genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  270  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89607761--89607799	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
89611183--89611260	39	2.0	39	94	0	138	41	15	7	35	1.76
89620555--89620637	28	3.0	28	80	3	89	34	21	24	19	1.96
89620894--89621232	169	2.0	169	99	0	669	28	29	17	25	1.97
89622317--89622647	168	2.0	167	89	0	500	27	30	13	28	1.94
89623142--89623175	16	2.1	16	94	0	59	70	2	0	26	1.01
89625497--89625537	16	2.6	16	96	0	73	53	26	2	17	1.56
89627037--89627147	28	4.0	29	85	4	140	27	14	30	27	1.95
89627035--89627144	55	2.0	56	85	7	152	27	14	30	27	1.95
89633002--89633034	17	2.0	17	88	5	50	51	9	12	27	1.69
89639220--89639851	316	2.0	316	96	0	1174	37	9	20	32	1.85
89640531--89640680	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
89640555--89640738	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
89643179--89643209	10	3.1	10	100	0	62	80	0	9	9	0.90
89650112--89650158	23	2.0	23	100	0	94	21	12	17	48	1.79
89650741--89650882	71	2.0	71	98	0	275	24	22	19	33	1.97
89650852--89650947	47	2.0	47	93	0	165	19	26	17	36	1.94
89653688--89653728	9	4.6	9	82	11	57	75	2	0	21	0.92
89654380--89654423	19	2.3	20	80	11	56	29	2	4	63	1.26
89655671--89655821	75	2.0	75	100	0	302	33	14	13	39	1.85
89659038--89659073	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48
89659549--89659687	28	5.0	28	92	2	201	28	13	25	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89668850--89669310	231	2.0	231	99	0	913	28	15	24	31	1.96
89671901--89671936	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48
89672410--89672573	28	5.9	28	92	2	233	26	13	26	32	1.93
89674976--89675015	19	2.1	19	100	0	80	30	5	20	45	1.72
89677342--89677379	18	2.1	19	85	5	51	34	0	7	57	1.28
89679295--89679345	25	2.1	24	85	7	68	58	1	1	37	1.20
89681141--89681176	18	2.1	18	94	5	65	22	30	33	13	1.93
89681147--89681185	18	2.2	18	90	0	60	20	35	35	7	1.81
89689785--89689859	37	2.0	37	92	0	123	32	6	16	45	1.73
89696293--89696640	187	1.9	186	88	0	534	29	21	29	19	1.98
89697294--89697326	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
89698855--89698926	6	11.7	6	91	5	90	16	2	5	75	1.12
89698855--89698935	12	6.6	12	90	2	90	16	3	6	74	1.17
89698855--89698935	18	4.4	18	84	6	90	16	3	6	74	1.17
89709176--89709220	20	2.2	20	84	11	56	44	15	4	35	1.67
89710123--89710154	16	2.0	16	93	0	55	25	15	12	46	1.81
89711429--89711687	129	2.0	129	97	0	491	32	20	7	39	1.80
89716383--89716553	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
89716378--89716550	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98
89716979--89717038	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
89717569--89717623	28	2.0	28	100	0	110	36	14	14	34	1.87
89733072--89733164	47	2.0	47	100	0	186	36	19	15	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89740333--89740390	27	2.1	27	96	0	107	50	18	5	25	1.68
89744827--89745157	27	12.3	27	88	0	464	34	18	20	25	1.96
89745808--89745859	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
89750318--89750539	40	5.6	40	88	1	304	29	26	20	23	1.99
89773801--89774833	54	19.1	54	98	0	1967	31	17	21	29	1.96
89775484--89775535	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
89779994--89780175	40	4.6	40	86	2	224	29	26	20	23	1.99
89786610--89786649	10	3.9	10	90	3	53	80	2	17	0	0.83
89793506--89793581	35	2.2	35	82	0	89	30	7	18	43	1.78
89793527--89793578	19	3.0	17	71	15	52	28	5	23	42	1.77
89799944--89800151	27	7.7	27	88	0	299	41	21	5	31	1.76
89799944--89800177	81	2.9	81	85	1	308	41	20	6	32	1.78
89799940--89800177	54	4.4	54	90	2	334	40	19	7	32	1.79
89799939--89800289	27	13.0	27	80	4	278	38	19	7	33	1.81
89800271--89800466	27	7.3	27	83	2	241	35	17	19	27	1.95
89800271--89800462	81	2.4	81	89	0	287	35	17	20	27	1.94
89800890--89801011	6	19.8	6	67	14	52	18	19	13	48	1.81
89800912--89800999	37	2.4	37	80	0	95	19	21	13	45	1.84
89800933--89801012	37	2.2	37	81	0	106	20	21	11	47	1.80
89809214--89809360	48	3.1	48	87	0	222	26	19	27	27	1.99
89809309--89809459	37	3.7	40	74	18	134	25	18	29	26	1.98
89811280--89811334	20	2.8	20	89	5	78	16	30	34	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89816247--89816512	49	5.6	48	71	14	192	25	28	16	28	1.97
89825237--89825321	43	2.0	43	83	4	109	22	30	21	25	1.98
89826094--89826228	70	1.9	70	87	0	198	35	18	12	33	1.89
89836720--89836760	20	2.0	20	100	0	82	39	14	24	21	1.91
89843808--89843909	51	2.0	51	100	0	204	35	17	13	33	1.89
89847231--89847357	49	2.6	47	83	3	155	24	28	18	29	1.98
89847228--89847404	93	1.9	97	83	7	229	25	28	18	27	1.98
89853766--89853932	40	4.2	40	85	1	201	23	20	29	25	1.99
89853785--89853967	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
89857293--89857515	79	2.8	79	80	11	251	24	27	21	26	2.00
89857293--89857515	39	5.6	39	83	8	233	24	27	21	26	2.00
89866830--89866976	40	3.7	40	95	0	249	32	27	17	22	1.96
89872282--89872506	40	5.7	40	86	5	296	25	26	22	25	2.00
89872282--89872506	119	1.9	120	83	6	296	25	26	22	25	2.00
89888545--89888596	27	2.0	27	84	3	70	34	21	26	17	1.95
89895447--89895594	40	3.7	40	95	0	251	22	27	20	29	1.98
89905660--89906023	40	9.1	40	95	0	602	22	27	19	30	1.98
89909869--89910377	48	10.6	48	74	3	423	24	28	18	29	1.98
89909869--89910387	96	5.4	96	85	1	655	24	28	17	29	1.98
89922188--89922378	49	3.9	49	89	4	296	33	8	27	30	1.86
89922182--89922393	47	4.4	47	87	7	298	33	7	27	31	1.85
89922362--89922417	24	2.3	24	87	3	76	39	0	25	35	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89922313--89922464	71	2.1	71	90	1	241	34	5	27	31	1.81
89922284--89922511	118	1.9	118	94	0	402	33	7	27	30	1.85
89922386--89922700	47	6.7	47	89	0	452	32	9	29	28	1.89
89922214--89922558	165	2.0	169	90	4	545	33	7	28	31	1.85
89922819--89922897	37	2.1	37	85	0	104	26	17	30	25	1.97
89925526--89925583	30	1.9	30	83	13	75	25	29	0	44	1.54
89935091--89935274	40	4.6	39	79	9	185	25	22	27	24	2.00
89935143--89935307	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
89936592--89936746	47	3.3	47	88	0	229	32	9	30	27	1.88
89936865--89936943	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
89938686--89938788	43	2.4	43	98	0	197	22	16	34	26	1.95
89938770--89938843	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
89939154--89939297	40	3.6	40	81	11	154	25	23	27	22	2.00
89939272--89939428	40	3.9	40	88	0	224	24	21	28	25	1.99
89943317--89943379	27	2.4	26	76	10	65	25	7	14	52	1.68
89943428--89943469	20	2.2	20	87	8	61	21	7	14	57	1.61
89944086--89944133	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
89950089--89950124	12	2.8	13	95	4	65	19	5	0	75	1.00
89950385--89950555	85	2.0	86	95	1	308	26	3	29	40	1.72
89953418--89953452	10	3.7	9	88	11	52	2	11	0	85	0.69
89953409--89953490	22	3.7	22	79	9	87	6	14	2	76	1.07
89953416--89953491	23	3.4	22	76	8	73	5	13	2	78	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89955028--89955076	10	4.9	10	78	9	55	26	16	30	26	1.97
89955030--89955076	20	2.3	20	89	7	69	25	17	31	25	1.97
89964574--89964715	72	2.0	72	97	0	266	34	21	26	16	1.95
89965725--89965789	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
89967573--89967729	79	2.0	79	97	0	296	12	10	31	44	1.77
89977787--89977849	12	5.2	12	75	21	60	11	22	0	66	1.22
89977888--89977935	15	3.3	14	80	8	60	4	18	0	77	0.93
89977888--89977946	21	2.8	21	87	5	75	6	22	0	71	1.09
89978837--89978896	26	2.2	28	83	13	74	13	10	3	73	1.21
89978945--89978994	11	4.6	11	95	2	84	14	0	6	80	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322