genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  262  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87034850--87034879	6	5.0	6	91	0	51	33	16	20	30	1.94
87034850--87034892	12	3.6	12	81	9	52	32	20	20	25	1.97
87034844--87034892	18	2.7	18	80	0	53	32	24	18	24	1.97
87041792--87041818	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
87045196--87045256	28	2.1	30	84	6	81	26	8	9	55	1.60
87052790--87052865	37	2.1	37	100	0	152	34	18	15	31	1.92
87055304--87055400	45	2.2	44	83	7	115	29	23	17	28	1.97
87055080--87055960	177	5.0	176	82	3	975	29	22	18	28	1.98
87055078--87055960	354	2.5	353	84	2	1121	29	22	18	28	1.98
87057179--87057203	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
87057707--87057731	6	4.2	6	100	0	50	0	0	16	84	0.63
87059481--87059505	5	5.0	5	100	0	50	60	40	0	0	0.97
87063193--87063241	24	2.1	24	84	3	64	20	2	48	28	1.60
87067946--87067979	17	2.0	17	94	0	59	11	44	5	38	1.65
87070564--87070592	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
87071710--87071746	18	2.1	18	89	0	56	29	0	10	59	1.31
87071987--87072153	43	3.7	43	76	14	174	23	17	29	28	1.97
87072023--87072201	51	3.7	50	77	13	203	24	18	28	27	1.98
87071975--87072197	94	2.4	94	89	0	347	24	20	27	27	1.99
87077108--87077184	27	3.0	26	77	7	77	25	25	24	23	2.00
87084344--87084414	26	2.7	25	79	12	72	26	1	8	63	1.31
87088380--87088460	41	2.0	42	85	7	112	40	3	3	51	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87089293--87089357	33	2.0	33	96	3	123	44	12	9	33	1.74
87089346--87089448	48	2.1	48	89	0	152	33	10	16	39	1.83
87090353--87090391	16	2.5	15	83	4	51	2	7	7	82	0.94
87090354--87090418	27	2.5	26	78	12	62	6	6	9	78	1.09
87090366--87090415	24	2.1	23	82	10	57	8	6	8	78	1.11
87097557--87097631	26	3.0	24	75	21	73	8	9	5	77	1.12
87097557--87097631	23	3.0	23	76	17	69	8	9	5	77	1.12
87099644--87099868	49	4.5	49	89	2	324	25	18	27	28	1.98
87099637--87099876	99	2.4	100	87	2	340	24	19	27	28	1.98
87111832--87111916	43	2.0	43	90	0	134	52	5	4	36	1.46
87113776--87113838	30	2.1	30	93	0	108	55	14	3	26	1.54
87114984--87115057	23	3.2	22	74	9	67	18	14	10	55	1.68
87118068--87118115	18	2.7	18	93	0	78	33	12	14	39	1.84
87121871--87122042	72	2.4	71	82	4	229	25	7	13	54	1.65
87124064--87124124	13	4.7	13	85	0	86	37	29	8	24	1.84
87124807--87124847	21	2.0	21	85	0	55	51	29	4	14	1.63
87126024--87126090	14	4.7	14	85	3	62	40	7	14	37	1.75
87126038--87126084	15	3.2	15	87	3	60	46	6	12	34	1.67
87127682--87127965	142	2.0	142	98	0	550	29	20	15	34	1.94
87133103--87133133	13	2.4	13	100	0	62	6	35	6	51	1.53
87135235--87135273	20	2.0	20	85	10	53	58	2	0	38	1.12
87136759--87136806	20	2.4	20	82	0	69	33	31	18	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87141597--87141653	26	2.2	26	84	6	80	22	1	0	75	0.90
87141596--87141652	10	6.3	9	78	15	57	21	1	0	77	0.86
87147230--87147477	130	1.9	127	86	4	356	37	18	16	26	1.93
87147240--87147514	130	2.1	129	82	4	333	37	18	15	28	1.91
87148561--87148654	3	31.3	3	71	12	68	60	2	6	30	1.33
87148561--87148654	23	3.9	25	78	9	90	60	2	6	30	1.33
87148594--87148651	20	2.9	20	82	7	73	58	3	5	32	1.37
87148723--87148756	14	2.3	15	90	5	52	61	5	11	20	1.50
87148729--87148775	15	3.1	15	81	6	51	63	4	10	21	1.43
87148749--87148790	12	3.5	12	81	12	50	59	0	9	30	1.29
87148770--87148808	15	2.6	15	84	8	53	58	2	7	30	1.39
87151015--87151138	40	3.1	40	81	9	137	35	21	17	25	1.95
87151200--87151295	40	2.4	40	85	3	131	32	19	19	28	1.97
87151191--87151324	40	3.3	40	81	4	128	30	18	20	30	1.96
87151015--87151514	196	2.6	185	81	9	537	31	20	19	28	1.97
87151395--87151514	40	3.0	41	80	7	156	27	20	23	29	1.98
87151396--87151517	41	3.0	40	80	8	158	29	19	22	28	1.98
87151925--87151959	14	2.5	14	90	0	61	22	5	48	22	1.72
87151980--87152013	13	2.6	13	90	0	50	23	2	26	47	1.66
87152008--87152050	18	2.4	18	84	7	52	25	2	30	41	1.68
87152039--87152086	7	6.7	7	80	4	60	20	0	35	43	1.52
87152902--87153084	84	2.2	84	83	5	219	34	12	20	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87153015--87153154	71	2.0	72	87	4	203	37	10	21	30	1.86
87155398--87155457	27	2.2	27	79	5	68	36	5	5	53	1.45
87156053--87156083	14	2.3	14	94	5	55	29	0	6	64	1.18
87156178--87156394	9	24.8	9	69	16	93	47	14	1	36	1.56
87156186--87156427	16	15.0	16	68	13	88	47	14	1	35	1.55
87156178--87156400	64	3.5	64	90	0	356	47	14	1	35	1.55
87156270--87156379	30	3.5	30	72	18	107	49	13	1	35	1.53
87164987--87165428	218	2.0	218	98	0	848	33	12	19	34	1.90
87166816--87166867	21	2.5	21	90	0	77	25	21	50	3	1.65
87167255--87167364	43	2.5	43	88	1	148	25	28	19	27	1.98
87171322--87171373	20	2.7	20	75	21	56	30	21	17	30	1.96
87172478--87172555	39	2.0	39	89	0	120	23	15	33	28	1.95
87179362--87179423	27	2.3	27	88	0	88	16	8	37	38	1.78
87183018--87183225	47	4.5	46	75	10	176	24	29	19	26	1.98
87189369--87189523	55	2.8	54	77	7	152	33	16	26	23	1.95
87192152--87192245	27	3.5	27	79	2	109	24	17	15	42	1.88
87192154--87192270	27	4.3	27	79	4	78	23	14	17	44	1.86
87192265--87192350	26	3.2	27	85	11	106	37	15	13	33	1.87
87202392--87202435	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
87214001--87214193	60	3.2	59	78	6	192	26	17	12	43	1.85
87214618--87214686	31	2.2	32	86	2	95	43	8	18	28	1.80
87218209--87218312	42	2.5	42	93	3	174	17	31	28	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87219260--87219356	41	2.4	41	92	0	167	30	27	17	23	1.97
87231598--87231631	16	2.2	16	89	5	52	61	2	0	35	1.11
87231971--87232009	19	2.0	20	85	5	53	43	20	2	33	1.65
87232815--87233021	53	3.8	54	79	1	218	20	24	17	37	1.93
87232827--87233021	55	3.6	53	79	2	192	19	24	18	37	1.94
87234756--87234827	35	2.1	35	94	0	126	11	13	30	44	1.79
87240188--87240267	27	3.0	27	88	0	115	23	18	18	38	1.93
87240261--87240593	27	12.5	26	78	8	244	32	11	18	37	1.87
87240261--87240593	54	6.2	53	78	9	313	32	11	18	37	1.87
87240296--87240593	53	5.6	54	82	4	327	33	11	18	36	1.87
87240261--87240586	80	4.1	79	83	6	381	32	11	18	37	1.86
87241294--87241576	40	7.1	40	82	4	313	25	21	26	25	2.00
87241294--87241576	79	3.6	80	85	4	360	25	21	26	25	2.00
87241294--87241557	119	2.2	121	84	6	344	25	21	27	25	2.00
87249374--87249556	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
87249375--87249558	40	4.6	39	83	9	212	23	22	28	25	2.00
87249427--87249583	79	2.0	79	83	5	201	24	20	27	27	1.99
87251037--87251112	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
87251298--87252512	47	25.6	47	97	1	2070	29	31	8	30	1.87
87255977--87256903	40	23.2	40	98	0	1755	27	27	19	24	1.99
87255973--87257104	40	28.3	40	95	1	521	27	27	19	25	1.99
87256005--87257104	120	9.2	120	95	1	747	27	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87257451--87257529	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
87259423--87259501	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
87259620--87260118	47	10.6	47	98	0	944	30	29	7	32	1.86
87265695--87265879	40	4.7	40	82	7	218	23	21	28	26	1.99
87265695--87265877	79	2.3	81	83	7	232	24	21	27	26	1.99
87265748--87265904	79	2.0	79	82	5	192	24	19	27	28	1.99
87269928--87270039	37	3.0	37	84	5	154	29	32	16	21	1.96
87270193--87270289	50	1.9	50	87	4	142	29	25	7	37	1.83
87270247--87270439	47	4.1	47	89	2	237	27	29	9	33	1.89
87270292--87270367	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322