genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23588805--23588973	86	1.9	89	86	4	245	38	20	15	26	1.92
23588878--23589333	73	6.2	72	90	4	653	32	21	16	29	1.95
23588878--23589333	220	2.1	219	88	4	693	32	21	16	29	1.95
23597609--23597653	22	2.0	22	91	0	72	44	4	22	28	1.72
23600235--23600469	66	3.6	66	99	0	461	33	20	23	22	1.97
23603484--23603551	26	2.7	26	80	14	90	39	23	22	14	1.91
23606061--23606091	14	2.2	14	94	0	53	25	6	6	61	1.45
23606307--23606340	12	3.1	11	91	8	52	61	0	0	38	0.96
23608214--23608296	31	2.6	33	81	9	109	37	33	0	28	1.58
23608293--23608344	27	2.0	27	85	11	72	1	38	0	59	1.08
23613216--23613244	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
23613548--23613653	34	3.1	34	100	0	212	42	14	8	34	1.76
23615763--23615815	24	2.2	24	83	9	65	49	1	1	47	1.23
23623526--23623561	10	3.4	10	92	7	54	86	0	13	0	0.58
23626972--23627006	18	2.0	17	94	5	61	34	0	22	42	1.54
23630832--23630857	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
23631502--23631589	41	2.2	41	81	4	99	64	2	0	32	1.06
23631502--23631570	28	2.4	30	83	9	81	65	2	0	31	1.08
23631559--23631583	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
23631612--23631669	21	2.6	22	82	17	68	63	3	3	29	1.27
23631624--23631669	22	2.1	21	84	11	58	67	2	4	26	1.21
23632576--23632600	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23640588--23640634	21	2.2	21	77	7	51	25	25	29	19	1.98
23641640--23641683	21	2.0	21	82	4	52	22	38	2	36	1.67
23646640--23646803	60	2.8	56	79	11	177	43	13	16	26	1.85
23646690--23646804	60	1.9	61	91	5	189	45	13	18	23	1.84
23646405--23646889	263	1.8	263	83	5	649	42	14	14	28	1.85
23647273--23647337	34	1.9	34	90	0	103	35	10	10	43	1.75
23648091--23648185	39	2.4	39	89	1	145	33	6	26	33	1.82
23657179--23657236	20	2.8	20	80	10	73	63	6	1	27	1.29
23657732--23657783	20	2.6	20	84	6	70	42	3	3	50	1.39
23657782--23657824	17	2.7	15	80	13	50	27	2	0	69	1.00
23657776--23657819	17	2.6	17	88	0	70	31	0	0	68	0.90
23666095--23666119	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
23666142--23666191	18	2.8	18	79	11	57	34	4	12	50	1.58
23677452--23677504	23	2.3	23	93	0	88	67	1	1	28	1.11
23677696--23677736	7	5.9	7	94	0	73	58	9	0	31	1.31
23677692--23677737	14	3.3	14	93	0	83	54	8	0	36	1.32
23677736--23677765	7	4.3	7	95	0	51	36	0	30	33	1.58
23677760--23677788	14	2.1	14	100	0	58	51	0	13	34	1.42
23679741--23679782	17	2.4	18	80	15	52	66	0	2	30	1.04
23689943--23690545	47	12.6	47	93	3	886	29	28	8	33	1.87
23689943--23690545	143	4.2	143	92	3	926	29	28	8	33	1.87
23689943--23690545	190	3.1	189	91	3	924	29	28	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23693213--23693304	46	2.0	46	95	0	166	32	9	18	39	1.84
23697001--23697051	25	2.0	25	96	0	93	39	11	21	27	1.88
23701804--23701845	21	2.0	23	86	13	63	59	0	2	38	1.10
23701789--23701845	22	2.5	22	78	18	64	59	0	3	36	1.14
23717134--23717168	6	5.8	6	100	0	70	17	14	0	68	1.21
23723354--23723427	17	4.5	16	80	9	69	64	0	2	32	1.07
23724038--23724077	18	2.2	18	95	0	71	30	12	20	37	1.89
23729942--23730005	26	2.5	25	85	7	76	67	6	4	21	1.32
23732829--23732876	21	2.2	23	85	7	64	70	2	6	20	1.19
23738879--23738909	15	2.1	15	94	5	55	48	0	0	51	1.00
23758330--23758379	22	2.2	22	78	3	55	40	0	0	60	0.97
23760733--23760770	19	2.1	18	90	5	58	10	18	47	23	1.79
23761944--23761985	10	4.3	10	81	6	59	16	2	2	78	0.96
23763131--23763209	41	1.9	41	92	0	131	22	12	21	43	1.86
23764488--23764540	19	2.7	19	77	11	63	35	11	9	43	1.73
23776087--23776138	23	2.3	22	80	9	59	50	1	0	48	1.12
23776094--23776154	32	1.9	32	83	12	81	47	1	0	50	1.10
23778116--23778153	10	3.6	11	82	10	53	52	26	2	18	1.58
23781297--23781382	30	2.9	30	94	0	145	16	50	8	25	1.72
23781877--23781902	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
23781833--23781980	73	2.0	74	94	1	262	25	8	24	41	1.82
23781961--23782043	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23781965--23782047	18	4.4	18	81	13	87	31	3	1	63	1.19
23782357--23782381	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
23782370--23782511	23	6.3	23	68	16	66	32	2	7	57	1.42
23782346--23782513	71	2.4	73	89	6	240	32	2	6	58	1.39
23787591--23787707	62	1.9	62	86	5	168	41	1	5	52	1.34
23789373--23789419	23	2.0	23	95	0	85	29	4	31	34	1.77
23790790--23790833	22	2.0	22	100	0	88	54	18	13	13	1.71
23796938--23796976	19	2.2	17	90	9	60	43	0	2	53	1.14
23799174--23799238	29	2.2	29	91	2	103	44	16	21	16	1.86
23799204--23799326	46	2.7	46	82	5	135	44	17	19	18	1.87
23799589--23799621	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
23811877--23811906	16	1.9	16	93	6	53	13	0	3	83	0.77
23811877--23811914	18	2.3	18	86	13	55	10	2	5	81	0.94
23820245--23820325	42	1.9	42	87	0	117	55	18	4	20	1.61
23820634--23820674	21	2.0	21	85	9	57	36	14	4	43	1.67
23826304--23826443	46	3.0	46	90	4	203	29	29	19	22	1.98
23826445--23826550	53	2.0	53	96	0	194	27	20	15	36	1.92
23833945--23834030	46	1.9	45	85	4	120	30	29	18	22	1.97
23834440--23834499	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
23840335--23840473	27	5.2	27	88	2	192	30	23	7	38	1.83
23840301--23840484	54	3.4	52	77	10	165	31	22	8	37	1.84
23840333--23840501	54	3.2	54	83	5	139	32	21	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23840461--23840674	27	8.0	27	80	4	182	40	20	9	29	1.84
23840466--23840674	54	3.9	54	84	1	206	40	20	9	29	1.84
23840458--23840671	81	2.7	81	82	5	238	40	20	9	29	1.83
23840664--23840904	27	9.0	27	87	0	331	35	18	21	24	1.95
23840663--23840904	134	1.8	134	86	1	324	35	18	21	24	1.95
23840656--23840886	107	2.2	106	86	5	295	37	19	19	23	1.94
23840884--23840947	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
23841107--23841201	25	3.8	25	94	0	154	27	25	23	24	2.00
23841107--23841237	25	5.2	24	83	10	129	30	22	22	24	1.99
23841105--23841226	50	2.4	50	83	5	158	27	24	22	24	2.00
23843292--23843469	27	6.6	27	82	6	198	29	28	15	26	1.96
23843313--23843468	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23843918--23844217	150	2.0	150	98	0	582	34	20	12	32	1.90
23846558--23846660	43	2.4	43	93	0	170	24	24	2	48	1.65
23850042--23850236	43	4.6	42	75	6	151	29	18	24	27	1.98
23856498--23856621	48	2.6	48	87	3	180	20	25	21	31	1.98
23858169--23858259	45	2.0	45	93	0	155	34	25	7	32	1.84
23858735--23858810	38	2.0	38	97	0	143	39	19	13	27	1.89
23864164--23864338	96	1.8	96	85	7	248	24	26	16	32	1.96
23864023--23864341	48	6.7	48	71	11	197	23	26	19	31	1.98
23876778--23876815	20	1.9	20	89	10	60	34	5	7	52	1.53
23887825--23887940	52	2.2	52	87	0	160	24	20	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23890531--23890562	13	2.4	14	89	10	57	50	0	12	37	1.41
23892518--23892586	34	2.0	34	100	0	138	42	14	8	34	1.77
23896368--23896424	29	2.0	28	93	3	96	21	17	26	35	1.95
23898278--23898449	93	1.8	93	94	0	308	28	29	21	20	1.98
23898271--23898446	46	3.8	46	79	12	207	29	28	21	20	1.98
23898320--23898458	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
23898867--23898926	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
23902024--23902102	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
23902221--23902568	47	7.4	47	93	0	561	28	30	8	32	1.88
23908117--23908188	27	2.7	26	80	8	74	30	5	1	62	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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