genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21697574--21697680	33	3.2	33	94	2	189	29	18	26	25	1.98
21705694--21705753	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
21708712--21708801	39	2.3	39	90	0	135	26	23	25	24	2.00
21715893--21716003	39	2.8	39	87	0	159	28	21	23	26	1.99
21730236--21730357	61	2.0	61	98	0	235	53	1	18	26	1.54
21730501--21730563	28	2.2	28	88	0	90	31	4	30	33	1.78
21737258--21737412	47	3.3	47	89	0	238	33	11	30	24	1.91
21737329--21737403	22	3.3	22	68	17	62	33	10	30	25	1.90
21737258--21737446	94	2.0	94	85	4	256	32	11	30	24	1.91
21737420--21737508	46	1.9	46	86	0	124	33	10	31	24	1.89
21739200--21739331	61	2.2	61	95	0	237	29	41	6	21	1.79
21742751--21742928	80	2.2	80	86	3	234	22	24	28	24	1.99
21742751--21742889	40	3.5	40	88	3	208	20	25	29	24	1.99
21744817--21744994	79	2.2	80	81	7	204	25	26	20	26	1.99
21744846--21745024	79	2.2	80	81	7	204	26	27	21	24	1.99
21744821--21745024	40	5.1	40	83	5	218	26	27	21	25	1.99
21746265--21746318	23	2.3	23	84	6	65	3	20	1	74	1.07
21752314--21752416	51	2.0	51	96	0	188	34	21	15	28	1.94
21758888--21759062	46	3.8	46	94	0	287	20	21	28	29	1.98
21769326--21769497	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
21769328--21769550	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
21769326--21769550	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21769482--21769559	40	1.9	41	82	10	97	28	28	19	24	1.98
21783821--21784040	115	1.9	113	83	1	278	35	14	16	33	1.89
21786518--21786680	44	3.7	44	80	4	184	29	25	16	28	1.97
21792627--21792808	40	4.6	40	89	2	269	24	23	28	23	1.99
21799964--21800060	49	2.0	49	97	0	185	34	9	23	32	1.87
21800820--21800945	40	3.2	40	85	5	159	23	24	29	22	1.99
21805932--21806057	61	2.0	62	93	1	218	61	7	7	23	1.47
21806114--21806184	30	2.3	31	79	11	76	67	7	1	23	1.23
21806114--21806179	28	2.2	28	79	12	71	68	6	1	24	1.21
21831112--21831225	27	4.2	27	83	4	131	35	16	19	28	1.93
21831096--21831210	54	2.1	52	80	9	131	36	19	15	28	1.92
21831110--21831222	54	2.1	53	86	4	163	37	15	19	27	1.92
21831422--21831531	27	4.1	26	83	4	112	23	21	18	36	1.95
21831425--21831531	54	2.0	54	85	3	144	24	21	18	35	1.96
21831716--21831759	12	3.7	12	81	0	52	22	15	9	52	1.71
21834218--21834282	27	2.4	27	84	5	78	18	26	20	35	1.95
21834240--21834324	27	3.1	27	74	12	68	16	25	18	38	1.92
21835288--21835331	16	2.6	17	82	7	54	59	4	2	34	1.30
21837423--21837498	33	2.3	34	79	6	84	28	18	23	28	1.98
21842014--21842126	40	2.8	39	88	4	172	26	28	20	24	1.99
21844896--21844949	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
21850638--21850807	46	3.7	46	70	10	130	24	17	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21858577--21858701	28	4.6	27	91	2	178	32	28	12	26	1.93
21858577--21858698	55	2.2	56	88	2	158	32	28	12	26	1.92
21862392--21862614	40	5.6	40	88	3	333	29	27	20	23	1.99
21862359--21862616	80	3.2	80	93	2	414	27	26	21	24	1.99
21862392--21862614	120	1.9	120	91	1	367	29	27	20	23	1.99
21867530--21867583	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
21871380--21871484	47	2.2	47	93	0	174	26	30	7	35	1.84
21875224--21875399	46	3.8	46	75	15	173	21	21	28	28	1.98
21888301--21888565	46	5.7	46	73	15	258	28	28	20	22	1.98
21888355--21888616	47	5.6	47	72	15	247	28	29	20	22	1.98
21888309--21888610	93	3.2	93	100	0	604	28	29	20	21	1.98
21893035--21893141	27	3.9	28	82	7	123	37	17	23	21	1.94
21896746--21896832	41	2.1	42	86	2	122	26	21	28	22	1.99
21898635--21898853	94	2.4	91	81	8	239	27	20	28	23	1.99
21898636--21898852	47	4.7	45	73	12	156	27	20	28	23	1.99
21900470--21900660	43	4.6	42	78	7	142	23	26	19	30	1.98
21900547--21900673	43	3.0	43	84	2	141	22	27	20	29	1.99
21903374--21903493	55	2.2	55	92	4	199	20	18	30	30	1.96
21903403--21903508	55	1.9	54	88	0	149	20	20	31	27	1.98
21909253--21909285	17	1.9	17	100	0	66	30	21	24	24	1.99
21910527--21910553	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
21911022--21911322	39	7.7	39	88	1	410	20	22	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21913687--21913720	17	2.0	17	88	11	52	41	0	0	58	0.98
21913694--21913738	20	2.2	20	92	7	74	40	0	0	60	0.97
21913704--21913753	15	3.4	15	78	18	52	42	0	0	58	0.98
21913687--21913749	20	3.3	20	76	23	66	41	0	0	58	0.98
21913917--21913955	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
21918746--21919109	49	7.6	47	91	3	530	32	9	29	28	1.88
21918746--21919109	96	3.8	95	90	4	552	32	9	29	28	1.88
21923995--21924171	27	6.5	27	80	3	167	25	16	29	28	1.97
21923995--21924150	82	1.9	81	84	3	206	25	16	29	28	1.97
21923991--21924171	82	2.2	81	80	2	202	25	16	28	28	1.97
21926165--21926312	40	3.7	40	85	5	194	23	22	22	30	1.99
21927754--21927864	57	1.9	57	96	0	204	32	19	12	35	1.90
21928727--21928813	44	2.0	44	97	0	165	13	32	21	32	1.93
21938280--21938457	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
21938277--21938457	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
21938362--21938468	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
21939894--21940877	40	24.6	40	97	1	1791	25	20	27	27	1.99
21952824--21952945	40	3.0	40	86	4	174	29	25	21	23	1.99
21957577--21957721	48	3.0	48	85	2	202	29	24	19	26	1.98
21962642--21962720	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
21962839--21963085	47	5.3	47	95	0	422	28	30	8	31	1.88
21970878--21971065	40	4.7	40	93	0	313	24	21	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21970878--21971105	120	1.9	119	83	5	298	24	21	25	29	1.99
21972913--21972937	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
21973938--21973963	13	2.0	13	100	0	52	7	30	0	61	1.24
21975118--21975233	28	4.2	28	83	2	146	17	24	22	36	1.95
21976373--21976399	10	2.7	10	100	0	54	29	11	11	48	1.73
21978444--21978619	50	3.5	49	80	7	176	24	16	28	30	1.96
21978433--21978619	101	1.9	101	85	2	261	24	16	29	29	1.96
21981340--21981386	18	2.6	17	80	12	51	4	34	0	61	1.15
21982073--21982102	8	3.8	8	90	0	51	50	13	23	13	1.77
21982352--21982410	26	2.3	25	80	13	66	37	25	10	27	1.88
21982517--21982608	28	3.3	28	84	6	123	18	23	20	36	1.94
21990088--21990245	43	3.7	43	74	5	124	25	18	26	29	1.98
21990070--21990245	85	2.1	85	80	7	196	26	18	25	29	1.98
21994304--21994342	16	2.4	16	86	0	60	46	20	23	10	1.81
21994568--21994672	28	3.7	28	79	9	115	26	13	33	26	1.93
22000242--22000362	43	2.8	43	75	5	120	28	21	23	27	1.99
22002724--22002779	26	2.2	26	86	0	76	21	44	25	8	1.81
22015946--22016140	38	5.1	38	89	0	291	22	21	24	32	1.98
22016138--22016249	43	2.6	43	92	0	188	11	25	32	31	1.91
22021379--22021833	27	16.9	27	82	0	534	36	18	18	26	1.94
22022195--22022244	22	2.3	22	82	0	64	22	28	20	30	1.98
22022403--22022508	27	4.0	26	84	6	86	19	22	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22022402--22022509	54	2.0	53	82	5	128	19	22	21	37	1.95
22024564--22025791	27	45.5	26	88	5	1691	36	18	18	25	1.94
22024569--22025791	54	22.6	54	94	1	1900	36	18	19	25	1.94
22033144--22033330	40	4.7	40	93	1	295	24	20	25	29	1.99
22033143--22033394	40	6.3	40	88	3	285	23	20	26	28	1.99
22055414--22055591	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
22055415--22055570	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
22055411--22055591	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
22061212--22061245	17	2.1	17	94	5	61	58	35	0	5	1.22
22062442--22062496	24	2.3	24	87	0	74	50	21	18	9	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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