Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  12  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3213966--3214013
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3217961--3218018
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2.3
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1.9
19
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4.5
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2.4
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308
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0
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2.8
42
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29
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2.0
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2.0
70
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0
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1.8
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1.96
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4.2
149
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1
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29
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30
1.96
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192
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1992
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2.0
35
91
2
111
32
5
13
48
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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24
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3
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12
2.8
12
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4
52
80
2
0
17
0.84
3283694--3284727
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144
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2
30
0
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100
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0
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14
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2
13
68
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2.9
39
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199
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1.65
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2
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2
0
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2.0
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15
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52
4.0
51
78
10
198
22
17
29
29
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
73
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2.0
133
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1.9
60
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0
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20
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0
50
40
8
20
32
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3371241--3371271
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0
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2.1
14
100
0
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20
6
20
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133
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0
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25
29
1.98
3398510--3398629
48
2.6
45
80
4
132
30
20
25
25
1.99
3398604--3399601
44
21.7
45
72
12
613
32
16
21
29
1.95
3398610--3399048
231
1.9
231
95
0
788
31
15
23
29
1.95
3398781--3399601
139
5.9
139
92
1
1287
33
16
21
29
1.95
3398604--3399590
94
10.7
93
73
13
472
32
16
21
29
1.95
3399606--3399780
89
2.0
89
93
2
298
33
22
20
24
1.97
3399606--3399817
89
2.4
89
86
3
275
32
21
20
25
1.97
3400164--3400297
44
3.0
44
73
6
137
30
16
27
25
1.97
3401736--3401786
15
3.5
15
81
13
70
29
9
0
60
1.28
3408283--3408330
25
1.9
25
87
8
71
31
16
18
33
1.94
3416444--3416491
20
2.5
20
86
3
62
64
2
6
27
1.28
3416515--3416544
15
2.0
15
93
0
51
40
10
0
50
1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3418052--3418089
18
2.1
18
90
0
58
76
0
2
21
0.91
3418062--3418112
5
10.4
5
76
19
54
78
1
1
17
0.94
3418055--3418112
10
5.2
11
78
14
57
77
1
1
18
0.94
3421317--3421374
30
1.9
30
89
0
89
41
3
24
31
1.71
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13
2.5
13
94
0
55
31
0
12
56
1.37
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50
4.7
50
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4
297
26
24
29
19
1.99
3421712--3421961
100
2.4
103
88
6
364
26
24
29
20
1.99
3428911--3428968
30
1.9
30
89
0
89
41
3
24
31
1.71
3429180--3429211
13
2.5
13
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0
55
31
0
12
56
1.37
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50
4.7
50
86
4
297
26
24
29
19
1.99
3429306--3429555
100
2.4
103
88
6
364
26
24
29
20
1.99
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3.6
36
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18
128
32
23
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32
1.90
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10
3.3
10
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4
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62
0
6
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1.20
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27
2.3
26
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10
63
50
11
0
38
1.38
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15
2.0
15
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0
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10
0
50
1.36
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35
3.6
36
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18
128
32
23
11
32
1.90
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40
2.1
40
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8
134
24
22
19
33
1.97
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28
2.1
28
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6
75
35
3
1
60
1.23
3447348--3447389
13
3.2
13
83
6
57
61
0
0
38
0.96
3456824--3456906
40
2.1
40
91
8
134
33
19
22
24
1.97
3459764--3459846
40
2.1
40
90
4
132
33
19
22
24
1.97
3471586--3471663
40
2.0
40
100
0
156
23
20
19
37
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3474318--3474358
21
2.0
20
85
4
55
39
0
17
43
1.49
3474529--3474656
28
4.7
27
71
20
81
20
3
34
41
1.71
3474547--3474667
51
2.3
52
78
10
124
19
4
33
42
1.72
3487270--3487323
18
3.0
18
88
0
81
31
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24
27
1.96
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24
2.0
23
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12
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4
2
21
1.12
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30
2.2
30
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5
2
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2.5
21
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0
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2.0
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1
332
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25
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1.98
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5.3
133
91
0
1098
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26
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1.98
3506064--3506106
21
2.0
21
100
0
86
34
13
9
41
1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322