genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56883549--56883772	39	5.7	39	87	0	313	20	18	29	30	1.97
56895518--56895549	6	5.3	6	92	0	55	34	43	18	3	1.66
56898819--56898852	15	2.1	15	89	10	50	64	0	35	0	0.94
56898818--56898856	17	2.3	18	82	13	55	66	0	33	0	0.92
56899712--56899827	40	2.9	39	85	6	144	39	10	16	33	1.82
56906652--56906735	41	2.1	40	82	10	100	46	1	3	48	1.27
56906931--56906962	15	2.1	15	94	0	55	68	0	31	0	0.90
56911256--56912290	515	2.0	516	95	0	1874	34	11	18	35	1.87
56915588--56915677	23	3.9	23	81	7	83	26	17	15	40	1.90
56921993--56922046	28	2.0	27	85	3	72	35	25	20	18	1.95
56922464--56922523	27	2.2	27	88	5	86	25	20	20	35	1.96
56922481--56922541	27	2.3	27	88	5	88	24	14	24	36	1.93
56928027--56928079	22	2.4	22	96	0	97	24	13	33	28	1.93
56930550--56930931	27	14.2	27	82	5	479	26	22	10	40	1.86
56930936--56931023	27	3.3	27	82	3	106	36	19	18	26	1.94
56931221--56931300	27	3.0	26	83	7	81	20	22	22	35	1.96
56931613--56931686	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
56931804--56931935	6	21.8	6	70	16	85	19	15	15	50	1.79
56931804--56931870	25	2.8	24	88	2	98	20	16	14	47	1.82
56931807--56931870	24	2.6	25	87	2	94	20	17	15	46	1.83
56931829--56931912	36	2.3	36	91	0	132	20	13	15	51	1.76
56931804--56931935	30	4.4	30	78	8	133	19	15	15	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56938950--56938993	23	1.9	23	81	9	54	40	9	9	40	1.68
56945598--56945733	54	2.5	54	97	0	254	27	19	22	30	1.98
56946362--56946391	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
56951311--56951349	14	2.9	13	81	7	51	61	10	10	17	1.55
56954784--56954954	93	1.8	93	88	0	261	28	26	21	23	1.99
56954877--56954962	46	1.9	45	85	4	120	30	27	19	22	1.98
56955379--56955438	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
56975482--56975514	17	1.9	17	100	0	66	21	36	12	30	1.90
56977733--56977940	67	3.2	63	78	8	211	30	16	29	22	1.96
56979463--56979558	26	3.8	26	91	4	144	25	25	22	27	2.00
56979608--56979674	20	3.3	20	89	4	100	31	20	10	37	1.87
56980459--56980539	36	2.2	38	93	6	148	58	2	14	24	1.49
56987060--56987247	49	3.8	48	79	6	223	29	25	17	27	1.97
56987065--56987252	100	1.9	100	90	0	304	29	25	18	26	1.98
56998789--56998834	24	1.9	24	86	0	65	36	2	21	39	1.66
56999921--56999997	31	2.5	32	75	10	79	37	2	5	54	1.37
56999962--57000006	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
57001819--57002181	46	7.9	46	90	0	485	40	14	23	22	1.90
57011649--57012331	177	3.9	177	86	2	888	28	25	16	29	1.97
57012177--57012469	158	1.9	158	83	4	385	30	25	16	27	1.97
57012701--57012828	45	2.8	45	80	6	143	29	23	14	32	1.95
57012894--57013149	64	4.0	64	90	0	395	37	16	17	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57012894--57013148	128	2.0	128	95	0	456	38	16	16	29	1.91
57014268--57014302	18	1.9	18	88	0	52	8	2	2	85	0.79
57021118--57021145	14	2.0	14	100	0	56	21	0	7	71	1.09
57034201--57034249	21	2.3	21	89	0	71	34	24	22	18	1.96
57034247--57034313	23	3.0	23	88	2	91	41	20	17	19	1.90
57036618--57036780	43	3.8	43	79	5	152	28	15	23	31	1.96
57041364--57041762	131	3.0	130	81	2	485	39	12	14	34	1.82
57047516--57047566	25	2.0	25	84	0	66	19	25	33	21	1.97
57047695--57047731	18	2.1	18	100	0	74	32	10	5	51	1.60
57049416--57049475	17	3.6	16	71	20	52	35	5	1	58	1.30
57049416--57049484	31	2.2	32	82	7	88	31	4	1	62	1.24
57061220--57061286	29	2.2	31	89	5	102	50	10	14	23	1.74
57062367--57062422	28	2.0	28	100	0	112	39	10	17	32	1.84
57115222--57115271	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
57118861--57118916	10	5.6	10	74	16	53	66	7	0	26	1.18
57118863--57118922	9	6.2	9	76	14	57	65	6	0	28	1.18
57118861--57118922	19	3.2	19	86	8	97	64	6	0	29	1.18
57121046--57121084	20	1.9	21	89	5	62	17	2	0	79	0.84
57125927--57125952	10	2.6	10	100	0	52	61	7	11	19	1.53
57132259--57132400	71	2.0	71	94	0	248	58	15	7	19	1.59
57138517--57138563	6	8.3	6	85	4	55	78	2	2	17	0.94
57138517--57138563	18	2.9	16	87	12	69	78	2	2	17	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57138517--57138563	5	8.6	5	84	15	58	78	2	2	17	0.94
57142258--57142388	6	21.3	6	69	16	81	48	12	18	19	1.80
57142279--57142388	31	3.4	31	76	14	103	48	12	19	20	1.81
57142267--57142367	37	2.7	37	87	0	139	47	12	20	18	1.82
57142242--57142388	37	4.2	36	70	15	101	49	12	17	19	1.79
57142506--57142563	27	2.2	26	87	3	80	34	20	25	18	1.96
57142607--57142657	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
57142893--57143572	27	25.2	27	85	3	830	40	6	21	31	1.80
57142893--57143572	135	5.0	135	92	1	1053	40	6	21	31	1.80
57145179--57145243	29	2.2	29	86	5	87	27	26	16	29	1.97
57145427--57145552	53	2.4	53	85	2	173	24	21	14	39	1.90
57150089--57150131	15	2.9	15	89	0	68	20	6	11	60	1.54
57155117--57155147	16	1.9	16	100	0	62	61	25	0	12	1.32
57163571--57163610	16	2.4	17	83	12	55	47	0	0	52	1.00
57171583--57171622	16	2.5	16	88	8	55	25	0	2	72	0.97
57171553--57171629	22	3.7	21	69	13	70	25	0	3	70	1.05
57174092--57174134	12	3.3	12	79	17	50	16	13	4	65	1.43
57174031--57174299	100	2.7	101	87	1	382	24	17	19	37	1.93
57174305--57175108	148	5.4	148	87	3	1127	31	15	19	32	1.93
57174305--57175138	75	11.3	75	85	4	1086	31	15	19	33	1.93
57174305--57175138	223	3.8	223	89	2	1189	31	15	19	33	1.93
57175209--57175241	14	2.4	14	94	0	57	15	9	9	66	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57175107--57175587	91	5.2	90	76	13	311	26	16	17	39	1.91
57175065--57175397	182	1.8	178	84	5	445	27	17	18	36	1.93
57175311--57175499	102	1.8	103	89	3	301	28	14	16	40	1.88
57175437--57175664	87	2.6	87	80	7	230	30	15	19	34	1.93
57179732--57179770	16	2.4	17	86	4	53	71	2	23	2	1.10
57184431--57184491	30	2.0	30	87	0	86	31	22	4	40	1.75
57189023--57189095	29	2.5	29	82	6	85	73	4	8	13	1.20
57198275--57198392	40	3.0	40	94	0	209	28	28	19	22	1.98
57199078--57199113	18	2.0	18	100	0	72	33	16	11	38	1.84
57203276--57203398	63	2.0	63	85	3	167	21	24	26	26	2.00
57203973--57204052	17	4.9	16	74	11	74	75	1	20	3	1.03
57203980--57204053	33	2.3	31	80	13	78	75	1	18	4	1.03
57207751--57207835	25	3.4	24	80	6	89	20	21	20	38	1.93
57207840--57208046	111	1.9	111	79	4	238	24	16	26	32	1.96
57211638--57211859	67	3.4	64	74	11	198	31	16	27	24	1.96
57211610--57211859	68	3.8	63	75	8	189	31	16	28	24	1.96
57214676--57214825	46	3.2	46	80	11	130	23	27	19	30	1.98
57219533--57219677	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
57225322--57225399	25	3.1	25	78	9	86	24	25	20	29	1.99
57226609--57226660	22	2.5	20	75	12	50	63	1	3	30	1.23
57226656--57226699	19	2.4	19	81	14	56	45	2	0	52	1.13
57234845--57234892	20	2.4	21	79	10	55	64	4	0	31	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57239912--57239936	12	2.1	12	100	0	50	32	36	0	32	1.58
57244524--57244567	21	2.1	21	100	0	88	56	0	0	43	0.99
57244499--57244563	21	3.3	19	79	10	67	53	0	1	44	1.09
57244524--57244576	21	2.5	21	90	6	72	56	1	0	41	1.10
57244524--57244584	21	2.9	21	87	7	70	55	1	0	42	1.09
57251648--57251686	18	2.2	17	86	13	53	38	0	0	61	0.96
57260426--57260476	21	2.5	20	81	9	57	31	3	1	62	1.24
57267077--57267183	26	4.1	26	91	0	169	34	7	23	34	1.83
57268804--57269052	27	9.2	26	81	6	291	17	22	23	36	1.94
57268804--57269052	54	4.6	54	93	1	410	17	22	23	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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