genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.294.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97701000--97701028	13	2.1	14	93	6	51	37	3	13	44	1.61
97703747--97703890	6	23.3	6	74	16	125	47	15	16	19	1.82
97703767--97703878	37	3.2	37	85	8	137	46	16	17	18	1.84
97703747--97703890	31	4.7	30	83	11	143	47	15	16	19	1.82
97704027--97704113	27	3.2	26	77	8	68	37	16	21	24	1.93
97704055--97704129	27	2.8	26	84	6	87	38	20	21	20	1.93
97704287--97704351	22	3.0	21	78	13	69	32	23	24	20	1.98
97704778--97705026	27	9.3	27	84	0	311	26	21	19	33	1.97
97705008--97705080	27	2.7	27	73	0	74	34	8	20	36	1.83
97705059--97705353	27	11.0	26	77	9	155	31	9	21	38	1.85
97705146--97705412	108	2.5	108	90	0	408	31	8	21	38	1.84
97705120--97705405	27	10.6	27	83	0	347	31	9	20	39	1.84
97709083--97709385	40	7.6	40	89	0	455	26	28	22	22	1.99
97715777--97715954	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
97715798--97715953	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
97723966--97724143	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
97723966--97724143	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
97728702--97728885	40	4.6	40	80	8	187	24	22	28	23	1.99
97728753--97728918	79	2.1	79	80	6	185	25	21	28	24	1.99
97747884--97748742	85	10.1	85	99	0	1700	26	26	9	37	1.87
97749755--97749787	18	1.9	17	88	11	50	36	12	21	30	1.90
97750491--97750592	51	2.0	51	98	0	195	27	16	9	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97750871--97750897	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
97752148--97752190	22	2.0	21	81	9	50	41	11	6	39	1.68
97753152--97753180	10	2.9	10	100	0	58	17	31	20	31	1.96
97753761--97753924	42	3.9	42	76	4	159	29	25	15	30	1.95
97757620--97757730	46	2.4	45	83	8	136	30	18	25	25	1.98
97757803--97758073	49	5.6	48	78	8	271	27	19	28	23	1.99
97757668--97757926	142	1.9	135	82	7	322	28	18	28	24	1.98
97757801--97758071	98	2.8	98	85	1	375	27	19	28	24	1.99
97757808--97758072	147	1.8	146	82	5	347	27	19	28	23	1.98
97765076--97765253	27	6.6	27	85	3	205	26	14	28	30	1.95
97765077--97765232	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
97765073--97765253	82	2.2	81	84	2	238	26	14	28	30	1.95
97769393--97769649	141	1.8	138	82	5	329	29	19	27	23	1.98
97769524--97769753	98	2.4	97	91	2	354	29	20	28	21	1.98
97769524--97769743	49	4.5	49	80	1	246	29	20	28	21	1.98
97787043--97787146	51	2.0	51	85	3	138	20	24	16	39	1.92
97793473--97796889	870	3.9	870	99	0	6771	32	9	19	38	1.84
97802606--97802717	40	2.8	41	80	9	131	32	23	16	27	1.96
97811208--97811382	43	4.1	42	77	7	154	33	27	16	22	1.95
97814423--97814749	40	8.2	40	82	6	285	22	22	28	26	1.99
97814547--97814612	22	3.2	22	60	24	52	22	21	28	27	1.99
97814422--97814749	120	2.8	119	85	8	420	22	22	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97822655--97823545	40	22.3	39	98	0	1505	20	22	29	27	1.99
97822655--97823545	80	11.1	80	98	0	1685	20	22	29	27	1.99
97822655--97823545	120	7.4	120	98	0	1685	20	22	29	27	1.99
97829769--97829873	44	2.4	43	82	4	122	32	25	17	24	1.97
97830991--97831017	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
97839481--97839570	28	3.2	27	82	7	110	20	25	23	31	1.98
97846032--97846076	23	2.0	23	81	0	54	6	35	2	55	1.38
97847312--97847401	28	3.2	27	82	7	110	20	25	23	31	1.98
97852090--97852145	22	2.7	22	81	13	57	46	1	1	50	1.22
97852101--97852142	16	2.7	15	85	7	57	45	2	0	52	1.13
97852199--97852244	22	2.0	24	84	16	62	39	6	0	54	1.26
97865726--97865901	31	5.7	31	93	2	302	27	25	16	30	1.97
97865726--97865901	61	2.9	62	92	2	302	27	25	16	30	1.97
97865726--97865901	92	1.9	92	95	2	318	27	25	16	30	1.97
97865925--97866730	42	19.2	42	99	0	1603	37	16	14	31	1.89
97866878--97866946	25	2.8	24	86	6	93	26	24	27	21	1.99
97867853--97868061	27	7.7	27	78	8	167	32	6	19	41	1.76
97868082--97868198	27	4.3	27	84	0	135	40	7	24	27	1.82
97874983--97875337	47	7.6	46	73	12	244	28	20	28	22	1.98
97874989--97875346	94	3.8	93	78	9	311	28	20	28	22	1.98
97880219--97880325	41	2.6	42	88	2	155	26	14	28	30	1.95
97883647--97883713	28	2.3	29	84	2	91	31	31	11	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97887851--97887989	69	2.0	69	100	0	278	35	14	25	24	1.93
97901073--97901147	26	2.8	25	76	9	78	25	22	16	36	1.94
97902654--97902712	29	2.0	29	100	0	118	33	20	18	27	1.96
97907169--97907239	35	2.0	35	97	0	133	56	8	8	26	1.58
97912693--97912800	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
97913978--97914025	22	2.3	21	85	7	62	2	10	16	70	1.24
97915685--97915724	21	1.9	21	89	0	62	25	7	17	50	1.72
97921457--97921618	50	3.3	51	76	9	154	30	16	24	27	1.97
97921832--97921863	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
97932892--97933067	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
97932889--97933060	93	1.8	93	94	0	308	21	22	28	27	1.99
97934624--97934925	150	2.0	150	98	0	586	26	30	20	23	1.98
97939740--97939854	58	2.0	58	92	0	194	27	20	19	33	1.96
97940679--97940854	46	3.8	45	78	12	196	21	19	28	30	1.97
97940676--97940847	93	1.8	93	93	0	299	21	19	29	29	1.98
97947059--97947105	19	2.7	17	77	12	51	63	8	2	25	1.34
97947937--97948029	46	2.0	46	100	0	186	47	10	16	25	1.79
97948169--97948210	14	2.8	15	82	7	50	71	2	2	23	1.10
97950981--97951032	20	2.6	20	77	14	54	71	5	3	19	1.22
97956709--97956792	34	2.5	34	90	5	136	36	8	3	51	1.50
97961326--97961422	33	2.9	33	79	13	92	27	26	19	25	1.99
97961445--97961488	22	2.0	23	90	4	72	22	54	2	20	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97963964--97963997	13	2.4	14	90	9	52	11	5	23	58	1.55
97965603--97965655	25	2.0	26	85	7	72	45	5	3	45	1.45
97969934--97970092	43	3.7	43	77	7	162	28	24	19	27	1.99
97969934--97970093	86	1.9	85	81	6	198	29	24	19	26	1.98
97976339--97976565	101	2.3	101	82	3	271	29	27	18	24	1.98
97976339--97976565	50	4.5	50	80	4	244	29	27	18	24	1.98
97979279--97979319	15	2.7	15	88	7	57	58	17	7	17	1.60
97988017--97988066	25	2.0	25	88	0	73	30	24	20	26	1.98
97988112--97988168	20	2.8	20	100	0	114	35	17	21	26	1.95
97988219--97988458	24	10.0	24	89	1	356	29	20	21	28	1.98
97997372--97997785	43	9.6	42	77	5	357	32	23	20	22	1.98
97997385--97997785	85	4.7	84	80	4	365	33	24	20	22	1.97
97997372--97997785	128	3.2	127	77	7	415	32	23	20	22	1.98
97998664--97998701	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
97999002--97999034	15	2.3	15	89	5	50	27	9	0	63	1.24
98004254--98004293	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
98003719--98004978	611	2.1	611	98	0	2434	41	9	11	37	1.74
98004865--98004904	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
98005260--98005630	164	2.3	160	91	6	609	39	11	13	35	1.81
98007240--98007279	21	2.0	20	85	5	53	62	17	7	12	1.52
98007162--98007413	133	1.9	133	97	0	477	50	18	10	20	1.76
98010450--98010500	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98010489--98010520	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
98011573--98011750	41	4.4	41	93	1	313	16	24	25	33	1.96
98022168--98022298	43	3.0	43	82	8	185	25	16	27	29	1.97
98025429--98025538	31	3.6	30	89	6	175	30	26	16	26	1.97
98025562--98025653	42	2.2	42	96	0	166	33	20	14	31	1.92
98025851--98025881	16	1.9	16	93	0	53	35	12	19	32	1.90
98026628--98026692	27	2.4	27	79	5	69	21	23	16	38	1.93
98026806--98026895	27	3.3	27	92	0	144	28	10	21	40	1.85
98026806--98026928	54	2.3	54	81	8	144	29	11	19	39	1.86
98026927--98027124	27	7.3	27	90	0	279	40	8	23	28	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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