genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.295.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98028844--98028940	34	2.9	34	85	10	128	25	25	22	25	2.00
98030140--98030264	6	20.3	6	72	16	96	48	13	19	19	1.81
98030166--98030236	19	3.8	19	78	10	92	45	14	22	18	1.85
98030161--98030264	31	3.4	31	74	15	115	46	13	21	19	1.84
98030149--98030255	37	2.9	37	85	4	144	47	13	20	18	1.81
98030197--98030264	25	2.7	25	88	0	100	45	13	20	20	1.84
98030384--98030462	27	3.0	26	87	5	95	37	20	24	17	1.93
98030512--98030549	20	1.9	20	88	0	58	42	34	13	10	1.78
98030549--98030611	22	2.9	22	83	9	83	34	20	23	20	1.96
98031125--98031475	27	13.0	27	89	0	524	23	21	19	35	1.96
98033498--98033625	63	2.0	63	95	0	229	38	28	15	17	1.91
98034194--98034233	20	2.0	20	90	0	62	35	30	2	32	1.71
98047977--98048035	30	2.0	30	89	0	91	37	6	23	32	1.81
98053333--98053689	47	7.6	47	91	1	547	27	30	9	32	1.88
98055468--98055545	39	2.0	39	92	0	129	37	30	10	21	1.87
98061647--98061732	44	2.0	44	81	4	102	37	11	24	26	1.90
98061923--98062119	55	3.6	54	82	4	227	37	17	24	20	1.94
98061923--98062119	54	3.6	54	82	7	229	37	17	24	20	1.94
98064760--98064816	26	2.2	26	100	0	114	31	24	21	22	1.98
98064828--98064900	23	3.2	24	76	18	75	38	17	21	21	1.93
98064828--98064918	45	2.0	46	85	8	123	37	17	21	23	1.94
98068726--98068832	54	2.0	54	94	0	187	39	11	25	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98069520--98069683	42	3.9	41	83	4	184	31	23	14	31	1.94
98070576--98070701	30	4.2	30	82	7	85	50	13	17	19	1.79
98070597--98070758	6	26.8	6	75	15	147	51	13	16	19	1.77
98070597--98070758	85	1.9	85	93	0	279	51	13	16	19	1.77
98071260--98071342	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
98071541--98071736	27	7.3	27	82	2	205	27	20	17	34	1.95
98071541--98071736	54	3.6	54	83	0	230	27	20	17	34	1.95
98071751--98072174	27	15.7	27	83	6	484	41	10	20	27	1.84
98074639--98074699	13	4.6	13	76	15	63	44	3	14	37	1.62
98075731--98075771	21	1.9	22	85	5	57	39	0	21	39	1.54
98081326--98081564	48	5.0	48	91	0	379	34	6	27	31	1.82
98081326--98081560	96	2.4	96	96	0	425	34	6	27	31	1.82
98081721--98081823	37	2.8	37	96	0	188	21	20	32	26	1.98
98094053--98094151	29	3.7	26	70	19	62	64	1	11	23	1.32
98110436--98110617	96	1.9	96	82	4	233	22	29	19	28	1.98
98110433--98110708	48	5.8	48	75	5	211	23	30	19	27	1.98
98119387--98119558	46	3.7	45	77	10	177	29	27	20	22	1.99
98119392--98119562	93	1.8	93	89	0	270	28	28	21	21	1.98
98119987--98120046	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
98126981--98127150	46	3.7	46	74	7	173	30	26	19	23	1.98
98127582--98127641	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
98129225--98129311	39	2.2	39	95	0	156	21	22	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98130399--98130569	48	3.6	48	80	0	189	23	31	19	24	1.98
98137116--98137168	26	2.0	26	85	7	72	20	15	22	41	1.89
98138420--98138514	12	7.9	12	65	9	50	21	37	6	34	1.79
98138413--98138521	24	4.5	23	89	6	155	21	37	5	35	1.77
98142278--98142509	49	4.7	49	81	4	286	30	26	17	25	1.97
98142278--98142509	100	2.3	98	83	4	295	30	26	17	25	1.97
98150407--98150464	30	1.9	30	85	0	80	17	29	29	24	1.97
98152316--98152347	6	5.3	6	92	0	55	81	0	3	15	0.82
98154139--98154191	24	2.1	27	80	16	69	66	0	33	0	0.92
98154157--98154205	19	2.6	19	83	6	64	73	2	24	0	0.94
98161373--98161417	8	5.5	8	80	15	56	84	0	4	11	0.76
98161373--98161416	12	3.7	12	80	19	56	84	0	4	11	0.77
98161931--98161994	22	3.1	21	77	6	60	78	4	6	10	1.08
98163637--98163748	27	4.1	27	80	10	122	39	23	22	15	1.91
98171481--98171592	27	4.1	27	80	7	111	38	22	23	16	1.93
98177744--98178847	178	6.2	178	89	2	1436	28	19	26	25	1.99
98177744--98178847	355	3.1	356	87	2	1490	28	19	26	25	1.99
98178017--98178822	44	18.2	43	69	11	317	28	19	25	26	1.99
98190539--98190622	44	1.9	43	92	2	141	35	30	15	17	1.91
98190852--98190888	14	2.4	16	86	8	51	32	21	2	43	1.67
98191334--98191384	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
98199438--98199476	6	6.5	6	100	0	78	82	0	17	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98203849--98203882	15	2.2	16	89	5	52	76	0	11	11	1.02
98204309--98204360	4	12.0	4	77	22	52	67	1	5	25	1.23
98207795--98207922	64	2.0	64	96	0	238	25	21	28	25	1.99
98208127--98208184	28	2.1	27	87	6	82	31	32	6	27	1.83
98209804--98209892	5	16.2	5	78	17	72	17	6	1	74	1.10
98209804--98209892	11	8.0	11	75	15	85	17	6	1	74	1.10
98209804--98209892	17	5.4	17	76	10	78	17	6	1	74	1.10
98209816--98209892	6	13.3	6	78	8	61	16	7	1	74	1.12
98212805--98212829	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
98220138--98220260	22	5.3	22	64	27	67	31	13	29	25	1.94
98220117--98220397	47	6.0	47	91	0	429	33	11	28	25	1.91
98220371--98221335	46	21.0	46	99	0	1876	34	10	32	21	1.88
98223501--98223528	13	2.2	13	100	0	56	42	7	7	42	1.59
98232367--98232538	46	3.7	46	78	13	199	27	27	22	22	1.99
98232372--98232542	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	21	1.99
98232962--98233018	30	1.9	30	88	0	87	29	22	8	38	1.85
98240086--98240256	93	1.8	93	87	2	254	28	26	20	23	1.99
98240083--98240253	46	3.7	45	71	14	134	29	26	20	23	1.99
98242728--98242864	47	3.0	45	79	13	136	27	30	16	25	1.97
98248141--98248177	17	2.2	17	90	0	56	43	10	13	32	1.79
98250176--98250291	39	3.0	39	94	0	196	26	30	21	21	1.98
98257310--98257578	94	2.8	94	83	6	319	27	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98257310--98257578	46	5.7	49	81	6	272	27	20	27	24	1.99
98264893--98265017	48	2.7	46	85	5	153	31	18	25	24	1.98
98265124--98265251	49	2.6	49	82	3	150	27	21	28	22	1.99
98266818--98267042	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
98266820--98267042	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
98271170--98271237	34	2.0	34	94	0	118	35	11	27	25	1.91
98273977--98274009	7	4.6	7	96	3	57	42	0	0	57	0.98
98287360--98287486	39	3.3	39	69	18	111	62	5	5	26	1.40
98287348--98287491	77	1.9	77	94	0	252	61	5	6	26	1.42
98293007--98293047	17	2.4	17	83	0	55	58	2	19	19	1.50
98296960--98297389	214	2.0	214	99	0	851	34	19	10	35	1.86
98309162--98309240	36	2.2	37	81	2	97	29	7	1	62	1.31
98313102--98313149	22	2.1	23	84	3	62	54	0	0	45	0.99
98313105--98313149	23	1.9	24	86	4	65	53	0	0	46	1.00
98318157--98318206	24	2.1	23	82	14	57	22	0	8	70	1.13
98319867--98320138	47	5.8	46	74	10	194	26	18	29	24	1.98
98319867--98320127	94	2.8	91	76	9	242	27	18	29	24	1.98
98321482--98321587	55	1.9	55	88	0	158	18	25	33	22	1.97
98324037--98324077	18	2.3	18	91	0	64	26	7	39	26	1.82
98324860--98325211	131	2.7	131	77	5	336	33	18	21	26	1.96
98326135--98326160	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
98328283--98328402	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98329571--98329714	40	3.6	40	79	12	145	25	23	27	24	2.00
98329623--98329721	39	2.5	39	86	4	110	25	22	28	24	1.99
98329570--98329720	79	1.9	80	81	6	182	25	23	27	23	2.00
98340568--98340668	41	2.5	40	78	12	98	35	15	15	32	1.90
98342403--98342434	16	2.0	16	93	0	55	56	34	0	9	1.32
98344842--98345009	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
98344865--98345009	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
98347136--98347251	29	4.1	29	81	4	121	25	15	30	28	1.96
98351315--98351388	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
98353683--98353732	25	2.0	25	92	0	82	34	22	8	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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