0	54	83	5	171	34	15	24	25	1.95
1524800--1524850	19	2.9	17	78	13	50	37	9	15	37	1.81
1524810--1524852	19	2.1	21	87	8	63	37	9	16	37	1.81
1526951--1527140	95	2.0	95	97	0	362	34	17	22	25	1.96
1529799--1529858	21	3.0	21	79	18	65	83	0	13	3	0.77
1529828--1529861	9	3.7	9	88	4	50	88	0	2	8	0.62
1529807--1529859	27	1.9	28	88	3	81	86	0	9	3	0.68
1529807--1529861	28	2.0	28	85	7	76	85	0	9	5	0.74
1530863--1531000	41	3.3	41	70	18	122	32	25	21	21	1.98
1530810--1531203	84	4.6	84	86	4	513	32	22	21	24	1.98
1530810--1531203	171	2.3	168	87	3	531	32	22	21	24	1.98
1531233--1531933	44	15.9	44	73	14	349	29	14	26	29	1.95
1531205--1531889	176	3.9	176	89	0	1014	28	14	26	29	1.95
1532063--1532247	44	4.2	45	73	9	173	30	16	24	28	1.97
1531987--1532172	44	4.1	46	69	13	134	32	18	22	26	1.97
1531978--1532324	134	2.6	136	85	2	448	31	17	23	27	1.97
1532320--1532465	45	3.3	45	86	1	186	32	13	28	26	1.93
1532330--1532462	44	3.0	45	87	2	178	31	13	27	27	1.94
1532813--1532909	19	5.1	19	92	7	162	38	10	15	36	1.82
1532817--1532909	36	2.5	37	91	8	152	37	10	16	35	1.83
1534567--1534730	43	3.8	43	86	3	213	26	24	20	28	1.99
1534796--1534878	31	2.6	32	80	3	96	61	15	4	18	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1535122--1535162	21	2.0	21	90	0	64	4	51	14	29	1.63
1540444--1540501	27	2.1	27	90	6	91	31	1	18	48	1.59
1540443--1540501	18	3.3	18	85	0	73	30	1	20	47	1.60
1540500--1541174	241	2.8	241	96	0	1246	33	15	18	33	1.92
1543338--1543393	25	2.2	25	80	0	67	35	10	41	12	1.78
1545396--1545433	18	2.1	18	90	5	58	47	2	42	7	1.46
1545644--1545700	22	2.7	20	77	22	62	33	1	1	63	1.15
1546033--1546164	7	18.6	7	73	6	77	46	31	0	21	1.51
1546449--1546497	24	2.0	24	92	0	80	42	4	2	51	1.32
1546456--1546501	12	3.9	12	78	13	51	43	4	2	50	1.34
1550564--1550671	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
1557663--1557770	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
1558768--1558807	21	1.9	21	89	0	62	75	7	0	17	1.03
1561270--1561400	42	3.1	41	80	10	140	29	22	19	28	1.98
1561393--1561493	42	2.4	42	84	1	130	34	19	19	25	1.96
1561627--1561676	19	2.6	19	87	6	66	54	24	12	10	1.67
1562680--1562713	17	2.0	17	100	0	68	17	17	17	47	1.84
1563135--1563569	86	5.1	85	87	3	446	31	24	20	23	1.98
1563135--1563569	43	10.2	43	76	8	368	31	24	20	23	1.98
1563152--1563569	129	3.3	128	79	6	436	30	23	20	24	1.98
1564448--1564485	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
1565535--1565583	25	1.9	26	83	4	64	53	12	2	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1570028--1570067	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
1570488--1570527	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
1569675--1574709	477	10.7	477	98	0	9569	41	11	10	35	1.76
1573817--1573856	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
1576397--1576648	133	1.9	133	98	0	486	50	18	10	19	1.76
1578394--1578482	45	2.0	45	97	0	169	39	16	20	23	1.92
1580025--1580056	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
1580957--1580993	14	2.6	14	100	0	74	45	8	0	45	1.32
1581121--1581299	41	4.4	41	93	0	288	18	22	22	35	1.96
1581121--1581339	82	2.7	82	86	3	255	19	22	22	36	1.95
1593890--1593965	9	8.1	9	77	8	71	31	0	19	48	1.49
1594951--1595012	19	3.3	19	68	4	63	54	12	16	16	1.71
1594949--1595022	37	2.0	36	94	2	130	54	10	17	17	1.71
1597371--1597565	84	2.3	84	89	1	293	28	21	16	33	1.95
1597897--1597941	15	3.1	15	80	6	56	42	40	2	15	1.59
1597905--1597997	7	13.1	7	72	8	64	44	37	2	16	1.60
1597917--1597997	21	3.5	21	70	20	72	44	37	2	16	1.61
1597894--1598016	49	2.5	48	87	8	169	44	37	2	15	1.60
1597967--1598045	41	1.9	41	84	0	104	39	37	3	18	1.69
1598439--1598502	15	4.4	15	78	5	51	29	0	23	46	1.52
1598439--1598500	22	2.9	22	83	11	67	29	0	22	48	1.51
1601726--1601768	6	7.2	6	94	0	77	0	46	16	37	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1604254--1604394	72	2.0	72	87	2	203	39	19	12	28	1.88
1606988--1607055	34	2.0	34	97	0	127	27	11	30	29	1.92
1613220--1613284	20	3.1	20	86	13	87	26	27	4	41	1.75
1615189--1615229	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1629268--1629308	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1631214--1631247	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
1637727--1637773	21	2.2	22	88	3	69	19	31	19	29	1.96
1641004--1641053	24	2.1	24	100	0	100	52	24	4	20	1.63
1662521--1662572	10	5.1	10	88	2	68	21	5	1	71	1.17
1663478--1663510	12	2.8	12	100	0	66	24	9	0	66	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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