genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77147071--77147227	27	5.6	27	69	17	90	46	1	1	50	1.17
77153887--77154878	496	2.0	496	99	0	1975	24	29	21	25	1.99
77157507--77157567	30	2.0	30	96	0	113	34	6	29	29	1.83
77161059--77161100	20	2.1	20	86	8	59	57	4	0	38	1.20
77161299--77161367	32	2.2	32	86	0	93	71	8	5	14	1.30
77163634--77163686	25	2.1	26	82	3	63	47	0	9	43	1.36
77167651--77167701	26	2.0	26	96	0	93	21	19	25	33	1.97
77169698--77170057	69	5.2	69	84	3	305	20	20	23	34	1.97
77169721--77170058	138	2.4	138	80	3	367	20	20	23	35	1.96
77178232--77178269	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
77178718--77178769	21	2.5	21	81	3	61	38	5	7	48	1.56
77181193--77181236	22	2.0	23	86	4	63	52	18	11	18	1.74
77183330--77183540	30	7.1	30	71	8	128	21	23	14	40	1.90
77183337--77183534	89	2.2	89	81	3	229	21	23	13	41	1.89
77183665--77183722	20	2.9	20	97	0	107	36	6	20	36	1.80
77184881--77184977	50	1.9	50	85	4	133	32	28	22	15	1.95
77189834--77189879	20	2.6	18	83	16	60	52	4	2	41	1.33
77189789--77189925	68	2.0	68	84	9	179	48	5	3	42	1.42
77190244--77190285	19	2.2	19	86	0	57	26	21	14	38	1.91
77191926--77192021	50	1.9	50	91	0	156	17	12	12	57	1.65
77194961--77194989	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
77195719--77197150	265	5.4	264	84	2	1595	30	16	16	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77195502--77197333	530	3.5	527	82	5	1965	30	16	16	37	1.91
77197129--77197170	20	2.1	20	90	0	66	26	16	26	30	1.97
77198363--77198400	14	2.7	15	84	12	53	57	5	0	36	1.21
77198357--77198400	21	2.1	21	82	0	52	59	4	0	36	1.18
77198445--77198515	7	10.3	7	73	19	60	52	5	2	39	1.40
77198445--77198514	27	2.6	27	79	9	79	51	5	2	40	1.40
77199445--77199479	17	2.1	17	94	0	61	22	5	22	48	1.72
77200393--77200423	15	2.1	15	93	0	53	29	19	9	41	1.83
77201078--77201115	18	2.1	18	95	0	67	39	0	7	52	1.31
77201064--77201115	9	5.9	9	72	4	52	42	0	7	50	1.31
77207631--77207765	51	2.7	49	78	4	144	27	26	18	27	1.98
77209308--77209372	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
77209308--77209376	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
77212380--77212604	49	4.5	49	89	2	315	28	28	18	24	1.98
77212367--77212611	99	2.5	100	86	2	332	28	28	18	24	1.98
77219593--77219867	46	5.8	47	76	13	237	27	19	30	22	1.98
77219777--77219957	96	1.9	96	82	5	229	24	19	31	24	1.98
77219683--77219950	146	1.9	140	82	6	331	26	18	30	24	1.98
77224819--77224851	5	6.6	5	92	0	57	75	0	0	24	0.80
77226512--77226557	20	2.3	20	84	0	56	39	8	8	43	1.66
77228015--77228082	30	2.3	30	82	5	75	42	7	23	26	1.80
77229966--77230103	40	3.5	40	83	0	168	28	13	22	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77233482--77233532	25	2.0	25	88	0	75	31	21	19	27	1.97
77233573--77233610	10	3.7	10	89	6	58	36	13	18	31	1.89
77233571--77233610	21	1.9	21	94	0	71	37	15	17	30	1.90
77249828--77249857	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
77251956--77251995	21	1.9	21	84	0	53	32	5	20	42	1.73
77255258--77255308	26	2.0	26	88	7	77	50	9	9	29	1.67
77255767--77255827	29	2.1	29	96	0	113	40	8	0	50	1.32
77255815--77255853	21	1.9	20	89	5	60	28	5	10	56	1.54
77256157--77256198	15	3.1	14	80	16	52	28	2	0	69	1.01
77256149--77256189	18	2.2	19	86	4	57	29	7	0	63	1.21
77268030--77268415	177	2.2	177	93	0	666	29	18	22	29	1.98
77269291--77269343	26	2.0	26	85	7	72	52	7	11	28	1.64
77269297--77269352	25	2.2	24	78	9	58	53	5	12	28	1.60
77269857--77269895	21	1.9	20	89	5	60	28	5	10	56	1.54
77270192--77270236	15	3.3	14	82	14	58	28	2	0	68	1.01
77275733--77275811	37	2.2	37	95	2	142	50	7	13	27	1.69
77278863--77279066	53	3.8	53	75	7	162	36	15	24	23	1.94
77278867--77279066	107	1.9	109	82	4	262	36	16	24	23	1.94
77281840--77281864	8	3.1	8	100	0	50	0	40	12	48	1.40
77287640--77287835	55	3.6	53	79	8	191	21	25	16	35	1.95
77288693--77288739	18	2.6	18	77	9	51	48	0	2	48	1.13
77291971--77292001	16	1.9	16	93	0	53	48	6	3	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77291998--77292043	20	2.4	19	82	13	58	41	2	2	54	1.25
77293933--77294197	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
77293900--77294197	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
77294129--77294206	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
77296273--77296305	17	1.9	17	93	0	57	27	0	3	69	1.03
77299075--77299137	25	2.5	26	84	5	74	42	15	6	34	1.73
77299086--77299137	25	2.0	25	92	3	86	44	17	3	34	1.67
77299721--77299794	24	3.0	23	76	11	67	35	16	27	21	1.94
77299736--77299797	24	2.5	24	86	2	79	33	19	27	19	1.96
77301926--77301955	13	2.3	13	94	0	51	56	6	10	26	1.57
77309433--77309484	27	1.9	27	92	0	86	30	26	11	30	1.92
77309440--77309501	27	2.3	27	85	0	79	30	25	11	32	1.91
77320578--77320634	28	2.0	28	86	0	78	31	10	42	15	1.81
77326433--77326464	14	2.3	14	94	0	55	9	9	0	81	0.88
77327571--77327651	33	2.5	32	78	9	85	66	6	18	8	1.39
77329780--77329821	19	2.1	21	82	8	52	57	9	0	33	1.31
77330068--77330114	25	1.9	24	82	4	58	74	4	0	21	0.99
77331062--77331105	19	2.2	20	88	11	65	61	6	0	31	1.22
77340793--77340917	40	3.1	40	81	4	144	40	20	20	18	1.92
77341931--77341963	17	1.9	17	100	0	66	48	12	0	39	1.40
77343597--77343652	29	1.9	29	96	0	103	14	21	7	57	1.61
77354667--77354900	48	4.8	48	82	2	254	27	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77361217--77361916	358	2.0	358	92	0	1159	33	12	19	34	1.89
77370109--77370359	40	6.3	40	92	1	353	24	20	28	26	1.99
77370057--77370357	79	3.8	79	86	5	367	24	21	28	25	1.99
77378067--77378251	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
77378068--77378251	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
77378068--77378284	79	2.7	79	80	9	194	26	22	27	24	2.00
77380388--77380548	42	3.8	42	81	1	160	30	23	15	30	1.95
77380392--77380551	85	1.9	84	83	3	205	30	23	15	30	1.95
77383321--77383471	27	5.5	27	89	2	212	26	13	28	31	1.94
77383321--77383471	55	2.7	55	88	2	223	26	13	28	31	1.94
77383321--77383471	82	1.8	82	89	0	239	26	13	28	31	1.94
77393525--77393687	84	1.9	84	87	2	238	27	23	26	22	2.00
77398878--77399009	40	3.3	40	86	2	176	26	28	21	23	1.99
77398994--77399071	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
77402065--77402154	44	2.0	44	93	0	153	25	34	18	21	1.96
77402463--77402562	49	2.0	49	96	0	182	42	15	20	23	1.89
77404376--77404465	45	2.0	45	95	0	162	26	25	25	22	2.00
77405339--77405469	40	3.3	40	92	0	199	26	27	21	24	1.99
77405337--77405522	80	2.3	79	78	5	185	27	27	20	24	1.99
77405454--77405531	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
77415614--77415724	55	2.0	55	82	3	134	30	27	26	16	1.96
77418248--77418354	45	2.4	45	88	3	153	41	19	17	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77419446--77419496	27	1.9	27	84	11	70	47	3	0	49	1.20
77419971--77420015	5	9.0	5	100	0	90	60	0	0	40	0.97
77422930--77422969	13	3.1	13	77	0	53	20	30	32	17	1.95
77423029--77423086	28	2.1	28	93	0	98	15	13	39	31	1.86
77424506--77424539	6	5.5	6	86	6	50	17	0	0	82	0.67
77432924--77433098	87	2.0	87	97	0	332	31	21	9	37	1.85
77435130--77435191	6	9.8	6	76	10	61	32	3	1	62	1.20
77435130--77435191	13	4.9	12	76	9	61	32	3	1	62	1.20
77435156--77435193	18	2.1	19	95	5	69	28	0	5	65	1.14
77437009--77437049	6	6.5	6	83	10	55	78	2	0	19	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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