genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85988359--85988562	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
85996328--85996550	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
85996328--85996550	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
85999860--85999893	15	2.1	17	89	10	54	52	0	14	32	1.42
86005274--86005325	20	2.5	20	87	3	77	25	13	11	50	1.75
86020723--86020785	17	3.8	16	73	12	56	31	3	0	65	1.09
86020787--86020852	28	2.4	28	100	0	132	16	15	0	68	1.22
86021691--86021745	28	2.0	28	92	0	92	21	29	18	30	1.97
86026501--86026568	34	2.0	34	94	0	118	39	13	27	19	1.89
86027796--86028003	51	4.1	51	92	0	317	28	22	16	32	1.95
86029114--86029469	89	4.0	89	100	0	712	24	20	5	49	1.70
86034147--86034173	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
86042852--86042935	24	3.5	24	77	3	87	29	27	16	26	1.97
86042803--86042935	49	2.7	47	82	9	135	26	29	16	27	1.97
86047142--86047167	7	3.7	7	100	0	52	15	30	11	42	1.82
86047143--86047306	51	3.4	51	85	6	216	26	23	16	32	1.96
86047150--86047306	44	3.4	44	80	13	163	27	23	16	32	1.96
86055995--86056437	46	9.6	46	88	0	564	40	13	24	21	1.89
86068392--86068611	40	5.6	40	84	4	268	25	26	23	24	2.00
86071772--86072163	44	8.8	44	78	3	318	33	17	19	29	1.95
86071772--86072155	133	2.9	135	78	2	371	33	17	19	29	1.95
86071777--86072158	89	4.3	89	78	2	399	32	17	20	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86073628--86073654	12	2.2	12	100	0	54	25	7	0	66	1.17
86076708--86076870	57	2.8	57	87	4	229	46	15	16	21	1.84
86076949--86076987	20	2.0	20	100	0	78	41	7	10	41	1.68
86077109--86077162	18	3.2	17	85	10	76	31	11	7	50	1.66
86077109--86077156	17	2.8	18	87	6	64	31	12	6	50	1.65
86077813--86077920	20	5.8	18	69	21	64	51	2	2	42	1.30
86078215--86078278	32	2.0	32	100	0	128	34	15	9	40	1.80
86080514--86080631	43	2.8	42	78	6	114	32	21	17	28	1.96
86081496--86081554	29	2.0	29	96	0	109	57	10	11	20	1.63
86087655--86087727	38	1.9	38	100	0	146	35	26	13	24	1.93
86090750--86090982	126	1.8	126	86	0	340	31	22	19	27	1.98
86092931--86092972	11	3.9	11	81	3	50	2	19	0	78	0.86
86092932--86092982	23	2.3	22	86	3	66	3	21	0	74	0.98
86109327--86109385	3	20.7	3	75	16	54	67	1	28	1	1.10
86112121--86112315	26	7.5	26	74	9	130	36	26	14	21	1.93
86112177--86112316	52	2.7	53	80	6	153	38	25	15	21	1.92
86113549--86113678	65	2.0	64	87	1	188	38	16	21	23	1.93
86116670--86116763	46	2.0	47	97	2	181	48	17	4	29	1.65
86117536--86117567	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
86117537--86117567	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
86124631--86124663	16	2.0	17	88	5	50	51	0	9	39	1.34
86128112--86128174	12	5.4	12	77	22	64	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86128138--86128268	56	2.3	57	82	5	158	46	1	3	48	1.26
86128233--86128283	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
86128430--86128468	16	2.4	16	91	0	60	30	28	7	33	1.85
86134188--86134224	17	2.2	17	100	0	74	51	13	10	24	1.73
86136877--86137054	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
86136878--86137033	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
86136874--86137054	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
86145067--86145244	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
86145068--86145223	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
86145064--86145244	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
86147038--86147810	258	3.0	258	97	0	1422	24	17	33	24	1.96
86150485--86150531	23	2.0	23	95	0	85	19	21	19	40	1.92
86154809--86154848	20	2.2	20	86	13	59	47	22	0	30	1.52
86155124--86155258	48	2.8	48	79	9	143	27	27	20	25	1.99
86171854--86171889	16	2.2	16	95	0	63	47	16	25	11	1.79
86174846--86174888	17	2.6	17	75	17	54	55	6	0	37	1.27
86182944--86182976	15	2.3	15	94	5	59	66	0	0	33	0.92
86183706--86183835	48	2.7	47	78	11	129	34	8	6	50	1.58
86184754--86184812	9	6.6	9	88	7	93	42	22	10	25	1.84
86184824--86184870	14	3.3	14	82	11	60	21	0	2	76	0.89
86184831--86184872	6	6.5	6	86	13	57	19	0	2	78	0.86
86184830--86184872	20	2.2	20	95	0	77	18	0	2	79	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86186081--86186122	18	2.3	18	91	0	66	21	28	7	42	1.79
86188845--86189099	126	2.0	126	95	0	456	26	19	19	34	1.96
86189642--86189712	19	3.8	19	78	12	76	45	18	0	36	1.50
86189811--86189846	15	2.3	16	90	4	56	47	36	0	16	1.47
86191904--86192118	45	4.8	45	92	0	340	27	26	21	24	2.00
86192919--86193021	47	2.2	48	91	3	172	41	13	12	32	1.82
86199606--86199644	18	2.2	18	100	0	78	33	25	28	12	1.93
86199561--86199689	63	2.0	63	92	2	215	28	26	23	21	1.99
86199624--86199781	45	3.5	45	91	0	244	29	24	21	24	1.99
86200584--86200686	47	2.2	48	91	3	172	41	15	12	30	1.84
86203073--86203371	153	2.0	153	87	0	436	21	31	24	22	1.98
86207667--86207744	25	3.1	25	76	10	88	29	20	25	24	1.99
86209301--86209353	26	2.0	27	85	3	72	41	26	7	24	1.81
86212538--86212783	104	2.4	105	78	4	275	28	23	19	28	1.98
86219622--86220074	225	2.0	225	96	0	834	34	18	16	30	1.93
86223537--86223629	46	2.0	46	95	0	168	27	11	26	33	1.92
86230438--86230607	39	4.4	39	87	1	243	20	22	27	30	1.98
86240759--86240880	27	4.4	28	85	4	149	25	13	29	31	1.93
86240759--86240880	55	2.2	56	86	1	165	25	13	29	31	1.93
86240784--86240893	27	4.0	27	87	4	114	29	12	26	31	1.93
86244150--86244180	15	2.1	15	100	0	62	54	12	12	19	1.70
86253109--86253206	49	2.0	49	97	0	187	41	6	15	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86258436--86258475	20	2.0	20	85	14	55	67	2	30	0	1.04
86264878--86265161	151	1.9	151	87	1	417	35	4	11	47	1.60
86270981--86271036	23	2.4	24	81	3	69	25	21	17	35	1.95
86277743--86277796	22	2.5	22	93	0	99	29	18	29	22	1.97
86285288--86285339	25	2.1	25	85	7	70	50	1	9	38	1.46
86291461--86291523	23	2.7	23	82	0	72	25	25	20	28	1.99
86291483--86291597	46	2.4	47	82	7	135	25	18	20	36	1.94
86291518--86291595	24	3.3	24	77	13	90	24	16	19	39	1.91
86291771--86291832	20	3.1	20	80	0	79	38	9	16	35	1.81
86295044--86295091	24	2.0	24	88	8	71	60	0	0	39	0.97
86297157--86297198	18	2.2	20	87	8	61	52	0	19	28	1.46
86297662--86297835	90	1.9	90	100	0	348	28	18	28	24	1.98
86297690--86297853	44	3.7	43	69	18	147	28	18	28	25	1.98
86309242--86309369	35	3.5	35	86	5	157	32	9	25	33	1.87
86309253--86309369	40	3.0	40	81	12	122	31	10	24	33	1.89
86309242--86309412	75	2.4	75	82	9	196	32	11	23	33	1.90
86314597--86314707	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
86316532--86316565	17	2.0	17	94	0	59	35	5	14	44	1.70
86322060--86322112	20	2.6	19	80	11	61	58	1	0	39	1.09
86326653--86326878	112	2.0	114	92	6	377	34	11	21	31	1.90
86328904--86328948	15	2.9	15	80	6	54	57	0	26	15	1.38
86339983--86340104	58	2.1	59	92	1	201	33	14	13	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86346648--86346709	26	2.4	25	81	10	72	43	16	8	32	1.77
86358371--86358433	19	3.8	17	72	21	53	68	3	0	28	1.05
86363074--86363954	451	1.9	458	85	4	1215	33	13	17	35	1.89
86368853--86369154	130	2.3	130	84	2	374	34	14	19	31	1.92
86368976--86369322	192	1.8	191	84	0	478	35	13	19	31	1.91
86368988--86369384	192	2.1	192	79	2	440	35	13	19	31	1.90
86369158--86369555	129	3.1	129	82	4	489	36	13	17	31	1.89
86375390--86375423	16	2.0	17	88	11	52	23	29	32	14	1.94
86380413--86380481	33	2.1	33	83	0	84	30	20	27	21	1.98
86382143--86382200	22	2.5	23	78	18	66	63	6	3	25	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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