genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72095626--72095659	16	2.1	16	94	0	59	23	38	20	17	1.93
72097748--72097972	94	2.4	92	75	8	217	24	27	18	29	1.98
72103692--72103751	10	6.0	10	81	11	61	21	8	3	66	1.33
72104427--72104506	40	2.0	40	82	4	99	32	8	1	57	1.37
72105289--72105614	40	8.2	40	96	2	568	28	26	22	22	1.99
72107028--72107055	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
72108831--72109001	76	2.3	75	82	6	202	41	11	9	37	1.74
72112178--72112251	31	2.4	31	83	0	103	45	8	8	37	1.63
72113558--72113632	31	2.4	32	84	4	100	34	6	9	49	1.61
72116926--72116977	25	2.1	25	88	0	77	40	15	7	36	1.76
72123571--72123631	29	2.1	29	93	3	106	57	0	1	40	1.08
72123562--72123631	15	4.7	14	75	10	68	58	0	1	40	1.07
72123581--72123632	15	3.5	15	81	5	70	61	0	1	36	1.07
72126399--72126435	15	2.5	15	90	0	56	29	56	5	8	1.51
72132902--72134124	160	7.7	159	91	2	1785	36	1	19	42	1.61
72132902--72134123	318	3.9	317	89	3	1808	36	1	19	42	1.61
72132902--72134124	158	7.7	158	91	2	1723	36	1	19	42	1.61
72133941--72133989	23	2.1	23	85	7	64	26	0	20	53	1.46
72134150--72134706	126	4.5	126	92	1	888	36	15	19	27	1.92
72134150--72134706	251	2.2	251	91	1	886	36	15	19	27	1.92
72138306--72138340	18	1.9	18	88	0	52	45	5	28	20	1.73
72138965--72138997	14	2.4	14	94	0	57	60	9	0	30	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72150940--72151004	23	2.7	24	83	11	71	36	4	1	56	1.29
72153227--72153284	30	1.9	30	85	0	80	32	8	25	32	1.86
72153675--72153841	46	3.6	46	80	11	153	25	19	29	25	1.98
72154162--72154206	21	2.1	21	100	0	90	24	20	8	46	1.78
72160843--72160900	30	1.9	30	85	0	80	34	12	24	29	1.91
72161288--72161411	44	2.7	45	74	17	112	27	18	29	24	1.98
72179563--72179595	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
72179587--72179625	19	2.0	20	90	5	62	53	2	0	43	1.14
72179996--72180057	30	2.1	27	85	11	79	45	1	1	51	1.20
72180031--72180071	20	2.0	21	85	4	57	46	0	0	53	1.00
72182577--72182623	21	2.2	22	84	3	60	51	4	0	44	1.21
72182836--72183025	95	2.0	95	87	2	274	34	11	11	42	1.77
72183246--72183287	19	2.2	19	86	0	57	50	0	0	50	1.00
72183541--72183592	25	2.0	26	92	3	88	61	5	7	25	1.45
72193884--72193931	19	2.4	20	77	19	55	6	12	8	72	1.26
72201605--72201673	3	23.0	3	87	0	102	63	1	2	31	1.18
72201758--72201802	20	2.2	21	84	11	58	62	2	4	31	1.27
72203679--72204194	44	11.8	44	73	7	311	29	20	17	31	1.96
72203718--72203927	89	2.4	89	79	7	205	28	20	19	32	1.96
72203689--72204195	133	3.9	133	76	5	422	29	20	17	31	1.96
72203976--72204194	45	4.9	44	78	5	199	31	22	15	30	1.95
72203975--72204177	89	2.3	89	85	5	268	30	24	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72207688--72207731	19	2.3	19	81	14	54	61	4	0	34	1.16
72207668--72207734	20	3.5	20	80	8	68	58	2	2	35	1.29
72207668--72207734	10	6.8	10	78	14	61	58	2	2	35	1.29
72207837--72207872	18	2.0	18	94	0	63	19	0	5	75	1.00
72208132--72208332	9	21.7	9	72	17	101	35	2	2	58	1.27
72208132--72208202	28	2.5	28	84	6	90	30	2	1	64	1.16
72208161--72208222	19	3.3	19	73	13	56	33	4	1	59	1.28
72208132--72208230	37	2.7	37	82	3	101	35	4	2	58	1.28
72208255--72208331	37	2.1	38	85	7	104	29	1	3	64	1.19
72210041--72210159	19	6.2	19	79	1	112	31	27	21	19	1.97
72210041--72210159	38	3.1	38	82	1	130	31	27	21	19	1.97
72211614--72211643	14	2.1	14	100	0	60	33	46	13	6	1.69
72214793--72214822	14	2.1	14	100	0	60	33	46	13	6	1.69
72216502--72216559	27	2.1	27	100	0	116	51	10	10	27	1.68
72221186--72221298	20	5.4	20	77	9	111	18	11	16	53	1.73
72221186--72221287	42	2.4	43	80	8	120	17	9	17	54	1.69
72224632--72224797	48	3.4	47	74	13	149	49	4	3	42	1.41
72224617--72224797	97	1.9	97	87	3	267	49	6	3	41	1.44
72227153--72227198	22	2.1	21	84	4	56	30	8	36	23	1.85
72230387--72230424	5	7.8	5	94	5	69	18	0	0	81	0.69
72230387--72230423	14	2.6	14	95	4	65	18	0	0	81	0.70
72230388--72230424	19	1.9	19	100	0	74	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72234847--72234886	5	8.6	5	94	5	59	20	0	0	80	0.72
72240795--72240937	29	4.9	29	77	5	135	18	25	15	40	1.90
72240925--72240992	30	2.3	30	86	0	91	26	25	10	38	1.88
72243657--72243686	14	2.1	14	100	0	60	40	26	0	33	1.57
72248244--72248275	15	2.1	15	100	0	64	37	43	0	18	1.51
72251356--72251404	24	2.0	25	84	8	64	53	6	0	40	1.26
72253954--72253998	22	2.1	21	83	4	54	73	0	0	26	0.84
72253958--72253983	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
72257230--72257291	28	2.2	28	82	5	72	35	4	8	51	1.53
72257243--72257302	28	2.1	28	81	0	66	33	3	10	53	1.51
72258113--72258145	16	2.1	15	94	5	57	42	24	6	27	1.78
72262590--72262645	28	2.0	28	100	0	112	28	25	3	42	1.71
72265840--72265888	25	2.0	25	84	8	64	42	6	8	42	1.59
72266383--72266432	20	2.5	20	87	6	66	40	6	8	46	1.58
72280078--72280201	44	2.9	43	78	2	140	25	15	26	33	1.95
72280078--72280201	43	2.9	44	79	4	137	25	15	26	33	1.95
72280811--72280839	14	2.1	14	93	6	51	13	0	0	86	0.58
72286455--72286632	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
72286455--72286632	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
72294228--72294405	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
72294249--72294404	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
72296266--72296290	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72297959--72298142	55	3.4	54	82	5	228	22	25	17	35	1.95
72300690--72300719	15	2.0	15	93	0	51	36	0	10	53	1.35
72302347--72302868	132	4.0	132	77	4	428	34	16	19	29	1.93
72308400--72308531	45	3.0	45	84	5	164	23	23	31	21	1.99
72314313--72314342	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
72325026--72325066	19	2.2	19	95	0	73	51	4	17	26	1.65
72327156--72327185	13	2.3	13	100	0	60	23	13	13	50	1.77
72327579--72327651	16	4.3	16	69	27	53	49	1	0	49	1.09
72327622--72327728	28	3.8	25	70	21	63	49	0	2	46	1.22
72329757--72329819	26	2.4	26	86	5	83	38	1	6	53	1.36
72344353--72344524	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
72344346--72344521	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
72351921--72352095	46	3.8	46	96	0	314	29	29	21	20	1.98
72355878--72355922	22	2.0	22	95	0	81	15	35	11	37	1.83
72363529--72363580	27	1.9	27	84	7	70	51	13	1	32	1.52
72365685--72365803	43	2.8	42	75	11	116	31	15	23	28	1.96
72368044--72368104	28	2.2	27	82	5	77	22	22	26	27	1.99
72368823--72368862	20	2.0	20	85	9	55	32	5	17	45	1.70
72372886--72372933	16	3.1	15	82	8	51	16	10	0	72	1.10
72373873--72373899	12	2.2	12	100	0	54	7	22	44	25	1.79
72381928--72382042	29	4.0	29	76	6	101	31	26	13	28	1.94
72382109--72382144	19	1.9	19	88	5	56	16	38	19	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72387460--72387550	44	2.1	44	100	0	182	18	24	21	35	1.96
72388559--72388729	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
72388554--72388726	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
72389965--72390300	168	2.0	168	100	0	672	33	11	11	42	1.77
72397103--72397280	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72397104--72397259	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72397100--72397280	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72405166--72405343	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72405167--72405322	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72405163--72405343	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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