Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  183  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60126409--60128264
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936
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29
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18
26
28
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25
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28
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1.9
23
81
9
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40
9
9
40
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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3
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0
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60187015--60187059
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90
9
72
42
0
0
57
0.98
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50
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18
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2.0
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20
22
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1.98
60233080--60233186
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2.2
49
84
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135
31
20
22
25
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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26
1.98
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3.4
24
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29
21
25
23
1.99
60240723--60240854
49
2.7
49
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158
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19
23
25
1.98
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206
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21
26
1.99
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5.5
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195
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26
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26
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24
1.99
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19
29
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19
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26
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29
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43
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112
30
24
18
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60357444--60357498
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0
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18
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2.3
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100
0
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8
8
1.18
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0
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15
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1.88
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92
0
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0
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29
2.7
28
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104
25
15
30
28
1.96
60377384--60377710
173
1.9
174
93
0
566
30
14
24
31
1.94
60384214--60384446
49
4.7
50
81
2
263
25
17
26
30
1.97
60386346--60386374
12
2.4
12
100
0
58
58
24
10
6
1.55
60387468--60387622
42
3.7
42
83
10
181
29
24
17
29
1.97
60393786--60393846
30
2.0
30
87
0
86
39
6
22
31
1.80
60394557--60394706
67
2.2
67
81
8
171
32
17
28
21
1.96
60394581--60394764
67
2.8
64
77
8
194
29
17
29
22
1.97
60402277--60402450
40
4.4
39
82
6
181
24
22
27
25
2.00
60402277--60402450
80
2.2
79
83
5
208
24
22
27
25
2.00
60428034--60428171
59
2.3
59
100
0
276
25
15
26
32
1.95
60430716--60430783
34
2.0
34
97
0
127
25
11
19
44
1.84
60434300--60434646
40
8.7
40
94
2
601
25
27
24
23
2.00
60440290--60440342
21
2.5
20
79
8
61
16
37
32
13
1.88
60443578--60443809
49
4.7
49
83
3
302
29
27
18
24
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60443578--60443809
100
2.3
98
85
2
320
29
27
18
24
1.98
60444056--60444109
27
2.0
27
85
0
72
38
14
7
38
1.75
60447363--60447420
29
2.0
29
89
0
89
44
5
17
32
1.70
60460026--60460241
46
4.7
46
100
0
432
30
27
19
21
1.98
60468399--60468441
21
2.0
21
86
0
59
34
11
0
53
1.37
60471738--60471884
74
2.0
74
98
0
285
34
21
2
42
1.67
60472170--60472220
26
2.0
26
84
7
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0
25
3
70
1.04
60472220--60472273
21
2.5
22
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22
1
3
72
1.10
60478047--60478076
15
1.9
16
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30
23
0
46
1.52
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2.9
19
80
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56
1
26
1
69
1.10
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8
4.1
8
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0
57
39
0
0
60
0.97
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13
3.1
13
78
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50
37
0
2
60
1.10
60492866--60493030
43
3.8
43
77
10
133
30
24
18
26
1.98
60494729--60494755
7
3.9
7
100
0
54
25
0
29
44
1.54
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2.5
20
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17
50
17
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21
1.94
60495288--60495318
14
2.2
14
94
0
53
35
25
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32
1.82
60498553--60498629
21
3.7
21
94
1
129
11
33
31
23
1.91
60502089--60502126
14
2.7
14
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0
58
31
31
7
28
1.86
60505651--60505745
25
4.0
23
74
21
72
20
4
3
72
1.15
60505778--60505828
23
2.3
21
83
10
57
17
1
5
74
1.11
60510412--60510470
6
9.8
6
100
0
118
16
0
0
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0.66
60512228--60512303
33
2.3
32
82
8
89
32
22
18
26
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60516606--60516683
40
1.9
41
82
10
97
26
28
21
23
1.99
60524389--60524573
40
4.7
40
81
5
178
27
28
20
24
1.99
60524356--60524573
40
5.5
39
77
7
165
25
27
20
25
1.99
60536276--60536367
48
1.9
48
95
0
166
50
11
5
32
1.62
60536347--60536381
14
2.5
14
85
0
52
45
8
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40
1.58
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2.0
62
95
0
223
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36
1.59
60540100--60540157
4
14.5
4
79
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1
20
0
77
0.86
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1
20
0
77
0.87
60540099--60540157
22
2.7
23
86
5
86
1
20
0
77
0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322