Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  27  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7985689--7985732
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2
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0
0
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5
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0
0
43
0.99
7988933--7989039
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2.1
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0
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0
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1.92
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4.2
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2
0
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1.07
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23
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3.8
38
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2.5
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23
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3.1
46
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165
22
22
17
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1.94
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4.2
11
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2
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1.07
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17
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2.0
22
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2.2
20
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72
20
6
0
1.08
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2.6
24
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25
4
6
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1.38
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24
2.4
24
81
0
69
26
3
8
61
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8024746--8024819
25
3.0
24
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15
71
35
1
2
60
1.19
8024741--8024801
18
3.2
18
74
17
61
37
1
1
59
1.17
8024741--8024815
39
2.0
39
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10
111
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1
2
60
1.20
8024743--8024816
23
3.1
24
78
14
73
35
1
2
60
1.19
8024987--8025042
3
18.0
3
75
14
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30
7
1
60
1.33
8033370--8033424
21
2.6
21
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5
58
45
16
21
16
1.85
8038079--8038119
21
2.0
20
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4
55
56
21
4
17
1.60
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30
2.0
30
100
0
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2.5
42
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0
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1.94
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2.0
25
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8
0
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2.0
33
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0
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34
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1.59
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7
4.3
7
95
0
51
30
30
3
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8054103--8054217
51
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1.94
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2.0
113
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3
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1.68
8055432--8055551
59
2.0
59
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3
197
22
25
7
45
1.78
8063828--8063880
23
2.3
23
83
6
63
45
5
1
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1.37
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14
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0
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45
0
0
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21
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2
0
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15
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15
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0
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0
3
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1.12
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4.0
20
71
15
61
28
0
3
67
1.09
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.8
27
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10
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27
0
3
68
1.06
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22
3.3
22
68
11
74
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2
1
38
1.23
8075412--8075497
41
2.1
41
100
0
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56
4
2
36
1.33
8075433--8075500
22
3.2
22
64
19
63
54
2
2
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1.31
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4.1
9
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0
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45
10
10
32
1.74
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10
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10
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19
54
65
11
0
23
1.25
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18
3.2
19
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4
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5
0
32
1.17
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19
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19
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4
0
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1.17
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2.0
21
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0
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17
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5
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5
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1.56
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2.5
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5
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2.0
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1.9
16
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6
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53
3
0
43
1.17
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2.2
31
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10
84
16
25
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16
1.88
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46
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10
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2.1
31
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19
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1.77
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1.9
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2
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15
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15
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26
8
10
56
1.60
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31
2.1
31
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5
80
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13
56
1.65
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16
3.2
16
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16
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10
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1.57
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22
2.0
22
85
0
59
27
13
2
55
1.51
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15
6.4
14
71
20
62
33
1
0
65
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8143759--8143898
52
2.7
50
73
12
115
37
1
0
60
1.11
8148439--8148491
16
2.9
17
75
24
54
58
3
7
30
1.43
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2.0
72
100
0
288
37
5
6
50
1.53
8152152--8152241
44
2.0
44
81
12
105
35
4
2
57
1.31
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15
2.0
15
100
0
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26
20
13
40
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20
2.0
20
94
0
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10
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33
28
1.90
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27
3.9
27
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9
135
19
24
21
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1.96
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4
51
82
0
17
0
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0
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0
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1.95
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2.0
41
83
0
105
58
7
16
17
1.60
8194254--8194316
32
2.0
32
93
0
108
26
14
19
39
1.90
8199467--8199527
30
2.0
30
84
6
79
39
8
22
29
1.83
8200176--8200363
49
3.8
49
85
2
250
26
19
25
29
1.98
8200171--8200363
100
1.9
100
93
0
332
25
19
25
29
1.99
8203247--8203343
50
1.9
50
85
4
133
28
16
28
25
1.97
8203539--8203674
68
2.0
68
91
2
220
30
12
21
36
1.90
8204548--8204585
19
2.0
19
85
10
51
60
0
5
34
1.19
8206042--8206696
83
7.9
83
95
0
1121
26
20
20
32
1.97
8206637--8207193
119
4.7
119
94
1
939
30
20
17
32
1.95
8219207--8219300
46
2.2
41
79
11
98
64
2
6
26
1.28
8219434--8219467
16
2.1
17
88
5
52
58
2
0
38
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8235036--8235082
22
2.2
21
84
3
58
36
21
8
34
1.84
8235055--8235105
19
2.9
16
78
18
57
35
17
9
37
1.83
8235053--8235095
19
2.1
21
91
8
72
34
18
9
37
1.83
8235446--8235530
44
1.9
44
82
2
107
28
23
12
35
1.92
8235561--8236318
175
4.3
175
92
0
1196
28
20
18
32
1.96
8236270--8236540
44
6.1
44
72
9
183
26
23
17
32
1.97
8236296--8236535
88
2.7
88
88
1
338
27
23
18
30
1.98
8242935--8242968
17
2.0
17
100
0
68
35
11
11
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1.78
8243097--8243130
10
3.6
10
84
15
54
8
0
0
91
0.43
8248889--8248996
26
4.2
26
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0
189
36
24
7
32
1.83
8259930--8259970
21
2.0
21
85
0
55
24
29
31
14
1.95
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66
2.0
65
87
3
183
26
32
19
19
1.96
8271272--8271322
16
3.2
16
83
10
52
72
3
1
21
1.11
8274509--8274539
15
2.1
15
93
0
53
58
6
9
25
1.54
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22
4.1
22
79
6
96
41
15
15
28
1.87
8282587--8282678
45
2.0
45
91
4
150
41
15
15
28
1.87
8291490--8291557
34
2.0
34
94
0
118
29
11
32
26
1.92
8295426--8295622
48
4.1
48
92
2
333
36
6
25
31
1.82
8295769--8295840
37
1.9
37
91
0
117
23
19
29
27
1.98
8298430--8298480
26
2.0
25
88
3
75
23
7
3
64
1.37
8298432--8298487
25
2.2
26
80
3
60
26
7
3
62
1.38
8306939--8306964
11
2.4
11
100
0
52
7
7
0
84
0.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8312927--8312957
16
1.9
16
93
0
53
35
12
6
45
1.68
8313142--8313309
56
3.0
56
90
0
273
33
23
14
28
1.94
8316110--8316171
30
2.1
30
87
6
90
24
4
9
61
1.47
8322217--8322268
26
2.0
26
96
0
95
25
15
17
42
1.88
8322415--8322453
6
6.7
6
91
5
62
69
10
2
17
1.28
8322415--8322479
12
5.6
11
81
5
67
69
9
4
16
1.32
8322424--8322480
11
5.0
11
80
6
51
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10
3
19
1.36
8324969--8325120
44
3.4
42
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5
178
49
9
3
36
1.55
8325044--8325115
22
3.3
22
66
14
58
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11
1
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1.47
8325165--8325397
21
10.1
21
71
19
128
63
0
11
24
1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322