genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  216  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71432394--71432637	38	5.7	38	68	22	110	32	12	24	30	1.92
71432338--71432722	85	4.4	85	80	7	468	31	12	23	31	1.92
71432401--71432757	178	2.0	178	99	0	705	32	11	23	31	1.91
71435650--71435675	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
71437188--71437335	60	2.5	58	79	6	172	20	16	15	47	1.83
71438356--71438408	22	2.5	22	84	3	72	13	5	16	64	1.47
71439686--71439723	15	2.5	15	100	0	76	39	0	21	39	1.53
71441890--71442002	58	1.9	60	82	7	142	52	8	12	26	1.68
71443170--71443292	38	3.2	38	81	0	120	34	17	12	36	1.87
71444909--71445060	40	3.8	40	89	2	207	25	28	21	24	1.99
71449780--71449898	38	3.1	38	77	4	123	34	19	15	31	1.92
71449801--71449904	38	2.7	39	82	4	131	35	16	14	33	1.89
71450000--71450203	91	2.2	91	80	1	230	32	19	14	33	1.92
71460774--71460800	14	1.9	14	100	0	54	22	48	0	29	1.51
71462957--71463010	25	2.1	26	86	3	74	55	1	1	40	1.21
71468918--71469174	39	6.5	39	90	1	381	30	28	21	19	1.97
71471743--71471919	52	3.5	51	88	4	243	25	31	14	28	1.94
71471743--71471919	51	3.5	51	88	3	250	25	31	14	28	1.94
71477027--71477134	26	4.2	26	91	2	164	33	9	23	34	1.86
71483277--71483384	26	4.2	26	87	0	153	33	6	23	37	1.80
71486976--71487153	52	3.5	50	82	4	214	27	28	15	29	1.96
71486976--71487153	51	3.5	52	84	6	224	27	28	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71488348--71488458	44	2.5	44	92	2	186	36	24	18	20	1.94
71500174--71500213	18	2.2	19	90	4	64	40	2	0	57	1.12
71506006--71506072	35	2.1	30	83	13	80	23	13	1	61	1.41
71506157--71506259	51	2.0	52	88	5	156	44	0	6	47	1.36
71507889--71508033	62	2.3	62	81	1	164	35	30	6	26	1.83
71507916--71508032	62	1.9	62	87	0	171	35	32	6	24	1.82
71508769--71508830	30	2.1	30	93	0	106	29	25	20	24	1.99
71516090--71516181	41	2.2	41	86	1	121	30	26	22	20	1.98
71516071--71516181	42	2.7	42	80	1	134	29	27	22	20	1.99
71516068--71516211	41	3.5	41	73	4	110	32	24	20	22	1.98
71521291--71521330	15	2.5	16	84	8	55	52	12	2	32	1.52
71521715--71521741	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
71528263--71528307	23	2.0	22	95	0	72	24	17	6	48	1.71
71530574--71530656	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
71530583--71530662	30	2.6	30	82	9	83	55	15	18	11	1.69
71539777--71539949	43	4.0	42	71	12	138	31	26	16	25	1.97
71544389--71544697	48	6.5	48	76	11	235	26	20	29	24	1.99
71544386--71544559	94	1.8	95	90	1	278	27	20	28	24	1.99
71548993--71549103	27	4.1	27	81	12	120	15	23	23	37	1.93
71548993--71549103	54	2.1	54	84	3	143	15	23	23	37	1.93
71550880--71551007	46	2.7	46	85	4	159	24	29	18	27	1.98
71561137--71561840	47	14.7	47	86	5	953	34	13	27	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71561137--71561257	22	5.2	22	66	24	79	33	15	28	22	1.95
71561716--71561837	22	5.3	22	65	30	67	34	13	27	24	1.93
71561854--71561944	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
71561137--71561936	141	5.6	139	84	8	639	33	12	28	25	1.92
71564453--71564556	37	2.8	38	92	2	167	24	32	19	24	1.97
71564701--71565019	48	6.6	48	92	0	530	31	25	6	36	1.83
71571031--71571347	46	6.7	47	72	13	199	27	30	16	25	1.97
71572872--71572910	21	1.9	20	89	5	60	15	41	28	15	1.87
71579024--71579144	46	2.6	45	80	5	127	29	17	29	23	1.97
71579116--71579289	44	3.7	48	78	9	187	23	20	29	26	1.99
71581438--71581464	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
71586254--71586558	27	11.3	27	90	3	481	24	21	20	32	1.98
71586541--71586684	27	5.4	27	83	5	139	28	6	23	40	1.80
71586541--71586693	54	2.9	53	79	3	155	29	7	22	41	1.80
71586696--71587041	27	12.4	27	78	9	311	39	8	22	28	1.84
71586696--71587041	54	6.2	54	80	8	379	39	8	22	28	1.84
71589320--71589460	31	4.5	31	100	0	282	27	26	17	28	1.98
71589484--71589575	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
71589722--71589791	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
71590600--71590677	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
71590718--71590974	27	9.4	27	79	5	140	33	8	19	38	1.83
71590715--71590933	54	4.0	55	80	5	187	31	9	18	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71590926--71591161	27	8.7	27	94	0	382	40	10	22	27	1.86
71593148--71593419	6	44.8	6	76	15	258	47	14	18	19	1.82
71593148--71593419	30	9.4	30	83	12	363	47	14	18	19	1.82
71593148--71593419	85	3.2	85	98	0	526	47	14	18	19	1.82
71593537--71593602	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
71593537--71593610	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
71593561--71593618	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
71593775--71593833	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
71593921--71594003	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
71594202--71594397	27	7.3	27	86	0	257	25	19	19	35	1.96
71594402--71594730	27	12.2	27	89	3	511	38	11	23	26	1.88
71602722--71602843	44	2.8	43	76	6	122	22	17	27	33	1.96
71602782--71602895	43	2.7	43	72	14	101	26	17	24	31	1.97
71608796--71609232	50	8.9	49	85	4	510	29	18	27	24	1.98
71610219--71610330	27	4.2	26	82	7	116	35	23	24	16	1.95
71610219--71610330	54	2.1	54	86	3	154	35	23	24	16	1.95
71616531--71616640	42	2.6	43	78	4	134	26	19	23	30	1.98
71616476--71616629	43	3.6	42	73	11	125	26	16	23	33	1.96
71616492--71616648	43	3.7	43	74	7	149	26	18	24	30	1.98
71620828--71621003	87	2.0	87	94	0	307	27	21	31	19	1.97
71627618--71627644	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
71628002--71628039	14	2.9	13	81	11	51	15	10	10	63	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71628004--71628033	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
71641676--71641780	42	2.5	42	89	3	158	13	27	31	27	1.94
71648408--71648676	46	5.7	48	76	15	183	26	17	30	25	1.97
71651645--71651718	24	3.2	23	75	7	62	32	17	25	24	1.97
71656960--71657121	56	2.9	56	89	0	252	30	23	14	30	1.95
71661980--71662030	26	1.9	27	84	4	68	45	11	1	41	1.52
71664824--71664868	22	2.0	22	100	0	90	55	13	0	31	1.38
71670325--71670358	17	2.1	16	89	10	52	38	0	5	55	1.24
71689467--71689519	27	2.0	27	84	0	70	39	16	11	32	1.85
71689644--71689703	27	2.2	27	84	0	75	16	21	21	40	1.92
71694654--71694716	23	3.2	18	72	22	54	17	6	0	76	0.99
71694672--71694712	12	3.6	11	84	15	57	17	7	0	75	1.02
71694818--71694863	3	15.3	3	90	0	74	28	0	4	67	1.10
71694819--71694953	27	4.8	28	73	8	78	23	8	5	62	1.45
71696420--71696502	42	2.0	43	82	2	105	22	20	25	31	1.98
71705005--71705113	47	2.3	46	86	7	141	27	29	11	32	1.91
71708851--71709007	40	3.9	40	90	0	215	26	29	23	20	1.99
71710578--71710681	47	2.2	48	84	8	133	21	28	20	29	1.98
71717391--71717420	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
71717945--71718004	30	2.0	30	83	0	75	40	8	25	26	1.84
71723827--71724692	433	2.0	433	100	0	1732	29	21	11	37	1.89
71726498--71726735	49	4.8	49	76	5	228	30	26	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71743112--71743289	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
71743133--71743288	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
71751081--71751125	22	2.0	22	87	8	65	35	8	17	37	1.81
71751086--71751134	11	4.7	10	79	16	55	38	10	18	32	1.84
71752337--71752400	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
71752613--71752734	23	5.2	23	88	2	172	30	20	19	29	1.97
71752613--71752734	46	2.6	47	90	2	192	30	20	19	29	1.97
71752784--71752850	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
71760379--71760442	31	2.1	31	87	0	92	25	21	17	35	1.95
71760657--71760774	23	5.1	23	95	3	211	30	21	20	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322