genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72684974--72686033	47	22.6	47	96	0	1807	34	12	26	26	1.92
72686047--72686137	46	2.0	46	84	0	119	34	7	31	26	1.85
72691807--72691873	33	2.0	33	100	0	134	26	34	11	26	1.91
72692488--72692673	40	4.7	40	87	5	234	26	27	21	24	1.99
72692453--72692673	120	1.8	119	81	6	277	26	26	20	25	1.99
72706771--72706873	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
72706855--72706928	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
72707318--72707474	40	3.9	40	88	0	224	26	23	26	24	2.00
72707292--72707468	80	2.2	80	82	2	203	26	23	25	23	2.00
72707239--72707469	120	1.9	120	81	5	279	25	23	25	24	2.00
72710493--72711090	47	12.7	47	96	0	1052	33	9	28	28	1.88
72713323--72713372	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
72714202--72714240	13	3.1	13	88	3	62	17	33	33	15	1.92
72717263--72717334	30	2.4	30	86	4	92	30	5	15	48	1.67
72717883--72717983	25	4.0	25	84	2	132	21	21	17	38	1.93
72720808--72720924	42	2.8	42	76	5	119	29	17	23	29	1.97
72722835--72722861	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
72724957--72725074	55	2.1	55	85	3	157	15	29	31	23	1.95
72730300--72730501	43	4.7	43	86	6	266	24	18	28	28	1.98
72730300--72730501	86	2.3	86	89	1	298	24	18	28	28	1.98
72730506--72730808	56	5.4	56	84	2	394	28	12	22	35	1.91
72730506--72730794	112	2.6	111	90	2	438	27	12	23	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72734318--72734480	53	3.2	52	81	8	196	28	31	11	28	1.91
72734318--72734459	53	2.7	52	89	2	205	28	31	11	28	1.91
72734664--72734795	66	2.0	65	84	5	169	34	20	12	32	1.91
72736044--72736130	42	2.1	42	97	0	165	26	19	14	39	1.91
72736522--72736753	120	1.9	120	95	0	419	25	29	21	23	1.99
72736523--72736754	40	5.8	40	86	3	324	25	29	21	24	1.99
72744789--72744980	40	4.8	40	91	1	278	26	28	21	24	1.99
72744760--72744980	80	2.8	80	84	3	284	27	27	20	24	1.99
72750769--72750945	40	4.4	40	86	2	250	23	22	29	25	1.99
72751172--72751215	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
72753517--72753546	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
72767459--72767556	40	2.5	40	86	8	130	24	21	27	26	1.99
72768788--72769077	50	5.8	49	75	6	188	32	24	16	26	1.96
72773469--72773537	26	2.7	26	88	4	95	27	26	20	26	1.99
72779909--72779955	23	2.1	23	92	4	78	68	0	21	10	1.20
72780475--72780543	23	3.0	23	80	6	86	50	7	20	21	1.72
72780411--72780503	40	2.3	39	85	5	116	52	5	22	19	1.66
72796421--72796464	22	2.0	22	82	8	54	40	2	0	56	1.11
72796442--72796504	25	2.5	24	78	14	74	49	0	1	49	1.10
72796442--72796530	26	3.5	25	78	6	81	50	1	2	46	1.21
72798840--72798909	34	2.1	34	100	0	140	30	18	14	37	1.90
72800739--72800887	42	3.5	42	79	4	129	28	26	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72800769--72800887	42	2.8	41	82	6	130	29	28	17	24	1.97
72806254--72806457	49	4.3	48	75	10	197	24	30	19	26	1.98
72806254--72806457	46	4.3	46	77	11	189	24	30	19	26	1.98
72806561--72806738	46	3.8	47	74	14	172	21	29	20	28	1.98
72812728--72812839	46	2.4	46	80	7	136	21	27	22	28	1.99
72820335--72820500	48	3.6	46	70	15	130	25	20	24	29	1.99
72820410--72820513	48	2.2	48	92	0	172	25	20	25	28	1.99
72820335--72820507	90	1.9	90	84	2	231	25	20	24	29	1.99
72832590--72832637	2	25.0	2	91	8	82	50	50	0	0	1.00
72855703--72855746	19	2.2	20	84	12	54	29	4	15	50	1.64
72856052--72856149	20	4.9	20	72	12	85	35	16	30	17	1.92
72856052--72856182	40	3.3	40	80	10	160	35	16	30	16	1.92
72864330--72864478	27	5.4	27	92	3	226	28	12	28	30	1.93
72864330--72864478	55	2.7	55	92	0	235	28	12	28	30	1.93
72869115--72869187	36	2.0	36	97	0	137	34	10	15	39	1.82
72872402--72872431	15	2.0	15	100	0	60	33	6	33	26	1.83
72881820--72881935	43	2.8	41	75	12	101	24	18	27	30	1.98
72889783--72889929	47	3.1	47	84	0	186	33	10	29	27	1.89
72889900--72890097	98	2.0	96	88	3	290	35	7	27	29	1.84
72889899--72890083	48	3.8	48	87	5	282	36	7	26	30	1.83
72890229--72890337	37	2.9	37	94	0	182	23	19	31	25	1.98
72892430--72892623	78	2.5	79	82	3	230	28	25	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72892418--72892641	39	5.7	40	82	4	197	29	25	23	22	1.99
72897325--72897479	85	1.8	84	86	4	222	29	25	15	29	1.96
72897325--72897479	42	3.7	42	86	1	220	29	25	15	29	1.96
72902373--72902484	47	2.4	47	80	4	127	48	19	10	21	1.79
72912194--72912223	15	2.0	15	93	0	51	66	10	6	16	1.41
72917419--72917459	17	2.4	17	95	0	73	48	2	19	29	1.61
72929243--72929554	46	6.6	46	75	12	190	27	18	28	24	1.98
72929418--72929552	49	2.7	51	82	7	161	26	17	28	27	1.97
72941355--72941517	81	2.0	83	92	2	276	25	23	22	28	1.99
72943923--72943963	21	2.0	21	95	0	73	9	36	29	24	1.87
72945285--72945423	51	2.8	48	82	5	172	28	20	24	26	1.99
72955802--72955931	46	2.8	49	80	12	164	29	26	20	23	1.99
72955804--72955947	46	3.1	45	73	18	136	29	27	20	22	1.98
72961366--72961568	40	5.1	40	90	2	284	22	23	28	25	1.99
72965704--72965735	1	32.0	1	93	0	55	0	96	0	3	0.20
72965747--72965801	1	55.0	1	100	0	110	0	0	0	100	0.00
72967214--72967268	21	2.7	20	77	8	65	54	3	3	38	1.36
72970723--72970770	24	2.0	24	95	0	87	41	16	10	31	1.82
72977899--72977963	24	2.7	24	76	9	69	61	3	7	27	1.38
72978213--72978252	20	2.0	20	90	0	62	37	2	12	47	1.55
72983310--72983475	82	2.0	83	90	1	262	43	22	17	16	1.88
72983626--72983655	7	4.3	7	100	0	60	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73007198--73007253	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
73011559--73011600	22	1.9	22	85	9	59	54	16	4	23	1.61
73019012--73019147	41	3.4	41	83	5	147	31	20	19	28	1.97
73019032--73019144	41	2.9	41	88	5	153	33	17	18	30	1.94
73020048--73020144	6	15.3	6	73	15	63	1	19	6	73	1.11
73020048--73020144	31	3.1	31	75	14	90	1	19	6	73	1.11
73021473--73021603	4	32.2	4	78	7	122	68	1	5	24	1.19
73021473--73021596	53	2.3	53	82	14	157	67	1	5	25	1.21
73023263--73023381	45	2.7	44	78	2	130	29	21	13	36	1.91
73023263--73023396	44	3.0	44	79	2	151	29	19	16	34	1.94
73032548--73032706	42	3.8	41	79	5	174	30	25	15	28	1.96
73032548--73032706	85	1.9	84	82	3	203	30	25	15	28	1.96
73036495--73036559	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
73036665--73036727	28	2.2	29	88	2	92	20	23	23	31	1.98
73036675--73036738	28	2.2	28	86	2	83	23	26	18	31	1.98
73042998--73043231	49	4.7	49	82	3	288	29	25	17	26	1.98
73042998--73043231	101	2.4	98	83	4	299	29	25	17	26	1.98
73047723--73047985	46	5.7	45	75	13	191	25	30	17	26	1.97
73047822--73047985	47	3.5	47	73	15	160	25	30	15	28	1.96
73055608--73055633	10	2.6	10	100	0	52	19	0	11	69	1.18
73057627--73057654	14	2.0	14	100	0	56	21	7	35	35	1.81
73058455--73058494	19	2.1	19	85	4	53	55	15	0	30	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73059602--73059697	27	3.6	27	88	0	147	27	12	17	42	1.85
73061523--73061684	50	3.3	50	87	3	229	39	14	13	32	1.85
73061499--73061684	99	1.9	101	85	4	261	39	13	14	31	1.86
73061499--73061684	50	3.7	49	86	3	228	39	13	14	31	1.86
73063021--73063073	25	2.1	25	100	0	106	39	11	24	24	1.88
73066379--73066439	31	2.0	31	83	6	79	11	11	11	65	1.47
73066380--73066445	30	2.2	30	81	8	71	12	12	10	65	1.48
73070752--73070831	40	2.0	39	92	2	133	27	38	3	28	1.74
73083349--73083397	10	4.7	10	75	9	53	36	0	4	59	1.17
73083347--73083408	32	1.9	33	96	3	117	40	0	4	54	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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